site/j2s/jalview/io/PIRFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile", "java.util.Vector"], "jalview.io.PIRFile", ["jalview.io.ModellerDescription", "jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.words = null;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.io, "PIRFile", jalview.io.AlignFile);\r
   7 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
   8 this.words =  new java.util.Vector ();\r
   9 });\r
  10 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  11 function () {\r
  12 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.PIRFile, []);\r
  13 });\r
  14 Clazz.overrideMethod (c$, "parse", \r
  15 function () {\r
  16 var sequence;\r
  17 var line = null;\r
  18 var md;\r
  19 while ((line = this.nextLine ()) != null) {\r
  20 if (line.length == 0) {\r
  21 continue;\r
  22 }if (line.indexOf ("C;") == 0 || line.indexOf ("#") == 0) {\r
  23 continue;\r
  24 }var newSeq = this.parseId (line.substring (line.indexOf (";") + 1));\r
  25 sequence =  new StringBuffer ();\r
  26 newSeq.setDescription (this.nextLine ());\r
  27 var starFound = false;\r
  28 while (!starFound) {\r
  29 line = this.nextLine ();\r
  30 sequence.append (line);\r
  31 if (line == null) {\r
  32 break;\r
  33 }if (line.indexOf ("*") > -1) {\r
  34 starFound = true;\r
  35 }}\r
  36 if (sequence.length () > 0) {\r
  37 sequence.setLength (sequence.length () - 1);\r
  38 newSeq.setSequence (sequence.toString ());\r
  39 this.seqs.addElement (newSeq);\r
  40 md =  new jalview.io.ModellerDescription (newSeq.getDescription ());\r
  41 md.updateSequenceI (newSeq);\r
  42 }}\r
  43 });\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  45 function () {\r
  46 return this.print (this.getSeqsAsArray ());\r
  47 });\r
  48 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  49 function (s) {\r
  50 var is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide (s);\r
  51 var len = 72;\r
  52 var out =  new StringBuffer ();\r
  53 var i = 0;\r
  54 var md;\r
  55 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
  56 var seq = s[i].getSequenceAsString ();\r
  57 seq = seq + "*";\r
  58 if (is_NA) {\r
  59 out.append (">N1;" + s[i].getName ());\r
  60 out.append (this.newline);\r
  61 if (s[i].getDescription () == null) {\r
  62 out.append (s[i].getName () + " " + (s[i].getEnd () - s[i].getStart () + 1));\r
  63 out.append (is_NA ? " bases" : " residues");\r
  64 out.append (this.newline);\r
  65 } else {\r
  66 out.append (s[i].getDescription ());\r
  67 out.append (this.newline);\r
  68 }} else {\r
  69 if (jalview.io.PIRFile.useModellerOutput) {\r
  70 out.append (">P1;" + s[i].getName ());\r
  71 out.append (this.newline);\r
  72 md =  new jalview.io.ModellerDescription (s[i]);\r
  73 out.append (md.getDescriptionLine ());\r
  74 out.append (this.newline);\r
  75 } else {\r
  76 out.append (">P1;" + this.printId (s[i]));\r
  77 out.append (this.newline);\r
  78 if (s[i].getDescription () != null) {\r
  79 out.append (s[i].getDescription ());\r
  80 out.append (this.newline);\r
  81 } else {\r
  82 out.append (s[i].getName () + " " + (s[i].getEnd () - s[i].getStart () + 1) + " residues");\r
  83 out.append (this.newline);\r
  84 }}}var nochunks = (Clazz.doubleToInt (seq.length / len)) + 1;\r
  85 for (var j = 0; j < nochunks; j++) {\r
  86 var start = j * len;\r
  87 var end = start + len;\r
  88 if (end < seq.length) {\r
  89 out.append (seq.substring (start, end));\r
  90 out.append (this.newline);\r
  91 } else if (start < seq.length) {\r
  92 out.append (seq.substring (start));\r
  93 out.append (this.newline);\r
  94 }}\r
  95 i++;\r
  96 }\r
  97 return out.toString ();\r
  98 }, "~A");\r
  99 Clazz.defineStatics (c$,\r
 100 "useModellerOutput", false);\r
 101 });\r