site/j2s/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "java.awt.Color"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.schemes, "RNAInteractionColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
   4 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
   5 function (c) {
   6 return this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)]];
   7 }, "~S");
   8 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
   9 function (c, j, seq) {
  10 var currentColour;
  11 if ((this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {
  12 try {
  13 currentColour = this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)]];
  14 } catch (ex) {
  15 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  16 return java.awt.Color.white;
  17 } else {
  18 throw ex;
  19 }
  20 }
  21 } else {
  22 return java.awt.Color.white;
  23 }if (this.conservationColouring) {
  24 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);
  25 }return currentColour;
  26 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
  27 });