site/j2s/jalview/io/ModellerDescription.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["java.util.Hashtable"], "jalview.io.ModellerDescription", ["jalview.datamodel.DBRefSource", "jalview.jsdev.RegExp", "java.util.StringTokenizer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.seqTypes = null;\r
   5 this.Fields = null;\r
   6 this.TYPE = 0;\r
   7 this.LOCALID = 1;\r
   8 this.START = 2;\r
   9 this.START_CHAIN = 3;\r
  10 this.END = 4;\r
  11 this.END_CHAIN = 5;\r
  12 this.DESCRIPTION1 = 6;\r
  13 this.DESCRIPTION2 = 7;\r
  14 this.RESOLUTION = 8;\r
  15 this.TAIL = 9;\r
  16 this.Types = null;\r
  17 this.Padding = null;\r
  18 this.fields = null;\r
  19 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.io.ModellerDescription.resCode")) {\r
  20 jalview.io.ModellerDescription.$ModellerDescription$resCode$ ();\r
  21 }\r
  22 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  23 }, jalview.io, "ModellerDescription");\r
  24 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  25 this.seqTypes =  Clazz.newArray (-1, ["sequence", "structure", "structureX", "structureN"]);\r
  26 this.Fields =  Clazz.newArray (-1, ["objectType", "objectId", "startField", "startCode", "endField", "endCode", "description1", "description2", "resolutionField", "tailField"]);\r
  27 this.Types =  Clazz.newIntArray (-1, [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0]);\r
  28 this.Padding =  Clazz.newCharArray (-1, [' ', ' ', ' ', '.', ' ', '.', '.', '.', '.', '.']);\r
  29 this.fields =  new java.util.Hashtable ();\r
  30 });\r
  31 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  32 function () {\r
  33 this.fields.put (this.Fields[9], "");\r
  34 });\r
  35 Clazz.defineMethod (c$, "validResidueCode", \r
  36  function (field) {\r
  37 var val = null;\r
  38 var r = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["\\s*((([-0-9]+).?)|FIRST|LAST|@)"]);\r
  39 if (!r.search (field)) {\r
  40 return null;\r
  41 }var value = r.stringMatchedI (3);\r
  42 if (value == null) {\r
  43 value = r.stringMatchedI (1);\r
  44 }try {\r
  45 val = Integer.$valueOf (value);\r
  46 return Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.ModellerDescription.resCode, this, null, field, val);\r
  47 } catch (e) {\r
  48 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  49 } else {\r
  50 throw e;\r
  51 }\r
  52 }\r
  53 return Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.ModellerDescription.resCode, this, null, field, null);\r
  54 }, "~S");\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "parseDescription", \r
  56  function (desc) {\r
  57 var fields =  new java.util.Hashtable ();\r
  58 var st =  new java.util.StringTokenizer (desc, ":", true);\r
  59 var field;\r
  60 var type = -1;\r
  61 if (st.countTokens () > 0) {\r
  62 var i = 0;\r
  63 field = st.nextToken (":");\r
  64 do {\r
  65 if (this.seqTypes[i].equalsIgnoreCase (field)) {\r
  66 break;\r
  67 }} while (++i < this.seqTypes.length);\r
  68 if (i < this.seqTypes.length) {\r
  69 st.nextToken ();\r
  70 type = i;\r
  71 i = 1;\r
  72 while (i < 9 && st.hasMoreTokens ()) {\r
  73 if ((field = st.nextToken (":")) != null) {\r
  74 if (!field.equals (":")) {\r
  75 if (this.Types[i] == 1) {\r
  76 var val = this.validResidueCode (field);\r
  77 if (val != null) {\r
  78 fields.put ( String.instantialize (this.Fields[i] + "num"), val);\r
  79 } else {\r
  80 type = -1;\r
  81 };}fields.put (this.Fields[i++], field);\r
  82 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
  83 st.nextToken ();\r
  84 }} else {\r
  85 i++;\r
  86 }}}\r
  87 if (i == 9) {\r
  88 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
  89 var tl = st.nextToken (":");\r
  90 field += tl.equals (":") ? tl : (":" + tl);\r
  91 }\r
  92 fields.put (this.Fields[9], field);\r
  93 }}}if (type == -1) {\r
  94 fields =  new java.util.Hashtable ();\r
  95 fields.put (this.Fields[9],  String.instantialize (desc));\r
  96 } else {\r
  97 fields.put (this.Fields[0], this.seqTypes[type]);\r
  98 }return fields;\r
  99 }, "~S");\r
 100 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 101 function (desc) {\r
 102 if (desc == null) {\r
 103 desc = "";\r
 104 }this.fields = this.parseDescription (desc);\r
 105 }, "~S");\r
 106 Clazz.defineMethod (c$, "setStartCode", \r
 107 function (v) {\r
 108 var r;\r
 109 this.fields.put (this.Fields[2] + "num", r = Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.ModellerDescription.resCode, this, null, v));\r
 110 this.fields.put (this.Fields[2], r.field);\r
 111 }, "~N");\r
 112 Clazz.defineMethod (c$, "setEndCode", \r
 113 function (v) {\r
 114 var r;\r
 115 this.fields.put (this.Fields[4] + "num", r = Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.ModellerDescription.resCode, this, null, v));\r
 116 this.fields.put (this.Fields[4], r.field);\r
 117 }, "~N");\r
 118 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 119 function (seq) {\r
 120 if (seq.getDescription () != null) {\r
 121 this.fields = this.parseDescription (seq.getDescription ());\r
 122 }if (this.isModellerFieldset ()) {\r
 123 if (this.getStartCode () == null || (this.getStartNum () != seq.getStart () && this.getStartCode ().val != null)) {\r
 124 this.setStartCode (seq.getStart ());\r
 125 }if (this.getEndCode () == null || (this.getEndNum () != seq.getEnd () && this.getStartCode () != null && this.getStartCode ().val != null)) {\r
 126 this.setEndCode (seq.getEnd ());\r
 127 }} else {\r
 128 this.setStartCode (seq.getStart ());\r
 129 this.setEndCode (seq.getEnd ());\r
 130 this.fields.put (this.Fields[1], seq.getName ());\r
 131 var t = 0;\r
 132 if (seq.getDatasetSequence () != null && seq.getDatasetSequence ().getDBRef () != null) {\r
 133 var dbr = seq.getDatasetSequence ().getDBRef ();\r
 134 var i;\r
 135 var j;\r
 136 for (i = 0, j = dbr.length; i < j; i++) {\r
 137 if (dbr[i] != null) {\r
 138 if (dbr[i].getSource ().equals (jalview.datamodel.DBRefSource.PDB)) {\r
 139 this.fields.put (this.Fields[1], dbr[i].getAccessionId ());\r
 140 t = 2;\r
 141 break;\r
 142 }}}\r
 143 }this.fields.put (this.Fields[0], this.seqTypes[t]);\r
 144 }}, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "isModellerFieldset", \r
 146 function () {\r
 147 return (this.fields.containsKey (this.Fields[0]));\r
 148 });\r
 149 Clazz.defineMethod (c$, "getDescriptionLine", \r
 150 function () {\r
 151 var desc = "";\r
 152 var lastfield = this.Fields.length - 1;\r
 153 if (this.isModellerFieldset ()) {\r
 154 var value;\r
 155 for (; lastfield > 6; lastfield--) {\r
 156 if (this.fields.containsKey (this.Fields[lastfield])) {\r
 157 break;\r
 158 }}\r
 159 for (var i = 0; i < lastfield; i++) {\r
 160 value = this.fields.get (this.Fields[i]);\r
 161 if (value != null && value.length > 0) {\r
 162 desc += (this.fields.get (this.Fields[i])) + ":";\r
 163 } else {\r
 164 desc += this.Padding[i] + ":";\r
 165 }}\r
 166 }if (this.fields.containsKey (this.Fields[lastfield])) {\r
 167 desc += this.fields.get (this.Fields[lastfield]);\r
 168 } else {\r
 169 desc += ".";\r
 170 }return desc;\r
 171 });\r
 172 Clazz.defineMethod (c$, "getStartNum", \r
 173 function () {\r
 174 var start = 0;\r
 175 var val = this.getStartCode ();\r
 176 if (val != null && val.val != null) {\r
 177 return val.val.intValue ();\r
 178 }return start;\r
 179 });\r
 180 Clazz.defineMethod (c$, "getStartCode", \r
 181 function () {\r
 182 if (this.isModellerFieldset () && this.fields.containsKey (this.Fields[2] + "num")) {\r
 183 return this.fields.get (this.Fields[2] + "num");\r
 184 }return null;\r
 185 });\r
 186 Clazz.defineMethod (c$, "getEndCode", \r
 187 function () {\r
 188 if (this.isModellerFieldset () && this.fields.containsKey (this.Fields[4] + "num")) {\r
 189 return this.fields.get (this.Fields[4] + "num");\r
 190 }return null;\r
 191 });\r
 192 Clazz.defineMethod (c$, "getEndNum", \r
 193 function () {\r
 194 var end = 0;\r
 195 var val = this.getEndCode ();\r
 196 if (val != null && val.val != null) {\r
 197 return val.val.intValue ();\r
 198 }return end;\r
 199 });\r
 200 Clazz.defineMethod (c$, "updateSequenceI", \r
 201 function (newSeq) {\r
 202 if (this.isModellerFieldset ()) {\r
 203 var rc = this.getStartCode ();\r
 204 if (rc != null && rc.val != null) {\r
 205 newSeq.setStart (this.getStartNum ());\r
 206 } else {\r
 207 newSeq.setStart (1);\r
 208 }rc = this.getEndCode ();\r
 209 if (rc != null && rc.val != null) {\r
 210 newSeq.setEnd (this.getEndNum ());\r
 211 } else {\r
 212 newSeq.setEnd (newSeq.getStart () + newSeq.getLength ());\r
 213 }return true;\r
 214 }return false;\r
 215 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 216 c$.$ModellerDescription$resCode$ = function () {\r
 217 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 218 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 219 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 220 this.val = null;\r
 221 this.field = null;\r
 222 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 223 }, jalview.io.ModellerDescription, "resCode");\r
 224 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 225 function (a, b) {\r
 226 this.val = b;\r
 227 this.field = a;\r
 228 }, "~S,Integer");\r
 229 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 230 function (a) {\r
 231 this.val =  new Integer (a);\r
 232 this.field = this.val.toString ();\r
 233 }, "~N");\r
 234 c$ = Clazz.p0p ();\r
 235 };\r
 236 });\r