site/j2s/jalview/datamodel/AlignmentView.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.AlignmentView", ["jalview.datamodel.Alignment", "$.CigarArray", "$.ColumnSelection", "$.SeqCigar", "$.SequenceGroup", "jalview.util.MessageManager", "$.ShiftList", "java.lang.Error", "java.util.ArrayList", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.sequences = null;
   5 this.contigs = null;
   6 this.width = 0;
   7 this.firstCol = 0;
   8 this.scGroups = null;
   9 this.$isNa = false;
  10 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.AlignmentView.ScGroup")) {
  11 jalview.datamodel.AlignmentView.$AlignmentView$ScGroup$ ();
  12 }
  13 this.selected = null;
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);
  15 }, jalview.datamodel, "AlignmentView");
  16 Clazz.defineMethod (c$, "isNa",
  17 function () {
  18 return this.$isNa;
  19 });
  20 Clazz.makeConstructor (c$,
  21 function (alignment, columnSelection, selection, hasHiddenColumns, selectedRegionOnly, recordGroups) {
  22 this.construct ( new jalview.datamodel.CigarArray (alignment, (hasHiddenColumns ? columnSelection : null), (selectedRegionOnly ? selection : null)), (selectedRegionOnly && selection != null) ? selection.getStartRes () : 0);
  23 this.$isNa = alignment.isNucleotide ();
  24 var selseqs;
  25 if (selection != null && selection.getSize () > 0) {
  26 var sel = selection.getSequences (null);
  27 this.selected =  new java.util.Vector ();
  28 selseqs = selection.getSequencesInOrder (alignment, selectedRegionOnly);
  29 } else {
  30 selseqs = alignment.getSequencesArray ();
  31 }var seqsets =  new java.util.ArrayList ();
  32 var grps =  new java.util.ArrayList ();
  33 var gg = alignment.getGroups ();
  34 grps.addAll (gg);
  35 var sgrps = null;
  36 var addedgps = null;
  37 if (grps != null) {
  38 if (selection != null && selectedRegionOnly) {
  39 var ssel = selection.getStartRes ();
  40 var esel = selection.getEndRes ();
  41 var isg =  new java.util.ArrayList ();
  42 for (var sg, $sg = grps.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
  43 if (!(sg.getStartRes () > esel || sg.getEndRes () < ssel)) {
  44 if (sg.getStartRes () < ssel) {
  45 sg.setStartRes (ssel);
  46 }if (sg.getEndRes () > esel) {
  47 sg.setEndRes (esel);
  48 }sg.setStartRes (sg.getStartRes () - ssel + 1);
  49 sg.setEndRes (sg.getEndRes () - ssel + 1);
  50 isg.add (sg);
  51 }}
  52 grps = isg;
  53 }sgrps =  new Array (grps.size ());
  54 addedgps =  Clazz.newBooleanArray (grps.size (), false);
  55 for (var g = 0; g < sgrps.length; g++) {
  56 var sg = grps.get (g);
  57 sgrps[g] = Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.AlignmentView.ScGroup, this, null);
  58 sgrps[g].sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sg);
  59 addedgps[g] = false;
  60 seqsets.add (sg.getSequences ());
  61 }
  62 }var csi = 0;
  63 for (var i = 0; i < selseqs.length; i++) {
  64 if (selseqs[i] != null) {
  65 if (selection != null && selection.getSize () > 0 && !selectedRegionOnly) {
  66 this.sequences[csi].setGroupMembership (this.selected);
  67 this.selected.addElement (this.sequences[csi]);
  68 }if (seqsets != null) {
  69 for (var sg = 0; sg < sgrps.length; sg++) {
  70 if ((seqsets.get (sg)).contains (selseqs[i])) {
  71 this.sequences[csi].setGroupMembership (sgrps[sg]);
  72 sgrps[sg].sg.deleteSequence (selseqs[i], false);
  73 sgrps[sg].seqs.addElement (this.sequences[csi]);
  74 if (!addedgps[sg]) {
  75 if (this.scGroups == null) {
  76 this.scGroups =  new java.util.ArrayList ();
  77 }addedgps[sg] = true;
  78 this.scGroups.add (sgrps[sg]);
  79 }}}
  80 }csi++;
  81 }}
  82 for (var sg = 0; sg < sgrps.length; sg++) {
  83 var sqs = sgrps[sg].sg.getSequencesAsArray (null);
  84 for (var si = 0; si < sqs.length; si++) {
  85 sgrps[sg].sg.deleteSequence (sqs[si], false);
  86 }
  87 sgrps[sg] = null;
  88 }
  89 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.SequenceGroup,~B,~B,~B");
  90 Clazz.makeConstructor (c$,
  91 function (seqcigararray) {
  92 if (!seqcigararray.isSeqCigarArray ()) {
  93 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_can_only_make_alignmnet_from_cigararray"));
  94 }this.contigs = seqcigararray.getDeletedRegions ();
  95 this.sequences = seqcigararray.getSeqCigarArray ();
  96 this.width = seqcigararray.getWidth ();
  97 }, "jalview.datamodel.CigarArray");
  98 Clazz.makeConstructor (c$,
  99 function (sdata, firstcol) {
 100 this.construct (sdata);
 101 this.firstCol = firstcol;
 102 }, "jalview.datamodel.CigarArray,~N");
 103 Clazz.defineMethod (c$, "setSequences",
 104 function (sequences) {
 105 this.sequences = sequences;
 106 }, "~A");
 107 Clazz.defineMethod (c$, "setContigs",
 108 function (contigs) {
 109 this.contigs = contigs;
 110 }, "~A");
 111 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences",
 112 function () {
 113 return this.sequences;
 114 });
 115 Clazz.defineMethod (c$, "getContigs",
 116 function () {
 117 return this.contigs;
 118 });
 119 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentAndColumnSelection",
 120 function (gapCharacter) {
 121 var colsel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
 122 return  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.SeqCigar.createAlignmentSequences (this.sequences, gapCharacter, colsel, this.contigs), colsel]);
 123 }, "~S");
 124 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleAlignment",
 125 function (c) {
 126 var aln = this.getVisibleSeqs (c);
 127 var vcal =  new jalview.datamodel.Alignment (aln);
 128 this.addPrunedGroupsInOrder (vcal, -1, -1, true);
 129 return vcal;
 130 }, "~S");
 131 Clazz.defineMethod (c$, "addPrunedGroupsInOrder",
 132  function (vcal, gstart, gend, viscontigs) {
 133 var r = false;
 134 if (gstart > -1 && gstart <= gend) {
 135 r = true;
 136 }var aln = vcal.getSequencesArray ();
 137 {
 138 {
 139 var nvg = (this.scGroups != null) ? this.scGroups.size () : 0;
 140 if (nvg > 0) {
 141 var nsg =  new Array (nvg);
 142 for (var g = 0; g < nvg; g++) {
 143 var sg = this.scGroups.get (g).sg;
 144 if (r) {
 145 if (sg.getStartRes () > gend || sg.getEndRes () < gstart) {
 146 nsg[g] = null;
 147 continue;
 148 }}nsg[g] =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sg);
 149 if (r && !viscontigs) {
 150 if (nsg[g].getStartRes () < gstart) {
 151 nsg[g].setStartRes (0);
 152 } else {
 153 nsg[g].setStartRes (nsg[g].getStartRes () - gstart);
 154 nsg[g].setEndRes (nsg[g].getEndRes () - gstart);
 155 }if (nsg[g].getEndRes () > (gend - gstart)) {
 156 nsg[g].setEndRes (gend - gstart);
 157 }}}
 158 if (viscontigs) {
 159 if (this.contigs != null) {
 160 var p = 0;
 161 var prune =  new jalview.util.ShiftList ();
 162 if (r) {
 163 prune.addShift (gstart, -gstart);
 164 }for (var h = 0; h < this.contigs.length; h += 3) {
 165 {
 166 prune.addShift (p + this.contigs[h + 1], this.contigs[h + 2] - this.contigs[h + 1]);
 167 }p = this.contigs[h + 1] + this.contigs[h + 2];
 168 }
 169 for (var g = 0; g < nsg.length; g++) {
 170 if (nsg[g] != null) {
 171 var s = nsg[g].getStartRes ();
 172 var t = nsg[g].getEndRes ();
 173 var w = 1 + t - s;
 174 if (r) {
 175 if (s < gstart) {
 176 s = gstart;
 177 }if (t > gend) {
 178 t = gend;
 179 }}s = prune.shift (s);
 180 t = prune.shift (t);
 181 nsg[g].setStartRes (s);
 182 nsg[g].setEndRes (t);
 183 }}
 184 }}for (var nsq = 0; nsq < aln.length; nsq++) {
 185 for (var g = 0; g < nvg; g++) {
 186 if (nsg[g] != null && this.sequences[nsq].isMemberOf (this.scGroups.get (g))) {
 187 nsg[g].addSequence (aln[nsq], false);
 188 }}
 189 }
 190 for (var g = 0; g < nvg; g++) {
 191 if (nsg[g] != null && nsg[g].getSize () > 0) {
 192 vcal.addGroup (nsg[g]);
 193 }nsg[g] = null;
 194 }
 195 }}}}, "jalview.datamodel.AlignmentI,~N,~N,~B");
 196 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleSeqs",
 197  function (c) {
 198 var aln =  new Array (this.sequences.length);
 199 for (var i = 0, j = this.sequences.length; i < j; i++) {
 200 aln[i] = this.sequences[i].getSeq ('-');
 201 }
 202 var seqs = this.getSequenceStrings ('-');
 203 for (var i = 0, j = aln.length; i < j; i++) {
 204 aln[i].setSequence (seqs[i]);
 205 }
 206 return aln;
 207 }, "~S");
 208 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigAlignments",
 209 function (c) {
 210 var nvc = 0;
 211 var vcontigs = this.getVisibleContigs ();
 212 var contigviews = this.getVisibleContigs (c);
 213 var vcals =  new Array (contigviews.length);
 214 for (nvc = 0; nvc < contigviews.length; nvc++) {
 215 vcals[nvc] =  new jalview.datamodel.Alignment (contigviews[nvc]);
 216 if (this.scGroups != null && this.scGroups.size () > 0) {
 217 this.addPrunedGroupsInOrder (vcals[nvc], vcontigs[nvc * 2], vcontigs[nvc * 2 + 1], true);
 218 }}
 219 return vcals;
 220 }, "~S");
 221 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceStrings",
 222 function (c) {
 223 var seqs =  new Array (this.sequences.length);
 224 for (var n = 0; n < this.sequences.length; n++) {
 225 var fullseq = this.sequences[n].getSequenceString (c);
 226 if (this.contigs != null) {
 227 seqs[n] = "";
 228 var p = 0;
 229 for (var h = 0; h < this.contigs.length; h += 3) {
 230 seqs[n] += fullseq.substring (p, this.contigs[h + 1]);
 231 p = this.contigs[h + 1] + this.contigs[h + 2];
 232 }
 233 seqs[n] += fullseq.substring (p);
 234 } else {
 235 seqs[n] = fullseq;
 236 }}
 237 return seqs;
 238 }, "~S");
 239 Clazz.defineMethod (c$, "getWidth",
 240 function () {
 241 return this.width;
 242 });
 243 Clazz.defineMethod (c$, "setWidth",
 244 function (width) {
 245 this.width = width;
 246 }, "~N");
 247 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigs",
 248 function (gapCharacter) {
 249 var smsa;
 250 var njobs = 1;
 251 if (this.sequences == null || this.width <= 0) {
 252 return null;
 253 }if (this.contigs != null && this.contigs.length > 0) {
 254 var start = 0;
 255 njobs = 0;
 256 var fwidth = this.width;
 257 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {
 258 if ((this.contigs[contig + 1] - start) > 0) {
 259 njobs++;
 260 }fwidth += this.contigs[contig + 2];
 261 start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];
 262 }
 263 if (start < fwidth) {
 264 njobs++;
 265 }smsa =  new Array (njobs);
 266 start = 0;
 267 var j = 0;
 268 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {
 269 if (this.contigs[contig + 1] - start > 0) {
 270 var mseq =  new Array (this.sequences.length);
 271 for (var s = 0; s < mseq.length; s++) {
 272 mseq[s] = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (start, this.contigs[contig + 1]);
 273 }
 274 smsa[j] = mseq;
 275 j++;
 276 }start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];
 277 }
 278 if (start < fwidth) {
 279 var mseq =  new Array (this.sequences.length);
 280 for (var s = 0; s < mseq.length; s++) {
 281 mseq[s] = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (start, fwidth + 1);
 282 }
 283 smsa[j] = mseq;
 284 j++;
 285 }} else {
 286 smsa =  new Array (1);
 287 smsa[0] =  new Array (this.sequences.length);
 288 for (var s = 0; s < this.sequences.length; s++) {
 289 smsa[0][s] = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter);
 290 }
 291 }return smsa;
 292 }, "~S");
 293 Clazz.defineMethod (c$, "getUpdatedView",
 294 function (nvismsa, orders, gapCharacter) {
 295 if (this.sequences == null || this.width <= 0) {
 296 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.empty_view_cannot_be_updated"));
 297 }if (nvismsa == null) {
 298 throw  new Error ("nvismsa==null. use getAlignmentAndColumnSelection() instead.");
 299 }if (this.contigs != null && this.contigs.length > 0) {
 300 var alignment =  new Array (this.sequences.length);
 301 var columnselection =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
 302 if (this.contigs != null && this.contigs.length > 0) {
 303 var start = 0;
 304 var nwidth = 0;
 305 var owidth = this.width;
 306 var j = 0;
 307 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {
 308 owidth += this.contigs[contig + 2];
 309 if (this.contigs[contig + 1] - start > 0) {
 310 var swidth = 0;
 311 if (nvismsa[j] != null) {
 312 var mseq = nvismsa[j];
 313 var order = (orders == null) ? null : orders[j];
 314 j++;
 315 if (mseq.length != this.sequences.length) {
 316 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (j).toString (), Integer.$valueOf (mseq.length).toString (), Integer.$valueOf (this.sequences.length).toString ()])));
 317 }swidth = mseq[0].getLength ();
 318 for (var s = 0; s < mseq.length; s++) {
 319 if (alignment[s] == null) {
 320 alignment[s] = mseq[s];
 321 } else {
 322 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + mseq[s].getSequenceAsString ());
 323 if (mseq[s].getStart () <= mseq[s].getEnd ()) {
 324 alignment[s].setEnd (mseq[s].getEnd ());
 325 }if (order != null) {
 326 order.updateSequence (mseq[s], alignment[s]);
 327 }}}
 328 } else {
 329 if (true) {
 330 for (var s = 0; s < this.sequences.length; s++) {
 331 var oseq = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (start, this.contigs[contig + 1]);
 332 if (swidth < oseq.getLength ()) {
 333 swidth = oseq.getLength ();
 334 }if (alignment[s] == null) {
 335 alignment[s] = oseq;
 336 } else {
 337 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + oseq.getSequenceAsString ());
 338 if (oseq.getEnd () >= oseq.getStart ()) {
 339 alignment[s].setEnd (oseq.getEnd ());
 340 }}}
 341 }j++;
 342 }nwidth += swidth;
 343 }start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];
 344 for (var s = 0; s < this.sequences.length; s++) {
 345 var hseq = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (this.contigs[contig + 1], start);
 346 if (alignment[s] == null) {
 347 alignment[s] = hseq;
 348 } else {
 349 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + hseq.getSequenceAsString ());
 350 if (hseq.getEnd () >= hseq.getStart ()) {
 351 alignment[s].setEnd (hseq.getEnd ());
 352 }}}
 353 columnselection.hideColumns (nwidth, nwidth + this.contigs[contig + 2] - 1);
 354 nwidth += this.contigs[contig + 2];
 355 }
 356 if (j < nvismsa.length) {
 357 var swidth = 0;
 358 if (nvismsa[j] != null) {
 359 var mseq = nvismsa[j];
 360 var order = (orders != null) ? orders[j] : null;
 361 swidth = mseq[0].getLength ();
 362 for (var s = 0; s < mseq.length; s++) {
 363 if (alignment[s] == null) {
 364 alignment[s] = mseq[s];
 365 } else {
 366 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + mseq[s].getSequenceAsString ());
 367 if (mseq[s].getEnd () >= mseq[s].getStart ()) {
 368 alignment[s].setEnd (mseq[s].getEnd ());
 369 }if (order != null) {
 370 order.updateSequence (mseq[s], alignment[s]);
 371 }}}
 372 } else {
 373 if (start < owidth) {
 374 if (true) {
 375 for (var s = 0; s < this.sequences.length; s++) {
 376 var oseq = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (start, owidth + 1);
 377 if (swidth < oseq.getLength ()) {
 378 swidth = oseq.getLength ();
 379 }if (alignment[s] == null) {
 380 alignment[s] = oseq;
 381 } else {
 382 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + oseq.getSequenceAsString ());
 383 if (oseq.getEnd () >= oseq.getStart ()) {
 384 alignment[s].setEnd (oseq.getEnd ());
 385 }}}
 386 nwidth += swidth;
 387 } else {
 388 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.padding_not_yet_implemented"));
 389 }}}}}return  Clazz.newArray (-1, [alignment, columnselection]);
 390 } else {
 391 if (nvismsa.length != 1) {
 392 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (nvismsa.length).toString ()])));
 393 }if (nvismsa[0] != null) {
 394 return  Clazz.newArray (-1, [nvismsa[0],  new jalview.datamodel.ColumnSelection ()]);
 395 } else {
 396 return this.getAlignmentAndColumnSelection (gapCharacter);
 397 }}}, "~A,~A,~S");
 398 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigs",
 399 function () {
 400 if (this.contigs != null && this.contigs.length > 0) {
 401 var start = 0;
 402 var nvis = 0;
 403 var fwidth = this.width;
 404 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {
 405 if ((this.contigs[contig + 1] - start) > 0) {
 406 nvis++;
 407 }fwidth += this.contigs[contig + 2];
 408 start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];
 409 }
 410 if (start < fwidth) {
 411 nvis++;
 412 }var viscontigs =  Clazz.newIntArray (nvis * 2, 0);
 413 nvis = 0;
 414 start = 0;
 415 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {
 416 if ((this.contigs[contig + 1] - start) > 0) {
 417 viscontigs[nvis] = start;
 418 viscontigs[nvis + 1] = this.contigs[contig + 1] - 1;
 419 nvis += 2;
 420 }start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];
 421 }
 422 if (start < fwidth) {
 423 viscontigs[nvis] = start;
 424 viscontigs[nvis + 1] = fwidth;
 425 nvis += 2;
 426 }return viscontigs;
 427 } else {
 428 return  Clazz.newIntArray (-1, [0, this.width]);
 429 }});
 430 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentOrigin",
 431 function () {
 432 return this.firstCol;
 433 });
 434 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigMapFor",
 435 function (gapMap) {
 436 var delMap = null;
 437 var viscontigs = this.getVisibleContigs ();
 438 var spos = 0;
 439 var i = 0;
 440 if (viscontigs != null) {
 441 delMap =  Clazz.newIntArray (gapMap.length, 0);
 442 for (var contig = 0; contig < viscontigs.length; contig += 2) {
 443 while (spos < gapMap.length && gapMap[spos] < viscontigs[contig]) {
 444 spos++;
 445 }
 446 while (spos < gapMap.length && gapMap[spos] <= viscontigs[contig + 1]) {
 447 delMap[i++] = spos++;
 448 }
 449 }
 450 var tmap =  Clazz.newIntArray (i, 0);
 451 System.arraycopy (delMap, 0, tmap, 0, i);
 452 delMap = tmap;
 453 }return delMap;
 454 }, "~A");
 455 Clazz.defineMethod (c$, "getEditedSequences",
 456 function (gc, $delete) {
 457 var msf = this.getSequences ();
 458 var aln =  new Array (msf.length);
 459 for (var i = 0, j = msf.length; i < j; i++) {
 460 aln[i] = msf[i].getSeq (gc);
 461 }
 462 if ($delete) {
 463 var sqs = this.getSequenceStrings (gc);
 464 for (var i = 0; i < sqs.length; i++) {
 465 aln[i].setSequence (sqs[i]);
 466 sqs[i] = null;
 467 }
 468 }return aln;
 469 }, "~S,~B");
 470 c$.summariseAlignmentView = Clazz.defineMethod (c$, "summariseAlignmentView",
 471 function (view, os) {
 472 os.print ("View has " + view.sequences.length + " of which ");
 473 if (view.selected == null) {
 474 os.print ("None");
 475 } else {
 476 os.print (" " + view.selected.size ());
 477 }os.println (" are selected.");
 478 os.print ("View is " + view.getWidth () + " columns wide");
 479 var viswid = 0;
 480 var contigs = view.getContigs ();
 481 if (contigs != null) {
 482 viswid = view.width;
 483 for (var i = 0; i < contigs.length; i += 3) {
 484 viswid += contigs[i + 2];
 485 }
 486 os.println ("with " + viswid + " visible columns spread over " + Clazz.doubleToInt (contigs.length / 3) + " regions.");
 487 } else {
 488 viswid = view.width;
 489 os.println (".");
 490 }if (view.scGroups != null) {
 491 os.println ("There are " + view.scGroups.size () + " groups defined on the view.");
 492 for (var g = 0; g < view.scGroups.size (); g++) {
 493 var sgr = view.scGroups.get (g);
 494 os.println ("Group " + g + ": Name = " + sgr.sg.getName () + " Contains " + sgr.seqs.size () + " Seqs.");
 495 os.println ("This group runs from " + sgr.sg.getStartRes () + " to " + sgr.sg.getEndRes ());
 496 for (var s = 0; s < sgr.seqs.size (); s++) {
 497 if (!(sgr.seqs.elementAt (s)).isMemberOf (sgr)) {
 498 os.println ("** WARNING: sequence " + (sgr.seqs.elementAt (s)).toString () + " is not marked as member of group.");
 499 }}
 500 }
 501 var visal = view.getVisibleAlignment ('-');
 502 if (visal != null) {
 503 os.println ("Vis. alignment is " + visal.getWidth () + " wide and has " + visal.getHeight () + " seqs.");
 504 if (visal.getGroups () != null && visal.getGroups ().size () > 0) {
 505 var i = 1;
 506 for (var sg, $sg = visal.getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 507 os.println ("Group " + (i++) + " begins at column " + sg.getStartRes () + " and ends at " + sg.getEndRes ());
 508 }
 509 }}}}, "jalview.datamodel.AlignmentView,java.io.PrintStream");
 510 c$.testSelectionViews = Clazz.defineMethod (c$, "testSelectionViews",
 511 function (alignment, csel, selection) {
 512 System.out.println ("Testing standard view creation:\n");
 513 var view = null;
 514 try {
 515 System.out.println ("View with no hidden columns, no limit to selection, no groups to be collected:");
 516 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, false, false, false);
 517 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);
 518 } catch (e) {
 519 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 520 e.printStackTrace ();
 521 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection but no groups marked.");
 522 } else {
 523 throw e;
 524 }
 525 }
 526 try {
 527 System.out.println ("View with no hidden columns, no limit to selection, and all groups to be collected:");
 528 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, false, false, true);
 529 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);
 530 } catch (e) {
 531 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 532 e.printStackTrace ();
 533 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection marked but no groups marked.");
 534 } else {
 535 throw e;
 536 }
 537 }
 538 try {
 539 System.out.println ("View with no hidden columns, limited to selection and no groups to be collected:");
 540 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, false, true, false);
 541 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);
 542 } catch (e) {
 543 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 544 e.printStackTrace ();
 545 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection restricted but no groups marked.");
 546 } else {
 547 throw e;
 548 }
 549 }
 550 try {
 551 System.out.println ("View with no hidden columns, limited to selection, and all groups to be collected:");
 552 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, false, true, true);
 553 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);
 554 } catch (e) {
 555 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 556 e.printStackTrace ();
 557 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection restricted and groups marked.");
 558 } else {
 559 throw e;
 560 }
 561 }
 562 try {
 563 System.out.println ("View *with* hidden columns, no limit to selection, no groups to be collected:");
 564 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, true, false, false);
 565 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);
 566 } catch (e) {
 567 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 568 e.printStackTrace ();
 569 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection but no groups marked.");
 570 } else {
 571 throw e;
 572 }
 573 }
 574 try {
 575 System.out.println ("View *with* hidden columns, no limit to selection, and all groups to be collected:");
 576 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, true, false, true);
 577 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);
 578 } catch (e) {
 579 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 580 e.printStackTrace ();
 581 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection marked but no groups marked.");
 582 } else {
 583 throw e;
 584 }
 585 }
 586 try {
 587 System.out.println ("View *with* hidden columns, limited to selection and no groups to be collected:");
 588 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, true, true, false);
 589 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);
 590 } catch (e) {
 591 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 592 e.printStackTrace ();
 593 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection restricted but no groups marked.");
 594 } else {
 595 throw e;
 596 }
 597 }
 598 try {
 599 System.out.println ("View *with* hidden columns, limited to selection, and all groups to be collected:");
 600 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, true, true, true);
 601 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);
 602 } catch (e) {
 603 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 604 e.printStackTrace ();
 605 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection restricted and groups marked.");
 606 } else {
 607 throw e;
 608 }
 609 }
 610 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.SequenceGroup");
 611 c$.$AlignmentView$ScGroup$ = function () {
 612 Clazz.pu$h(self.c$);
 613 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 614 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 615 this.seqs = null;
 616 this.sg = null;
 617 Clazz.instantialize (this, arguments);
 618 }, jalview.datamodel.AlignmentView, "ScGroup");
 619 Clazz.makeConstructor (c$,
 620 function () {
 621 this.seqs =  new java.util.Vector ();
 622 });
 623 c$ = Clazz.p0p ();
 624 };
 625 });