site/j2s/jalview/commands/RemoveGapColCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");\r
   2 Clazz.load (["jalview.commands.EditCommand"], "jalview.commands.RemoveGapColCommand", ["jalview.util.Comparison"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.columnsDeleted = 0;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.commands, "RemoveGapColCommand", jalview.commands.EditCommand);\r
   7 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   8 function (description, seqs, start, end, al) {\r
   9 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.RemoveGapColCommand, []);\r
  10 this.description = description;\r
  11 var j;\r
  12 var jSize = seqs.length;\r
  13 var startCol = -1;\r
  14 var endCol = -1;\r
  15 this.columnsDeleted = 0;\r
  16 this.clearEdits ();\r
  17 var $delete = true;\r
  18 for (var i = start; i <= end; i++) {\r
  19 $delete = true;\r
  20 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  21 if (seqs[j].getLength () > i) {\r
  22 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seqs[j].getCharAt (i))) {\r
  23 if ($delete) {\r
  24 endCol = i;\r
  25 }$delete = false;\r
  26 break;\r
  27 }}}\r
  28 if ($delete && startCol == -1) {\r
  29 startCol = i;\r
  30 }if (!$delete && startCol > -1) {\r
  31 this.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - this.columnsDeleted, endCol - startCol, al, false, null);\r
  32 this.columnsDeleted += (endCol - startCol);\r
  33 startCol = -1;\r
  34 endCol = -1;\r
  35 }}\r
  36 if ($delete && startCol > -1) {\r
  37 this.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - this.columnsDeleted, end - startCol + 1, al, false, null);\r
  38 this.columnsDeleted += (end - startCol + 1);\r
  39 }this.performEdit (0, null);\r
  40 }, "~S,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  41 Clazz.overrideMethod (c$, "getSize", \r
  42 function () {\r
  43 return this.columnsDeleted;\r
  44 });\r
  45 });\r