site/j2s/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "java.awt.Color"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.schemes, "RNAInteractionColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);\r
   4 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
   5 function (c) {\r
   6 return this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
   7 }, "~S");\r
   8 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
   9 function (c, j, seq) {\r
  10 var currentColour;\r
  11 if ((this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {\r
  12 try {\r
  13 currentColour = this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
  14 } catch (ex) {\r
  15 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  16 return java.awt.Color.white;\r
  17 } else {\r
  18 throw ex;\r
  19 }\r
  20 }\r
  21 } else {\r
  22 return java.awt.Color.white;\r
  23 }if (this.conservationColouring) {\r
  24 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);\r
  25 }return currentColour;\r
  26 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  27 });\r