site/j2s/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme", "java.awt.Color"], "jalview.schemes.TCoffeeColourScheme", ["jalview.datamodel.AlignmentI", "java.util.ArrayList", "$.IdentityHashMap"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.seqMap = null;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.schemes, "TCoffeeColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
   7 Clazz.makeConstructor (c$,
   8 function (alignment) {
   9 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.TCoffeeColourScheme, []);
  10 this.alignmentChanged (alignment, null);
  11 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI");
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "alignmentChanged",
  13 function (alignment, hiddenReps) {
  14 var annots =  new java.util.ArrayList ();
  15 this.seqMap =  new java.util.IdentityHashMap ();
  16 var alcontext = Clazz.instanceOf (alignment, jalview.datamodel.AlignmentI) ? alignment : alignment.getContext ();
  17 var w = 0;
  18 for (var al, $al = alcontext.findAnnotation ("TCoffeeScore").iterator (); $al.hasNext () && ((al = $al.next ()) || true);) {
  19 if (al.sequenceRef != null && !al.belowAlignment) {
  20 annots.add (al);
  21 if (w < al.annotations.length) {
  22 w = al.annotations.length;
  23 }var scores =  new Array (al.annotations.length);
  24 var i = 0;
  25 for (var an, $an = 0, $$an = al.annotations; $an < $$an.length && ((an = $$an[$an]) || true); $an++) {
  26 scores[i++] = (an != null) ? an.colour : java.awt.Color.white;
  27 }
  28 this.seqMap.put (al.sequenceRef, scores);
  29 }}
  30 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
  31 Clazz.overrideMethod (c$, "findColourSeq",
  32 function (c, j, seq) {
  33 var cols;
  34 if (this.seqMap == null || (cols = this.seqMap.get (seq)) == null) {
  35 return java.awt.Color.white;
  36 }if (j < 0 || j >= cols.length) {
  37 return java.awt.Color.white;
  38 }return cols[j];
  39 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
  40 Clazz.overrideMethod (c$, "applyTo",
  41 function (sg, hiddenRepSequences) {
  42 return  new jalview.schemes.TCoffeeColourScheme (sg);
  43 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
  44 c$.$colors = c$.prototype.$colors =  Clazz.newArray (-1, [ new java.awt.Color (102, 102, 255),  new java.awt.Color (0, 255, 0),  new java.awt.Color (102, 255, 0),  new java.awt.Color (204, 255, 0),  new java.awt.Color (255, 255, 0),  new java.awt.Color (255, 204, 0),  new java.awt.Color (255, 153, 0),  new java.awt.Color (255, 102, 0),  new java.awt.Color (255, 51, 0),  new java.awt.Color (255, 34, 0)]);
  45 });