site/j2s/jalview/appletgui/UserDefinedColours.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.FocusListener", "awt2swing.Button", "$.Label", "$.Scrollbar", "$.TextField", "java.awt.GridLayout", "java.util.Vector"], "jalview.appletgui.UserDefinedColours", ["awt2swing.Frame", "jalview.appletgui.AnnotationColourChooser", "$.FeatureColourChooser", "$.FeatureRenderer", "$.FeatureSettings", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.schemes.ResidueProperties", "$.UserColourScheme", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Dialog", "$.Font", "$.Rectangle", "java.awt.event.MouseAdapter", "java.lang.Error"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.ap = null;
   5 this.seqGroup = null;
   6 this.selectedButton = null;
   7 this.oldColours = null;
   8 this.oldColourScheme = null;
   9 this.frame = null;
  10 this.jmol = null;
  11 this.dialog = null;
  12 this.caller = null;
  13 this.originalLabel = null;
  14 this.originalColour = null;
  15 this.R = 0;
  16 this.G = 0;
  17 this.B = 0;
  18 this.buttonPanel = null;
  19 this.gridLayout = null;
  20 this.okcancelPanel = null;
  21 this.okButton = null;
  22 this.applyButton = null;
  23 this.cancelButton = null;
  24 this.rScroller = null;
  25 this.label1 = null;
  26 this.rText = null;
  27 this.label4 = null;
  28 this.gScroller = null;
  29 this.gText = null;
  30 this.label5 = null;
  31 this.bScroller = null;
  32 this.bText = null;
  33 this.target = null;
  34 Clazz.instantialize (this, arguments);
  35 }, jalview.appletgui, "UserDefinedColours", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.FocusListener]);
  36 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  37 this.oldColours =  new java.util.Vector ();
  38 this.buttonPanel =  new awt2swing.Panel ();
  39 this.gridLayout =  new java.awt.GridLayout ();
  40 this.okcancelPanel =  new awt2swing.Panel ();
  41 this.okButton =  new awt2swing.Button ();
  42 this.applyButton =  new awt2swing.Button ();
  43 this.cancelButton =  new awt2swing.Button ();
  44 this.rScroller =  new awt2swing.Scrollbar ();
  45 this.label1 =  new awt2swing.Label ();
  46 this.rText =  new awt2swing.TextField ();
  47 this.label4 =  new awt2swing.Label ();
  48 this.gScroller =  new awt2swing.Scrollbar ();
  49 this.gText =  new awt2swing.TextField ();
  50 this.label5 =  new awt2swing.Label ();
  51 this.bScroller =  new awt2swing.Scrollbar ();
  52 this.bText =  new awt2swing.TextField ();
  53 this.target =  new awt2swing.Panel ();
  54 });
  55 Clazz.defineMethod (c$, "loadDefaultColours",
  56 function () {
  57 return null;
  58 });
  59 Clazz.makeConstructor (c$,
  60 function (ap, sg) {
  61 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.UserDefinedColours, []);
  62 this.ap = ap;
  63 this.seqGroup = sg;
  64 if (this.seqGroup != null) {
  65 this.oldColourScheme = this.seqGroup.cs;
  66 } else {
  67 this.oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme ();
  68 }this.init ();
  69 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,jalview.datamodel.SequenceGroup");
  70 Clazz.makeConstructor (c$,
  71 function (jmol) {
  72 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.UserDefinedColours, []);
  73 this.jmol = jmol;
  74 this.init ();
  75 }, "jalview.appletgui.AppletJmol");
  76 Clazz.makeConstructor (c$,
  77 function (fr, alignframe) {
  78 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.UserDefinedColours, []);
  79 this.caller = fr;
  80 this.originalColour = fr.colourPanel.getBackground ();
  81 this.originalLabel = "Feature Colour";
  82 this.setForDialog ("Select Feature Colour", alignframe);
  83 this.setTargetColour (fr.colourPanel.getBackground ());
  84 this.dialog.setVisible (true);
  85 }, "jalview.appletgui.FeatureRenderer,awt2swing.Frame");
  86 Clazz.makeConstructor (c$,
  87 function (caller, col1, alignframe) {
  88 this.construct (caller, col1, alignframe, "Select Colour");
  89 }, "java.awt.Component,java.awt.Color,awt2swing.Frame");
  90 Clazz.makeConstructor (c$,
  91 function (caller, col1, alignframe, title) {
  92 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.UserDefinedColours, []);
  93 this.caller = caller;
  94 this.originalColour = col1;
  95 this.originalLabel = title;
  96 this.setForDialog (title, alignframe);
  97 this.setTargetColour (col1);
  98 this.dialog.setVisible (true);
  99 }, "java.awt.Component,java.awt.Color,awt2swing.Frame,~S");
 100 Clazz.makeConstructor (c$,
 101 function (caller, label, colour) {
 102 this.construct (caller, label, colour, colour);
 103 }, "~O,~S,java.awt.Color");
 104 Clazz.makeConstructor (c$,
 105 function (me, type, graduatedColor) {
 106 this.construct (me, type, graduatedColor, graduatedColor.getMaxColor ());
 107 }, "jalview.appletgui.FeatureSettings,~S,jalview.schemes.GraduatedColor");
 108 Clazz.makeConstructor (c$,
 109  function (caller, label, ocolour, colour) {
 110 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.UserDefinedColours, []);
 111 this.caller = caller;
 112 this.originalColour = ocolour;
 113 this.originalLabel = label;
 114 this.init ();
 115 this.remove (this.buttonPanel);
 116 this.setTargetColour (colour);
 117 this.okcancelPanel.setBounds ( new java.awt.Rectangle (0, 113, 400, 35));
 118 this.frame.setTitle (jalview.util.MessageManager.getString ("label.user_defined_colours") + " - " + label);
 119 this.frame.setSize (420, 200);
 120 }, "~O,~S,~O,java.awt.Color");
 121 Clazz.defineMethod (c$, "setForDialog",
 122 function (title, alignframe) {
 123 this.init ();
 124 this.frame.setVisible (false);
 125 this.remove (this.buttonPanel);
 126 if (Clazz.instanceOf (alignframe, awt2swing.Frame)) {
 127 this.dialog =  new java.awt.Dialog (alignframe, title, true);
 128 } else {
 129 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme"));
 130 }this.dialog.add (this);
 131 this.setSize (400, 123);
 132 this.okcancelPanel.setBounds ( new java.awt.Rectangle (0, 123, 400, 35));
 133 var height = 160 + alignframe.getInsets ().top + this.getInsets ().bottom;
 134 var width = 400;
 135 this.dialog.setBounds (alignframe.getBounds ().x + Clazz.doubleToInt ((alignframe.getSize ().width - width) / 2), alignframe.getBounds ().y + Clazz.doubleToInt ((alignframe.getSize ().height - height) / 2), width, height);
 136 }, "~S,java.awt.Container");
 137 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 138 function (evt) {
 139 var source = evt.getSource ();
 140 if (source === this.okButton) {
 141 this.okButton_actionPerformed ();
 142 } else if (source === this.applyButton) {
 143 this.applyButton_actionPerformed ();
 144 } else if (source === this.cancelButton) {
 145 this.cancelButton_actionPerformed ();
 146 } else if (source === this.rText) {
 147 this.rText_actionPerformed ();
 148 } else if (source === this.gText) {
 149 this.gText_actionPerformed ();
 150 } else if (source === this.bText) {
 151 this.bText_actionPerformed ();
 152 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 153 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
 154 function (evt) {
 155 if (evt.getSource () === this.rScroller) {
 156 this.rScroller_adjustmentValueChanged ();
 157 } else if (evt.getSource () === this.gScroller) {
 158 this.gScroller_adjustmentValueChanged ();
 159 } else if (evt.getSource () === this.bScroller) {
 160 this.bScroller_adjustmentValueChanged ();
 161 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
 162 Clazz.defineMethod (c$, "init",
 163 function () {
 164 try {
 165 this.jbInit ();
 166 } catch (e) {
 167 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 168 e.printStackTrace ();
 169 } else {
 170 throw e;
 171 }
 172 }
 173 this.frame =  new awt2swing.Frame ();
 174 this.frame.add (this);
 175 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.user_defined_colours"), 420, 345);
 176 if (this.seqGroup != null) {
 177 this.frame.setTitle (this.frame.getTitle () + " (" + this.seqGroup.getName () + ")");
 178 }for (var i = 0; i < 20; i++) {
 179 this.makeButton (jalview.schemes.ResidueProperties.aa2Triplet.get (jalview.schemes.ResidueProperties.aa[i]) + "", jalview.schemes.ResidueProperties.aa[i]);
 180 }
 181 this.makeButton ("B", "B");
 182 this.makeButton ("Z", "Z");
 183 this.makeButton ("X", "X");
 184 this.makeButton ("Gap", "'.','-',' '");
 185 this.validate ();
 186 });
 187 Clazz.defineMethod (c$, "rText_actionPerformed",
 188 function () {
 189 try {
 190 var i = Integer.parseInt (this.rText.getText ());
 191 this.rScroller.setValue (i);
 192 this.rScroller_adjustmentValueChanged ();
 193 } catch (ex) {
 194 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 195 } else {
 196 throw ex;
 197 }
 198 }
 199 });
 200 Clazz.defineMethod (c$, "gText_actionPerformed",
 201 function () {
 202 try {
 203 var i = Integer.parseInt (this.gText.getText ());
 204 this.gScroller.setValue (i);
 205 this.gScroller_adjustmentValueChanged ();
 206 } catch (ex) {
 207 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 208 } else {
 209 throw ex;
 210 }
 211 }
 212 });
 213 Clazz.defineMethod (c$, "bText_actionPerformed",
 214 function () {
 215 try {
 216 var i = Integer.parseInt (this.bText.getText ());
 217 this.bScroller.setValue (i);
 218 this.bScroller_adjustmentValueChanged ();
 219 } catch (ex) {
 220 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 221 } else {
 222 throw ex;
 223 }
 224 }
 225 });
 226 Clazz.defineMethod (c$, "rScroller_adjustmentValueChanged",
 227 function () {
 228 this.R = this.rScroller.getValue ();
 229 this.rText.setText (this.R + "");
 230 this.colourChanged ();
 231 });
 232 Clazz.defineMethod (c$, "gScroller_adjustmentValueChanged",
 233 function () {
 234 this.G = this.gScroller.getValue ();
 235 this.gText.setText (this.G + "");
 236 this.colourChanged ();
 237 });
 238 Clazz.defineMethod (c$, "bScroller_adjustmentValueChanged",
 239 function () {
 240 this.B = this.bScroller.getValue ();
 241 this.bText.setText (this.B + "");
 242 this.colourChanged ();
 243 });
 244 Clazz.defineMethod (c$, "colourChanged",
 245 function () {
 246 var col =  new java.awt.Color (this.R, this.G, this.B);
 247 this.target.setBackground (col);
 248 this.target.repaint ();
 249 if (this.selectedButton != null) {
 250 this.selectedButton.setBackground (col);
 251 this.selectedButton.repaint ();
 252 }});
 253 Clazz.defineMethod (c$, "setTargetColour",
 254 function (col) {
 255 this.R = col.getRed ();
 256 this.G = col.getGreen ();
 257 this.B = col.getBlue ();
 258 this.rScroller.setValue (this.R);
 259 this.gScroller.setValue (this.G);
 260 this.bScroller.setValue (this.B);
 261 this.rText.setText (this.R + "");
 262 this.gText.setText (this.G + "");
 263 this.bText.setText (this.B + "");
 264 this.colourChanged ();
 265 }, "java.awt.Color");
 266 Clazz.defineMethod (c$, "colourButtonPressed",
 267 function (e) {
 268 this.selectedButton = e.getSource ();
 269 this.setTargetColour (this.selectedButton.getBackground ());
 270 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 271 Clazz.defineMethod (c$, "makeButton",
 272 function (label, aa) {
 273 var button =  new awt2swing.Button ();
 274 var col = java.awt.Color.white;
 275 if (this.oldColourScheme != null) {
 276 try {
 277 col = this.oldColourScheme.findColour (aa.charAt (0), -1, null);
 278 } catch (ex) {
 279 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 280 } else {
 281 throw ex;
 282 }
 283 }
 284 }button.setBackground (col);
 285 this.oldColours.addElement (col);
 286 button.setLabel (label);
 287 button.setForeground (col.darker ().darker ().darker ());
 288 button.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 1, 10));
 289 button.addMouseListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.UserDefinedColours$1") ? 0 : jalview.appletgui.UserDefinedColours.$UserDefinedColours$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.UserDefinedColours$1, this, null)));
 290 this.buttonPanel.add (button, null);
 291 }, "~S,~S");
 292 Clazz.defineMethod (c$, "okButton_actionPerformed",
 293 function () {
 294 this.applyButton_actionPerformed ();
 295 if (this.dialog != null) {
 296 this.dialog.setVisible (false);
 297 }this.frame.setVisible (false);
 298 });
 299 Clazz.defineMethod (c$, "getColor",
 300 function () {
 301 return  new java.awt.Color (this.R, this.G, this.B);
 302 });
 303 Clazz.defineMethod (c$, "applyButton_actionPerformed",
 304 function () {
 305 if (this.caller != null) {
 306 if (Clazz.instanceOf (this.caller, jalview.appletgui.FeatureSettings)) {
 307 (this.caller).setUserColour (this.originalLabel, this.getColor ());
 308 } else if (Clazz.instanceOf (this.caller, jalview.appletgui.AnnotationColourChooser)) {
 309 if (this.originalLabel.equals ("Min Colour")) {
 310 (this.caller).minColour_actionPerformed (this.getColor ());
 311 } else {
 312 (this.caller).maxColour_actionPerformed (this.getColor ());
 313 }} else if (Clazz.instanceOf (this.caller, jalview.appletgui.FeatureRenderer)) {
 314 (this.caller).colourPanel.updateColor (this.getColor ());
 315 } else if (Clazz.instanceOf (this.caller, jalview.appletgui.FeatureColourChooser)) {
 316 if (this.originalLabel.indexOf ("inimum") > -1) {
 317 (this.caller).minColour_actionPerformed (this.getColor ());
 318 } else {
 319 (this.caller).maxColour_actionPerformed (this.getColor ());
 320 }}return;
 321 }var newColours =  new Array (24);
 322 for (var i = 0; i < 24; i++) {
 323 var button = this.buttonPanel.getComponent (i);
 324 newColours[i] = button.getBackground ();
 325 }
 326 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (newColours);
 327 if (this.ap != null) {
 328 ucs.setThreshold (0, this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());
 329 }if (this.ap != null) {
 330 if (this.seqGroup != null) {
 331 this.seqGroup.cs = ucs;
 332 } else {
 333 this.ap.av.setGlobalColourScheme (ucs);
 334 }this.ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;
 335 this.ap.paintAlignment (true);
 336 } else if (this.jmol != null) {
 337 this.jmol.setJalviewColourScheme (ucs);
 338 }});
 339 Clazz.defineMethod (c$, "cancelButton_actionPerformed",
 340 function () {
 341 if (this.caller != null) {
 342 if (Clazz.instanceOf (this.caller, jalview.appletgui.FeatureSettings)) {
 343 (this.caller).setUserColour (this.originalLabel, this.originalColour);
 344 } else if (Clazz.instanceOf (this.caller, jalview.appletgui.AnnotationColourChooser)) {
 345 if (this.originalLabel.equals ("Min Colour")) {
 346 (this.caller).minColour_actionPerformed (this.originalColour);
 347 } else {
 348 (this.caller).maxColour_actionPerformed (this.originalColour);
 349 }} else if (Clazz.instanceOf (this.caller, jalview.appletgui.FeatureRenderer)) {
 350 (this.caller).colourPanel.updateColor (this.originalColour);
 351 } else if (Clazz.instanceOf (this.caller, jalview.appletgui.FeatureColourChooser)) {
 352 if (this.originalLabel.indexOf ("inimum") > -1) {
 353 (this.caller).minColour_actionPerformed (this.originalColour);
 354 } else {
 355 (this.caller).maxColour_actionPerformed (this.originalColour);
 356 }}if (this.dialog != null) {
 357 this.dialog.setVisible (false);
 358 }this.frame.setVisible (false);
 359 return;
 360 }var newColours =  new Array (24);
 361 for (var i = 0; i < 24; i++) {
 362 newColours[i] = this.oldColours.elementAt (i);
 363 this.buttonPanel.getComponent (i).setBackground (newColours[i]);
 364 }
 365 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (newColours);
 366 if (this.ap != null) {
 367 if (this.seqGroup != null) {
 368 this.seqGroup.cs = ucs;
 369 } else {
 370 this.ap.av.setGlobalColourScheme (ucs);
 371 }this.ap.paintAlignment (true);
 372 } else if (this.jmol != null) {
 373 this.jmol.setJalviewColourScheme (ucs);
 374 }this.frame.setVisible (false);
 375 });
 376 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 377  function () {
 378 this.setLayout (null);
 379 this.buttonPanel.setLayout (this.gridLayout);
 380 this.gridLayout.setColumns (6);
 381 this.gridLayout.setRows (4);
 382 this.okButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 383 this.okButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.ok"));
 384 this.okButton.addActionListener (this);
 385 this.applyButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 386 this.applyButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.apply"));
 387 this.applyButton.addActionListener (this);
 388 this.cancelButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 389 this.cancelButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.cancel"));
 390 this.cancelButton.addActionListener (this);
 391 this.setBackground ( new java.awt.Color (212, 208, 223));
 392 this.okcancelPanel.setBounds ( new java.awt.Rectangle (0, 265, 400, 35));
 393 this.buttonPanel.setBounds ( new java.awt.Rectangle (0, 123, 400, 142));
 394 this.rScroller.setMaximum (256);
 395 this.rScroller.setMinimum (0);
 396 this.rScroller.setOrientation (0);
 397 this.rScroller.setUnitIncrement (1);
 398 this.rScroller.setVisibleAmount (1);
 399 this.rScroller.setBounds ( new java.awt.Rectangle (36, 27, 119, 19));
 400 this.rScroller.addAdjustmentListener (this);
 401 this.label1.setAlignment (4);
 402 this.label1.setText ("R");
 403 this.label1.setBounds ( new java.awt.Rectangle (19, 30, 16, 15));
 404 this.rText.setFont ( new java.awt.Font ("Dialog", 0, 10));
 405 this.rText.setText ("0        ");
 406 this.rText.setBounds ( new java.awt.Rectangle (156, 27, 53, 19));
 407 this.rText.addActionListener (this);
 408 this.rText.addFocusListener (this);
 409 this.label4.setAlignment (4);
 410 this.label4.setText ("G");
 411 this.label4.setBounds ( new java.awt.Rectangle (15, 56, 20, 15));
 412 this.gScroller.setMaximum (256);
 413 this.gScroller.setMinimum (0);
 414 this.gScroller.setOrientation (0);
 415 this.gScroller.setUnitIncrement (1);
 416 this.gScroller.setVisibleAmount (1);
 417 this.gScroller.setBounds ( new java.awt.Rectangle (35, 52, 120, 20));
 418 this.gScroller.addAdjustmentListener (this);
 419 this.gText.setFont ( new java.awt.Font ("Dialog", 0, 10));
 420 this.gText.setText ("0        ");
 421 this.gText.setBounds ( new java.awt.Rectangle (156, 52, 53, 20));
 422 this.gText.addActionListener (this);
 423 this.gText.addFocusListener (this);
 424 this.label5.setAlignment (4);
 425 this.label5.setText ("B");
 426 this.label5.setBounds ( new java.awt.Rectangle (14, 82, 20, 15));
 427 this.bScroller.setMaximum (256);
 428 this.bScroller.setMinimum (0);
 429 this.bScroller.setOrientation (0);
 430 this.bScroller.setUnitIncrement (1);
 431 this.bScroller.setVisibleAmount (1);
 432 this.bScroller.setBounds ( new java.awt.Rectangle (35, 78, 120, 20));
 433 this.bScroller.addAdjustmentListener (this);
 434 this.bText.setFont ( new java.awt.Font ("Dialog", 0, 10));
 435 this.bText.setText ("0        ");
 436 this.bText.setBounds ( new java.awt.Rectangle (157, 78, 52, 20));
 437 this.bText.addActionListener (this);
 438 this.bText.addFocusListener (this);
 439 this.target.setBackground (java.awt.Color.black);
 440 this.target.setBounds ( new java.awt.Rectangle (229, 26, 134, 79));
 441 this.add (this.okcancelPanel, null);
 442 this.okcancelPanel.add (this.okButton, null);
 443 this.okcancelPanel.add (this.applyButton, null);
 444 this.okcancelPanel.add (this.cancelButton, null);
 445 this.add (this.rText);
 446 this.add (this.gText);
 447 this.add (this.bText);
 448 this.add (this.buttonPanel, null);
 449 this.add (this.target, null);
 450 this.add (this.gScroller);
 451 this.add (this.rScroller);
 452 this.add (this.bScroller);
 453 this.add (this.label5);
 454 this.add (this.label4);
 455 this.add (this.label1);
 456 });
 457 Clazz.overrideMethod (c$, "focusGained",
 458 function (e) {
 459 }, "java.awt.event.FocusEvent");
 460 Clazz.overrideMethod (c$, "focusLost",
 461 function (e) {
 462 var c = e.getComponent ();
 463 if (c === this.rText) {
 464 this.rText_actionPerformed ();
 465 } else {
 466 if (c === this.gText) {
 467 this.gText_actionPerformed ();
 468 } else {
 469 if (c === this.bText) {
 470 this.bText_actionPerformed ();
 471 }}}}, "java.awt.event.FocusEvent");
 472 c$.$UserDefinedColours$1$ = function () {
 473 Clazz.pu$h(self.c$);
 474 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "UserDefinedColours$1", java.awt.event.MouseAdapter);
 475 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 476 function (e) {
 477 this.b$["jalview.appletgui.UserDefinedColours"].colourButtonPressed (e);
 478 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 479 c$ = Clazz.p0p ();
 480 };
 481 });