site/j2s/jalview/io/FeaturesFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile", "java.lang.Enum", "$.Exception"], "jalview.io.FeaturesFile", ["jalview.analysis.SequenceIdMatcher", "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame", "$.SequenceDummy", "$.SequenceFeature", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.schemes.GraduatedColor", "$.UserColourScheme", "jalview.util.Format", "$.MapList", "$.ParseHtmlBodyAndLinks", "java.awt.Color", "java.lang.Float", "$.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.HashMap", "$.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.doGffSource = true;\r
   5 this.gffversion = 0;\r
   6 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException")) {\r
   7 jalview.io.FeaturesFile.$FeaturesFile$InvalidGFF3FieldException$ ();\r
   8 }\r
   9 this.lastmatchedAl = null;\r
  10 this.matcher = null;\r
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  12 }, jalview.io, "FeaturesFile", jalview.io.AlignFile);\r
  13 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  14 function () {\r
  15 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.FeaturesFile, []);\r
  16 });\r
  17 Clazz.defineMethod (c$, "parse", \r
  18 function (align, colours, removeHTML) {\r
  19 return this.parse (align, colours, null, removeHTML, false);\r
  20 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Hashtable,~B");\r
  21 Clazz.defineMethod (c$, "parse", \r
  22 function (align, colours, removeHTML, relaxedIdMatching) {\r
  23 return this.parse (align, colours, null, removeHTML, relaxedIdMatching);\r
  24 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map,~B,~B");\r
  25 Clazz.defineMethod (c$, "parse", \r
  26 function (align, colours, featureLink, removeHTML) {\r
  27 return this.parse (align, colours, featureLink, removeHTML, false);\r
  28 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map,java.util.Map,~B");\r
  29 Clazz.defineMethod (c$, "parse", \r
  30 function (align, colours, featureLink, removeHTML, relaxedIdmatching) {\r
  31 var line = null;\r
  32 try {\r
  33 var seq = null;\r
  34 var newseqs =  new java.util.ArrayList ();\r
  35 var type;\r
  36 var desc;\r
  37 var token = null;\r
  38 var index;\r
  39 var start;\r
  40 var end;\r
  41 var score;\r
  42 var st;\r
  43 var sf;\r
  44 var featureGroup = null;\r
  45 var groupLink = null;\r
  46 var typeLink =  new java.util.Hashtable ();\r
  47 var GFFFile = true;\r
  48 var gffProps =  new java.util.HashMap ();\r
  49 while ((line = this.nextLine ()) != null) {\r
  50 if (line.startsWith ("#")) {\r
  51 if (line.startsWith ("##")) {\r
  52 this.processGffPragma (line, gffProps, align, newseqs);\r
  53 line = "";\r
  54 }continue;\r
  55 }st =  new java.util.StringTokenizer (line, "\t");\r
  56 if (st.countTokens () == 1) {\r
  57 if (line.trim ().equalsIgnoreCase ("GFF")) {\r
  58 GFFFile = true;\r
  59 continue;\r
  60 }}if (st.countTokens () > 1 && st.countTokens () < 4) {\r
  61 GFFFile = false;\r
  62 type = st.nextToken ();\r
  63 if (type.equalsIgnoreCase ("startgroup")) {\r
  64 featureGroup = st.nextToken ();\r
  65 if (st.hasMoreElements ()) {\r
  66 groupLink = st.nextToken ();\r
  67 featureLink.put (featureGroup, groupLink);\r
  68 }} else if (type.equalsIgnoreCase ("endgroup")) {\r
  69 st.nextToken ();\r
  70 featureGroup = null;\r
  71 groupLink = null;\r
  72 } else {\r
  73 var colour = null;\r
  74 var colscheme = st.nextToken ();\r
  75 if (colscheme.indexOf ("|") > -1 || colscheme.trim ().equalsIgnoreCase ("label")) {\r
  76 var gcol =  new java.util.StringTokenizer (colscheme, "|", true);\r
  77 var threshtype = -1;\r
  78 var min = 1.4E-45;\r
  79 var max = 3.4028235E38;\r
  80 var threshval = NaN;\r
  81 var labelCol = false;\r
  82 var mincol = gcol.nextToken ();\r
  83 if (mincol === "|") {\r
  84 System.err.println ("Expected either 'label' or a colour specification in the line: " + line);\r
  85 continue;\r
  86 }var maxcol = null;\r
  87 if (mincol.toLowerCase ().indexOf ("label") == 0) {\r
  88 labelCol = true;\r
  89 mincol = (gcol.hasMoreTokens () ? gcol.nextToken () : null);\r
  90 mincol = (gcol.hasMoreTokens () ? gcol.nextToken () : null);\r
  91 }var abso = null;\r
  92 var minval;\r
  93 var maxval;\r
  94 if (mincol != null) {\r
  95 if (mincol.equals ("|")) {\r
  96 mincol = "";\r
  97 } else {\r
  98 gcol.nextToken ();\r
  99 }maxcol = gcol.nextToken ();\r
 100 if (maxcol.equals ("|")) {\r
 101 maxcol = "";\r
 102 } else {\r
 103 gcol.nextToken ();\r
 104 }abso = gcol.nextToken ();\r
 105 gcol.nextToken ();\r
 106 if (abso.toLowerCase ().indexOf ("abso") != 0) {\r
 107 minval = abso;\r
 108 abso = null;\r
 109 } else {\r
 110 minval = gcol.nextToken ();\r
 111 gcol.nextToken ();\r
 112 }maxval = gcol.nextToken ();\r
 113 if (gcol.hasMoreTokens ()) {\r
 114 gcol.nextToken ();\r
 115 }try {\r
 116 if (minval.length > 0) {\r
 117 min =  new Float (minval).floatValue ();\r
 118 }} catch (e) {\r
 119 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 120 System.err.println ("Couldn't parse the minimum value for graduated colour for type (" + colscheme + ") - did you misspell 'auto' for the optional automatic colour switch ?");\r
 121 e.printStackTrace ();\r
 122 } else {\r
 123 throw e;\r
 124 }\r
 125 }\r
 126 try {\r
 127 if (maxval.length > 0) {\r
 128 max =  new Float (maxval).floatValue ();\r
 129 }} catch (e) {\r
 130 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 131 System.err.println ("Couldn't parse the maximum value for graduated colour for type (" + colscheme + ")");\r
 132 e.printStackTrace ();\r
 133 } else {\r
 134 throw e;\r
 135 }\r
 136 }\r
 137 } else {\r
 138 mincol = "FFFFFF";\r
 139 maxcol = "000000";\r
 140 }try {\r
 141 colour =  new jalview.schemes.GraduatedColor ( new jalview.schemes.UserColourScheme (mincol).findColour ('A'),  new jalview.schemes.UserColourScheme (maxcol).findColour ('A'), min, max);\r
 142 } catch (e) {\r
 143 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 144 System.err.println ("Couldn't parse the graduated colour scheme (" + colscheme + ")");\r
 145 e.printStackTrace ();\r
 146 } else {\r
 147 throw e;\r
 148 }\r
 149 }\r
 150 if (colour != null) {\r
 151 (colour).setColourByLabel (labelCol);\r
 152 (colour).setAutoScaled (abso == null);\r
 153 var ttype = null;\r
 154 var tval = null;\r
 155 if (gcol.hasMoreTokens ()) {\r
 156 ttype = gcol.nextToken ();\r
 157 if (ttype.toLowerCase ().startsWith ("below")) {\r
 158 (colour).setThreshType (0);\r
 159 } else if (ttype.toLowerCase ().startsWith ("above")) {\r
 160 (colour).setThreshType (1);\r
 161 } else {\r
 162 (colour).setThreshType (-1);\r
 163 if (!ttype.toLowerCase ().startsWith ("no")) {\r
 164 System.err.println ("Ignoring unrecognised threshold type : " + ttype);\r
 165 }}}if ((colour).getThreshType () != -1) {\r
 166 try {\r
 167 gcol.nextToken ();\r
 168 tval = gcol.nextToken ();\r
 169 (colour).setThresh ( new Float (tval).floatValue ());\r
 170 } catch (e) {\r
 171 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 172 System.err.println ("Couldn't parse threshold value as a float: (" + tval + ")");\r
 173 e.printStackTrace ();\r
 174 } else {\r
 175 throw e;\r
 176 }\r
 177 }\r
 178 }if (gcol.hasMoreTokens ()) {\r
 179 System.err.println ("Ignoring additional tokens in parameters in graduated colour specification\n");\r
 180 while (gcol.hasMoreTokens ()) {\r
 181 System.err.println ("|" + gcol.nextToken ());\r
 182 }\r
 183 System.err.println ("\n");\r
 184 }}} else {\r
 185 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (colscheme);\r
 186 colour = ucs.findColour ('A');\r
 187 }if (colour != null) {\r
 188 colours.put (type, colour);\r
 189 }if (st.hasMoreElements ()) {\r
 190 var link = st.nextToken ();\r
 191 typeLink.put (type, link);\r
 192 if (featureLink == null) {\r
 193 featureLink =  new java.util.Hashtable ();\r
 194 }featureLink.put (type, link);\r
 195 }}continue;\r
 196 }var seqId = "";\r
 197 while (st.hasMoreElements ()) {\r
 198 if (GFFFile) {\r
 199 seqId = token = st.nextToken ();\r
 200 seq = this.findName (align, seqId, relaxedIdmatching, newseqs);\r
 201 if (seq != null) {\r
 202 desc = st.nextToken ();\r
 203 var group = null;\r
 204 if (this.doGffSource && desc.indexOf (' ') == -1) {\r
 205 group =  String.instantialize (desc);\r
 206 }type = st.nextToken ();\r
 207 try {\r
 208 var stt = st.nextToken ();\r
 209 if (stt.length == 0 || stt.equals ("-")) {\r
 210 start = 0;\r
 211 } else {\r
 212 start = Integer.parseInt (stt);\r
 213 }} catch (ex) {\r
 214 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 215 start = 0;\r
 216 } else {\r
 217 throw ex;\r
 218 }\r
 219 }\r
 220 try {\r
 221 var stt = st.nextToken ();\r
 222 if (stt.length == 0 || stt.equals ("-")) {\r
 223 end = 0;\r
 224 } else {\r
 225 end = Integer.parseInt (stt);\r
 226 }} catch (ex) {\r
 227 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 228 end = 0;\r
 229 } else {\r
 230 throw ex;\r
 231 }\r
 232 }\r
 233 if (end == 0) {\r
 234 start = 0;\r
 235 }try {\r
 236 score =  new Float (st.nextToken ()).floatValue ();\r
 237 } catch (ex) {\r
 238 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 239 score = 0;\r
 240 } else {\r
 241 throw ex;\r
 242 }\r
 243 }\r
 244 sf =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (type, desc, start, end, score, group);\r
 245 try {\r
 246 sf.setValue ("STRAND", st.nextToken ());\r
 247 sf.setValue ("FRAME", st.nextToken ());\r
 248 } catch (ex) {\r
 249 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 250 } else {\r
 251 throw ex;\r
 252 }\r
 253 }\r
 254 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 255 var attributes =  new StringBuffer ();\r
 256 var sep = false;\r
 257 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 258 attributes.append ((sep ? "\t" : "") + st.nextElement ());\r
 259 sep = true;\r
 260 }\r
 261 sf.setValue ("ATTRIBUTES", attributes.toString ());\r
 262 }if (this.processOrAddSeqFeature (align, newseqs, seq, sf, GFFFile, relaxedIdmatching)) {\r
 263 while ((seq = align.findName (seq, seqId, true)) != null) {\r
 264 seq.addSequenceFeature ( new jalview.datamodel.SequenceFeature (sf));\r
 265 }\r
 266 }break;\r
 267 }}if (GFFFile && seq == null) {\r
 268 desc = token;\r
 269 } else {\r
 270 desc = st.nextToken ();\r
 271 }if (!st.hasMoreTokens ()) {\r
 272 System.err.println ("DEBUG: Run out of tokens when trying to identify the destination for the feature.. giving up.");\r
 273 return false;\r
 274 }token = st.nextToken ();\r
 275 if (!token.equals ("ID_NOT_SPECIFIED")) {\r
 276 seq = this.findName (align, seqId = token, relaxedIdmatching, null);\r
 277 st.nextToken ();\r
 278 } else {\r
 279 seqId = null;\r
 280 try {\r
 281 index = Integer.parseInt (st.nextToken ());\r
 282 seq = align.getSequenceAt (index);\r
 283 } catch (ex) {\r
 284 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 285 seq = null;\r
 286 } else {\r
 287 throw ex;\r
 288 }\r
 289 }\r
 290 }if (seq == null) {\r
 291 System.out.println ("Sequence not found: " + line);\r
 292 break;\r
 293 }start = Integer.parseInt (st.nextToken ());\r
 294 end = Integer.parseInt (st.nextToken ());\r
 295 type = st.nextToken ();\r
 296 if (!colours.containsKey (type)) {\r
 297 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (type);\r
 298 colours.put (type, ucs.findColour ('A'));\r
 299 }sf =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (type, desc, "", start, end, featureGroup);\r
 300 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 301 try {\r
 302 score =  new Float (st.nextToken ()).floatValue ();\r
 303 } catch (ex) {\r
 304 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 305 score = 0;\r
 306 } else {\r
 307 throw ex;\r
 308 }\r
 309 }\r
 310 sf.setScore (score);\r
 311 }if (groupLink != null && removeHTML) {\r
 312 sf.addLink (groupLink);\r
 313 sf.description += "%LINK%";\r
 314 }if (typeLink.containsKey (type) && removeHTML) {\r
 315 sf.addLink (typeLink.get (type).toString ());\r
 316 sf.description += "%LINK%";\r
 317 }this.parseDescriptionHTML (sf, removeHTML);\r
 318 seq.addSequenceFeature (sf);\r
 319 while (seqId != null && (seq = align.findName (seq, seqId, false)) != null) {\r
 320 seq.addSequenceFeature ( new jalview.datamodel.SequenceFeature (sf));\r
 321 }\r
 322 GFFFile = false;\r
 323 }\r
 324 }\r
 325 this.resetMatcher ();\r
 326 } catch (ex) {\r
 327 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 328 this.warningMessage = ((this.warningMessage == null) ? "" : this.warningMessage) + "Parsing error at\n" + line;\r
 329 System.out.println ("Error parsing feature file: " + ex + "\n" + line);\r
 330 ex.printStackTrace (System.err);\r
 331 this.resetMatcher ();\r
 332 return false;\r
 333 } else {\r
 334 throw ex;\r
 335 }\r
 336 }\r
 337 return true;\r
 338 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map,java.util.Map,~B,~B");\r
 339 Clazz.defineMethod (c$, "processGffPragma", \r
 340  function (line, gffProps, align, newseqs) {\r
 341 var spacepos = line.indexOf (' ');\r
 342 var pragma = spacepos == -1 ? line.substring (2).trim () : line.substring (2, spacepos);\r
 343 var gffpragma = jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.get (pragma.toLowerCase ());\r
 344 if (gffpragma == null) {\r
 345 return;\r
 346 }switch (gffpragma) {\r
 347 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.gff_version:\r
 348 try {\r
 349 this.gffversion = Integer.parseInt (line.substring (spacepos + 1));\r
 350 } finally {\r
 351 }\r
 352 break;\r
 353 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.feature_ontology:\r
 354 break;\r
 355 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.attribute_ontology:\r
 356 break;\r
 357 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.source_ontology:\r
 358 break;\r
 359 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.species_build:\r
 360 break;\r
 361 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.hash:\r
 362 break;\r
 363 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.fasta:\r
 364 this.process_as_fasta (align, newseqs);\r
 365 break;\r
 366 default:\r
 367 System.err.println ("Ignoring unknown pragma:\n" + line);\r
 368 }\r
 369 }, "~S,java.util.Map,jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.ArrayList");\r
 370 Clazz.defineMethod (c$, "process_as_fasta", \r
 371  function (align, newseqs) {\r
 372 try {\r
 373 this.mark ();\r
 374 } catch (q) {\r
 375 if (Clazz.exceptionOf (q, java.io.IOException)) {\r
 376 } else {\r
 377 throw q;\r
 378 }\r
 379 }\r
 380 var parser = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", []);\r
 381 var includedseqs = parser.getSeqs ();\r
 382 var smatcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (newseqs);\r
 383 for (var p = 0, pSize = includedseqs.size (); p < pSize; p++) {\r
 384 var dummyseq = smatcher.findIdMatch (includedseqs.get (p));\r
 385 if (dummyseq != null) {\r
 386 var mseq = includedseqs.get (p);\r
 387 if (Clazz.instanceOf (dummyseq, jalview.datamodel.SequenceDummy)) {\r
 388 (dummyseq).become (mseq);\r
 389 includedseqs.set (p, dummyseq);\r
 390 }}}\r
 391 for (var seq, $seq = includedseqs.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 392 align.addSequence (seq);\r
 393 }\r
 394 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List");\r
 395 Clazz.defineMethod (c$, "processOrAddSeqFeature", \r
 396 function (align, newseqs, seq, sf, gFFFile, relaxedIdMatching) {\r
 397 var attr = sf.getValue ("ATTRIBUTES");\r
 398 var add = true;\r
 399 if (gFFFile && attr != null) {\r
 400 var nattr = 8;\r
 401 for (var attset, $attset = 0, $$attset = attr.$plit ("\t"); $attset < $$attset.length && ((attset = $$attset[$attset]) || true); $attset++) {\r
 402 if (attset == null || attset.trim ().length == 0) {\r
 403 continue;\r
 404 }nattr++;\r
 405 var set =  new java.util.HashMap ();\r
 406 for (var pair, $pair = 0, $$pair = attset.trim ().$plit (";"); $pair < $$pair.length && ((pair = $$pair[$pair]) || true); $pair++) {\r
 407 pair = pair.trim ();\r
 408 if (pair.length == 0) {\r
 409 continue;\r
 410 }var eqpos = pair.indexOf ('=');\r
 411 var sppos = pair.indexOf (' ');\r
 412 var key = null;\r
 413 var value = null;\r
 414 if (sppos > -1 && (eqpos == -1 || sppos < eqpos)) {\r
 415 key = pair.substring (0, sppos);\r
 416 value = pair.substring (sppos + 1);\r
 417 } else {\r
 418 if (eqpos > -1 && (sppos == -1 || eqpos < sppos)) {\r
 419 key = pair.substring (0, eqpos);\r
 420 value = pair.substring (eqpos + 1);\r
 421 } else {\r
 422 key = pair;\r
 423 }}if (key != null) {\r
 424 var vals = set.get (key);\r
 425 if (vals == null) {\r
 426 vals =  new java.util.ArrayList ();\r
 427 set.put (key, vals);\r
 428 }if (value != null) {\r
 429 vals.add (value.trim ());\r
 430 }}}\r
 431 try {\r
 432 add = new Boolean (add & this.processGffKey (set, nattr, seq, sf, align, newseqs, relaxedIdMatching)).valueOf ();\r
 433 } catch (ivfe) {\r
 434 if (Clazz.exceptionOf (ivfe, jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException)) {\r
 435 System.err.println (ivfe);\r
 436 } else {\r
 437 throw ivfe;\r
 438 }\r
 439 }\r
 440 }\r
 441 }if (add) {\r
 442 seq.addSequenceFeature (sf);\r
 443 }return add;\r
 444 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceFeature,~B,~B");\r
 445 Clazz.defineMethod (c$, "processGffKey", \r
 446 function (set, nattr, seq, sf, align, newseqs, relaxedIdMatching) {\r
 447 var attr;\r
 448 if (sf.getType ().equals ("similarity")) {\r
 449 var strand = sf.getStrand ();\r
 450 var querySeq = this.findNames (align, newseqs, relaxedIdMatching, set.get (attr = "Query"));\r
 451 if (querySeq == null || querySeq.size () != 1) {\r
 452 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Expecting exactly one sequence in Query field (got " + set.get (attr) + ")");\r
 453 }if (set.containsKey (attr = "Align")) {\r
 454 var alco =  new jalview.datamodel.AlignedCodonFrame ();\r
 455 var codonmapping = this.constructCodonMappingFromAlign (set, attr, strand);\r
 456 alco.addMap (seq, querySeq.get (0), codonmapping);\r
 457 align.addCodonFrame (alco);\r
 458 return false;\r
 459 }}return true;\r
 460 }, "java.util.Map,~N,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceFeature,jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List,~B");\r
 461 Clazz.defineMethod (c$, "constructCodonMappingFromAlign", \r
 462  function (set, attr, strand) {\r
 463 if (strand == 0) {\r
 464 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Invalid strand for a codon mapping (cannot be 0)");\r
 465 }var fromrange =  new java.util.ArrayList ();\r
 466 var torange =  new java.util.ArrayList ();\r
 467 var lastppos = 0;\r
 468 var lastpframe = 0;\r
 469 for (var range, $range = set.get (attr).iterator (); $range.hasNext () && ((range = $range.next ()) || true);) {\r
 470 var ints =  new java.util.ArrayList ();\r
 471 var st =  new java.util.StringTokenizer (range, " ");\r
 472 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 473 var num = st.nextToken ();\r
 474 try {\r
 475 ints.add ( new Integer (num));\r
 476 } catch (nfe) {\r
 477 if (Clazz.exceptionOf (nfe, NumberFormatException)) {\r
 478 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Invalid number in field " + num);\r
 479 } else {\r
 480 throw nfe;\r
 481 }\r
 482 }\r
 483 }\r
 484 if (ints.size () != 3) {\r
 485 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Invalid number of fields for this attribute (" + ints.size () + ")");\r
 486 }fromrange.add ( new Integer (ints.get (0).intValue ()));\r
 487 fromrange.add ( new Integer (ints.get (0).intValue () + strand * ints.get (2).intValue ()));\r
 488 if (ints.get (1).equals (new Integer (lastppos)) && lastpframe > 0) {\r
 489 lastppos += (ints.get (2)).intValue () / 3;\r
 490 lastpframe = (ints.get (2)).intValue () % 3;\r
 491 torange.set (torange.size () - 1,  new Integer (lastppos));\r
 492 } else {\r
 493 torange.add (ints.get (1));\r
 494 lastppos = (ints.get (1)).intValue () + (ints.get (2)).intValue () / 3;\r
 495 lastpframe = (ints.get (2)).intValue () % 3;\r
 496 torange.add ( new Integer (lastppos));\r
 497 }}\r
 498 if (fromrange.size () % 2 == 1) {\r
 499 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Couldn't parse the DNA alignment range correctly");\r
 500 }if (torange.size () % 2 == 1) {\r
 501 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Couldn't parse the protein alignment range correctly");\r
 502 }var frommap =  Clazz.newIntArray (fromrange.size (), 0);\r
 503 var tomap =  Clazz.newIntArray (torange.size (), 0);\r
 504 var p = 0;\r
 505 for (var ip, $ip = fromrange.iterator (); $ip.hasNext () && ((ip = $ip.next ()) || true);) {\r
 506 frommap[p++] = ip.intValue ();\r
 507 }\r
 508 p = 0;\r
 509 for (var ip, $ip = torange.iterator (); $ip.hasNext () && ((ip = $ip.next ()) || true);) {\r
 510 tomap[p++] = ip.intValue ();\r
 511 }\r
 512 return  new jalview.util.MapList (frommap, tomap, 3, 1);\r
 513 }, "java.util.Map,~S,~N");\r
 514 Clazz.defineMethod (c$, "findNames", \r
 515  function (align, newseqs, relaxedIdMatching, list) {\r
 516 var found =  new java.util.ArrayList ();\r
 517 for (var seqId, $seqId = list.iterator (); $seqId.hasNext () && ((seqId = $seqId.next ()) || true);) {\r
 518 var seq = this.findName (align, seqId, relaxedIdMatching, newseqs);\r
 519 if (seq != null) {\r
 520 found.add (seq);\r
 521 }}\r
 522 return found;\r
 523 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List,~B,java.util.List");\r
 524 Clazz.defineMethod (c$, "resetMatcher", \r
 525  function () {\r
 526 this.lastmatchedAl = null;\r
 527 this.matcher = null;\r
 528 });\r
 529 Clazz.defineMethod (c$, "findName", \r
 530  function (align, seqId, relaxedIdMatching, newseqs) {\r
 531 var match = null;\r
 532 if (relaxedIdMatching) {\r
 533 if (this.lastmatchedAl !== align) {\r
 534 this.matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher ((this.lastmatchedAl = align).getSequencesArray ());\r
 535 if (newseqs != null) {\r
 536 this.matcher.addAll (newseqs);\r
 537 }}match = this.matcher.findIdMatch (seqId);\r
 538 } else {\r
 539 match = align.findName (seqId, true);\r
 540 if (match == null && newseqs != null) {\r
 541 for (var m, $m = newseqs.iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {\r
 542 if (seqId.equals (m.getName ())) {\r
 543 return m;\r
 544 }}\r
 545 }}if (match == null && newseqs != null) {\r
 546 match =  new jalview.datamodel.SequenceDummy (seqId);\r
 547 if (relaxedIdMatching) {\r
 548 this.matcher.addAll (java.util.Arrays.asList ( Clazz.newArray (-1, [match])));\r
 549 }newseqs.add (match);\r
 550 }return match;\r
 551 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~B,java.util.List");\r
 552 Clazz.defineMethod (c$, "parseDescriptionHTML", \r
 553 function (sf, removeHTML) {\r
 554 if (sf.getDescription () == null) {\r
 555 return;\r
 556 }var parsed =  new jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks (sf.getDescription (), removeHTML, this.newline);\r
 557 sf.description = (removeHTML) ? parsed.getNonHtmlContent () : sf.description;\r
 558 for (var link, $link = parsed.getLinks ().iterator (); $link.hasNext () && ((link = $link.next ()) || true);) {\r
 559 sf.addLink (link);\r
 560 }\r
 561 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature,~B");\r
 562 Clazz.defineMethod (c$, "printJalviewFormat", \r
 563 function (seqs, visible) {\r
 564 return this.printJalviewFormat (seqs, visible, true, true);\r
 565 }, "~A,java.util.Map");\r
 566 Clazz.defineMethod (c$, "printJalviewFormat", \r
 567 function (seqs, visible, visOnly, nonpos) {\r
 568 var out =  new StringBuffer ();\r
 569 var next;\r
 570 var featuresGen = false;\r
 571 if (visOnly && !nonpos && (visible == null || visible.size () < 1)) {\r
 572 return "No Features Visible";\r
 573 }if (visible != null && visOnly) {\r
 574 var en = visible.keySet ().iterator ();\r
 575 var type;\r
 576 var color;\r
 577 while (en.hasNext ()) {\r
 578 type = en.next ().toString ();\r
 579 if (Clazz.instanceOf (visible.get (type), jalview.schemes.GraduatedColor)) {\r
 580 var gc = visible.get (type);\r
 581 color = (gc.isColourByLabel () ? "label|" : "") + jalview.util.Format.getHexString (gc.getMinColor ()) + "|" + jalview.util.Format.getHexString (gc.getMaxColor ()) + (gc.isAutoScale () ? "|" : "|abso|") + gc.getMin () + "|" + gc.getMax () + "|";\r
 582 if (gc.getThreshType () != -1) {\r
 583 if (gc.getThreshType () == 0) {\r
 584 color += "below";\r
 585 } else {\r
 586 if (gc.getThreshType () != 1) {\r
 587 System.err.println ("WARNING: Unsupported threshold type (" + gc.getThreshType () + ") : Assuming 'above'");\r
 588 }color += "above";\r
 589 }color += "|" + gc.getThresh ();\r
 590 } else {\r
 591 color += "none";\r
 592 }} else if (Clazz.instanceOf (visible.get (type), java.awt.Color)) {\r
 593 color = jalview.util.Format.getHexString (visible.get (type));\r
 594 } else {\r
 595 color = jalview.util.Format.getHexString ( new java.awt.Color (Integer.parseInt (visible.get (type).toString ())));\r
 596 }out.append (type);\r
 597 out.append ("\t");\r
 598 out.append (color);\r
 599 out.append (this.newline);\r
 600 }\r
 601 }var groups =  new java.util.Vector ();\r
 602 var groupIndex = 0;\r
 603 var isnonpos = false;\r
 604 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
 605 next = seqs[i].getSequenceFeatures ();\r
 606 if (next != null) {\r
 607 for (var j = 0; j < next.length; j++) {\r
 608 isnonpos = next[j].begin == 0 && next[j].end == 0;\r
 609 if ((!nonpos && isnonpos) || (!isnonpos && visOnly && !visible.containsKey (next[j].type))) {\r
 610 continue;\r
 611 }if (next[j].featureGroup != null && !groups.contains (next[j].featureGroup)) {\r
 612 groups.addElement (next[j].featureGroup);\r
 613 }}\r
 614 }}\r
 615 var group = null;\r
 616 do {\r
 617 if (groups.size () > 0 && groupIndex < groups.size ()) {\r
 618 group = groups.elementAt (groupIndex).toString ();\r
 619 out.append (this.newline);\r
 620 out.append ("STARTGROUP\t");\r
 621 out.append (group);\r
 622 out.append (this.newline);\r
 623 } else {\r
 624 group = null;\r
 625 }for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
 626 next = seqs[i].getSequenceFeatures ();\r
 627 if (next != null) {\r
 628 for (var j = 0; j < next.length; j++) {\r
 629 isnonpos = next[j].begin == 0 && next[j].end == 0;\r
 630 if ((!nonpos && isnonpos) || (!isnonpos && visOnly && !visible.containsKey (next[j].type))) {\r
 631 continue;\r
 632 }if (group != null && (next[j].featureGroup == null || !next[j].featureGroup.equals (group))) {\r
 633 continue;\r
 634 }if (group == null && next[j].featureGroup != null) {\r
 635 continue;\r
 636 }featuresGen = true;\r
 637 if (next[j].description == null || next[j].description.equals ("")) {\r
 638 out.append (next[j].type + "\t");\r
 639 } else {\r
 640 if (next[j].links != null && next[j].getDescription ().indexOf ("<html>") == -1) {\r
 641 out.append ("<html>");\r
 642 }out.append (next[j].description + " ");\r
 643 if (next[j].links != null) {\r
 644 for (var l = 0; l < next[j].links.size (); l++) {\r
 645 var label = next[j].links.elementAt (l).toString ();\r
 646 var href = label.substring (label.indexOf ("|") + 1);\r
 647 label = label.substring (0, label.indexOf ("|"));\r
 648 if (next[j].description.indexOf (href) == -1) {\r
 649 out.append ("<a href=\"" + href + "\">" + label + "</a>");\r
 650 }}\r
 651 if (next[j].getDescription ().indexOf ("</html>") == -1) {\r
 652 out.append ("</html>");\r
 653 }}out.append ("\t");\r
 654 }out.append (seqs[i].getName ());\r
 655 out.append ("\t-1\t");\r
 656 out.append ("" + next[j].begin);\r
 657 out.append ("\t");\r
 658 out.append ("" + next[j].end);\r
 659 out.append ("\t");\r
 660 out.append (next[j].type);\r
 661 if (!Float.isNaN (next[j].score)) {\r
 662 out.append ("\t");\r
 663 out.append (next[j].score);\r
 664 }out.append (this.newline);\r
 665 }\r
 666 }}\r
 667 if (group != null) {\r
 668 out.append ("ENDGROUP\t");\r
 669 out.append (group);\r
 670 out.append (this.newline);\r
 671 groupIndex++;\r
 672 } else {\r
 673 break;\r
 674 }} while (groupIndex < groups.size () + 1);\r
 675 if (!featuresGen) {\r
 676 return "No Features Visible";\r
 677 }return out.toString ();\r
 678 }, "~A,java.util.Map,~B,~B");\r
 679 Clazz.defineMethod (c$, "printGFFFormat", \r
 680 function (seqs, visible) {\r
 681 return this.printGFFFormat (seqs, visible, true, true);\r
 682 }, "~A,java.util.Map");\r
 683 Clazz.defineMethod (c$, "printGFFFormat", \r
 684 function (seqs, visible, visOnly, nonpos) {\r
 685 var out =  new StringBuffer ();\r
 686 var next;\r
 687 var source;\r
 688 var isnonpos;\r
 689 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
 690 if (seqs[i].getSequenceFeatures () != null) {\r
 691 next = seqs[i].getSequenceFeatures ();\r
 692 for (var j = 0; j < next.length; j++) {\r
 693 isnonpos = next[j].begin == 0 && next[j].end == 0;\r
 694 if ((!nonpos && isnonpos) || (!isnonpos && visOnly && !visible.containsKey (next[j].type))) {\r
 695 continue;\r
 696 }source = next[j].featureGroup;\r
 697 if (source == null) {\r
 698 source = next[j].getDescription ();\r
 699 }out.append (seqs[i].getName ());\r
 700 out.append ("\t");\r
 701 out.append (source);\r
 702 out.append ("\t");\r
 703 out.append (next[j].type);\r
 704 out.append ("\t");\r
 705 out.append ("" + next[j].begin);\r
 706 out.append ("\t");\r
 707 out.append ("" + next[j].end);\r
 708 out.append ("\t");\r
 709 out.append (next[j].score);\r
 710 out.append ("\t");\r
 711 if (next[j].getValue ("STRAND") != null) {\r
 712 out.append (next[j].getValue ("STRAND"));\r
 713 out.append ("\t");\r
 714 } else {\r
 715 out.append (".\t");\r
 716 }if (next[j].getValue ("FRAME") != null) {\r
 717 out.append (next[j].getValue ("FRAME"));\r
 718 } else {\r
 719 out.append (".");\r
 720 }if (next[j].getValue ("ATTRIBUTES") != null) {\r
 721 out.append (next[j].getValue ("ATTRIBUTES"));\r
 722 }out.append (this.newline);\r
 723 }\r
 724 }}\r
 725 return out.toString ();\r
 726 }, "~A,java.util.Map,~B,~B");\r
 727 Clazz.defineMethod (c$, "parse", \r
 728 function () {\r
 729 });\r
 730 Clazz.overrideMethod (c$, "print", \r
 731 function () {\r
 732 return "USE printGFFFormat() or printJalviewFormat()";\r
 733 });\r
 734 c$.$FeaturesFile$InvalidGFF3FieldException$ = function () {\r
 735 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 736 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 737 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 738 this.field = null;\r
 739 this.value = null;\r
 740 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 741 }, jalview.io.FeaturesFile, "InvalidGFF3FieldException", Exception);\r
 742 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 743 function (a, b, c) {\r
 744 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, [c + " (Field was " + a + " and value was " + b.get (a).toString ()]);\r
 745 this.field = a;\r
 746 this.value = b.get (a).toString ();\r
 747 }, "~S,java.util.Map,~S");\r
 748 c$ = Clazz.p0p ();\r
 749 };\r
 750 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 751 c$ = Clazz.declareType (jalview.io.FeaturesFile, "GffPragmas", Enum);\r
 752 Clazz.defineEnumConstant (c$, "gff_version", 0, []);\r
 753 Clazz.defineEnumConstant (c$, "sequence_region", 1, []);\r
 754 Clazz.defineEnumConstant (c$, "feature_ontology", 2, []);\r
 755 Clazz.defineEnumConstant (c$, "attribute_ontology", 3, []);\r
 756 Clazz.defineEnumConstant (c$, "source_ontology", 4, []);\r
 757 Clazz.defineEnumConstant (c$, "species_build", 5, []);\r
 758 Clazz.defineEnumConstant (c$, "fasta", 6, []);\r
 759 Clazz.defineEnumConstant (c$, "hash", 7, []);\r
 760 c$ = Clazz.p0p ();\r
 761 Clazz.defineStatics (c$,\r
 762 "GFFPRAGMA", null);\r
 763 {\r
 764 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA =  new java.util.HashMap ();\r
 765 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("sequence-region", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.sequence_region);\r
 766 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("feature-ontology", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.feature_ontology);\r
 767 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("#", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.hash);\r
 768 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("fasta", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.fasta);\r
 769 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("species-build", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.species_build);\r
 770 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("source-ontology", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.source_ontology);\r
 771 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("attribute-ontology", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.attribute_ontology);\r
 772 }});\r