site/j2s/jalview/commands/RemoveGapsCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");
   2 Clazz.load (["jalview.commands.EditCommand"], "jalview.commands.RemoveGapsCommand", ["jalview.util.Comparison"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.commands, "RemoveGapsCommand", jalview.commands.EditCommand);
   4 Clazz.makeConstructor (c$,
   5 function (description, seqs, al) {
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.RemoveGapsCommand, []);
   7 this.description = description;
   8 var width = 0;
   9 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
  10 if (seqs[i].getLength () > width) {
  11 width = seqs[i].getLength ();
  12 }}
  13 this.findGaps (seqs, 0, width, al);
  14 }, "~S,~A,jalview.datamodel.AlignmentI");
  15 Clazz.makeConstructor (c$,
  16 function (description, seqs, start, end, al) {
  17 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.RemoveGapsCommand, []);
  18 this.description = description;
  19 this.findGaps (seqs, start, end, al);
  20 }, "~S,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");
  21 Clazz.defineMethod (c$, "findGaps",
  22 function (seqs, start, end, al) {
  23 var startCol = -1;
  24 var endCol = -1;
  25 var deletedCols = 0;
  26 var j;
  27 var jSize;
  28 this.clearEdits ();
  29 var $delete = true;
  30 var sequence;
  31 for (var s = 0; s < seqs.length; s++) {
  32 deletedCols = 0;
  33 startCol = -1;
  34 endCol = -1;
  35 sequence = seqs[s].getSequence (start, end + 1);
  36 jSize = sequence.length;
  37 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  38 $delete = true;
  39 if (!jalview.util.Comparison.isGap (sequence[j])) {
  40 if ($delete) {
  41 endCol = j;
  42 }$delete = false;
  43 }if ($delete && startCol == -1) {
  44 startCol = j;
  45 }if (!$delete && startCol > -1) {
  46 this.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP,  Clazz.newArray (-1, [seqs[s]]), start + startCol - deletedCols, endCol - startCol, al, false, null);
  47 deletedCols += (endCol - startCol);
  48 startCol = -1;
  49 endCol = -1;
  50 }}
  51 if ($delete && startCol > -1) {
  52 this.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP,  Clazz.newArray (-1, [seqs[s]]), start + startCol - deletedCols, jSize - startCol, al, false, null);
  53 }}
  54 this.performEdit (0, null);
  55 }, "~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");
  56 });