site/j2s/jalview/commands/SlideSequencesCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");\r
   2 Clazz.load (["jalview.commands.EditCommand"], "jalview.commands.SlideSequencesCommand", ["jalview.util.Comparison"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.gapsInsertedBegin = false;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.commands, "SlideSequencesCommand", jalview.commands.EditCommand);\r
   7 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   8 function (description, seqsLeft, seqsRight, slideSize, gapChar) {\r
   9 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.SlideSequencesCommand, []);\r
  10 this.description = description;\r
  11 var lSize = seqsLeft.length;\r
  12 this.gapsInsertedBegin = false;\r
  13 var i;\r
  14 var j;\r
  15 for (i = 0; i < lSize; i++) {\r
  16 for (j = 0; j < slideSize; j++) {\r
  17 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seqsLeft[i].getCharAt (j))) {\r
  18 this.gapsInsertedBegin = true;\r
  19 break;\r
  20 }}\r
  21 }\r
  22 var e = null;\r
  23 if (!this.gapsInsertedBegin) {\r
  24 e = Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar);\r
  25 this.setEdit (e);\r
  26 } else {\r
  27 e = Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar);\r
  28 this.setEdit (e);\r
  29 }jalview.commands.EditCommand.performEdit (e, null);\r
  30 }, "~S,~A,~A,~N,~S");\r
  31 Clazz.defineMethod (c$, "getGapsInsertedBegin", \r
  32 function () {\r
  33 return this.gapsInsertedBegin;\r
  34 });\r
  35 Clazz.defineMethod (c$, "appendSlideCommand", \r
  36 function (command) {\r
  37 var same = false;\r
  38 if (command.getEdit (0).seqs.length == this.getEdit (0).seqs.length) {\r
  39 same = true;\r
  40 for (var i = 0; i < command.getEdit (0).seqs.length; i++) {\r
  41 if (this.getEdit (0).seqs[i] !== command.getEdit (0).seqs[i]) {\r
  42 same = false;\r
  43 }}\r
  44 }if (same) {\r
  45 command.addEdit (this.getEdit (0));\r
  46 }return same;\r
  47 }, "jalview.commands.SlideSequencesCommand");\r
  48 });\r