site/j2s/jalview/renderer/AnnotationRenderer.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.renderer");\r
   2 Clazz.load (["jalview.util.Platform", "java.awt.Color"], "jalview.renderer.AnnotationRenderer", ["jalview.analysis.AAFrequency", "$.CodingUtils", "$.StructureFrequency", "jalview.jsdev.RegExp", "jalview.schemes.NucleotideColourScheme", "$.ResidueProperties", "$.ZappoColourScheme", "java.awt.BasicStroke", "java.awt.geom.AffineTransform", "java.util.BitSet"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.debugRedraw = false;\r
   5 this.charWidth = 0;\r
   6 this.endRes = 0;\r
   7 this.charHeight = 0;\r
   8 this.validCharWidth = false;\r
   9 this.hasHiddenColumns = false;\r
  10 this.fm = null;\r
  11 this.MAC = false;\r
  12 this.av_renderHistogram = true;\r
  13 this.av_renderProfile = true;\r
  14 this.av_normaliseProfile = false;\r
  15 this.profcolour = null;\r
  16 this.columnSelection = null;\r
  17 this.hconsensus = null;\r
  18 this.complementConsensus = null;\r
  19 this.hStrucConsensus = null;\r
  20 this.av_ignoreGapsConsensus = false;\r
  21 this.fadedImage = null;\r
  22 this.annotationPanel = null;\r
  23 this.imgWidth = 0;\r
  24 this.sOffset = 0;\r
  25 this.visHeight = 0;\r
  26 this.useClip = true;\r
  27 this.canClip = false;\r
  28 this.rna = false;\r
  29 this.sdNOTCANONICAL_COLOUR = null;\r
  30 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  31 }, jalview.renderer, "AnnotationRenderer");\r
  32 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  33 this.MAC = jalview.util.Platform.isAMac ();\r
  34 });\r
  35 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  36 function () {\r
  37 this.construct (false);\r
  38 });\r
  39 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  40 function (debugRedraw) {\r
  41 this.debugRedraw = debugRedraw;\r
  42 }, "~B");\r
  43 Clazz.defineMethod (c$, "drawStemAnnot", \r
  44 function (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {\r
  45 g.setColor (jalview.renderer.AnnotationRenderer.STEM_COLOUR);\r
  46 var sCol = (Clazz.doubleToInt (lastSSX / this.charWidth)) + startRes;\r
  47 var x1 = lastSSX;\r
  48 var x2 = (x * this.charWidth);\r
  49 var closeparen = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["(\\))"]);\r
  50 var dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' ' : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;\r
  51 var diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;\r
  52 var diffdownstream = !validRes || !validEnd || row_annotations[column] == null || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;\r
  53 if (column > 0 && jalview.schemes.ResidueProperties.isCloseParenRNA (dc)) {\r
  54 if (diffupstream) {\r
  55 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset]), 3);\r
  56 x1 += 5;\r
  57 }if (diffdownstream) {\r
  58 x2 -= 1;\r
  59 }} else {\r
  60 if (diffdownstream) {\r
  61 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [x2 - 5, x2 - 5, x2]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset]), 3);\r
  62 x2 -= 5;\r
  63 }if (diffupstream) {\r
  64 x1 += 1;\r
  65 }}g.fillRect (x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);\r
  66 }, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");\r
  67 Clazz.defineMethod (c$, "drawNotCanonicalAnnot", \r
  68 function (g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {\r
  69 g.setColor (nonCanColor);\r
  70 var sCol = (Clazz.doubleToInt (lastSSX / this.charWidth)) + startRes;\r
  71 var x1 = lastSSX;\r
  72 var x2 = (x * this.charWidth);\r
  73 var closeparen = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["}|]|<|[a-z]"]);\r
  74 var dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? "" : row_annotations[column - 1].displayCharacter;\r
  75 var diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null || !dc.equals (row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);\r
  76 var diffdownstream = !validRes || !validEnd || row_annotations[column] == null || !dc.equals (row_annotations[column].displayCharacter);\r
  77 if (column > 0 && closeparen.search (dc)) {\r
  78 if (diffupstream) {\r
  79 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset]), 3);\r
  80 x1 += 5;\r
  81 }if (diffdownstream) {\r
  82 x2 -= 1;\r
  83 }} else {\r
  84 if (diffdownstream) {\r
  85 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [x2 - 5, x2 - 5, x2]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset]), 3);\r
  86 x2 -= 5;\r
  87 }if (diffupstream) {\r
  88 x1 += 1;\r
  89 }}g.fillRect (x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);\r
  90 }, "java.awt.Graphics,java.awt.Color,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");\r
  91 Clazz.defineMethod (c$, "updateFromAwtRenderPanel", \r
  92 function (annotPanel, av) {\r
  93 this.fm = annotPanel.getFontMetrics ();\r
  94 this.annotationPanel = annotPanel;\r
  95 this.fadedImage = annotPanel.getFadedImage ();\r
  96 this.imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth ();\r
  97 var bounds = annotPanel.getVisibleVRange ();\r
  98 if (bounds != null) {\r
  99 this.sOffset = bounds[0];\r
 100 this.visHeight = bounds[1];\r
 101 if (this.visHeight == 0) {\r
 102 this.useClip = false;\r
 103 } else {\r
 104 this.useClip = this.canClip;\r
 105 }} else {\r
 106 this.useClip = false;\r
 107 }this.updateFromAlignViewport (av);\r
 108 }, "jalview.renderer.AwtRenderPanelI,jalview.api.AlignViewportI");\r
 109 Clazz.defineMethod (c$, "updateFromAlignViewport", \r
 110 function (av) {\r
 111 this.charWidth = av.getCharWidth ();\r
 112 this.endRes = av.getEndRes ();\r
 113 this.charHeight = av.getCharHeight ();\r
 114 this.hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns ();\r
 115 this.validCharWidth = av.isValidCharWidth ();\r
 116 this.av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram ();\r
 117 this.av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo ();\r
 118 this.av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo ();\r
 119 this.profcolour = av.getGlobalColourScheme ();\r
 120 if (this.profcolour == null) {\r
 121 this.profcolour = av.getAlignment ().isNucleotide () ?  new jalview.schemes.NucleotideColourScheme () :  new jalview.schemes.ZappoColourScheme ();\r
 122 }this.columnSelection = av.getColumnSelection ();\r
 123 this.hconsensus = av.getSequenceConsensusHash ();\r
 124 this.complementConsensus = av.getComplementConsensusHash ();\r
 125 this.hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash ();\r
 126 this.av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus ();\r
 127 }, "jalview.api.AlignViewportI");\r
 128 Clazz.defineMethod (c$, "getProfileFor", \r
 129 function (aa, column) {\r
 130 if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith ("Consensus") || aa.label.startsWith ("cDNA Consensus"))) {\r
 131 var forComplement = aa.label.startsWith ("cDNA Consensus");\r
 132 if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null && aa.groupRef.isShowSequenceLogo ()) {\r
 133 return jalview.analysis.AAFrequency.extractProfile (aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus ());\r
 134 }if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null) {\r
 135 if (forComplement) {\r
 136 return jalview.analysis.AAFrequency.extractCdnaProfile (this.complementConsensus[column], this.av_ignoreGapsConsensus);\r
 137 } else {\r
 138 return jalview.analysis.AAFrequency.extractProfile (this.hconsensus[column], this.av_ignoreGapsConsensus);\r
 139 }}} else {\r
 140 if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith ("StrucConsensus")) {\r
 141 if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null && this.hStrucConsensus != null && this.hStrucConsensus.length > column) {\r
 142 return jalview.analysis.StructureFrequency.extractProfile (this.hStrucConsensus[column], this.av_ignoreGapsConsensus);\r
 143 }}}return null;\r
 144 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N");\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "drawComponent", \r
 146 function (annotPanel, av, g, activeRow, startRes, endRes) {\r
 147 var stime = System.currentTimeMillis ();\r
 148 var usedFaded = false;\r
 149 this.updateFromAwtRenderPanel (annotPanel, av);\r
 150 this.fm = g.getFontMetrics ();\r
 151 var aa = av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
 152 var temp = 0;\r
 153 if (aa == null) {\r
 154 return false;\r
 155 }var x = 0;\r
 156 var y = 0;\r
 157 var column = 0;\r
 158 var lastSS;\r
 159 var lastSSX;\r
 160 var iconOffset = 0;\r
 161 var validRes = false;\r
 162 var validEnd = false;\r
 163 var labelAllCols = false;\r
 164 var centreColLabels;\r
 165 var centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels ();\r
 166 var scaleColLabel = false;\r
 167 var consensusAnnot = av.getAlignmentConsensusAnnotation ();\r
 168 var structConsensusAnnot = av.getAlignmentStrucConsensusAnnotation ();\r
 169 var complementConsensusAnnot = av.getComplementConsensusAnnotation ();\r
 170 var renderHistogram = true;\r
 171 var renderProfile = true;\r
 172 var normaliseProfile = false;\r
 173 var isRNA = this.rna;\r
 174 var graphGroupDrawn =  new java.util.BitSet ();\r
 175 var charOffset = 0;\r
 176 var fmWidth;\r
 177 var fmScaling = 1;\r
 178 var ofont = g.getFont ();\r
 179 var yfrom = 0;\r
 180 var f_i = 0;\r
 181 var yto = 0;\r
 182 var f_to = 0;\r
 183 var clipst = false;\r
 184 var clipend = false;\r
 185 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {\r
 186 var row = aa[i];\r
 187 isRNA = row.isRNA ();\r
 188 {\r
 189 if (row.groupRef != null && row === row.groupRef.getConsensus ()) {\r
 190 renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram ();\r
 191 renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo ();\r
 192 normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo ();\r
 193 } else if (row === consensusAnnot || row === structConsensusAnnot || row === complementConsensusAnnot) {\r
 194 renderHistogram = this.av_renderHistogram;\r
 195 renderProfile = this.av_renderProfile;\r
 196 normaliseProfile = this.av_normaliseProfile;\r
 197 } else {\r
 198 renderHistogram = true;\r
 199 }}var row_annotations = row.annotations;\r
 200 if (!row.visible) {\r
 201 continue;\r
 202 }centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;\r
 203 labelAllCols = row.showAllColLabels;\r
 204 scaleColLabel = row.scaleColLabel;\r
 205 lastSS = ' ';\r
 206 lastSSX = 0;\r
 207 if (!this.useClip || ((y - this.charHeight) < this.visHeight && (y + row.height + this.charHeight * 2) >= this.sOffset)) {\r
 208 if (!clipst) {\r
 209 clipst = true;\r
 210 yfrom = y;\r
 211 f_i = i;\r
 212 }yto = y;\r
 213 f_to = i;\r
 214 if (row.graph > 0) {\r
 215 if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get (row.graphGroup)) {\r
 216 continue;\r
 217 }y += row.height;\r
 218 if (row.hasText) {\r
 219 iconOffset = this.charHeight - this.fm.getDescent ();\r
 220 y -= this.charHeight;\r
 221 }} else if (row.hasText) {\r
 222 iconOffset = this.charHeight - this.fm.getDescent ();\r
 223 } else {\r
 224 iconOffset = 0;\r
 225 }if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress (row)) {\r
 226 y += this.charHeight;\r
 227 usedFaded = true;\r
 228 g.drawImage (this.fadedImage, 0, y - row.height, this.imgWidth, y, 0, y - row.height, this.imgWidth, y, this.annotationPanel);\r
 229 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 230 continue;\r
 231 }x = (startRes == 0) ? 0 : -1;\r
 232 while (x < endRes - startRes) {\r
 233 if (this.hasHiddenColumns) {\r
 234 column = this.columnSelection.adjustForHiddenColumns (startRes + x);\r
 235 if (column > row_annotations.length - 1) {\r
 236 break;\r
 237 }} else {\r
 238 column = startRes + x;\r
 239 }if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column) || (row_annotations[column] == null)) {\r
 240 validRes = false;\r
 241 } else {\r
 242 validRes = true;\r
 243 }var displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter : null;\r
 244 if (x > -1) {\r
 245 if (activeRow == i) {\r
 246 g.setColor (java.awt.Color.red);\r
 247 if (this.columnSelection != null) {\r
 248 for (var n = 0; n < this.columnSelection.size (); n++) {\r
 249 var v = this.columnSelection.columnAt (n);\r
 250 if (v == column) {\r
 251 g.fillRect (x * this.charWidth, y, this.charWidth, this.charHeight);\r
 252 }}\r
 253 }}if (row.getInvalidStrucPos () > x) {\r
 254 g.setColor (java.awt.Color.orange);\r
 255 g.fillRect (x * this.charWidth, y, this.charWidth, this.charHeight);\r
 256 } else if (row.getInvalidStrucPos () == x) {\r
 257 g.setColor (java.awt.Color.orange.darker ());\r
 258 g.fillRect (x * this.charWidth, y, this.charWidth, this.charHeight);\r
 259 }if (this.validCharWidth && validRes && displayChar != null && (displayChar.length > 0)) {\r
 260 fmWidth = this.fm.charsWidth (displayChar.toCharArray (), 0, displayChar.length);\r
 261 if (scaleColLabel) {\r
 262 if (fmWidth > this.charWidth) {\r
 263 fmScaling = this.charWidth;\r
 264 fmScaling /= fmWidth;\r
 265 g.setFont (ofont.deriveFont (java.awt.geom.AffineTransform.getScaleInstance (fmScaling, 1.0)));\r
 266 fmWidth = this.charWidth;\r
 267 }}charOffset = Clazz.floatToInt ((this.charWidth - fmWidth) / 2);\r
 268 if (row_annotations[column].colour == null) {\r
 269 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 270 } else {\r
 271 g.setColor (row_annotations[column].colour);\r
 272 }if (column == 0 || row.graph > 0) {\r
 273 g.drawString (displayChar, (x * this.charWidth) + charOffset, y + iconOffset);\r
 274 } else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols || !displayChar.equals (row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar.length < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' '))) {\r
 275 g.drawString (displayChar, x * this.charWidth + charOffset, y + iconOffset);\r
 276 }g.setFont (ofont);\r
 277 }}if (row.hasIcons) {\r
 278 var ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure : '-';\r
 279 if (ss == '(') {\r
 280 if (displayChar.indexOf (')') > -1) {\r
 281 ss = ')';\r
 282 }}if (ss == '[') {\r
 283 if ((displayChar.indexOf (']') > -1)) {\r
 284 ss = ']';\r
 285 }}if (ss == '{') {\r
 286 if (displayChar.indexOf ('}') > -1) {\r
 287 ss = '}';\r
 288 }}if (ss == '<') {\r
 289 if (displayChar.indexOf ('<') > -1) {\r
 290 ss = '>';\r
 291 }}if (ss.charCodeAt (0) >= 65) {\r
 292 if (displayChar.indexOf (ss.charCodeAt (0) + 32) > -1) {\r
 293 ss = String.fromCharCode (ss.charCodeAt (0) + 32);\r
 294 }}if (!validRes || (ss != lastSS)) {\r
 295 if (x > -1) {\r
 296 var nb_annot = x - temp;\r
 297 switch (lastSS) {\r
 298 case '(':\r
 299 case ')':\r
 300 this.drawStemAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 301 temp = x;\r
 302 break;\r
 303 case 'H':\r
 304 if (!isRNA) {\r
 305 this.drawHelixAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 306 break;\r
 307 }case 'E':\r
 308 if (!isRNA) {\r
 309 this.drawSheetAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 310 break;\r
 311 }case '{':\r
 312 case '}':\r
 313 case '[':\r
 314 case ']':\r
 315 case '>':\r
 316 case '<':\r
 317 case 'A':\r
 318 case 'a':\r
 319 case 'B':\r
 320 case 'b':\r
 321 case 'C':\r
 322 case 'c':\r
 323 case 'D':\r
 324 case 'd':\r
 325 case 'e':\r
 326 case 'F':\r
 327 case 'f':\r
 328 case 'G':\r
 329 case 'g':\r
 330 case 'h':\r
 331 case 'I':\r
 332 case 'i':\r
 333 case 'J':\r
 334 case 'j':\r
 335 case 'K':\r
 336 case 'k':\r
 337 case 'L':\r
 338 case 'l':\r
 339 case 'M':\r
 340 case 'm':\r
 341 case 'N':\r
 342 case 'n':\r
 343 case 'O':\r
 344 case 'o':\r
 345 case 'P':\r
 346 case 'p':\r
 347 case 'Q':\r
 348 case 'q':\r
 349 case 'R':\r
 350 case 'r':\r
 351 case 'S':\r
 352 case 's':\r
 353 case 'T':\r
 354 case 't':\r
 355 case 'U':\r
 356 case 'u':\r
 357 case 'V':\r
 358 case 'v':\r
 359 case 'W':\r
 360 case 'w':\r
 361 case 'X':\r
 362 case 'x':\r
 363 case 'Y':\r
 364 case 'y':\r
 365 case 'Z':\r
 366 case 'z':\r
 367 var nonCanColor = this.getNotCanonicalColor (lastSS);\r
 368 this.drawNotCanonicalAnnot (g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 369 temp = x;\r
 370 break;\r
 371 default:\r
 372 g.setColor (java.awt.Color.gray);\r
 373 g.fillRect (lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * this.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 374 temp = x;\r
 375 break;\r
 376 }\r
 377 }if (validRes) {\r
 378 lastSS = ss;\r
 379 } else {\r
 380 lastSS = ' ';\r
 381 }if (x > -1) {\r
 382 lastSSX = (x * this.charWidth);\r
 383 }}}column++;\r
 384 x++;\r
 385 }\r
 386 if (column >= row_annotations.length) {\r
 387 column = row_annotations.length - 1;\r
 388 validEnd = false;\r
 389 } else {\r
 390 validEnd = true;\r
 391 }if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column) || (row_annotations[column] == null)) {\r
 392 validRes = false;\r
 393 } else {\r
 394 validRes = true;\r
 395 }if (row.hasIcons) {\r
 396 switch (lastSS) {\r
 397 case 'H':\r
 398 if (!isRNA) {\r
 399 this.drawHelixAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 400 break;\r
 401 }case 'E':\r
 402 if (!isRNA) {\r
 403 this.drawSheetAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 404 break;\r
 405 }case '(':\r
 406 case ')':\r
 407 this.drawStemAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 408 break;\r
 409 case '{':\r
 410 case '}':\r
 411 case '[':\r
 412 case ']':\r
 413 case '>':\r
 414 case '<':\r
 415 case 'A':\r
 416 case 'a':\r
 417 case 'B':\r
 418 case 'b':\r
 419 case 'C':\r
 420 case 'c':\r
 421 case 'D':\r
 422 case 'd':\r
 423 case 'e':\r
 424 case 'F':\r
 425 case 'f':\r
 426 case 'G':\r
 427 case 'g':\r
 428 case 'h':\r
 429 case 'I':\r
 430 case 'i':\r
 431 case 'J':\r
 432 case 'j':\r
 433 case 'K':\r
 434 case 'k':\r
 435 case 'L':\r
 436 case 'l':\r
 437 case 'M':\r
 438 case 'm':\r
 439 case 'N':\r
 440 case 'n':\r
 441 case 'O':\r
 442 case 'o':\r
 443 case 'P':\r
 444 case 'p':\r
 445 case 'Q':\r
 446 case 'q':\r
 447 case 'R':\r
 448 case 'r':\r
 449 case 'T':\r
 450 case 't':\r
 451 case 'U':\r
 452 case 'u':\r
 453 case 'V':\r
 454 case 'v':\r
 455 case 'W':\r
 456 case 'w':\r
 457 case 'X':\r
 458 case 'x':\r
 459 case 'Y':\r
 460 case 'y':\r
 461 case 'Z':\r
 462 case 'z':\r
 463 var nonCanColor = this.getNotCanonicalColor (lastSS);\r
 464 this.drawNotCanonicalAnnot (g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 465 break;\r
 466 default:\r
 467 this.drawGlyphLine (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);\r
 468 break;\r
 469 }\r
 470 }if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0) {\r
 471 if (row.graph == 2) {\r
 472 if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get (row.graphGroup)) {\r
 473 var groupmax = -999999;\r
 474 var groupmin = 9999999;\r
 475 for (var gg = 0; gg < aa.length; gg++) {\r
 476 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup) {\r
 477 continue;\r
 478 }if (aa[gg] !== row) {\r
 479 aa[gg].visible = false;\r
 480 }if (aa[gg].graphMax > groupmax) {\r
 481 groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 482 }if (aa[gg].graphMin < groupmin) {\r
 483 groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 484 }}\r
 485 for (var gg = 0; gg < aa.length; gg++) {\r
 486 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup) {\r
 487 this.drawLineGraph (g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes, endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);\r
 488 }}\r
 489 graphGroupDrawn.set (row.graphGroup);\r
 490 } else {\r
 491 this.drawLineGraph (g, row, row_annotations, startRes, endRes, y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);\r
 492 }} else if (row.graph == 1) {\r
 493 this.drawBarGraph (g, row, row_annotations, startRes, endRes, row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram, renderProfile, normaliseProfile);\r
 494 }}} else {\r
 495 if (clipst && !clipend) {\r
 496 clipend = true;\r
 497 }}if (row.graph > 0 && row.hasText) {\r
 498 y += this.charHeight;\r
 499 }if (row.graph == 0) {\r
 500 y += aa[i].height;\r
 501 }}\r
 502 if (this.debugRedraw) {\r
 503 if (this.canClip) {\r
 504 if (clipst) {\r
 505 System.err.println ("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");\r
 506 }if (clipend) {\r
 507 System.err.println ("End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");\r
 508 }};System.err.println ("Annotation Rendering time:" + (System.currentTimeMillis () - stime));\r
 509 };return !usedFaded;\r
 510 }, "jalview.renderer.AwtRenderPanelI,jalview.api.AlignViewportI,java.awt.Graphics,~N,~N,~N");\r
 511 Clazz.defineMethod (c$, "drawGlyphLine", \r
 512 function (g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {\r
 513 g.setColor (jalview.renderer.AnnotationRenderer.GLYPHLINE_COLOR);\r
 514 g.fillRect (lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * this.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 515 }, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");\r
 516 Clazz.defineMethod (c$, "drawSheetAnnot", \r
 517 function (g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {\r
 518 g.setColor (jalview.renderer.AnnotationRenderer.SHEET_COLOUR);\r
 519 if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null || row[column].secondaryStructure != 'E') {\r
 520 g.fillRect (lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * this.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 521 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [(x * this.charWidth) - 4, (x * this.charWidth) - 4, (x * this.charWidth)]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset]), 3);\r
 522 } else {\r
 523 g.fillRect (lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * this.charWidth - lastSSX, 7);\r
 524 }}, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");\r
 525 Clazz.defineMethod (c$, "drawHelixAnnot", \r
 526 function (g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {\r
 527 g.setColor (jalview.renderer.AnnotationRenderer.HELIX_COLOUR);\r
 528 var sCol = (Clazz.doubleToInt (lastSSX / this.charWidth)) + startRes;\r
 529 var x1 = lastSSX;\r
 530 var x2 = (x * this.charWidth);\r
 531 if (this.MAC) {\r
 532 var ofs = Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2);\r
 533 g.fillRoundRect (lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);\r
 534 if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H') {\r
 535 } else {\r
 536 g.fillRoundRect (lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);\r
 537 }if (!validRes || row[column] == null || row[column].secondaryStructure != 'H') {\r
 538 } else {\r
 539 g.fillRoundRect (lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);\r
 540 }return;\r
 541 }if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H') {\r
 542 g.fillArc (lastSSX, y + 4 + iconOffset, this.charWidth, 8, 90, 180);\r
 543 x1 += Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2);\r
 544 }if (!validRes || row[column] == null || row[column].secondaryStructure != 'H') {\r
 545 g.fillArc ((x * this.charWidth) - this.charWidth, y + 4 + iconOffset, this.charWidth, 8, 270, 180);\r
 546 x2 -= Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2);\r
 547 }g.fillRect (x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 548 }, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");\r
 549 Clazz.defineMethod (c$, "drawLineGraph", \r
 550 function (g, _aa, aa_annotations, sRes, eRes, y, min, max, graphHeight) {\r
 551 if (sRes > aa_annotations.length) {\r
 552 return;\r
 553 }var x = 0;\r
 554 if (eRes < this.endRes) {\r
 555 eRes++;\r
 556 }eRes = Math.min (eRes, aa_annotations.length);\r
 557 if (sRes == 0) {\r
 558 x++;\r
 559 }var y1 = y;\r
 560 var y2 = y;\r
 561 var range = max - min;\r
 562 if (min < 0) {\r
 563 y2 = y - Clazz.floatToInt ((0 - min / range) * graphHeight);\r
 564 }g.setColor (java.awt.Color.gray);\r
 565 g.drawLine (x - this.charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * this.charWidth, y2);\r
 566 eRes = Math.min (eRes, aa_annotations.length);\r
 567 var column;\r
 568 var aaMax = aa_annotations.length - 1;\r
 569 while (x < eRes - sRes) {\r
 570 column = sRes + x;\r
 571 if (this.hasHiddenColumns) {\r
 572 column = this.columnSelection.adjustForHiddenColumns (column);\r
 573 }if (column > aaMax) {\r
 574 break;\r
 575 }if (aa_annotations[column] == null || aa_annotations[column - 1] == null) {\r
 576 x++;\r
 577 continue;\r
 578 }if (aa_annotations[column].colour == null) {\r
 579 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 580 } else {\r
 581 g.setColor (aa_annotations[column].colour);\r
 582 }y1 = y - Clazz.floatToInt (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);\r
 583 y2 = y - Clazz.floatToInt (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);\r
 584 g.drawLine (x * this.charWidth - Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2), y1, x * this.charWidth + Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2), y2);\r
 585 x++;\r
 586 }\r
 587 if (_aa.threshold != null) {\r
 588 g.setColor (_aa.threshold.colour);\r
 589 var g2 = g;\r
 590 g2.setStroke ( new java.awt.BasicStroke (1, 2, 1, 3,  Clazz.newFloatArray (-1, [5, 3]), 0));\r
 591 y2 = Clazz.floatToInt (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);\r
 592 g.drawLine (0, y2, (eRes - sRes) * this.charWidth, y2);\r
 593 g2.setStroke ( new java.awt.BasicStroke ());\r
 594 }}, "java.awt.Graphics,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N");\r
 595 Clazz.defineMethod (c$, "drawBarGraph", \r
 596 function (g, _aa, aa_annotations, sRes, eRes, min, max, y, renderHistogram, renderProfile, normaliseProfile) {\r
 597 if (sRes > aa_annotations.length) {\r
 598 return;\r
 599 }var ofont = g.getFont ();\r
 600 eRes = Math.min (eRes, aa_annotations.length);\r
 601 var x = 0;\r
 602 var y1 = y;\r
 603 var y2 = y;\r
 604 var range = max - min;\r
 605 if (min < 0) {\r
 606 y2 = y - Clazz.floatToInt ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);\r
 607 }g.setColor (java.awt.Color.gray);\r
 608 g.drawLine (x, y2, (eRes - sRes) * this.charWidth, y2);\r
 609 var column;\r
 610 var aaMax = aa_annotations.length - 1;\r
 611 while (x < eRes - sRes) {\r
 612 column = sRes + x;\r
 613 if (this.hasHiddenColumns) {\r
 614 column = this.columnSelection.adjustForHiddenColumns (column);\r
 615 }if (column > aaMax) {\r
 616 break;\r
 617 }if (aa_annotations[column] == null) {\r
 618 x++;\r
 619 continue;\r
 620 }if (aa_annotations[column].colour == null) {\r
 621 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 622 } else {\r
 623 g.setColor (aa_annotations[column].colour);\r
 624 }y1 = y - Clazz.floatToInt (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);\r
 625 if (renderHistogram) {\r
 626 if (y1 - y2 > 0) {\r
 627 g.fillRect (x * this.charWidth, y2, this.charWidth, y1 - y2);\r
 628 } else {\r
 629 g.fillRect (x * this.charWidth, y1, this.charWidth, y2 - y1);\r
 630 }}if (renderProfile) {\r
 631 var profl = this.getProfileFor (_aa, column);\r
 632 if (profl != null && profl[2] != 0) {\r
 633 var isStructureProfile = profl[0] == 1;\r
 634 var isCdnaProfile = profl[0] == 2;\r
 635 var ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;\r
 636 var htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);\r
 637 var hght;\r
 638 var wdth;\r
 639 var ht2 = 0;\r
 640 var dc;\r
 641 dc =  Clazz.newCharArray (isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1), '\0');\r
 642 var lm = g.getFontMetrics (ofont).getLineMetrics ("Q", g);\r
 643 var scale = 1 / (normaliseProfile ? profl[2] : 100);\r
 644 var ofontHeight = 1 / lm.getAscent ();\r
 645 var scl = 0.0;\r
 646 var c = 3;\r
 647 var valuesProcessed = 0;\r
 648 while (valuesProcessed < profl[1]) {\r
 649 if (isStructureProfile) {\r
 650 dc[0] = String.fromCharCode (profl[c++]);\r
 651 dc[1] = String.fromCharCode (profl[c++]);\r
 652 } else if (isCdnaProfile) {\r
 653 dc = jalview.analysis.CodingUtils.decodeCodon (profl[c++]);\r
 654 } else {\r
 655 dc[0] = String.fromCharCode (profl[c++]);\r
 656 }wdth = this.charWidth;\r
 657 wdth /= this.fm.charsWidth (dc, 0, dc.length);\r
 658 ht += scl;\r
 659 scl = htn * scale * profl[c++];\r
 660 lm = ofont.getLineMetrics (dc, 0, 1, g.getFontMetrics ().getFontRenderContext ());\r
 661 g.setFont (ofont.deriveFont (java.awt.geom.AffineTransform.getScaleInstance (wdth, scl / lm.getAscent ())));\r
 662 lm = g.getFontMetrics ().getLineMetrics (dc, 0, 1, g);\r
 663 var colour = null;\r
 664 if (isCdnaProfile) {\r
 665 var codonTranslation = jalview.schemes.ResidueProperties.codonTranslate ( String.instantialize (dc));\r
 666 colour = this.profcolour.findColour (codonTranslation.charAt (0), column, null);\r
 667 } else {\r
 668 colour = this.profcolour.findColour (dc[0], column, null);\r
 669 }g.setColor (colour === java.awt.Color.white ? java.awt.Color.lightGray : colour);\r
 670 hght = (ht + (scl - lm.getDescent () - lm.getBaselineOffsets ()[lm.getBaselineIndex ()]));\r
 671 g.drawChars (dc, 0, dc.length, x * this.charWidth, Clazz.doubleToInt (hght));\r
 672 valuesProcessed++;\r
 673 }\r
 674 g.setFont (ofont);\r
 675 }}x++;\r
 676 }\r
 677 if (_aa.threshold != null) {\r
 678 g.setColor (_aa.threshold.colour);\r
 679 var g2 = g;\r
 680 g2.setStroke ( new java.awt.BasicStroke (1, 2, 1, 3,  Clazz.newFloatArray (-1, [5, 3]), 0));\r
 681 y2 = Clazz.floatToInt (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);\r
 682 g.drawLine (0, y2, (eRes - sRes) * this.charWidth, y2);\r
 683 g2.setStroke ( new java.awt.BasicStroke ());\r
 684 }}, "java.awt.Graphics,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B,~B");\r
 685 Clazz.defineMethod (c$, "drawGraph", \r
 686 function (g, _aa, aa_annotations, width, y, sRes, eRes) {\r
 687 eRes = Math.min (eRes, aa_annotations.length);\r
 688 g.setColor (java.awt.Color.white);\r
 689 g.fillRect (0, 0, width, y);\r
 690 g.setColor ( new java.awt.Color (0, 0, 180));\r
 691 var x = 0;\r
 692 var height;\r
 693 for (var j = sRes; j < eRes; j++) {\r
 694 if (aa_annotations[j] != null) {\r
 695 if (aa_annotations[j].colour == null) {\r
 696 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 697 } else {\r
 698 g.setColor (aa_annotations[j].colour);\r
 699 }height = Clazz.floatToInt ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);\r
 700 if (height > y) {\r
 701 height = y;\r
 702 }g.fillRect (x, y - height, this.charWidth, height);\r
 703 }x += this.charWidth;\r
 704 }\r
 705 }, "java.awt.Graphics,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~N,~N");\r
 706 Clazz.defineMethod (c$, "getNotCanonicalColor", \r
 707 function (lastss) {\r
 708 switch (lastss) {\r
 709 case '{':\r
 710 case '}':\r
 711 return  new java.awt.Color (255, 125, 5);\r
 712 case '[':\r
 713 case ']':\r
 714 return  new java.awt.Color (245, 115, 10);\r
 715 case '>':\r
 716 case '<':\r
 717 return  new java.awt.Color (235, 135, 15);\r
 718 case 'A':\r
 719 case 'a':\r
 720 return  new java.awt.Color (225, 105, 20);\r
 721 case 'B':\r
 722 case 'b':\r
 723 return  new java.awt.Color (215, 145, 30);\r
 724 case 'C':\r
 725 case 'c':\r
 726 return  new java.awt.Color (205, 95, 35);\r
 727 case 'D':\r
 728 case 'd':\r
 729 return  new java.awt.Color (195, 155, 45);\r
 730 case 'E':\r
 731 case 'e':\r
 732 return  new java.awt.Color (185, 85, 55);\r
 733 case 'F':\r
 734 case 'f':\r
 735 return  new java.awt.Color (175, 165, 65);\r
 736 case 'G':\r
 737 case 'g':\r
 738 return  new java.awt.Color (170, 75, 75);\r
 739 case 'H':\r
 740 case 'h':\r
 741 return  new java.awt.Color (160, 175, 85);\r
 742 case 'I':\r
 743 case 'i':\r
 744 return  new java.awt.Color (150, 65, 95);\r
 745 case 'J':\r
 746 case 'j':\r
 747 return  new java.awt.Color (140, 185, 105);\r
 748 case 'K':\r
 749 case 'k':\r
 750 return  new java.awt.Color (130, 55, 110);\r
 751 case 'L':\r
 752 case 'l':\r
 753 return  new java.awt.Color (120, 195, 120);\r
 754 case 'M':\r
 755 case 'm':\r
 756 return  new java.awt.Color (110, 45, 130);\r
 757 case 'N':\r
 758 case 'n':\r
 759 return  new java.awt.Color (100, 205, 140);\r
 760 case 'O':\r
 761 case 'o':\r
 762 return  new java.awt.Color (90, 35, 150);\r
 763 case 'P':\r
 764 case 'p':\r
 765 return  new java.awt.Color (85, 215, 160);\r
 766 case 'Q':\r
 767 case 'q':\r
 768 return  new java.awt.Color (75, 25, 170);\r
 769 case 'R':\r
 770 case 'r':\r
 771 return  new java.awt.Color (65, 225, 180);\r
 772 case 'S':\r
 773 case 's':\r
 774 return  new java.awt.Color (55, 15, 185);\r
 775 case 'T':\r
 776 case 't':\r
 777 return  new java.awt.Color (45, 235, 195);\r
 778 case 'U':\r
 779 case 'u':\r
 780 return  new java.awt.Color (35, 5, 205);\r
 781 case 'V':\r
 782 case 'v':\r
 783 return  new java.awt.Color (25, 245, 215);\r
 784 case 'W':\r
 785 case 'w':\r
 786 return  new java.awt.Color (15, 0, 225);\r
 787 case 'X':\r
 788 case 'x':\r
 789 return  new java.awt.Color (10, 255, 235);\r
 790 case 'Y':\r
 791 case 'y':\r
 792 return  new java.awt.Color (5, 150, 245);\r
 793 case 'Z':\r
 794 case 'z':\r
 795 return  new java.awt.Color (0, 80, 255);\r
 796 default:\r
 797 System.out.println ("This is not a interaction : " + lastss);\r
 798 return null;\r
 799 }\r
 800 }, "~S");\r
 801 c$.GLYPHLINE_COLOR = c$.prototype.GLYPHLINE_COLOR = java.awt.Color.gray;\r
 802 c$.SHEET_COLOUR = c$.prototype.SHEET_COLOUR = java.awt.Color.green;\r
 803 c$.HELIX_COLOUR = c$.prototype.HELIX_COLOUR = java.awt.Color.red;\r
 804 c$.STEM_COLOUR = c$.prototype.STEM_COLOUR = java.awt.Color.blue;\r
 805 });\r