site/j2s/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser", ["jalview.schemes.RNAHelicesColour", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.av = null;\r
   5 this.ap = null;\r
   6 this.oldcs = null;\r
   7 this.oldgroupColours = null;\r
   8 this.currentAnnotation = null;\r
   9 this.adjusting = false;\r
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  11 }, jalview.schemes, "RNAHelicesColourChooser");\r
  12 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  13 function (av, ap) {\r
  14 this.oldcs = av.getGlobalColourScheme ();\r
  15 if (av.getAlignment ().getGroups () != null) {\r
  16 this.oldgroupColours =  new java.util.Hashtable ();\r
  17 for (var sg, $sg = ap.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
  18 if (sg.cs != null) {\r
  19 this.oldgroupColours.put (sg, sg.cs);\r
  20 }}\r
  21 }this.av = av;\r
  22 this.ap = ap;\r
  23 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, jalview.schemes.RNAHelicesColour)) {\r
  24 var rhc = this.oldcs;\r
  25 }this.adjusting = true;\r
  26 var list =  new java.util.Vector ();\r
  27 var index = 1;\r
  28 for (var i = 0; i < av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length; i++) {\r
  29 var label = av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].label;\r
  30 if (!list.contains (label)) list.addElement (label);\r
  31  else list.addElement (label + "_" + (index++));\r
  32 }\r
  33 this.adjusting = false;\r
  34 this.changeColour ();\r
  35 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
  36 Clazz.defineMethod (c$, "changeColour", \r
  37 function () {\r
  38 if (this.adjusting) {\r
  39 return;\r
  40 }var rhc = null;\r
  41 rhc =  new jalview.schemes.RNAHelicesColour (this.av.getAlignment ());\r
  42 this.av.setGlobalColourScheme (rhc);\r
  43 if (this.av.getAlignment ().getGroups () != null) {\r
  44 for (var sg, $sg = this.ap.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
  45 if (sg.cs == null) {\r
  46 continue;\r
  47 }sg.cs =  new jalview.schemes.RNAHelicesColour (sg);\r
  48 }\r
  49 }this.ap.paintAlignment (false);\r
  50 });\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "reset", \r
  52 function () {\r
  53 this.av.setGlobalColourScheme (this.oldcs);\r
  54 if (this.av.getAlignment ().getGroups () != null) {\r
  55 for (var sg, $sg = this.ap.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
  56 sg.cs = this.oldgroupColours.get (sg);\r
  57 }\r
  58 }});\r
  59 Clazz.defineMethod (c$, "annotations_actionPerformed", \r
  60 function (e) {\r
  61 this.changeColour ();\r
  62 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
  63 });\r