site/j2s/jalview/datamodel/CigarBase.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.CigarBase", ["jalview.util.MessageManager", "java.lang.Error", "$.Exception", "$.StringBuffer", "java.util.Vector", "JU.AU"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.length = 0;\r
   5 this._inc_length = 10;\r
   6 this.operation = null;\r
   7 this.range = null;\r
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   9 }, jalview.datamodel, "CigarBase");\r
  10 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  11 function () {\r
  12 });\r
  13 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceAndDeletions", \r
  14 function (reference, GapChar) {\r
  15 var rlength = 0;\r
  16 var deletions = JU.AU.newInt2 (this.length);\r
  17 var trunc_deletions = null;\r
  18 var sq =  new StringBuffer ();\r
  19 var cursor = 0;\r
  20 var alcursor = 0;\r
  21 var start = 0;\r
  22 var startpos = 0;\r
  23 var end = 0;\r
  24 var endpos = 0;\r
  25 var delcount = -1;\r
  26 var consecutive_del = false;\r
  27 if (this.length == 0) {\r
  28 return null;\r
  29 }if (reference != null) {\r
  30 rlength = reference.length;\r
  31 }var modstart = true;\r
  32 for (var i = 0; i < this.length; i++) {\r
  33 switch (this.operation[i]) {\r
  34 case 'D':\r
  35 if (!consecutive_del) {\r
  36 deletions[++delcount] =  Clazz.newIntArray (-1, [cursor, 0, alcursor]);\r
  37 }cursor += this.range[i];\r
  38 deletions[delcount][1] = cursor - 1;\r
  39 consecutive_del = true;\r
  40 break;\r
  41 case 'I':\r
  42 consecutive_del = false;\r
  43 for (var r = 0; r < this.range[i]; r++) {\r
  44 sq.append (GapChar);\r
  45 alcursor++;\r
  46 }\r
  47 break;\r
  48 case 'M':\r
  49 consecutive_del = false;\r
  50 if (modstart) {\r
  51 start = cursor;\r
  52 startpos = alcursor;\r
  53 modstart = false;\r
  54 }if (reference != null) {\r
  55 var sbend = cursor + this.range[i];\r
  56 if (sbend > rlength) {\r
  57 sq.append (reference.substring (cursor, rlength));\r
  58 while (sbend-- >= rlength) {\r
  59 sq.append (GapChar);\r
  60 }\r
  61 } else {\r
  62 sq.append (reference.substring (cursor, sbend));\r
  63 }}alcursor += this.range[i];\r
  64 cursor += this.range[i];\r
  65 end = cursor - 1;\r
  66 endpos = alcursor;\r
  67 break;\r
  68 default:\r
  69 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.unknown_seq_cigar_operation",  Clazz.newArray (-1, [ new StringBuffer (this.operation[i].charCodeAt (0)).toString ()])));\r
  70 }\r
  71 }\r
  72 if (++delcount > 0) {\r
  73 trunc_deletions =  Clazz.newIntArray (delcount, 0);\r
  74 System.arraycopy (deletions, 0, trunc_deletions, 0, delcount);\r
  75 }deletions = null;\r
  76 return  Clazz.newArray (-1, [((reference != null) ? sq.toString () : null),  Clazz.newIntArray (-1, [start, startpos, end, endpos]), trunc_deletions]);\r
  77 }, "~S,~S");\r
  78 Clazz.defineMethod (c$, "compact_operations", \r
  79 function () {\r
  80 var i = 1;\r
  81 if (this.operation == null) {\r
  82 return;\r
  83 }var last = this.operation[0];\r
  84 while (i < this.length) {\r
  85 if (last == this.operation[i]) {\r
  86 this.range[i - 1] += this.range[i];\r
  87 var r = this.length - i;\r
  88 if (r > 0) {\r
  89 System.arraycopy (this.range, i + 1, this.range, i, r);\r
  90 System.arraycopy (this.operation, i + 1, this.operation, i, r);\r
  91 }this.length--;\r
  92 } else {\r
  93 last = this.operation[i++];\r
  94 }}\r
  95 });\r
  96 c$.parseCigarString = Clazz.defineMethod (c$, "parseCigarString", \r
  97 function (cigarString) {\r
  98 var ops = 0;\r
  99 for (var i = 0, l = cigarString.length; i < l; i++) {\r
 100 var c = cigarString.charAt (i);\r
 101 if (c == 'M' || c.charCodeAt (0) == (45) || c == 'I' || c.charCodeAt (0) == (41) || c == 'D' || c.charCodeAt (0) == (36)) {\r
 102 ops++;\r
 103 }}\r
 104 var operation =  Clazz.newCharArray (ops, '\0');\r
 105 var range =  Clazz.newIntArray (ops, 0);\r
 106 var op = 0;\r
 107 var i = 0;\r
 108 var l = cigarString.length;\r
 109 while (i < l) {\r
 110 var c;\r
 111 var j = i;\r
 112 do {\r
 113 c = cigarString.charAt (j++);\r
 114 } while (c >= '0' && c <= '9' && j < l);\r
 115 if (j >= l && c >= '0' && c <= '9') {\r
 116 throw  new Exception (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.unterminated_cigar_string"));\r
 117 }try {\r
 118 var rangeint = cigarString.substring (i, j - 1);\r
 119 range[op] = Integer.parseInt (rangeint);\r
 120 i = j;\r
 121 } catch (e) {\r
 122 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 123 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_bug_parse_cigar_string"));\r
 124 } else {\r
 125 throw e;\r
 126 }\r
 127 }\r
 128 if (c >= 'a' && c <= 'z') {\r
 129 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - 32);\r
 130 }if ((c == 'M' || c == 'I' || c == 'D')) {\r
 131 operation[op++] = c;\r
 132 } else {\r
 133 throw  new Exception (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.unexpected_operation_cigar_string_pos",  Clazz.newArray (-1, [ new StringBuffer (c.charCodeAt (0)).toString (), Integer.$valueOf (i).toString (), cigarString])));\r
 134 }}\r
 135 return  Clazz.newArray (-1, [operation, range]);\r
 136 }, "~S");\r
 137 Clazz.defineMethod (c$, "addOperation", \r
 138 function (op, range) {\r
 139 if (op >= 'a' && op <= 'z') {\r
 140 op = String.fromCharCode (op.charCodeAt (0) - 32);\r
 141 }if (op != 'M' && op != 'D' && op != 'I') {\r
 142 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_invalid_operation_string"));\r
 143 }if (range == 0) {\r
 144 return;\r
 145 }if (range < 0) {\r
 146 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.invalid_range_string"));\r
 147 }var lngth = 0;\r
 148 if (this.operation == null) {\r
 149 this.operation =  Clazz.newCharArray (this._inc_length, '\0');\r
 150 this.range =  Clazz.newIntArray (this._inc_length, 0);\r
 151 }if (this.length + 1 == this.operation.length) {\r
 152 var ops = this.operation;\r
 153 this.operation =  Clazz.newCharArray (this.length + 1 + this._inc_length, '\0');\r
 154 System.arraycopy (ops, 0, this.operation, 0, this.length);\r
 155 ops = null;\r
 156 var rng = this.range;\r
 157 this.range =  Clazz.newIntArray (this.length + 1 + this._inc_length, 0);\r
 158 System.arraycopy (rng, 0, this.range, 0, this.length);\r
 159 rng = null;\r
 160 }if ((this.length > 0) && (this.operation[this.length - 1] == op)) {\r
 161 this.length--;\r
 162 } else {\r
 163 this.range[this.length] = 0;\r
 164 }this.operation[this.length] = op;\r
 165 this.range[this.length++] += range;\r
 166 }, "~S,~N");\r
 167 Clazz.defineMethod (c$, "deleteRange", \r
 168 function (start, end) {\r
 169 var deleted = 0;\r
 170 if (this.length == 0) {\r
 171 return deleted;\r
 172 }if (start < 0 || start > end) {\r
 173 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds"));\r
 174 }var cursor = 0;\r
 175 var rlength = 1 + end - start;\r
 176 var oldlen = this.length;\r
 177 var o = 0;\r
 178 var editing = false;\r
 179 var oldops = this.operation;\r
 180 var oldrange = this.range;\r
 181 this.length = 0;\r
 182 this.operation = null;\r
 183 this.range = null;\r
 184 this.compact_operations ();\r
 185 while (o < oldlen && cursor <= end && rlength > 0) {\r
 186 if (oldops[o] == 'D') {\r
 187 this.addDeleted (oldrange[o++]);\r
 188 continue;\r
 189 }var remain = oldrange[o];\r
 190 if (!editing) {\r
 191 if ((cursor + remain) <= start) {\r
 192 this.addOperation (oldops[o], oldrange[o]);\r
 193 cursor += oldrange[o++];\r
 194 continue;\r
 195 }editing = true;\r
 196 if (start - cursor > 0) {\r
 197 this.addOperation (oldops[o], start - cursor);\r
 198 remain -= start - cursor;\r
 199 }}if (o < oldlen && editing && rlength > 0 && remain > 0) {\r
 200 switch (oldops[o]) {\r
 201 case 'M':\r
 202 if (rlength > remain) {\r
 203 this.addDeleted (remain);\r
 204 deleted += remain;\r
 205 } else {\r
 206 deleted += rlength;\r
 207 this.addDeleted (rlength);\r
 208 if (remain - rlength > 0) {\r
 209 this.addOperation ('M', remain - rlength);\r
 210 }rlength = 0;\r
 211 remain = 0;\r
 212 }break;\r
 213 case 'I':\r
 214 if (remain - rlength > 0) {\r
 215 this.addInsertion (remain - rlength);\r
 216 rlength = 0;\r
 217 }break;\r
 218 case 'D':\r
 219 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error"));\r
 220 default:\r
 221 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_unknown_operation",  Clazz.newArray (-1, [ new StringBuffer (oldops[o].charCodeAt (0)).toString ()])));\r
 222 }\r
 223 rlength -= remain;\r
 224 remain = oldrange[++o];\r
 225 }}\r
 226 while (o < oldlen) {\r
 227 this.addOperation (oldops[o], oldrange[o++]);\r
 228 }\r
 229 return deleted;\r
 230 }, "~N,~N");\r
 231 Clazz.defineMethod (c$, "hasDeletedRegions", \r
 232 function () {\r
 233 for (var i = 0; i < this.length; i++) {\r
 234 if (this.operation[i] == 'D') {\r
 235 return true;\r
 236 }}\r
 237 return false;\r
 238 });\r
 239 Clazz.defineMethod (c$, "getDeletedRegions", \r
 240 function () {\r
 241 if (this.length == 0) {\r
 242 return null;\r
 243 }var dr =  new java.util.Vector ();\r
 244 var cursor = 0;\r
 245 var vcursor = 0;\r
 246 for (var i = 0; i < this.length; i++) {\r
 247 switch (this.operation[i]) {\r
 248 case 'M':\r
 249 cursor += this.range[i];\r
 250 case 'I':\r
 251 vcursor += this.range[i];\r
 252 break;\r
 253 case 'D':\r
 254 dr.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [vcursor, cursor, this.range[i]]));\r
 255 cursor += this.range[i];\r
 256 }\r
 257 }\r
 258 if (dr.size () == 0) {\r
 259 return null;\r
 260 }var delregions =  Clazz.newIntArray (dr.size () * 3, 0);\r
 261 for (var i = 0, l = dr.size (); i < l; i++) {\r
 262 var reg = dr.elementAt (i);\r
 263 delregions[i * 3] = reg[0];\r
 264 delregions[i * 3 + 1] = reg[1];\r
 265 delregions[i * 3 + 2] = reg[2];\r
 266 }\r
 267 return delregions;\r
 268 });\r
 269 Clazz.defineMethod (c$, "getFullWidth", \r
 270 function () {\r
 271 var w = 0;\r
 272 if (this.range != null) {\r
 273 for (var i = 0; i < this.length; i++) {\r
 274 w += this.range[i];\r
 275 }\r
 276 }return w;\r
 277 });\r
 278 Clazz.defineMethod (c$, "getWidth", \r
 279 function () {\r
 280 var w = 0;\r
 281 if (this.range != null) {\r
 282 for (var i = 0; i < this.length; i++) {\r
 283 if (this.operation[i] == 'M' || this.operation[i] == 'I') {\r
 284 w += this.range[i];\r
 285 }}\r
 286 }return w;\r
 287 });\r
 288 Clazz.defineMethod (c$, "addInsertion", \r
 289 function (range) {\r
 290 this.addOperation ('I', range);\r
 291 }, "~N");\r
 292 Clazz.defineMethod (c$, "addDeleted", \r
 293 function (range) {\r
 294 this.addOperation ('D', range);\r
 295 }, "~N");\r
 296 Clazz.defineMethod (c$, "getCigarstring", \r
 297 function () {\r
 298 var cigarString =  new StringBuffer ();\r
 299 for (var i = 0; i < this.length; i++) {\r
 300 cigarString.append ("" + this.range[i]);\r
 301 cigarString.append (this.operation[i]);\r
 302 }\r
 303 return cigarString.toString ();\r
 304 });\r
 305 Clazz.defineStatics (c$,\r
 306 "D", 'D',\r
 307 "I", 'I',\r
 308 "M", 'M',\r
 309 "_case_shift", String.fromCharCode (32));\r
 310 });\r