site/j2s/jalview/util/GroupUrlLink.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");\r
   2 Clazz.load (["java.lang.Exception"], "jalview.util.GroupUrlLink", ["jalview.jsdev.RegExp", "jalview.util.MessageManager", "$.Platform", "$.QuickSort", "java.lang.Error", "$.StringBuffer", "java.util.Hashtable"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException")) {\r
   5 jalview.util.GroupUrlLink.$GroupUrlLink$UrlStringTooLongException$ ();\r
   6 }\r
   7 this.url_prefix = null;\r
   8 this.target = null;\r
   9 this.label = null;\r
  10 this.url_suffix = null;\r
  11 this.separators = null;\r
  12 this.regexReplace = null;\r
  13 this.invalidMessage = null;\r
  14 this.segs = null;\r
  15 this.mtch = null;\r
  16 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  17 }, jalview.util, "GroupUrlLink");\r
  18 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  19 function (link) {\r
  20 var sep = link.indexOf ("|");\r
  21 this.segs =  Clazz.newIntArray (jalview.util.GroupUrlLink.tokens.length, 0);\r
  22 var ntoks = 0;\r
  23 for (var i = 0; i < this.segs.length; i++) {\r
  24 if ((this.segs[i] = link.indexOf ("$" + jalview.util.GroupUrlLink.tokens[i])) > -1) {\r
  25 ntoks++;\r
  26 }}\r
  27 if (ntoks == 0) {\r
  28 this.invalidMessage = "Group URL string must contain at least one of ";\r
  29 for (var i = 0; i < this.segs.length; i++) {\r
  30 this.invalidMessage += " '$" + jalview.util.GroupUrlLink.tokens[i] + "[=/regex=/]$'";\r
  31 }\r
  32 return;\r
  33 }var ptok =  Clazz.newIntArray (ntoks + 1, 0);\r
  34 var tmtch =  new Array (ntoks + 1);\r
  35 this.mtch =  new Array (ntoks);\r
  36 for (var i = 0, t = 0; i < this.segs.length; i++) {\r
  37 if (this.segs[i] > -1) {\r
  38 ptok[t] = this.segs[i];\r
  39 tmtch[t++] = jalview.util.GroupUrlLink.tokens[i];\r
  40 }}\r
  41 ptok[ntoks] = link.length;\r
  42 tmtch[ntoks] = "$$$$$$$$$";\r
  43 jalview.util.QuickSort.sortInt (ptok, tmtch);\r
  44 for (var i = 0; i < ntoks; i++) {\r
  45 this.mtch[i] = tmtch[i];\r
  46 }\r
  47 var p = sep;\r
  48 do {\r
  49 sep = p;\r
  50 p = link.indexOf ("|", sep + 1);\r
  51 } while (p > sep && p < ptok[0]);\r
  52 this.label = link.substring (0, sep);\r
  53 if (this.label.indexOf ("|") > -1) {\r
  54 this.target = this.label.substring (0, this.label.indexOf ("|"));\r
  55 } else if (this.label.indexOf (" ") > 2) {\r
  56 this.target = this.label.substring (0, this.label.indexOf (" "));\r
  57 } else {\r
  58 this.target = this.label;\r
  59 }this.url_prefix = link.substring (sep + 1, ptok[0]);\r
  60 this.url_suffix =  new Array (this.mtch.length);\r
  61 this.regexReplace =  new Array (this.mtch.length);\r
  62 for (var pass = 0; pass < this.mtch.length; pass++) {\r
  63 var mlength = 3 + this.mtch[pass].length;\r
  64 if (link.indexOf ("$" + this.mtch[pass] + "=/") == ptok[pass] && (p = link.indexOf ("/=$", ptok[pass] + mlength)) > ptok[pass] + mlength) {\r
  65 if (ptok[pass + 1] < p + 3) {\r
  66 this.invalidMessage = "Token regexes cannot contain other regexes (did you terminate the $" + this.mtch[pass] + " regex with a '/=$' ?";\r
  67 return;\r
  68 }this.url_suffix[pass] = link.substring (p + 3, ptok[pass + 1]);\r
  69 this.regexReplace[pass] = link.substring (ptok[pass] + mlength, p);\r
  70 try {\r
  71 var rg = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("/" + this.regexReplace[pass] + "/");\r
  72 if (rg == null) {\r
  73 this.invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + this.regexReplace[pass] + "'\n";\r
  74 }} catch (e) {\r
  75 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  76 this.invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + this.regexReplace[pass] + "'\n";\r
  77 } else {\r
  78 throw e;\r
  79 }\r
  80 }\r
  81 } else {\r
  82 this.regexReplace[pass] = null;\r
  83 if ((p = link.indexOf ("$" + this.mtch[pass] + "$")) == ptok[pass]) {\r
  84 this.url_suffix[pass] = link.substring (p + this.mtch[pass].length + 2, ptok[pass + 1]);\r
  85 } else {\r
  86 this.invalidMessage = "Warning: invalid regex structure (after '" + this.mtch[0] + "') for URL link : " + link;\r
  87 }}}\r
  88 var pass = 0;\r
  89 this.separators =  new Array (this.url_suffix.length);\r
  90 var suffices = this.url_suffix[this.url_suffix.length - 1];\r
  91 var lastsep = ",";\r
  92 while ((p = suffices.indexOf ('|')) > -1) {\r
  93 this.separators[pass] = suffices.substring (p + 1);\r
  94 if (pass == 0) {\r
  95 this.url_suffix[this.url_suffix.length - 1] = suffices.substring (0, p);\r
  96 } else {\r
  97 lastsep = (this.separators[pass - 1] = this.separators[pass - 1].substring (0, p));\r
  98 }suffices = this.separators[pass];\r
  99 pass++;\r
 100 }\r
 101 if (pass > 0) {\r
 102 lastsep = this.separators[pass - 1];\r
 103 }while (pass < this.separators.length) {\r
 104 this.separators[pass++] = lastsep;\r
 105 }\r
 106 }, "~S");\r
 107 Clazz.defineMethod (c$, "getUrl_suffix", \r
 108 function () {\r
 109 return this.url_suffix[this.url_suffix.length - 1];\r
 110 });\r
 111 Clazz.defineMethod (c$, "getUrl_prefix", \r
 112 function () {\r
 113 return this.url_prefix;\r
 114 });\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "getTarget", \r
 116 function () {\r
 117 return this.target;\r
 118 });\r
 119 Clazz.defineMethod (c$, "getLabel", \r
 120 function () {\r
 121 return this.label;\r
 122 });\r
 123 Clazz.defineMethod (c$, "getIDRegexReplace", \r
 124 function () {\r
 125 return this._replaceFor (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[0]);\r
 126 });\r
 127 Clazz.defineMethod (c$, "_replaceFor", \r
 128  function (token) {\r
 129 for (var i = 0; i < this.mtch.length; i++) {\r
 130 if (this.segs[i] > -1 && this.mtch[i].equals (token)) {\r
 131 return this.regexReplace[i];\r
 132 }}\r
 133 return null;\r
 134 }, "~S");\r
 135 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqRegexReplace", \r
 136 function () {\r
 137 return this._replaceFor (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[1]);\r
 138 });\r
 139 Clazz.defineMethod (c$, "getInvalidMessage", \r
 140 function () {\r
 141 return this.invalidMessage;\r
 142 });\r
 143 Clazz.defineMethod (c$, "isValid", \r
 144 function () {\r
 145 return this.invalidMessage == null;\r
 146 });\r
 147 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrls", \r
 148 function (idstrings, seqstrings, dsstring, onlyIfMatches) {\r
 149 var rstrings = this.replacementArgs (idstrings, seqstrings, dsstring);\r
 150 return this.makeUrls (rstrings, onlyIfMatches);\r
 151 }, "~A,~A,~S,~B");\r
 152 Clazz.defineMethod (c$, "replacementArgs", \r
 153  function (idstrings, seqstrings, dsstring) {\r
 154 var rstrings =  new java.util.Hashtable ();\r
 155 rstrings.put (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[0], idstrings);\r
 156 rstrings.put (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[1], seqstrings);\r
 157 rstrings.put (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[2],  Clazz.newArray (-1, [dsstring]));\r
 158 if (idstrings.length != seqstrings.length) {\r
 159 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence"));\r
 160 }return rstrings;\r
 161 }, "~A,~A,~S");\r
 162 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrls", \r
 163 function (repstrings, onlyIfMatches) {\r
 164 return this.makeUrlsIf (true, repstrings, onlyIfMatches);\r
 165 }, "java.util.Hashtable,~B");\r
 166 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrlStubs", \r
 167 function (ids, seqstr, string, b) {\r
 168 var rstrings = this.replacementArgs (ids, seqstr, string);\r
 169 var stubs = this.makeUrlsIf (false, rstrings, b);\r
 170 if (stubs != null) {\r
 171 return  Clazz.newArray (-1, [stubs[0], stubs[1], rstrings,  Clazz.newBooleanArray (-1, [b])]);\r
 172 }return null;\r
 173 }, "~A,~A,~S,~B");\r
 174 Clazz.defineMethod (c$, "constructFrom", \r
 175 function (stubs) {\r
 176 var results = this.makeUrlsIf (true, stubs[2], (stubs[3])[0]);\r
 177 return (results[3])[0];\r
 178 }, "~A");\r
 179 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrlsIf", \r
 180 function (createFullUrl, repstrings, onlyIfMatches) {\r
 181 var pass = 0;\r
 182 var idseq =  new Array (this.mtch.length);\r
 183 var mins = 0;\r
 184 var maxs = 0;\r
 185 for (var i = 0; i < this.mtch.length; i++) {\r
 186 idseq[i] = repstrings.get (this.mtch[i]);\r
 187 if (idseq[i].length >= 1) {\r
 188 if (mins == 0 && idseq[i].length == 1) {\r
 189 mins = 1;\r
 190 }if (maxs < 2) {\r
 191 maxs = idseq[i].length;\r
 192 } else {\r
 193 if (maxs != idseq[i].length) {\r
 194 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors",  Clazz.newArray (-1, [(this.mtch[i]), Integer.$valueOf (idseq[i].length).toString (), Integer.$valueOf (maxs).toString ()])));\r
 195 }}} else {\r
 196 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings"));\r
 197 }}\r
 198 var matched =  new Array (idseq.length);\r
 199 var rgxs =  new Array (matched.length);\r
 200 for (pass = 0; pass < matched.length; pass++) {\r
 201 matched[pass] =  new StringBuffer ();\r
 202 if (this.regexReplace[pass] != null) {\r
 203 rgxs[pass] = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("/" + this.regexReplace[pass] + "/");\r
 204 } else {\r
 205 rgxs[pass] = null;\r
 206 }}\r
 207 var urllength = this.url_prefix.length;\r
 208 for (pass = 0; pass < matched.length; pass++) {\r
 209 urllength += this.url_suffix[pass].length;\r
 210 }\r
 211 var thismatched =  Clazz.newBooleanArray (maxs, false);\r
 212 var seqsmatched = 0;\r
 213 for (var sq = 0; sq < maxs; sq++) {\r
 214 thismatched[sq] = false;\r
 215 var thematches =  new Array (rgxs.length);\r
 216 for (pass = 0; pass < rgxs.length; pass++) {\r
 217 thematches[pass] =  new StringBuffer ();\r
 218 if (idseq[pass].length <= sq) {\r
 219 continue;\r
 220 }if (rgxs[pass] != null) {\r
 221 var rg = rgxs[pass];\r
 222 var rematchat = 0;\r
 223 while (rg.searchFrom (idseq[pass][sq], rematchat)) {\r
 224 rematchat = rg.matchedTo ();\r
 225 thismatched[sq] = new Boolean (thismatched[sq] | true).valueOf ();\r
 226 urllength += rg.charsMatched ();\r
 227 if ((urllength + 32) > jalview.util.Platform.getMaxCommandLineLength ()) {\r
 228 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException, this, null, urllength);\r
 229 }if (!createFullUrl) {\r
 230 continue;\r
 231 }var ns = rg.numSubs ();\r
 232 if (ns == 0) {\r
 233 thematches[pass].append (rg.stringMatched ());\r
 234 } else {\r
 235 var subs =  new StringBuffer ();\r
 236 var s = 0;\r
 237 while (s <= ns) {\r
 238 if (s + 1 <= ns && rg.matchedToI (s) > -1 && rg.matchedToI (s + 1) > -1 && rg.matchedToI (s + 1) < rg.matchedToI (s)) {\r
 239 var r = s + 1;\r
 240 var rmtch =  new StringBuffer ();\r
 241 while (r <= ns && rg.matchedToI (r) <= rg.matchedToI (s)) {\r
 242 if (rg.matchedFromI (r) > -1) {\r
 243 rmtch.append (rg.stringMatchedI (r));\r
 244 }r++;\r
 245 }\r
 246 if (rmtch.length () > 0) {\r
 247 subs.append (rmtch);\r
 248 }s = r;\r
 249 } else {\r
 250 if (rg.matchedFromI (s) > -1) {\r
 251 subs.append (rg.stringMatchedI (s));\r
 252 }s++;\r
 253 }}\r
 254 thematches[pass].append (subs);\r
 255 }}\r
 256 } else {\r
 257 if (!onlyIfMatches) {\r
 258 thismatched[sq] = new Boolean (thismatched[sq] | true).valueOf ();\r
 259 urllength += idseq[pass][sq].length;\r
 260 if (createFullUrl) {\r
 261 thematches[pass] =  new StringBuffer (idseq[pass][sq]);\r
 262 }}}}\r
 263 if (thismatched[sq]) {\r
 264 if (createFullUrl) {\r
 265 for (pass = 0; pass < matched.length; pass++) {\r
 266 if (idseq[pass].length > 1 && matched[pass].length () > 0) {\r
 267 matched[pass].append (this.separators[pass]);\r
 268 }matched[pass].append (thematches[pass]);\r
 269 }\r
 270 }seqsmatched++;\r
 271 }}\r
 272 if (seqsmatched == 0 || (createFullUrl && matched[0].length () == 0)) {\r
 273 return null;\r
 274 }if ((urllength + 32) > jalview.util.Platform.getMaxCommandLineLength ()) {\r
 275 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException, this, null, urllength);\r
 276 }if (!createFullUrl) {\r
 277 return  Clazz.newArray (-1, [ Clazz.newIntArray (-1, [seqsmatched]), thismatched]);\r
 278 }var submiturl =  new StringBuffer ();\r
 279 submiturl.append (this.url_prefix);\r
 280 for (pass = 0; pass < matched.length; pass++) {\r
 281 submiturl.append (matched[pass]);\r
 282 if (this.url_suffix[pass] != null) {\r
 283 submiturl.append (this.url_suffix[pass]);\r
 284 }}\r
 285 return  Clazz.newArray (-1, [ Clazz.newIntArray (-1, [seqsmatched]), thismatched, matched,  Clazz.newArray (-1, [submiturl.toString ()])]);\r
 286 }, "~B,java.util.Hashtable,~B");\r
 287 Clazz.defineMethod (c$, "getNumberInvolved", \r
 288 function (urlstub) {\r
 289 return (urlstub[0])[0];\r
 290 }, "~A");\r
 291 Clazz.defineMethod (c$, "getGroupURLType", \r
 292 function () {\r
 293 var r = 0;\r
 294 for (var pass = 0; pass < jalview.util.GroupUrlLink.tokens.length; pass++) {\r
 295 for (var i = 0; i < this.mtch.length; i++) {\r
 296 if (this.mtch[i].equals (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[pass])) {\r
 297 r += 1 << pass;\r
 298 }}\r
 299 }\r
 300 return r;\r
 301 });\r
 302 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 303 function () {\r
 304 var result =  new StringBuffer ();\r
 305 result.append (this.label + "|" + this.url_prefix);\r
 306 var r;\r
 307 for (r = 0; r < this.url_suffix.length; r++) {\r
 308 result.append ("$");\r
 309 result.append (this.mtch[r]);\r
 310 if (this.regexReplace[r] != null) {\r
 311 result.append ("=/");\r
 312 result.append (this.regexReplace[r]);\r
 313 result.append ("/=");\r
 314 }result.append ("$");\r
 315 result.append (this.url_suffix[r]);\r
 316 }\r
 317 for (r = 0; r < this.separators.length; r++) {\r
 318 result.append ("|");\r
 319 result.append (this.separators[r]);\r
 320 }\r
 321 return result.toString ();\r
 322 });\r
 323 c$.formStrings = Clazz.defineMethod (c$, "formStrings", \r
 324 function (seqs) {\r
 325 var idset =  Clazz.newArray (2, seqs.length, null);\r
 326 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
 327 idset[0][i] = seqs[i].getName ();\r
 328 idset[1][i] = seqs[i].getSequenceAsString ();\r
 329 }\r
 330 return idset;\r
 331 }, "~A");\r
 332 Clazz.defineMethod (c$, "setLabel", \r
 333 function (newlabel) {\r
 334 this.label = newlabel;\r
 335 }, "~S");\r
 336 c$.$GroupUrlLink$UrlStringTooLongException$ = function () {\r
 337 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 338 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 339 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 340 this.urlLength = 0;\r
 341 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 342 }, jalview.util.GroupUrlLink, "UrlStringTooLongException", Exception);\r
 343 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 344 function (a) {\r
 345 Clazz.superConstructor (this, jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException, []);\r
 346 this.urlLength = a;\r
 347 }, "~N");\r
 348 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 349 function () {\r
 350 return "Generated url is estimated to be too long (" + this.urlLength + ")";\r
 351 });\r
 352 c$ = Clazz.p0p ();\r
 353 };\r
 354 Clazz.defineStatics (c$,\r
 355 "tokens", null);\r
 356 {\r
 357 if (jalview.util.GroupUrlLink.tokens == null) {\r
 358 jalview.util.GroupUrlLink.tokens =  Clazz.newArray (-1, ["SEQUENCEIDS", "SEQUENCES", "DATASETID"]);\r
 359 }}Clazz.defineStatics (c$,\r
 360 "SEQUENCEIDS", 1,\r
 361 "SEQUENCES", 2,\r
 362 "DATASETID", 4);\r
 363 });\r