site/j2s/jalview/io/PhylipFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.PhylipFile", ["java.io.IOException", "java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "PhylipFile", jalview.io.AlignFile);\r
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "parse", \r
   5 function () {\r
   6 try {\r
   7 var line = this.nextLine ();\r
   8 var lineElements = line.trim ().$plit ("\\s+");\r
   9 if (lineElements.length < 2) {\r
  10 throw  new java.io.IOException ("First line must contain the number of specifies and number of characters");\r
  11 }var numberSpecies = Integer.parseInt (lineElements[0]);\r
  12 var numberCharacters = Integer.parseInt (lineElements[1]);\r
  13 if (numberSpecies <= 0) {\r
  14 return;\r
  15 }var sequenceElements =  new Array (numberSpecies);\r
  16 var sequences =  new Array (numberSpecies);\r
  17 for (var i = 0; i < numberSpecies; i++) {\r
  18 line = this.nextLine ();\r
  19 var potentialName = line.substring (0, 10);\r
  20 var tabIndex = potentialName.indexOf ('\t');\r
  21 if (tabIndex == -1) {\r
  22 sequenceElements[i] = this.parseId (this.validateName (potentialName));\r
  23 sequences[i] =  new StringBuffer (this.removeWhitespace (line.substring (10)));\r
  24 } else {\r
  25 sequenceElements[i] = this.parseId (this.validateName (potentialName.substring (0, tabIndex)));\r
  26 sequences[i] =  new StringBuffer (this.removeWhitespace (line.substring (tabIndex)));\r
  27 }}\r
  28 if ((sequences[0]).length () != numberCharacters) {\r
  29 var i = 0;\r
  30 for (line = this.nextLine (); line != null; line = this.nextLine ()) {\r
  31 if (line.length > 0) {\r
  32 sequences[i++].append (this.removeWhitespace (line));\r
  33 }if (i == sequences.length) {\r
  34 i = 0;\r
  35 }}\r
  36 }for (var i = 0; i < numberSpecies; i++) {\r
  37 if (sequences[i].length () != numberCharacters) {\r
  38 throw  new java.io.IOException (sequenceElements[i].getName () + " sequence is incorrect length - should be " + numberCharacters + " but is " + sequences[i].length ());\r
  39 }sequenceElements[i].setSequence (sequences[i].toString ());\r
  40 this.seqs.add (sequenceElements[i]);\r
  41 }\r
  42 } catch (e) {\r
  43 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
  44 System.err.println ("Exception parsing PHYLIP file " + e);\r
  45 e.printStackTrace (System.err);\r
  46 throw e;\r
  47 } else {\r
  48 throw e;\r
  49 }\r
  50 }\r
  51 });\r
  52 Clazz.defineMethod (c$, "removeWhitespace", \r
  53  function (txt) {\r
  54 return txt.replaceAll ("\\s*", "");\r
  55 }, "~S");\r
  56 Clazz.defineMethod (c$, "validateName", \r
  57  function (name) {\r
  58 var invalidCharacters =  Clazz.newCharArray (-1, ['(', ')', '[', ']', ':', ';', ',']);\r
  59 for (var c, $c = 0, $$c = invalidCharacters; $c < $$c.length && ((c = $$c[$c]) || true); $c++) {\r
  60 if (name.indexOf (c) > -1) {\r
  61 throw  new java.io.IOException ("Species name contains illegal character " + c);\r
  62 }}\r
  63 return name;\r
  64 }, "~S");\r
  65 Clazz.overrideMethod (c$, "print", \r
  66 function () {\r
  67 var sb =  new StringBuffer (Integer.toString (this.seqs.size ()));\r
  68 sb.append (" ");\r
  69 sb.append ((this.seqs.size () > 0) ? Integer.toString (this.seqs.get (0).getSequence ().length) : "0").append (this.newline);\r
  70 var sequential = false;\r
  71 var numInterleavedColumns = 60;\r
  72 var sequenceLength = 0;\r
  73 for (var s, $s = this.seqs.iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {\r
  74 var name = s.getName ();\r
  75 if (name.length > 10) {\r
  76 name = name.substring (0, 10);\r
  77 } else {\r
  78 name = String.format ("%1$-10s", [s.getName ()]);\r
  79 }sb.append (name);\r
  80 if (sequential) {\r
  81 sb.append (s.getSequence ());\r
  82 } else {\r
  83 sequenceLength = s.getSequence ().length;\r
  84 sb.append (s.getSequence (0, Math.min (numInterleavedColumns, sequenceLength)));\r
  85 }sb.append (this.newline);\r
  86 }\r
  87 if (!sequential && sequenceLength > numInterleavedColumns) {\r
  88 var numMatrics = Clazz.doubleToInt (sequenceLength / numInterleavedColumns);\r
  89 if ((sequenceLength % numInterleavedColumns) > 0) {\r
  90 numMatrics++;\r
  91 }for (var i = 1; i < numMatrics; i++) {\r
  92 sb.append (this.newline);\r
  93 var start = i * numInterleavedColumns;\r
  94 for (var s, $s = this.seqs.iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {\r
  95 sb.append (s.getSequence (start, Math.min (start + numInterleavedColumns, sequenceLength))).append (this.newline);\r
  96 }\r
  97 }\r
  98 }return sb.toString ();\r
  99 });\r
 100 Clazz.defineStatics (c$,\r
 101 "FILE_EXT", "phy",\r
 102 "FILE_DESC", "PHYLIP");\r
 103 });\r