site/j2s/jalview/commands/SlideSequencesCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");
   2 Clazz.load (["jalview.commands.EditCommand"], "jalview.commands.SlideSequencesCommand", ["jalview.util.Comparison"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.gapsInsertedBegin = false;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.commands, "SlideSequencesCommand", jalview.commands.EditCommand);
   7 Clazz.makeConstructor (c$,
   8 function (description, seqsLeft, seqsRight, slideSize, gapChar) {
   9 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.SlideSequencesCommand, []);
  10 this.description = description;
  11 var lSize = seqsLeft.length;
  12 this.gapsInsertedBegin = false;
  13 var i;
  14 var j;
  15 for (i = 0; i < lSize; i++) {
  16 for (j = 0; j < slideSize; j++) {
  17 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seqsLeft[i].getCharAt (j))) {
  18 this.gapsInsertedBegin = true;
  19 break;
  20 }}
  21 }
  22 var e = null;
  23 if (!this.gapsInsertedBegin) {
  24 e = Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar);
  25 this.setEdit (e);
  26 } else {
  27 e = Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar);
  28 this.setEdit (e);
  29 }jalview.commands.EditCommand.performEdit (e, null);
  30 }, "~S,~A,~A,~N,~S");
  31 Clazz.defineMethod (c$, "getGapsInsertedBegin",
  32 function () {
  33 return this.gapsInsertedBegin;
  34 });
  35 Clazz.defineMethod (c$, "appendSlideCommand",
  36 function (command) {
  37 var same = false;
  38 if (command.getEdit (0).seqs.length == this.getEdit (0).seqs.length) {
  39 same = true;
  40 for (var i = 0; i < command.getEdit (0).seqs.length; i++) {
  41 if (this.getEdit (0).seqs[i] !== command.getEdit (0).seqs[i]) {
  42 same = false;
  43 }}
  44 }if (same) {
  45 command.addEdit (this.getEdit (0));
  46 }return same;
  47 }, "jalview.commands.SlideSequencesCommand");
  48 });