site/j2s/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.NucleotideColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "java.awt.Color"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.schemes, "NucleotideColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);\r
   4 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   5 function () {\r
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.NucleotideColourScheme, [jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex, jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotide, 0]);\r
   7 });\r
   8 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
   9 function (c) {\r
  10 return this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
  11 }, "~S");\r
  12 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  13 function (c, j, seq) {\r
  14 var currentColour;\r
  15 if ((this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {\r
  16 try {\r
  17 currentColour = this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
  18 } catch (ex) {\r
  19 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  20 return java.awt.Color.white;\r
  21 } else {\r
  22 throw ex;\r
  23 }\r
  24 }\r
  25 } else {\r
  26 return java.awt.Color.white;\r
  27 }if (this.conservationColouring) {\r
  28 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);\r
  29 }return currentColour;\r
  30 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  31 });\r