site/j2s/jalview/ext/jmol/JmolCommands.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.ext.jmol");
   2 Clazz.load (null, "jalview.ext.jmol.JmolCommands", ["jalview.structure.StructureMappingcommandSet", "jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer", "java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.ext.jmol, "JmolCommands");
   4 c$.getColourBySequenceCommand = Clazz.defineMethod (c$, "getColourBySequenceCommand",
   5 function (ssm, files, sequence, sr, fr, alignment) {
   6 var cset =  new java.util.ArrayList ();
   7 for (var pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++) {
   8 var mapping = ssm.getMapping (files[pdbfnum]);
   9 var command =  new StringBuffer ();
  10 var smc;
  11 var str =  new java.util.ArrayList ();
  12 if (mapping == null || mapping.length < 1) {
  13 continue;
  14 }var lastPos = -1;
  15 for (var s = 0; s < sequence[pdbfnum].length; s++) {
  16 for (var sp, m = 0; m < mapping.length; m++) {
  17 if (mapping[m].getSequence () === sequence[pdbfnum][s] && (sp = alignment.findIndex (sequence[pdbfnum][s])) > -1) {
  18 var asp = alignment.getSequenceAt (sp);
  19 for (var r = 0; r < asp.getLength (); r++) {
  20 if (jalview.util.Comparison.isGap (asp.getCharAt (r))) {
  21 continue;
  22 }var pos = mapping[m].getPDBResNum (asp.findPosition (r));
  23 if (pos < 1 || pos == lastPos) {
  24 continue;
  25 }lastPos = pos;
  26 var col = sr.getResidueBoxColour (sequence[pdbfnum][s], r);
  27 if (fr != null) {
  28 col = fr.findFeatureColour (col, sequence[pdbfnum][s], r);
  29 }var newSelcom = (mapping[m].getChain () !== " " ? ":" + mapping[m].getChain () : "") + "/" + (pdbfnum + 1) + ".1" + ";color[" + col.getRed () + "," + col.getGreen () + "," + col.getBlue () + "]";
  30 if (command.length () > newSelcom.length && command.substring (command.length () - newSelcom.length).equals (newSelcom)) {
  31 command = jalview.ext.jmol.JmolCommands.condenseCommand (command, pos);
  32 continue;
  33 }command.append (";");
  34 if (command.length () > 51200) {
  35 str.add (command.toString ());
  36 command.setLength (0);
  37 }command.append ("select " + pos);
  38 command.append (newSelcom);
  39 }
  40 break;
  41 }}
  42 }
  43 {
  44 str.add (command.toString ());
  45 command.setLength (0);
  46 }cset.add ( new jalview.structure.StructureMappingcommandSet (jalview.ext.jmol.JmolCommands, files[pdbfnum], str.toArray ( new Array (str.size ()))));
  47 }
  48 return cset.toArray ( new Array (cset.size ()));
  49 }, "jalview.structure.StructureSelectionManager,~A,~A,jalview.api.SequenceRenderer,jalview.api.FeatureRenderer,jalview.datamodel.AlignmentI");
  50 c$.condenseCommand = Clazz.defineMethod (c$, "condenseCommand",
  51 function (command, pos) {
  52 var p = command.length ();
  53 var q = p;
  54 do {
  55 p -= 6;
  56 if (p < 1) {
  57 p = 0;
  58 };} while ((q = command.indexOf ("select", p)) == -1 && p > 0);
  59 var sb =  new StringBuffer (command.substring (0, q + 7));
  60 command = command.$delete (0, q + 7);
  61 var start;
  62 if (command.indexOf ("-") > -1) {
  63 start = command.substring (0, command.indexOf ("-"));
  64 } else {
  65 start = command.substring (0, command.indexOf (":"));
  66 }sb.append (start + "-" + pos + command.substring (command.indexOf (":")));
  67 return sb;
  68 }, "StringBuffer,~N");
  69 });