site/j2s/jalview/datamodel/ColumnSelection.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["java.util.Vector"], "jalview.datamodel.ColumnSelection", ["jalview.util.ShiftList", "jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter", "java.lang.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.Collections"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.selected = null;
   5 this.hiddenColumns = null;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.datamodel, "ColumnSelection");
   8 Clazz.prepareFields (c$, function () {
   9 this.selected =  new java.util.Vector ();
  10 });
  11 Clazz.defineMethod (c$, "addElement",
  12 function (col) {
  13 var column =  new Integer (col);
  14 if (!this.selected.contains (column)) {
  15 this.selected.addElement (column);
  16 }}, "~N");
  17 Clazz.defineMethod (c$, "clear",
  18 function () {
  19 this.selected.removeAllElements ();
  20 });
  21 Clazz.defineMethod (c$, "removeElement",
  22 function (col) {
  23 var colInt =  new Integer (col);
  24 if (this.selected.contains (colInt)) {
  25 this.selected.removeElement (colInt);
  26 }}, "~N");
  27 Clazz.defineMethod (c$, "removeElements",
  28 function (start, end) {
  29 var colInt;
  30 for (var i = start; i < end; i++) {
  31 colInt =  new Integer (i);
  32 if (this.selected.contains (colInt)) {
  33 this.selected.removeElement (colInt);
  34 }}
  35 }, "~N,~N");
  36 Clazz.defineMethod (c$, "getSelected",
  37 function () {
  38 return this.selected;
  39 });
  40 Clazz.defineMethod (c$, "contains",
  41 function (col) {
  42 return this.selected.contains ( new Integer (col));
  43 }, "~N");
  44 Clazz.defineMethod (c$, "columnAt",
  45 function (i) {
  46 return this.selected.elementAt (i).intValue ();
  47 }, "~N");
  48 Clazz.defineMethod (c$, "size",
  49 function () {
  50 return this.selected.size ();
  51 });
  52 Clazz.defineMethod (c$, "getMax",
  53 function () {
  54 var max = -1;
  55 for (var i = 0; i < this.selected.size (); i++) {
  56 if (this.columnAt (i) > max) {
  57 max = this.columnAt (i);
  58 }}
  59 return max;
  60 });
  61 Clazz.defineMethod (c$, "getMin",
  62 function () {
  63 var min = 1000000000;
  64 for (var i = 0; i < this.selected.size (); i++) {
  65 if (this.columnAt (i) < min) {
  66 min = this.columnAt (i);
  67 }}
  68 return min;
  69 });
  70 Clazz.defineMethod (c$, "compensateForEdit",
  71 function (start, change) {
  72 var deletedHiddenColumns = null;
  73 for (var i = 0; i < this.size (); i++) {
  74 var temp = this.columnAt (i);
  75 if (temp >= start) {
  76 this.selected.setElementAt ( new Integer (temp - change), i);
  77 }}
  78 if (this.hiddenColumns != null) {
  79 deletedHiddenColumns =  new java.util.ArrayList ();
  80 var hSize = this.hiddenColumns.size ();
  81 for (var i = 0; i < hSize; i++) {
  82 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);
  83 if (region[0] > start && start + change > region[1]) {
  84 deletedHiddenColumns.add (region);
  85 this.hiddenColumns.removeElementAt (i);
  86 i--;
  87 hSize--;
  88 continue;
  89 }if (region[0] > start) {
  90 region[0] -= change;
  91 region[1] -= change;
  92 }if (region[0] < 0) {
  93 region[0] = 0;
  94 }}
  95 this.revealHiddenColumns (0);
  96 }return deletedHiddenColumns;
  97 }, "~N,~N");
  98 Clazz.defineMethod (c$, "compensateForDelEdits",
  99  function (start, change) {
 100 for (var i = 0; i < this.size (); i++) {
 101 var temp = this.columnAt (i);
 102 if (temp >= start) {
 103 this.selected.setElementAt ( new Integer (temp - change), i);
 104 }}
 105 if (this.hiddenColumns != null) {
 106 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {
 107 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);
 108 if (region[0] >= start) {
 109 region[0] -= change;
 110 }if (region[1] >= start) {
 111 region[1] -= change;
 112 }if (region[1] < region[0]) {
 113 this.hiddenColumns.removeElementAt (i--);
 114 }if (region[0] < 0) {
 115 region[0] = 0;
 116 }if (region[1] < 0) {
 117 region[1] = 0;
 118 }}
 119 }}, "~N,~N");
 120 Clazz.defineMethod (c$, "compensateForEdits",
 121 function (shiftrecord) {
 122 if (shiftrecord != null) {
 123 var shifts = shiftrecord.getShifts ();
 124 if (shifts != null && shifts.size () > 0) {
 125 var shifted = 0;
 126 for (var i = 0, j = shifts.size (); i < j; i++) {
 127 var sh = shifts.get (i);
 128 this.compensateForDelEdits (shifted + sh[0], sh[1]);
 129 shifted -= sh[1];
 130 }
 131 }return shiftrecord.getInverse ();
 132 }return null;
 133 }, "jalview.util.ShiftList");
 134 Clazz.defineMethod (c$, "pruneIntervalVector",
 135  function (shifts, intervals) {
 136 var pruned = false;
 137 var i = 0;
 138 var j = intervals.size () - 1;
 139 var s = 0;
 140 var t = shifts.size () - 1;
 141 var hr = intervals.elementAt (i);
 142 var sr = shifts.get (s);
 143 while (i <= j && s <= t) {
 144 var trailinghn = hr[1] >= sr[0];
 145 if (!trailinghn) {
 146 if (i < j) {
 147 hr = intervals.elementAt (++i);
 148 } else {
 149 i++;
 150 }continue;
 151 }var endshift = sr[0] + sr[1];
 152 if (endshift < hr[0] || endshift < sr[0]) {
 153 if (s < t) {
 154 sr = shifts.get (++s);
 155 } else {
 156 s++;
 157 }continue;
 158 }var leadinghn = hr[0] >= sr[0];
 159 var leadinghc = hr[0] < endshift;
 160 var trailinghc = hr[1] < endshift;
 161 if (leadinghn) {
 162 if (trailinghc) {
 163 intervals.removeElementAt (i);
 164 pruned = true;
 165 j--;
 166 if (i <= j) {
 167 hr = intervals.elementAt (i);
 168 }continue;
 169 }if (leadinghc) {
 170 hr[0] = endshift;
 171 leadinghn = !leadinghn;
 172 pruned = true;
 173 }}if (!leadinghn) {
 174 if (trailinghc) {
 175 if (trailinghn) {
 176 hr[1] = sr[0] - 1;
 177 pruned = true;
 178 }} else {
 179 if (s < t) {
 180 sr = shifts.get (++s);
 181 } else {
 182 s++;
 183 }continue;
 184 }}}
 185 return pruned;
 186 }, "java.util.List,java.util.Vector");
 187 Clazz.defineMethod (c$, "pruneColumnList",
 188  function (shifts, list) {
 189 var s = 0;
 190 var t = shifts.size ();
 191 var sr = shifts.get (s++);
 192 var pruned = false;
 193 var i = 0;
 194 var j = list.size ();
 195 while (i < j && s <= t) {
 196 var c = list.elementAt (i++).intValue ();
 197 if (sr[0] <= c) {
 198 if (sr[1] + sr[0] >= c) {
 199 list.removeElementAt (--i);
 200 j--;
 201 } else {
 202 if (s < t) {
 203 sr = shifts.get (s);
 204 }s++;
 205 }}}
 206 return pruned;
 207 }, "java.util.List,java.util.Vector");
 208 Clazz.defineMethod (c$, "pruneDeletions",
 209 function (deletions) {
 210 if (deletions != null) {
 211 var shifts = deletions.getShifts ();
 212 if (shifts != null && shifts.size () > 0) {
 213 if (this.hiddenColumns != null) {
 214 this.pruneIntervalVector (shifts, this.hiddenColumns);
 215 if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () == 0) {
 216 this.hiddenColumns = null;
 217 }}if (this.selected != null && this.selected.size () > 0) {
 218 this.pruneColumnList (shifts, this.selected);
 219 if (this.selected != null && this.selected.size () == 0) {
 220 this.selected = null;
 221 }}this.compensateForEdits (deletions);
 222 }}}, "jalview.util.ShiftList");
 223 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenColumns",
 224 function () {
 225 return this.hiddenColumns == null ? java.util.Collections.emptyList () : this.hiddenColumns;
 226 });
 227 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForHiddenColumns",
 228 function (column) {
 229 var result = column;
 230 if (this.hiddenColumns != null) {
 231 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {
 232 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);
 233 if (result >= region[0]) {
 234 result += region[1] - region[0] + 1;
 235 }}
 236 }return result;
 237 }, "~N");
 238 Clazz.defineMethod (c$, "findColumnPosition",
 239 function (hiddenColumn) {
 240 var result = hiddenColumn;
 241 if (this.hiddenColumns != null) {
 242 var index = 0;
 243 var region;
 244 do {
 245 region = this.hiddenColumns.elementAt (index++);
 246 if (hiddenColumn > region[1]) {
 247 result -= region[1] + 1 - region[0];
 248 }} while ((hiddenColumn > region[1]) && (index < this.hiddenColumns.size ()));
 249 if (hiddenColumn > region[0] && hiddenColumn < region[1]) {
 250 return region[0] + hiddenColumn - result;
 251 }}return result;
 252 }, "~N");
 253 Clazz.defineMethod (c$, "findHiddenRegionPosition",
 254 function (hiddenRegion) {
 255 var result = 0;
 256 if (this.hiddenColumns != null) {
 257 var index = 0;
 258 var gaps = 0;
 259 do {
 260 var region = this.hiddenColumns.elementAt (index);
 261 if (hiddenRegion == 0) {
 262 return region[0];
 263 }gaps += region[1] + 1 - region[0];
 264 result = region[1] + 1;
 265 index++;
 266 } while (index < hiddenRegion + 1);
 267 result -= gaps;
 268 }return result;
 269 }, "~N");
 270 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenBoundaryRight",
 271 function (alPos) {
 272 if (this.hiddenColumns != null) {
 273 var index = 0;
 274 do {
 275 var region = this.hiddenColumns.elementAt (index);
 276 if (alPos < region[0]) {
 277 return region[0];
 278 }index++;
 279 } while (index < this.hiddenColumns.size ());
 280 }return alPos;
 281 }, "~N");
 282 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenBoundaryLeft",
 283 function (alPos) {
 284 if (this.hiddenColumns != null) {
 285 var index = this.hiddenColumns.size () - 1;
 286 do {
 287 var region = this.hiddenColumns.elementAt (index);
 288 if (alPos > region[1]) {
 289 return region[1];
 290 }index--;
 291 } while (index > -1);
 292 }return alPos;
 293 }, "~N");
 294 Clazz.defineMethod (c$, "hideSelectedColumns",
 295 function () {
 296 while (this.size () > 0) {
 297 var column = this.getSelected ().firstElement ().intValue ();
 298 this.hideColumns (column);
 299 }
 300 });
 301 Clazz.defineMethod (c$, "hideColumns",
 302 function (start, end) {
 303 if (this.hiddenColumns == null) {
 304 this.hiddenColumns =  new java.util.Vector ();
 305 }var added = false;
 306 var overlap = false;
 307 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {
 308 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);
 309 if (start <= region[1] && end >= region[0]) {
 310 this.hiddenColumns.removeElementAt (i);
 311 overlap = true;
 312 break;
 313 } else if (end < region[0] && start < region[0]) {
 314 this.hiddenColumns.insertElementAt ( Clazz.newIntArray (-1, [start, end]), i);
 315 added = true;
 316 break;
 317 }}
 318 if (overlap) {
 319 this.hideColumns (start, end);
 320 } else if (!added) {
 321 this.hiddenColumns.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [start, end]));
 322 }}, "~N,~N");
 323 Clazz.defineMethod (c$, "hideColumns",
 324 function (col) {
 325 var min = col;
 326 var max = col + 1;
 327 while (this.contains (min)) {
 328 this.removeElement (min);
 329 min--;
 330 }
 331 while (this.contains (max)) {
 332 this.removeElement (max);
 333 max++;
 334 }
 335 min++;
 336 max--;
 337 if (min > max) {
 338 min = max;
 339 }this.hideColumns (min, max);
 340 }, "~N");
 341 Clazz.defineMethod (c$, "revealAllHiddenColumns",
 342 function () {
 343 if (this.hiddenColumns != null) {
 344 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {
 345 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);
 346 for (var j = region[0]; j < region[1] + 1; j++) {
 347 this.addElement (j);
 348 }
 349 }
 350 }this.hiddenColumns = null;
 351 });
 352 Clazz.defineMethod (c$, "revealHiddenColumns",
 353 function (res) {
 354 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {
 355 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);
 356 if (res == region[0]) {
 357 for (var j = region[0]; j < region[1] + 1; j++) {
 358 this.addElement (j);
 359 }
 360 this.hiddenColumns.removeElement (region);
 361 break;
 362 }}
 363 if (this.hiddenColumns.size () == 0) {
 364 this.hiddenColumns = null;
 365 }}, "~N");
 366 Clazz.defineMethod (c$, "isVisible",
 367 function (column) {
 368 if (this.hiddenColumns != null) {
 369 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {
 370 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);
 371 if (column >= region[0] && column <= region[1]) {
 372 return false;
 373 }}
 374 }return true;
 375 }, "~N");
 376 Clazz.makeConstructor (c$,
 377 function (copy) {
 378 if (copy != null) {
 379 if (copy.selected != null) {
 380 this.selected =  new java.util.Vector ();
 381 for (var i = 0, j = copy.selected.size (); i < j; i++) {
 382 this.selected.addElement (copy.selected.elementAt (i));
 383 }
 384 }if (copy.hiddenColumns != null) {
 385 this.hiddenColumns =  new java.util.Vector (copy.hiddenColumns.size ());
 386 for (var i = 0, j = copy.hiddenColumns.size (); i < j; i++) {
 387 var rh;
 388 var cp;
 389 rh = copy.hiddenColumns.elementAt (i);
 390 if (rh != null) {
 391 cp =  Clazz.newIntArray (rh.length, 0);
 392 System.arraycopy (rh, 0, cp, 0, rh.length);
 393 this.hiddenColumns.addElement (cp);
 394 }}
 395 }}}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");
 396 Clazz.makeConstructor (c$,
 397 function () {
 398 });
 399 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleSequenceStrings",
 400 function (start, end, seqs) {
 401 var i;
 402 var iSize = seqs.length;
 403 var selection =  new Array (iSize);
 404 if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0) {
 405 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 406 var visibleSeq =  new StringBuffer ();
 407 var regions = this.getHiddenColumns ();
 408 var blockStart = start;
 409 var blockEnd = end;
 410 var region;
 411 var hideStart;
 412 var hideEnd;
 413 for (var j = 0; j < regions.size (); j++) {
 414 region = regions.get (j);
 415 hideStart = region[0];
 416 hideEnd = region[1];
 417 if (hideStart < start) {
 418 continue;
 419 }blockStart = Math.min (blockStart, hideEnd + 1);
 420 blockEnd = Math.min (blockEnd, hideStart);
 421 if (blockStart > blockEnd) {
 422 break;
 423 }visibleSeq.append (seqs[i].getSequence (blockStart, blockEnd));
 424 blockStart = hideEnd + 1;
 425 blockEnd = end;
 426 }
 427 if (end > blockStart) {
 428 visibleSeq.append (seqs[i].getSequence (blockStart, end));
 429 }selection[i] = visibleSeq.toString ();
 430 }
 431 } else {
 432 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 433 selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString (start, end);
 434 }
 435 }return selection;
 436 }, "~N,~N,~A");
 437 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigs",
 438 function (start, end) {
 439 if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0) {
 440 var visiblecontigs =  new java.util.ArrayList ();
 441 var regions = this.getHiddenColumns ();
 442 var vstart = start;
 443 var region;
 444 var hideStart;
 445 var hideEnd;
 446 for (var j = 0; vstart < end && j < regions.size (); j++) {
 447 region = regions.get (j);
 448 hideStart = region[0];
 449 hideEnd = region[1];
 450 if (hideEnd < vstart) {
 451 continue;
 452 }if (hideStart > vstart) {
 453 visiblecontigs.add ( Clazz.newIntArray (-1, [vstart, hideStart - 1]));
 454 }vstart = hideEnd + 1;
 455 }
 456 if (vstart < end) {
 457 visiblecontigs.add ( Clazz.newIntArray (-1, [vstart, end - 1]));
 458 }var vcontigs =  Clazz.newIntArray (visiblecontigs.size () * 2, 0);
 459 for (var i = 0, j = visiblecontigs.size (); i < j; i++) {
 460 var vc = visiblecontigs.get (i);
 461 visiblecontigs.set (i, null);
 462 vcontigs[i * 2] = vc[0];
 463 vcontigs[i * 2 + 1] = vc[1];
 464 }
 465 visiblecontigs.clear ();
 466 return vcontigs;
 467 } else {
 468 return  Clazz.newIntArray (-1, [start, end - 1]);
 469 }}, "~N,~N");
 470 Clazz.defineMethod (c$, "makeVisibleAnnotation",
 471 function (alignmentAnnotation) {
 472 this.makeVisibleAnnotation (-1, -1, alignmentAnnotation);
 473 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 474 Clazz.defineMethod (c$, "makeVisibleAnnotation",
 475 function (start, end, alignmentAnnotation) {
 476 if (alignmentAnnotation.annotations == null) {
 477 return;
 478 }if (start == end && end == -1) {
 479 start = 0;
 480 end = alignmentAnnotation.annotations.length;
 481 }if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0) {
 482 var annels =  new java.util.Vector ();
 483 var els = null;
 484 var regions = this.getHiddenColumns ();
 485 var blockStart = start;
 486 var blockEnd = end;
 487 var region;
 488 var hideStart;
 489 var hideEnd;
 490 var w = 0;
 491 for (var j = 0; j < regions.size (); j++) {
 492 region = regions.get (j);
 493 hideStart = region[0];
 494 hideEnd = region[1];
 495 if (hideStart < start) {
 496 continue;
 497 }blockStart = Math.min (blockStart, hideEnd + 1);
 498 blockEnd = Math.min (blockEnd, hideStart);
 499 if (blockStart > blockEnd) {
 500 break;
 501 }annels.addElement (els =  new Array (blockEnd - blockStart));
 502 System.arraycopy (alignmentAnnotation.annotations, blockStart, els, 0, els.length);
 503 w += els.length;
 504 blockStart = hideEnd + 1;
 505 blockEnd = end;
 506 }
 507 if (end > blockStart) {
 508 annels.addElement (els =  new Array (end - blockStart + 1));
 509 if ((els.length + blockStart) <= alignmentAnnotation.annotations.length) {
 510 System.arraycopy (alignmentAnnotation.annotations, blockStart, els, 0, els.length);
 511 } else {
 512 System.arraycopy (alignmentAnnotation.annotations, blockStart, els, 0, (alignmentAnnotation.annotations.length - blockStart));
 513 }w += els.length;
 514 }if (w == 0) {
 515 return;
 516 }alignmentAnnotation.annotations =  new Array (w);
 517 w = 0;
 518 for (var chnk, $chnk = annels.iterator (); $chnk.hasNext () && ((chnk = $chnk.next ()) || true);) {
 519 System.arraycopy (chnk, 0, alignmentAnnotation.annotations, w, chnk.length);
 520 w += chnk.length;
 521 }
 522 } else {
 523 alignmentAnnotation.restrict (start, end);
 524 }}, "~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 525 Clazz.defineMethod (c$, "invertColumnSelection",
 526 function (first, width) {
 527 var hasHidden = this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0;
 528 for (var i = first; i < width; i++) {
 529 if (this.contains (i)) {
 530 this.removeElement (i);
 531 } else {
 532 if (!hasHidden || this.isVisible (i)) {
 533 this.addElement (i);
 534 }}}
 535 }, "~N,~N");
 536 Clazz.defineMethod (c$, "addElementsFrom",
 537 function (colsel) {
 538 if (colsel != null && colsel.size () > 0) {
 539 for (var col, $col = colsel.getSelected ().iterator (); $col.hasNext () && ((col = $col.next ()) || true);) {
 540 if (this.hiddenColumns != null && this.isVisible (col.intValue ())) {
 541 if (!this.selected.contains (col)) {
 542 this.selected.addElement (col);
 543 }}}
 544 }}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");
 545 Clazz.defineMethod (c$, "setElementsFrom",
 546 function (colsel) {
 547 this.selected =  new java.util.Vector ();
 548 if (colsel.selected != null && colsel.selected.size () > 0) {
 549 if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0) {
 550 this.addElementsFrom (colsel);
 551 } else {
 552 for (var col, $col = colsel.getSelected ().iterator (); $col.hasNext () && ((col = $col.next ()) || true);) {
 553 this.addElement ((col).intValue ());
 554 }
 555 }}}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");
 556 c$.propagateInsertions = Clazz.defineMethod (c$, "propagateInsertions",
 557 function (profileseq, al, input) {
 558 var profsqpos = 0;
 559 var gc = al.getGapCharacter ();
 560 var alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection (gc);
 561 var nview = alandcolsel[1];
 562 var origseq = (alandcolsel[0])[profsqpos];
 563 nview.propagateInsertions (profileseq, al, origseq);
 564 return nview;
 565 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentView");
 566 Clazz.defineMethod (c$, "propagateInsertions",
 567 function (profileseq, al, origseq) {
 568 var gc = al.getGapCharacter ();
 569 this.pruneDeletions (jalview.util.ShiftList.parseMap (origseq.gapMap ()));
 570 var viscontigs = this.getVisibleContigs (0, profileseq.getLength ());
 571 var spos = 0;
 572 var offset = 0;
 573 for (var v = 0; v < viscontigs.length; v += 2) {
 574 if (viscontigs[v] > spos) {
 575 var sb =  new StringBuffer ();
 576 for (var s = 0, ns = viscontigs[v] - spos; s < ns; s++) {
 577 sb.append (gc);
 578 }
 579 for (var s = 0, ns = al.getHeight (); s < ns; s++) {
 580 var sqobj = al.getSequenceAt (s);
 581 if (sqobj !== profileseq) {
 582 var sq = al.getSequenceAt (s).getSequenceAsString ();
 583 if (sq.length <= spos + offset) {
 584 var diff = spos + offset - sq.length - 1;
 585 if (diff > 0) {
 586 sq = sq + sb;
 587 while ((diff = spos + offset - sq.length - 1) > 0) {
 588 if (diff >= sb.length ()) {
 589 sq += sb.toString ();
 590 } else {
 591 var buf =  Clazz.newCharArray (diff, '\0');
 592 sb.getChars (0, diff, buf, 0);
 593 sq += buf.toString ();
 594 }}
 595 }sq += sb.toString ();
 596 } else {
 597 al.getSequenceAt (s).setSequence (sq.substring (0, spos + offset) + sb.toString () + sq.substring (spos + offset));
 598 }}}
 599 }spos = viscontigs[v + 1] + 1;
 600 }
 601 if ((offset + spos) < profileseq.getLength ()) {
 602 var sb =  new StringBuffer ();
 603 for (var s = 0, ns = profileseq.getLength () - spos - offset; s < ns; s++) {
 604 sb.append (gc);
 605 }
 606 for (var s = 0, ns = al.getHeight (); s < ns; s++) {
 607 var sqobj = al.getSequenceAt (s);
 608 if (sqobj === profileseq) {
 609 continue;
 610 }var sq = sqobj.getSequenceAsString ();
 611 var diff = origseq.getLength () - sq.length;
 612 while (diff > 0) {
 613 if (diff >= sb.length ()) {
 614 sq += sb.toString ();
 615 } else {
 616 var buf =  Clazz.newCharArray (diff, '\0');
 617 sb.getChars (0, diff, buf, 0);
 618 sq += buf.toString ();
 619 }diff = origseq.getLength () - sq.length;
 620 }
 621 }
 622 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceI");
 623 Clazz.defineMethod (c$, "hasSelectedColumns",
 624 function () {
 625 return (this.selected != null && this.selected.size () > 0);
 626 });
 627 Clazz.defineMethod (c$, "hasHiddenColumns",
 628 function () {
 629 return this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0;
 630 });
 631 Clazz.defineMethod (c$, "hasManyHiddenColumns",
 632 function () {
 633 return this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 1;
 634 });
 635 Clazz.defineMethod (c$, "hideInsertionsFor",
 636 function (sr) {
 637 var inserts = sr.getInsertions ();
 638 for (var r, $r = inserts.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {
 639 this.hideColumns (r[0], r[1]);
 640 }
 641 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 642 Clazz.defineMethod (c$, "filterAnnotations",
 643 function (annotations, filterParams) {
 644 this.revealAllHiddenColumns ();
 645 this.clear ();
 646 var count = 0;
 647 do {
 648 if (annotations[count] != null) {
 649 var itemMatched = false;
 650 if (filterParams.getThresholdType () === jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.ABOVE_THRESHOLD && annotations[count].value >= filterParams.getThresholdValue ()) {
 651 itemMatched = true;
 652 }if (filterParams.getThresholdType () === jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.BELOW_THRESHOLD && annotations[count].value <= filterParams.getThresholdValue ()) {
 653 itemMatched = true;
 654 }if (filterParams.isFilterAlphaHelix () && annotations[count].secondaryStructure == 'H') {
 655 itemMatched = true;
 656 }if (filterParams.isFilterBetaSheet () && annotations[count].secondaryStructure == 'E') {
 657 itemMatched = true;
 658 }if (filterParams.isFilterTurn () && annotations[count].secondaryStructure == 'S') {
 659 itemMatched = true;
 660 }var regexSearchString = filterParams.getRegexString ();
 661 if (regexSearchString != null && !filterParams.getRegexSearchFields ().isEmpty ()) {
 662 var fields = filterParams.getRegexSearchFields ();
 663 try {
 664 if (fields.contains (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField.DISPLAY_STRING) && annotations[count].displayCharacter.matches (regexSearchString)) {
 665 itemMatched = true;
 666 }} catch (pse) {
 667 if (Clazz.exceptionOf (pse, java.util.regex.PatternSyntaxException)) {
 668 if (annotations[count].displayCharacter.equals (regexSearchString)) {
 669 itemMatched = true;
 670 }} else {
 671 throw pse;
 672 }
 673 }
 674 if (fields.contains (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField.DESCRIPTION) && annotations[count].description != null && annotations[count].description.matches (regexSearchString)) {
 675 itemMatched = true;
 676 }}if (itemMatched) {
 677 this.addElement (count);
 678 }}count++;
 679 } while (count < annotations.length);
 680 return false;
 681 }, "~A,jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter");
 682 });