site/j2s/jalview/schemes/ScoreMatrix.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.analysis.scoremodels.PairwiseSeqScoreModel", "jalview.api.analysis.ScoreModelI"], "jalview.schemes.ScoreMatrix", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.name = null;
   5 this.matrix = null;
   6 this.type = 0;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.schemes, "ScoreMatrix", jalview.analysis.scoremodels.PairwiseSeqScoreModel, jalview.api.analysis.ScoreModelI);
   9 Clazz.overrideMethod (c$, "getName",
  10 function () {
  11 return this.name;
  12 });
  13 Clazz.makeConstructor (c$,
  14 function (name, matrix, type) {
  15 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.ScoreMatrix, []);
  16 this.matrix = matrix;
  17 this.type = type;
  18 this.name = name;
  19 }, "~S,~A,~N");
  20 Clazz.overrideMethod (c$, "isDNA",
  21 function () {
  22 return this.type == 1;
  23 });
  24 Clazz.overrideMethod (c$, "isProtein",
  25 function () {
  26 return this.type == 0;
  27 });
  28 Clazz.overrideMethod (c$, "getMatrix",
  29 function () {
  30 return this.matrix;
  31 });
  32 Clazz.defineMethod (c$, "getPairwiseScore",
  33 function (A1, A2) {
  34 return this.getPairwiseScore (A1.charAt (0), A2.charAt (0));
  35 }, "~S,~S");
  36 Clazz.defineMethod (c$, "getPairwiseScore",
  37 function (c, d) {
  38 var pog = 0;
  39 try {
  40 var a = (this.type == 0) ? jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[c.charCodeAt (0)] : jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)];
  41 var b = (this.type == 0) ? jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[d.charCodeAt (0)] : jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[d.charCodeAt (0)];
  42 pog = this.matrix[a][b];
  43 } catch (e) {
  44 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  45 } else {
  46 throw e;
  47 }
  48 }
  49 return pog;
  50 }, "~S,~S");
  51 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
  52 function () {
  53 return this.outputMatrix (false);
  54 });
  55 Clazz.defineMethod (c$, "outputMatrix",
  56 function (html) {
  57 var sb =  new StringBuffer ();
  58 var symbols = (this.type == 0) ? jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex : jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex;
  59 var symMax = (this.type == 0) ? 23 : 10;
  60 var header = true;
  61 if (html) {
  62 sb.append ("<table border=\"1\">");
  63 }for (var sym = 'A'; sym <= 'Z'; sym = String.fromCharCode (sym.charCodeAt (0) + 1)) {
  64 if (symbols[sym.charCodeAt (0)] >= 0 && symbols[sym.charCodeAt (0)] < symMax) {
  65 if (header) {
  66 sb.append (html ? "<tr><td></td>" : "");
  67 for (var sym2 = 'A'; sym2 <= 'Z'; sym2 = String.fromCharCode (sym2.charCodeAt (0) + 1)) {
  68 if (symbols[sym2.charCodeAt (0)] >= 0 && symbols[sym2.charCodeAt (0)] < symMax) {
  69 sb.append ((html ? "<td>&nbsp;" : "\t") + sym2 + (html ? "&nbsp;</td>" : ""));
  70 }}
  71 header = false;
  72 sb.append (html ? "</tr>\n" : "\n");
  73 }if (html) {
  74 sb.append ("<tr>");
  75 }sb.append ((html ? "<td>" : "") + sym + (html ? "</td>" : ""));
  76 for (var sym2 = 'A'; sym2 <= 'Z'; sym2 = String.fromCharCode (sym2.charCodeAt (0) + 1)) {
  77 if (symbols[sym2.charCodeAt (0)] >= 0 && symbols[sym2.charCodeAt (0)] < symMax) {
  78 sb.append ((html ? "<td>" : "\t") + this.matrix[symbols[sym.charCodeAt (0)]][symbols[sym2.charCodeAt (0)]] + (html ? "</td>" : ""));
  79 }}
  80 sb.append (html ? "</tr>\n" : "\n");
  81 }}
  82 if (html) {
  83 sb.append ("</table>");
  84 }return sb.toString ();
  85 }, "~B");
  86 });