site/j2s/jalview/jsdev/GenericFileAdapter.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.jsdev");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", ["jalview.datamodel.AlignmentI", "jalview.io.FileParse", "java.io.BufferedReader", "$.InputStreamReader", "java.net.URL"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.jsdev, "GenericFileAdapter", jalview.io.AlignFile);\r
   4 c$.getFile = Clazz.defineMethod (c$, "getFile", \r
   5 function (fileType, params) {\r
   6 var cl = null;\r
   7 try {\r
   8 cl = Clazz._4Name ("jalview.io." + fileType);\r
   9 } catch (e) {\r
  10 if (Clazz.exceptionOf (e, ClassNotFoundException)) {\r
  11 System.err.println ("did not find file jalview.io." + fileType);\r
  12 return null;\r
  13 } else {\r
  14 throw e;\r
  15 }\r
  16 }\r
  17 var m;\r
  18 var ex = null;\r
  19 try {\r
  20 switch (params.length) {\r
  21 case 0:\r
  22 return cl.newInstance ();\r
  23 case 1:\r
  24 m = (Clazz.instanceOf (params[0], jalview.io.FileParse) ? cl.getConstructor ([jalview.io.FileParse]) : cl.getConstructor ([jalview.datamodel.AlignmentI]));\r
  25 break;\r
  26 case 2:\r
  27 m = cl.getConstructor ([String, String]);\r
  28 break;\r
  29 default:\r
  30 return null;\r
  31 }\r
  32 return m.newInstance (params);\r
  33 } catch (e$$) {\r
  34 if (Clazz.exceptionOf (e$$, InstantiationException)) {\r
  35 var e = e$$;\r
  36 {\r
  37 ex = e;\r
  38 }\r
  39 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, IllegalAccessException)) {\r
  40 var e = e$$;\r
  41 {\r
  42 ex = e;\r
  43 }\r
  44 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, NoSuchMethodException)) {\r
  45 var e = e$$;\r
  46 {\r
  47 ex = e;\r
  48 }\r
  49 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, SecurityException)) {\r
  50 var e = e$$;\r
  51 {\r
  52 ex = e;\r
  53 }\r
  54 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, IllegalArgumentException)) {\r
  55 var e = e$$;\r
  56 {\r
  57 ex = e;\r
  58 }\r
  59 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, java.lang.reflect.InvocationTargetException)) {\r
  60 var e = e$$;\r
  61 {\r
  62 ex = e;\r
  63 }\r
  64 } else {\r
  65 throw e$$;\r
  66 }\r
  67 }\r
  68 if (ex != null) {\r
  69 System.err.println ("Error in GenericFileAdapter: " + ex);\r
  70 {\r
  71 alert(ex)\r
  72 }}return null;\r
  73 }, "~S,~A");\r
  74 c$.isJS = Clazz.defineMethod (c$, "isJS", \r
  75 function () {\r
  76 {\r
  77 return true;\r
  78 }});\r
  79 c$.getReader = Clazz.defineMethod (c$, "getReader", \r
  80 function (fileName, forceURL) {\r
  81 if (!forceURL && !jalview.jsdev.GenericFileAdapter.isJS ()) return  new java.io.BufferedReader ( new java.io.FileReader (fileName));\r
  82 if (fileName.indexOf ("//") < 0) fileName = "file://" + fileName;\r
  83 return  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader ( new java.net.URL (fileName).openStream ()));\r
  84 }, "~S,~B");\r
  85 });\r