site/j2s/jalview/io/PileUpfile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.MSFfile"], "jalview.io.PileUpfile", ["jalview.util.Format", "java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "PileUpfile", jalview.io.MSFfile);
   4 Clazz.makeConstructor (c$,
   5 function () {
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.PileUpfile, []);
   7 });
   8 Clazz.defineMethod (c$, "print",
   9 function () {
  10 return this.print (this.getSeqsAsArray ());
  11 });
  12 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  13 function (s) {
  14 var out =  new StringBuffer ("PileUp");
  15 out.append (this.newline);
  16 out.append (this.newline);
  17 var max = 0;
  18 var maxid = 0;
  19 var i = 0;
  20 var bigChecksum = 0;
  21 var checksums =  Clazz.newIntArray (s.length, 0);
  22 while (i < s.length) {
  23 checksums[i] = this.checkSum (s[i].getSequenceAsString ());
  24 bigChecksum += checksums[i];
  25 i++;
  26 }
  27 out.append ("   MSF: " + s[0].getSequence ().length + "   Type: P    Check:  " + bigChecksum % 10000 + "   ..");
  28 out.append (this.newline);
  29 out.append (this.newline);
  30 out.append (this.newline);
  31 i = 0;
  32 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {
  33 var seq = s[i].getSequenceAsString ();
  34 out.append (" Name: " + this.printId (s[i]) + " oo  Len:  " + seq.length + "  Check:  " + checksums[i] + "  Weight:  1.00");
  35 out.append (this.newline);
  36 if (seq.length > max) {
  37 max = seq.length;
  38 }if (s[i].getName ().length > maxid) {
  39 maxid = s[i].getName ().length;
  40 }i++;
  41 }
  42 if (maxid < 10) {
  43 maxid = 10;
  44 }maxid++;
  45 out.append (this.newline);
  46 out.append (this.newline);
  47 out.append ("//");
  48 out.append (this.newline);
  49 out.append (this.newline);
  50 var len = 50;
  51 var nochunks = (Clazz.doubleToInt (max / len)) + 1;
  52 if ((max % len) == 0) {
  53 nochunks--;
  54 }for (i = 0; i < nochunks; i++) {
  55 var j = 0;
  56 while ((j < s.length) && (s[j] != null)) {
  57 var name = this.printId (s[j]);
  58 out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form (name + " "));
  59 for (var k = 0; k < 5; k++) {
  60 var start = (i * 50) + (k * 10);
  61 var end = start + 10;
  62 if ((end < s[j].getSequence ().length) && (start < s[j].getSequence ().length)) {
  63 out.append (s[j].getSequence (start, end));
  64 if (k < 4) {
  65 out.append (" ");
  66 } else {
  67 out.append (this.newline);
  68 }} else {
  69 if (start < s[j].getSequence ().length) {
  70 out.append (s[j].getSequenceAsString ().substring (start));
  71 out.append (this.newline);
  72 } else {
  73 if (k == 0) {
  74 out.append (this.newline);
  75 }}}}
  76 j++;
  77 }
  78 out.append (this.newline);
  79 }
  80 return out.toString ();
  81 }, "~A");
  82 });