site/j2s/jalview/datamodel/DBRefEntry.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.DBRefEntry", ["jalview.datamodel.Mapping"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.source = "";
   5 this.version = "";
   6 this.accessionId = "";
   7 this.map = null;
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.datamodel, "DBRefEntry");
  10 Clazz.makeConstructor (c$,
  11 function () {
  12 });
  13 Clazz.makeConstructor (c$,
  14 function (source, version, accessionId) {
  15 this.construct (source, version, accessionId, null);
  16 }, "~S,~S,~S");
  17 Clazz.makeConstructor (c$,
  18 function (source, version, accessionId, map) {
  19 this.source = source.toUpperCase ();
  20 this.version = version;
  21 this.accessionId = accessionId;
  22 this.map = map;
  23 }, "~S,~S,~S,jalview.datamodel.Mapping");
  24 Clazz.makeConstructor (c$,
  25 function (entry) {
  26 this.construct ((entry.source == null ? "" :  String.instantialize (entry.source)), (entry.version == null ? "" :  String.instantialize (entry.version)), (entry.accessionId == null ? "" :  String.instantialize (entry.accessionId)), (entry.map == null ? null :  new jalview.datamodel.Mapping (entry.map)));
  27 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry");
  28 Clazz.overrideMethod (c$, "equals",
  29 function (o) {
  30 if (o == null || !(Clazz.instanceOf (o, jalview.datamodel.DBRefEntry))) {
  31 return false;
  32 }var entry = o;
  33 if (entry === this) {
  34 return true;
  35 }if (this.equalRef (entry) && ((this.map == null && entry.map == null) || (this.map != null && entry.map != null && this.map.equals (entry.map)))) {
  36 return true;
  37 }return false;
  38 }, "~O");
  39 Clazz.defineMethod (c$, "equalRef",
  40 function (entry) {
  41 if (entry == null) {
  42 return false;
  43 }if (entry === this) {
  44 return true;
  45 }if ((this.source != null && entry.source != null && this.source.equalsIgnoreCase (entry.source)) && (this.accessionId != null && entry.accessionId != null && this.accessionId.equalsIgnoreCase (entry.accessionId)) && (this.version != null && entry.version != null && this.version.equalsIgnoreCase (entry.version))) {
  46 return true;
  47 }return false;
  48 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry");
  49 Clazz.defineMethod (c$, "getSource",
  50 function () {
  51 return this.source;
  52 });
  53 Clazz.defineMethod (c$, "getVersion",
  54 function () {
  55 return this.version;
  56 });
  57 Clazz.defineMethod (c$, "getAccessionId",
  58 function () {
  59 return this.accessionId;
  60 });
  61 Clazz.defineMethod (c$, "setAccessionId",
  62 function (accessionId) {
  63 this.accessionId = accessionId;
  64 }, "~S");
  65 Clazz.defineMethod (c$, "setSource",
  66 function (source) {
  67 this.source = source;
  68 }, "~S");
  69 Clazz.defineMethod (c$, "setVersion",
  70 function (version) {
  71 this.version = version;
  72 }, "~S");
  73 Clazz.defineMethod (c$, "getMap",
  74 function () {
  75 return this.map;
  76 });
  77 Clazz.defineMethod (c$, "setMap",
  78 function (map) {
  79 this.map = map;
  80 }, "jalview.datamodel.Mapping");
  81 Clazz.defineMethod (c$, "hasMap",
  82 function () {
  83 return this.map != null;
  84 });
  85 Clazz.defineMethod (c$, "getSrcAccString",
  86 function () {
  87 return ((this.source != null) ? this.source : "") + ":" + ((this.accessionId != null) ? this.accessionId : "");
  88 });
  89 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
  90 function () {
  91 return this.getSrcAccString ();
  92 });
  93 });