site/j2s/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.javascript");
   2 Clazz.load (["jalview.javascript.JSFunctionExec", "$.JsCallBack", "jalview.structure.StructureListener"], "jalview.javascript.MouseOverStructureListener", ["jalview.api.AlignmentViewPanel", "jalview.appletgui.FeatureRenderer", "jalview.ext.jmol.JmolCommands", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "java.net.URL", "java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this._listenerfn = null;
   5 this.modelSet = null;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.javascript, "MouseOverStructureListener", jalview.javascript.JSFunctionExec, [jalview.javascript.JsCallBack, jalview.structure.StructureListener]);
   8 Clazz.makeConstructor (c$,
   9 function (jalviewLite, listener, modelList) {
  10 Clazz.superConstructor (this, jalview.javascript.MouseOverStructureListener, [jalviewLite]);
  11 this._listenerfn = listener;
  12 this.modelSet = modelList;
  13 if (this.modelSet != null) {
  14 for (var i = 0; i < this.modelSet.length; i++) {
  15 try {
  16 if ( new java.net.URL (this.modelSet[i]).openConnection () != null) {
  17 continue;
  18 }} catch (x) {
  19 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
  20 } else {
  21 throw x;
  22 }
  23 }
  24 ;try {
  25 var db = this.jvlite.getDocumentBase ().toString ();
  26 db = db.substring (0, db.lastIndexOf ("/"));
  27 if ( new java.net.URL (db + "/" + this.modelSet[i]).openConnection () != null) {
  28 this.modelSet[i] = db + "/" + this.modelSet[i];
  29 continue;
  30 }} catch (x) {
  31 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
  32 } else {
  33 throw x;
  34 }
  35 }
  36 ;try {
  37 if ( new java.net.URL (this.jvlite.getCodeBase () + this.modelSet[i]).openConnection () != null) {
  38 this.modelSet[i] = this.jvlite.getCodeBase () + this.modelSet[i];
  39 continue;
  40 }} catch (x) {
  41 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
  42 } else {
  43 throw x;
  44 }
  45 }
  46 ;}
  47 }}, "jalview.bin.JalviewLite,~S,~A");
  48 Clazz.overrideMethod (c$, "getPdbFile",
  49 function () {
  50 return this.modelSet;
  51 });
  52 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverStructure",
  53 function (atomIndex, strInfo) {
  54 }, "~N,~S");
  55 Clazz.overrideMethod (c$, "highlightAtoms",
  56 function (atoms) {
  57 for (var atom, $atom = atoms.iterator (); $atom.hasNext () && ((atom = $atom.next ()) || true);) {
  58 try {
  59 this.executeJavascriptFunction (this._listenerfn,  Clazz.newArray (-1, ["mouseover", "" + atom.getPdbFile (), "" + atom.getChain (), "" + (atom.getPdbResNum ()), "" + atom.getAtomIndex ()]));
  60 } catch (ex) {
  61 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  62 System.err.println ("Couldn't execute callback with " + this._listenerfn + " for atomSpec: " + atom);
  63 ex.printStackTrace ();
  64 } else {
  65 throw ex;
  66 }
  67 }
  68 }
  69 }, "java.util.List");
  70 Clazz.overrideMethod (c$, "updateColours",
  71 function (srce) {
  72 var source = srce;
  73 var ssm = jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.jvlite);
  74 if (Clazz.instanceOf (source, jalview.api.AlignmentViewPanel)) {
  75 var sequence =  new Array (this.modelSet.length);
  76 for (var m = 0; m < this.modelSet.length; m++) {
  77 var sm = ssm.getMapping (this.modelSet[m]);
  78 if (sm != null && sm.length > 0) {
  79 sequence[m] =  new Array (sm.length);
  80 for (var i = 0; i < sm.length; i++) {
  81 sequence[m][i] = sm[i].getSequence ();
  82 }
  83 } else {
  84 sequence[m] =  new Array (0);
  85 }}
  86 var sr = (source).getSequenceRenderer ();
  87 var fr = (source).av.isShowSequenceFeatures () ?  new jalview.appletgui.FeatureRenderer ((source).av) : null;
  88 if (fr != null) {
  89 (fr).transferSettings ((source).getFeatureRenderer ());
  90 };var ccomands =  new java.util.ArrayList ();
  91 var pdbfn =  new java.util.ArrayList ();
  92 var colcommands = jalview.ext.jmol.JmolCommands.getColourBySequenceCommand (ssm, this.modelSet, sequence, sr, fr, (source).getAlignment ());
  93 if (colcommands == null) {
  94 return;
  95 }var sz = 0;
  96 for (var ccset, $ccset = 0, $$ccset = colcommands; $ccset < $$ccset.length && ((ccset = $$ccset[$ccset]) || true); $ccset++) {
  97 sz += ccset.commands.length;
  98 ccomands.add (ccset.commands);
  99 pdbfn.add (ccset.mapping);
 100 }
 101 var mclass;
 102 var mhandle;
 103 var ccomandset =  new Array (sz);
 104 sz = 0;
 105 for (var ccset, $ccset = ccomands.iterator (); $ccset.hasNext () && ((ccset = $ccset.next ()) || true);) {
 106 System.arraycopy (ccset, 0, ccomandset, sz, ccset.length);
 107 sz += ccset.length;
 108 }
 109 if (this.jvlite.isJsMessageSetChanged (mclass = "colourstruct", mhandle = (source).av.getViewId (), ccomandset)) {
 110 this.jvlite.setJsMessageSet (mclass, mhandle, ccomandset);
 111 var st =  Clazz.newArray (-1, ["colourstruct", "" + (source).av.getViewId (), "" + ccomandset.length, this.jvlite.arrayToSeparatorList (pdbfn.toArray ( new Array (pdbfn.size ())))]);
 112 try {
 113 this.executeJavascriptFunction (true, this._listenerfn, st);
 114 } catch (ex) {
 115 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 116 System.err.println ("Couldn't execute callback with " + this._listenerfn + " using args { " + st[0] + ", " + st[1] + ", " + st[2] + "," + st[3] + "}");
 117 ex.printStackTrace ();
 118 } else {
 119 throw ex;
 120 }
 121 }
 122 }}}, "~O");
 123 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignFrame",
 124 function () {
 125 return null;
 126 });
 127 Clazz.overrideMethod (c$, "getListenerFunction",
 128 function () {
 129 return this._listenerfn;
 130 });
 131 Clazz.defineMethod (c$, "finalise",
 132 function () {
 133 this.jvlite = null;
 134 Clazz.superCall (this, jalview.javascript.MouseOverStructureListener, "finalize", []);
 135 });
 136 Clazz.overrideMethod (c$, "releaseReferences",
 137 function (svl) {
 138 }, "~O");
 139 Clazz.overrideMethod (c$, "isListeningFor",
 140 function (seq) {
 141 return true;
 142 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 143 });