site/j2s/jalview/commands/RemoveGapColCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");
   2 Clazz.load (["jalview.commands.EditCommand"], "jalview.commands.RemoveGapColCommand", ["jalview.util.Comparison"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.columnsDeleted = 0;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.commands, "RemoveGapColCommand", jalview.commands.EditCommand);
   7 Clazz.makeConstructor (c$,
   8 function (description, seqs, start, end, al) {
   9 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.RemoveGapColCommand, []);
  10 this.description = description;
  11 var j;
  12 var jSize = seqs.length;
  13 var startCol = -1;
  14 var endCol = -1;
  15 this.columnsDeleted = 0;
  16 this.clearEdits ();
  17 var $delete = true;
  18 for (var i = start; i <= end; i++) {
  19 $delete = true;
  20 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  21 if (seqs[j].getLength () > i) {
  22 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seqs[j].getCharAt (i))) {
  23 if ($delete) {
  24 endCol = i;
  25 }$delete = false;
  26 break;
  27 }}}
  28 if ($delete && startCol == -1) {
  29 startCol = i;
  30 }if (!$delete && startCol > -1) {
  31 this.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - this.columnsDeleted, endCol - startCol, al, false, null);
  32 this.columnsDeleted += (endCol - startCol);
  33 startCol = -1;
  34 endCol = -1;
  35 }}
  36 if ($delete && startCol > -1) {
  37 this.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - this.columnsDeleted, end - startCol + 1, al, false, null);
  38 this.columnsDeleted += (end - startCol + 1);
  39 }this.performEdit (0, null);
  40 }, "~S,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");
  41 Clazz.overrideMethod (c$, "getSize",
  42 function () {
  43 return this.columnsDeleted;
  44 });
  45 });