site/j2s/jalview/datamodel/SeqCigar.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.CigarSimple"], "jalview.datamodel.SeqCigar", ["jalview.analysis.AlignSeq", "$.SeqsetUtils", "jalview.datamodel.Sequence", "jalview.util.Comparison", "$.MessageManager", "$.ShiftList", "java.lang.Error", "$.StringBuffer", "java.util.Hashtable"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.start = 0;\r
   5 this.end = 0;\r
   6 this.refseq = null;\r
   7 this.seqProps = null;\r
   8 this.selGroups = null;\r
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  10 }, jalview.datamodel, "SeqCigar", jalview.datamodel.CigarSimple);\r
  11 Clazz.defineMethod (c$, "getRefSeq", \r
  12 function () {\r
  13 return this.refseq;\r
  14 });\r
  15 Clazz.defineMethod (c$, "getStart", \r
  16 function () {\r
  17 return this.start;\r
  18 });\r
  19 Clazz.defineMethod (c$, "getEnd", \r
  20 function () {\r
  21 return this.end;\r
  22 });\r
  23 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceString", \r
  24 function (GapChar) {\r
  25 return (this.length == 0) ? "" : this.getSequenceAndDeletions (this.refseq.getSequenceAsString (this.start, this.end), GapChar)[0];\r
  26 }, "~S");\r
  27 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq", \r
  28 function (GapChar) {\r
  29 var seq;\r
  30 if (this.refseq == null || this.length == 0) {\r
  31 return null;\r
  32 }var edit_result = this.getSequenceAndDeletions (this.refseq.getSequenceAsString (this.start, this.end), GapChar);\r
  33 if (edit_result == null) {\r
  34 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions"));\r
  35 }var bounds = edit_result[1];\r
  36 seq =  new jalview.datamodel.Sequence (this.refseq.getName (), edit_result[0], this.refseq.getStart () + this.start + bounds[0], this.refseq.getStart () + this.start + ((bounds[2] == 0) ? -1 : bounds[2]));\r
  37 seq.setDescription (this.refseq.getDescription ());\r
  38 var sstart = seq.getStart ();\r
  39 var send = seq.getEnd ();\r
  40 if (this.seqProps != null) {\r
  41 jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash (seq, this.seqProps);\r
  42 }seq.setDatasetSequence (this.refseq);\r
  43 seq.setStart (sstart);\r
  44 seq.setEnd (send);\r
  45 return seq;\r
  46 }, "~S");\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "_setSeq", \r
  48  function (seq, initialDeletion, _s, _e) {\r
  49 var hasgaps = false;\r
  50 if (seq == null) {\r
  51 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_set_seq_null"));\r
  52 }if (_s < 0) {\r
  53 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_s",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (_s).toString ()])));\r
  54 }var seq_string = seq.getSequenceAsString ();\r
  55 if (_e == 0 || _e < _s || _e > seq_string.length) {\r
  56 _e = seq_string.length;\r
  57 }this.start = seq.findPosition (_s) - seq.getStart ();\r
  58 this.end = seq.findPosition (_e) - seq.getStart ();\r
  59 var l_ungapped = this.end - this.start;\r
  60 var ds = seq.getDatasetSequence ();\r
  61 if (ds == null) {\r
  62 var ungapped = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (seq_string));\r
  63 l_ungapped = ungapped.length;\r
  64 if (l_ungapped == seq.getLength ()) {\r
  65 ds = seq;\r
  66 } else {\r
  67 ds =  new jalview.datamodel.Sequence (seq.getName (), ungapped, seq.getStart (), seq.getStart () + ungapped.length - 1);\r
  68 }}if (ds.getStart () < seq.getStart ()) {\r
  69 var offset = seq.getStart () - ds.getStart ();\r
  70 if (initialDeletion) {\r
  71 this.addDeleted (_s + offset);\r
  72 this.start = 0;\r
  73 this.end += offset;\r
  74 } else {\r
  75 this.start += offset;\r
  76 this.end += offset;\r
  77 }}if (l_ungapped != (_e - _s)) {\r
  78 hasgaps = true;\r
  79 }this.refseq = ds;\r
  80 this.seqProps = jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash (seq);\r
  81 if (this.end > ds.getLength ()) {\r
  82 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_seqcigar_possible"));\r
  83 }return hasgaps;\r
  84 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~B,~N,~N");\r
  85 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  86 function (seq, operation, range) {\r
  87 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SeqCigar);\r
  88 if (seq == null) {\r
  89 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implmentation_bug_seq_null"));\r
  90 }if (operation.length != range.length) {\r
  91 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list"));\r
  92 }if (operation != null) {\r
  93 this.operation =  Clazz.newCharArray (operation.length + this._inc_length, '\0');\r
  94 this.range =  Clazz.newIntArray (operation.length + this._inc_length, 0);\r
  95 if (this._setSeq (seq, false, 0, 0)) {\r
  96 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string"));\r
  97 }for (var i = this.length, j = 0; j < operation.length; i++, j++) {\r
  98 var op = operation[j];\r
  99 if (op != 'M' && op != 'I' && op != 'D') {\r
 100 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_bug_cigar_operation",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (j).toString (), Integer.$valueOf (op.charCodeAt (0)).toString (), Integer.$valueOf ('M'.charCodeAt (0)).toString (), Integer.$valueOf ('I'.charCodeAt (0)).toString (), Integer.$valueOf ('D'.charCodeAt (0)).toString ()])));\r
 101 }this.operation[i] = op;\r
 102 this.range[i] = range[j];\r
 103 }\r
 104 this.length += operation.length;\r
 105 } else {\r
 106 this.operation = null;\r
 107 this.range = null;\r
 108 this.length = 0;\r
 109 if (this._setSeq (seq, false, 0, 0)) {\r
 110 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string"));\r
 111 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,~A,~A");\r
 112 Clazz.defineMethod (c$, "addMatch", \r
 113 function (range) {\r
 114 this.addOperation ('M', range);\r
 115 }, "~N");\r
 116 c$.addSequenceOps = Clazz.defineMethod (c$, "addSequenceOps", \r
 117 function (cigar, seq, startpos, endpos, initialDeletions) {\r
 118 var op = '\u0000';\r
 119 var range = 0;\r
 120 var p = 0;\r
 121 var res = seq.getLength ();\r
 122 if (!initialDeletions) {\r
 123 p = startpos;\r
 124 }while (p <= endpos) {\r
 125 var isGap = (p < res) ? jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (p)) : true;\r
 126 if ((startpos <= p) && (p <= endpos)) {\r
 127 if (isGap) {\r
 128 if (range > 0 && op != 'I') {\r
 129 cigar.addOperation (op, range);\r
 130 range = 0;\r
 131 }op = 'I';\r
 132 range++;\r
 133 } else {\r
 134 if (range > 0 && op != 'M') {\r
 135 cigar.addOperation (op, range);\r
 136 range = 0;\r
 137 }op = 'M';\r
 138 range++;\r
 139 }} else {\r
 140 if (!isGap) {\r
 141 if (range > 0 && op != 'D') {\r
 142 cigar.addOperation (op, range);\r
 143 range = 0;\r
 144 }op = 'D';\r
 145 range++;\r
 146 } else {\r
 147 }}p++;\r
 148 }\r
 149 if (range > 0) {\r
 150 cigar.addOperation (op, range);\r
 151 }}, "jalview.datamodel.CigarBase,jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~B");\r
 152 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 153 function (seq) {\r
 154 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SeqCigar);\r
 155 if (seq == null) {\r
 156 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_for_new_cigar"));\r
 157 }this._setSeq (seq, false, 0, 0);\r
 158 jalview.datamodel.SeqCigar.addSequenceOps (this, seq, 0, seq.getLength () - 1, false);\r
 159 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 160 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 161 function (seq, start, end) {\r
 162 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SeqCigar);\r
 163 if (seq == null) {\r
 164 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_for_new_cigar"));\r
 165 }this._setSeq (seq, false, start, end + 1);\r
 166 jalview.datamodel.SeqCigar.addSequenceOps (this, seq, start, end, false);\r
 167 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");\r
 168 c$.parseCigar = Clazz.defineMethod (c$, "parseCigar", \r
 169 function (seq, cigarString) {\r
 170 var opsandrange = jalview.datamodel.CigarBase.parseCigarString (cigarString);\r
 171 return  new jalview.datamodel.SeqCigar (seq, opsandrange[0], opsandrange[1]);\r
 172 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");\r
 173 c$.createAlignmentSequences = Clazz.defineMethod (c$, "createAlignmentSequences", \r
 174 function (alseqs, gapCharacter, colsel, segments) {\r
 175 var seqs =  new Array (alseqs.length);\r
 176 var g_seqs =  new Array (alseqs.length);\r
 177 var alseqs_string =  new Array (alseqs.length);\r
 178 var gs_regions =  new Array (alseqs.length);\r
 179 for (var i = 0; i < alseqs.length; i++) {\r
 180 alseqs_string[i] = alseqs[i].getRefSeq ().getSequenceAsString (alseqs[i].start, alseqs[i].end);\r
 181 gs_regions[i] = alseqs[i].getSequenceAndDeletions (alseqs_string[i], gapCharacter);\r
 182 if (gs_regions[i] == null) {\r
 183 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_cigar_seq_no_operations",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (i).toString ()])));\r
 184 }g_seqs[i] =  new StringBuffer ((gs_regions[i])[0]);\r
 185 }\r
 186 var shifts =  new jalview.util.ShiftList ();\r
 187 for (var i = 0; i < alseqs.length; i++) {\r
 188 var gs_region = ((gs_regions[i])[2]);\r
 189 if (gs_region != null) {\r
 190 for (var hr = 0; hr < gs_region.length; hr++) {\r
 191 var region = gs_region[hr];\r
 192 var insert =  Clazz.newCharArray (region[1] - region[0] + 1, '\0');\r
 193 for (var s = 0; s < insert.length; s++) {\r
 194 insert[s] = gapCharacter;\r
 195 }\r
 196 var inspos = shifts.shift (region[2]);\r
 197 for (var s = 0; s < alseqs.length; s++) {\r
 198 if (s != i) {\r
 199 if (g_seqs[s].length () <= inspos) {\r
 200 for (var l = inspos - g_seqs[s].length (); l > 0; l--) {\r
 201 g_seqs[s].append (gapCharacter);\r
 202 }\r
 203 }g_seqs[s].insert (inspos, insert);\r
 204 } else {\r
 205 g_seqs[s].insert (inspos, alseqs_string[i].substring (region[0], region[1] + 1));\r
 206 }}\r
 207 shifts.addShift (region[2], insert.length);\r
 208 if (segments == null) {\r
 209 colsel.hideColumns (inspos, inspos + insert.length - 1);\r
 210 }}\r
 211 }}\r
 212 for (var i = 0; i < alseqs.length; i++) {\r
 213 var bounds = ((gs_regions[i])[1]);\r
 214 var ref = alseqs[i].getRefSeq ();\r
 215 seqs[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (ref.getName (), g_seqs[i].toString (), ref.getStart () + alseqs[i].start + bounds[0], ref.getStart () + alseqs[i].start + (bounds[2] == 0 ? -1 : bounds[2]));\r
 216 seqs[i].setDatasetSequence (ref);\r
 217 seqs[i].setDescription (ref.getDescription ());\r
 218 }\r
 219 if (segments != null) {\r
 220 for (var i = 0; i < segments.length; i += 3) {\r
 221 colsel.hideColumns (segments[i + 1], segments[i + 1] + segments[i + 2] - 1);\r
 222 }\r
 223 }return seqs;\r
 224 }, "~A,~S,jalview.datamodel.ColumnSelection,~A");\r
 225 Clazz.defineMethod (c$, "setGroupMembership", \r
 226 function (group) {\r
 227 if (this.selGroups == null) {\r
 228 this.selGroups =  new java.util.Hashtable ();\r
 229 }this.selGroups.put (group,  Clazz.newIntArray (0, 0));\r
 230 }, "~O");\r
 231 Clazz.defineMethod (c$, "removeGroupMembership", \r
 232 function (group) {\r
 233 if (this.selGroups != null && this.selGroups.containsKey (group)) {\r
 234 this.selGroups.remove (group);\r
 235 return true;\r
 236 }return false;\r
 237 }, "~O");\r
 238 Clazz.defineMethod (c$, "clearMemberships", \r
 239 function () {\r
 240 if (this.selGroups != null) {\r
 241 this.selGroups.clear ();\r
 242 }this.selGroups = null;\r
 243 });\r
 244 Clazz.defineMethod (c$, "getAllMemberships", \r
 245 function () {\r
 246 if (this.selGroups == null) {\r
 247 return null;\r
 248 }var mmbs =  new Array (this.selGroups.size ());\r
 249 var en = this.selGroups.keys ();\r
 250 for (var i = 0; en.hasMoreElements (); i++) {\r
 251 mmbs[i] = en.nextElement ();\r
 252 }\r
 253 return mmbs;\r
 254 });\r
 255 Clazz.defineMethod (c$, "isMemberOf", \r
 256 function (sgr) {\r
 257 return (this.selGroups != null) && this.selGroups.get (sgr) != null;\r
 258 }, "~O");\r
 259 });\r