site/j2s/jalview/io/FastaFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.FastaFile", ["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.len = 72;\r
   5 this.out = null;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.io, "FastaFile", jalview.io.AlignFile);\r
   8 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   9 function () {\r
  10 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.FastaFile, []);\r
  11 });\r
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "parse", \r
  13 function () {\r
  14 var sb =  new StringBuffer ();\r
  15 var firstLine = true;\r
  16 var line;\r
  17 var uline;\r
  18 var seq = null;\r
  19 var annotation = false;\r
  20 while ((uline = this.nextLine ()) != null) {\r
  21 line = uline.trim ();\r
  22 if (line.length > 0) {\r
  23 if (line.charAt (0) == '>') {\r
  24 if (line.startsWith (">#_")) {\r
  25 if (annotation) {\r
  26 this.annotations.addElement (this.makeAnnotation (seq, sb));\r
  27 }} else {\r
  28 annotation = false;\r
  29 }if (!firstLine) {\r
  30 seq.setSequence (sb.toString ());\r
  31 if (!annotation) {\r
  32 this.seqs.addElement (seq);\r
  33 }}seq = this.parseId (line.substring (1));\r
  34 firstLine = false;\r
  35 sb =  new StringBuffer ();\r
  36 if (line.startsWith (">#_")) {\r
  37 annotation = true;\r
  38 }} else {\r
  39 sb.append (annotation ? uline : line);\r
  40 }}}\r
  41 if (annotation) {\r
  42 this.annotations.addElement (this.makeAnnotation (seq, sb));\r
  43 } else if (!firstLine) {\r
  44 seq.setSequence (sb.toString ());\r
  45 this.seqs.addElement (seq);\r
  46 }});\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "makeAnnotation", \r
  48  function (seq, sb) {\r
  49 var anots =  new Array (sb.length ());\r
  50 var cb;\r
  51 for (var i = 0; i < anots.length; i++) {\r
  52 var cn = sb.charAt (i);\r
  53 if (cn != ' ') {\r
  54 anots[i] =  new jalview.datamodel.Annotation ("" + cn, null, ' ', NaN);\r
  55 }}\r
  56 var aa =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (seq.getName ().substring (2), seq.getDescription (), anots);\r
  57 return aa;\r
  58 }, "jalview.datamodel.SequenceI,StringBuffer");\r
  59 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotations", \r
  60 function (al) {\r
  61 this.addProperties (al);\r
  62 for (var i = 0; i < this.annotations.size (); i++) {\r
  63 var aa = this.annotations.elementAt (i);\r
  64 aa.setPadGaps (true, al.getGapCharacter ());\r
  65 al.addAnnotation (aa);\r
  66 }\r
  67 }, "jalview.datamodel.Alignment");\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  69 function (s) {\r
  70 this.out =  new StringBuffer ();\r
  71 var i = 0;\r
  72 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
  73 this.out.append (">" + this.printId (s[i]));\r
  74 if (s[i].getDescription () != null) {\r
  75 this.out.append (" " + s[i].getDescription ());\r
  76 }this.out.append (this.newline);\r
  77 var nochunks = (Clazz.doubleToInt (s[i].getLength () / this.len)) + 1;\r
  78 for (var j = 0; j < nochunks; j++) {\r
  79 var start = j * this.len;\r
  80 var end = start + this.len;\r
  81 if (end < s[i].getLength ()) {\r
  82 this.out.append (s[i].getSequenceAsString (start, end) + this.newline);\r
  83 } else if (start < s[i].getLength ()) {\r
  84 this.out.append (s[i].getSequenceAsString (start, s[i].getLength ()) + this.newline);\r
  85 }}\r
  86 i++;\r
  87 }\r
  88 return this.out.toString ();\r
  89 }, "~A");\r
  90 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  91 function () {\r
  92 return this.print (this.getSeqsAsArray ());\r
  93 });\r
  94 });\r