site/j2s/jalview/ext/jmol/JmolCommands.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.ext.jmol");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.ext.jmol.JmolCommands", ["jalview.structure.StructureMappingcommandSet", "jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer", "java.util.ArrayList"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.ext.jmol, "JmolCommands");\r
   4 c$.getColourBySequenceCommand = Clazz.defineMethod (c$, "getColourBySequenceCommand", \r
   5 function (ssm, files, sequence, sr, fr, alignment) {\r
   6 var cset =  new java.util.ArrayList ();\r
   7 for (var pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++) {\r
   8 var mapping = ssm.getMapping (files[pdbfnum]);\r
   9 var command =  new StringBuffer ();\r
  10 var smc;\r
  11 var str =  new java.util.ArrayList ();\r
  12 if (mapping == null || mapping.length < 1) {\r
  13 continue;\r
  14 }var lastPos = -1;\r
  15 for (var s = 0; s < sequence[pdbfnum].length; s++) {\r
  16 for (var sp, m = 0; m < mapping.length; m++) {\r
  17 if (mapping[m].getSequence () === sequence[pdbfnum][s] && (sp = alignment.findIndex (sequence[pdbfnum][s])) > -1) {\r
  18 var asp = alignment.getSequenceAt (sp);\r
  19 for (var r = 0; r < asp.getLength (); r++) {\r
  20 if (jalview.util.Comparison.isGap (asp.getCharAt (r))) {\r
  21 continue;\r
  22 }var pos = mapping[m].getPDBResNum (asp.findPosition (r));\r
  23 if (pos < 1 || pos == lastPos) {\r
  24 continue;\r
  25 }lastPos = pos;\r
  26 var col = sr.getResidueBoxColour (sequence[pdbfnum][s], r);\r
  27 if (fr != null) {\r
  28 col = fr.findFeatureColour (col, sequence[pdbfnum][s], r);\r
  29 }var newSelcom = (mapping[m].getChain () !== " " ? ":" + mapping[m].getChain () : "") + "/" + (pdbfnum + 1) + ".1" + ";color[" + col.getRed () + "," + col.getGreen () + "," + col.getBlue () + "]";\r
  30 if (command.length () > newSelcom.length && command.substring (command.length () - newSelcom.length).equals (newSelcom)) {\r
  31 command = jalview.ext.jmol.JmolCommands.condenseCommand (command, pos);\r
  32 continue;\r
  33 }command.append (";");\r
  34 if (command.length () > 51200) {\r
  35 str.add (command.toString ());\r
  36 command.setLength (0);\r
  37 }command.append ("select " + pos);\r
  38 command.append (newSelcom);\r
  39 }\r
  40 break;\r
  41 }}\r
  42 }\r
  43 {\r
  44 str.add (command.toString ());\r
  45 command.setLength (0);\r
  46 }cset.add ( new jalview.structure.StructureMappingcommandSet (jalview.ext.jmol.JmolCommands, files[pdbfnum], str.toArray ( new Array (str.size ()))));\r
  47 }\r
  48 return cset.toArray ( new Array (cset.size ()));\r
  49 }, "jalview.structure.StructureSelectionManager,~A,~A,jalview.api.SequenceRenderer,jalview.api.FeatureRenderer,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  50 c$.condenseCommand = Clazz.defineMethod (c$, "condenseCommand", \r
  51 function (command, pos) {\r
  52 var p = command.length ();\r
  53 var q = p;\r
  54 do {\r
  55 p -= 6;\r
  56 if (p < 1) {\r
  57 p = 0;\r
  58 };} while ((q = command.indexOf ("select", p)) == -1 && p > 0);\r
  59 var sb =  new StringBuffer (command.substring (0, q + 7));\r
  60 command = command.$delete (0, q + 7);\r
  61 var start;\r
  62 if (command.indexOf ("-") > -1) {\r
  63 start = command.substring (0, command.indexOf ("-"));\r
  64 } else {\r
  65 start = command.substring (0, command.indexOf (":"));\r
  66 }sb.append (start + "-" + pos + command.substring (command.indexOf (":")));\r
  67 return sb;\r
  68 }, "StringBuffer,~N");\r
  69 });\r