site/j2s/jalview/datamodel/SequenceFeature.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.SequenceFeature", ["java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.begin = 0;\r
   5 this.end = 0;\r
   6 this.score = 0;\r
   7 this.type = null;\r
   8 this.description = null;\r
   9 this.otherDetails = null;\r
  10 this.links = null;\r
  11 this.featureGroup = null;\r
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  13 }, jalview.datamodel, "SequenceFeature");\r
  14 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  15 function () {\r
  16 });\r
  17 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  18 function (cpy) {\r
  19 if (cpy != null) {\r
  20 this.begin = cpy.begin;\r
  21 this.end = cpy.end;\r
  22 this.score = cpy.score;\r
  23 if (cpy.type != null) {\r
  24 this.type =  String.instantialize (cpy.type);\r
  25 }if (cpy.description != null) {\r
  26 this.description =  String.instantialize (cpy.description);\r
  27 }if (cpy.featureGroup != null) {\r
  28 this.featureGroup =  String.instantialize (cpy.featureGroup);\r
  29 }if (cpy.otherDetails != null) {\r
  30 try {\r
  31 this.otherDetails = cpy.otherDetails.clone ();\r
  32 } catch (e) {\r
  33 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  34 } else {\r
  35 throw e;\r
  36 }\r
  37 }\r
  38 }if (cpy.links != null && cpy.links.size () > 0) {\r
  39 this.links =  new java.util.Vector ();\r
  40 for (var i = 0, iSize = cpy.links.size (); i < iSize; i++) {\r
  41 this.links.addElement (cpy.links.elementAt (i));\r
  42 }\r
  43 }}}, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
  44 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  45 function (type, desc, status, begin, end, featureGroup) {\r
  46 this.type = type;\r
  47 this.description = desc;\r
  48 this.setValue ("status", status);\r
  49 this.begin = begin;\r
  50 this.end = end;\r
  51 this.featureGroup = featureGroup;\r
  52 }, "~S,~S,~S,~N,~N,~S");\r
  53 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  54 function (type, desc, begin, end, score, featureGroup) {\r
  55 this.type = type;\r
  56 this.description = desc;\r
  57 this.begin = begin;\r
  58 this.end = end;\r
  59 this.score = score;\r
  60 this.featureGroup = featureGroup;\r
  61 }, "~S,~S,~N,~N,~N,~S");\r
  62 Clazz.defineMethod (c$, "equals", \r
  63 function (sf) {\r
  64 if (this.begin != sf.begin || this.end != sf.end || this.score != sf.score) {\r
  65 return false;\r
  66 }if (!(this.type + this.description + this.featureGroup).equals (sf.type + sf.description + sf.featureGroup)) {\r
  67 return false;\r
  68 }return true;\r
  69 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
  70 Clazz.defineMethod (c$, "getBegin", \r
  71 function () {\r
  72 return this.begin;\r
  73 });\r
  74 Clazz.defineMethod (c$, "setBegin", \r
  75 function (start) {\r
  76 this.begin = start;\r
  77 }, "~N");\r
  78 Clazz.defineMethod (c$, "getEnd", \r
  79 function () {\r
  80 return this.end;\r
  81 });\r
  82 Clazz.defineMethod (c$, "setEnd", \r
  83 function (end) {\r
  84 this.end = end;\r
  85 }, "~N");\r
  86 Clazz.defineMethod (c$, "getType", \r
  87 function () {\r
  88 return this.type;\r
  89 });\r
  90 Clazz.defineMethod (c$, "setType", \r
  91 function (type) {\r
  92 this.type = type;\r
  93 }, "~S");\r
  94 Clazz.defineMethod (c$, "getDescription", \r
  95 function () {\r
  96 return this.description;\r
  97 });\r
  98 Clazz.defineMethod (c$, "setDescription", \r
  99 function (desc) {\r
 100 this.description = desc;\r
 101 }, "~S");\r
 102 Clazz.defineMethod (c$, "getFeatureGroup", \r
 103 function () {\r
 104 return this.featureGroup;\r
 105 });\r
 106 Clazz.defineMethod (c$, "setFeatureGroup", \r
 107 function (featureGroup) {\r
 108 this.featureGroup = featureGroup;\r
 109 }, "~S");\r
 110 Clazz.defineMethod (c$, "addLink", \r
 111 function (labelLink) {\r
 112 if (this.links == null) {\r
 113 this.links =  new java.util.Vector ();\r
 114 }this.links.insertElementAt (labelLink, 0);\r
 115 }, "~S");\r
 116 Clazz.defineMethod (c$, "getScore", \r
 117 function () {\r
 118 return this.score;\r
 119 });\r
 120 Clazz.defineMethod (c$, "setScore", \r
 121 function (value) {\r
 122 this.score = value;\r
 123 }, "~N");\r
 124 Clazz.defineMethod (c$, "getValue", \r
 125 function (key) {\r
 126 if (this.otherDetails == null) {\r
 127 return null;\r
 128 } else {\r
 129 return this.otherDetails.get (key);\r
 130 }}, "~S");\r
 131 Clazz.defineMethod (c$, "setValue", \r
 132 function (key, value) {\r
 133 if (value != null) {\r
 134 if (this.otherDetails == null) {\r
 135 this.otherDetails =  new java.util.Hashtable ();\r
 136 }this.otherDetails.put (key, value);\r
 137 }}, "~S,~O");\r
 138 Clazz.defineMethod (c$, "setStatus", \r
 139 function (status) {\r
 140 this.setValue ("status", status);\r
 141 }, "~S");\r
 142 Clazz.defineMethod (c$, "getStatus", \r
 143 function () {\r
 144 if (this.otherDetails != null) {\r
 145 var stat = this.otherDetails.get ("status");\r
 146 if (stat != null) {\r
 147 return  String.instantialize (stat);\r
 148 }}return null;\r
 149 });\r
 150 Clazz.defineMethod (c$, "setPosition", \r
 151 function (pos) {\r
 152 this.begin = pos;\r
 153 this.end = pos;\r
 154 }, "~N");\r
 155 Clazz.defineMethod (c$, "getPosition", \r
 156 function () {\r
 157 return this.begin;\r
 158 });\r
 159 Clazz.defineMethod (c$, "getStrand", \r
 160 function () {\r
 161 var str;\r
 162 if (this.otherDetails == null || (str = this.otherDetails.get ("STRAND").toString ()) == null) {\r
 163 return 0;\r
 164 }if (str.equals ("-")) {\r
 165 return -1;\r
 166 }if (str.equals ("+")) {\r
 167 return 1;\r
 168 }return 0;\r
 169 });\r
 170 });\r