site/j2s/jalview/io/PileUpfile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.MSFfile"], "jalview.io.PileUpfile", ["jalview.util.Format", "java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "PileUpfile", jalview.io.MSFfile);\r
   4 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   5 function () {\r
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.PileUpfile, []);\r
   7 });\r
   8 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
   9 function () {\r
  10 return this.print (this.getSeqsAsArray ());\r
  11 });\r
  12 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  13 function (s) {\r
  14 var out =  new StringBuffer ("PileUp");\r
  15 out.append (this.newline);\r
  16 out.append (this.newline);\r
  17 var max = 0;\r
  18 var maxid = 0;\r
  19 var i = 0;\r
  20 var bigChecksum = 0;\r
  21 var checksums =  Clazz.newIntArray (s.length, 0);\r
  22 while (i < s.length) {\r
  23 checksums[i] = this.checkSum (s[i].getSequenceAsString ());\r
  24 bigChecksum += checksums[i];\r
  25 i++;\r
  26 }\r
  27 out.append ("   MSF: " + s[0].getSequence ().length + "   Type: P    Check:  " + bigChecksum % 10000 + "   ..");\r
  28 out.append (this.newline);\r
  29 out.append (this.newline);\r
  30 out.append (this.newline);\r
  31 i = 0;\r
  32 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
  33 var seq = s[i].getSequenceAsString ();\r
  34 out.append (" Name: " + this.printId (s[i]) + " oo  Len:  " + seq.length + "  Check:  " + checksums[i] + "  Weight:  1.00");\r
  35 out.append (this.newline);\r
  36 if (seq.length > max) {\r
  37 max = seq.length;\r
  38 }if (s[i].getName ().length > maxid) {\r
  39 maxid = s[i].getName ().length;\r
  40 }i++;\r
  41 }\r
  42 if (maxid < 10) {\r
  43 maxid = 10;\r
  44 }maxid++;\r
  45 out.append (this.newline);\r
  46 out.append (this.newline);\r
  47 out.append ("//");\r
  48 out.append (this.newline);\r
  49 out.append (this.newline);\r
  50 var len = 50;\r
  51 var nochunks = (Clazz.doubleToInt (max / len)) + 1;\r
  52 if ((max % len) == 0) {\r
  53 nochunks--;\r
  54 }for (i = 0; i < nochunks; i++) {\r
  55 var j = 0;\r
  56 while ((j < s.length) && (s[j] != null)) {\r
  57 var name = this.printId (s[j]);\r
  58 out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form (name + " "));\r
  59 for (var k = 0; k < 5; k++) {\r
  60 var start = (i * 50) + (k * 10);\r
  61 var end = start + 10;\r
  62 if ((end < s[j].getSequence ().length) && (start < s[j].getSequence ().length)) {\r
  63 out.append (s[j].getSequence (start, end));\r
  64 if (k < 4) {\r
  65 out.append (" ");\r
  66 } else {\r
  67 out.append (this.newline);\r
  68 }} else {\r
  69 if (start < s[j].getSequence ().length) {\r
  70 out.append (s[j].getSequenceAsString ().substring (start));\r
  71 out.append (this.newline);\r
  72 } else {\r
  73 if (k == 0) {\r
  74 out.append (this.newline);\r
  75 }}}}\r
  76 j++;\r
  77 }\r
  78 out.append (this.newline);\r
  79 }\r
  80 return out.toString ();\r
  81 }, "~A");\r
  82 });\r