site/j2s/jalview/util/UrlLink.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.UrlLink", ["jalview.jsdev.RegExp", "java.util.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.url_suffix = null;
   5 this.url_prefix = null;
   6 this.target = null;
   7 this.label = null;
   8 this.regexReplace = null;
   9 this.dynamic = false;
  10 this.invalidMessage = null;
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);
  12 }, jalview.util, "UrlLink");
  13 Clazz.makeConstructor (c$,
  14 function (link) {
  15 var sep = link.indexOf ("|");
  16 var psqid = link.indexOf ("$SEQUENCE_ID");
  17 if (psqid > -1) {
  18 this.dynamic = true;
  19 var p = sep;
  20 do {
  21 sep = p;
  22 p = link.indexOf ("|", sep + 1);
  23 } while (p > sep && p < psqid);
  24 this.label = link.substring (0, sep);
  25 if (this.label.indexOf ("|") > -1) {
  26 this.target = this.label.substring (0, this.label.indexOf ("|"));
  27 } else if (this.label.indexOf (" ") > 2) {
  28 this.target = this.label.substring (0, this.label.indexOf (" "));
  29 } else {
  30 this.target = this.label;
  31 }this.url_prefix = link.substring (sep + 1, psqid);
  32 if (link.indexOf ("$SEQUENCE_ID=/") == psqid && (p = link.indexOf ("/=$", psqid + 14)) > psqid + 14) {
  33 this.url_suffix = link.substring (p + 3);
  34 this.regexReplace = link.substring (psqid + 14, p);
  35 try {
  36 var rg = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("/" + this.regexReplace + "/");
  37 if (rg == null) {
  38 this.invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + this.regexReplace + "'\n";
  39 }} catch (e) {
  40 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  41 this.invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + this.regexReplace + "'\n";
  42 } else {
  43 throw e;
  44 }
  45 }
  46 } else {
  47 this.regexReplace = null;
  48 if (link.indexOf ("$SEQUENCE_ID$") == psqid) {
  49 this.url_suffix = link.substring (psqid + 13);
  50 this.regexReplace = null;
  51 } else {
  52 this.invalidMessage = "Warning: invalid regex structure for URL link : " + link;
  53 }}} else {
  54 this.target = link.substring (0, sep);
  55 this.label = link.substring (0, sep = link.lastIndexOf ("|"));
  56 this.url_prefix = link.substring (sep + 1);
  57 this.regexReplace = null;
  58 this.url_suffix = null;
  59 }}, "~S");
  60 Clazz.defineMethod (c$, "getUrl_suffix",
  61 function () {
  62 return this.url_suffix;
  63 });
  64 Clazz.defineMethod (c$, "getUrl_prefix",
  65 function () {
  66 return this.url_prefix;
  67 });
  68 Clazz.defineMethod (c$, "getTarget",
  69 function () {
  70 return this.target;
  71 });
  72 Clazz.defineMethod (c$, "getLabel",
  73 function () {
  74 return this.label;
  75 });
  76 Clazz.defineMethod (c$, "getRegexReplace",
  77 function () {
  78 return this.regexReplace;
  79 });
  80 Clazz.defineMethod (c$, "getInvalidMessage",
  81 function () {
  82 return this.invalidMessage;
  83 });
  84 Clazz.defineMethod (c$, "isValid",
  85 function () {
  86 return this.invalidMessage == null;
  87 });
  88 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrls",
  89 function (idstring, onlyIfMatches) {
  90 if (this.dynamic) {
  91 if (this.regexReplace != null) {
  92 var rg = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("/" + this.regexReplace + "/");
  93 if (rg.search (idstring)) {
  94 var ns = rg.numSubs ();
  95 if (ns == 0) {
  96 return  Clazz.newArray (-1, [rg.stringMatchedI (ns), this.url_prefix + rg.stringMatched () + this.url_suffix]);
  97 } else {
  98 for (var s = 0; s <= rg.numSubs (); s++) {
  99 System.err.println ("Sub " + s + " : " + rg.matchedFromI (s) + " : " + rg.matchedToI (s) + " : '" + rg.stringMatchedI (s) + "'");
 100 }
 101 var subs =  new java.util.Vector ();
 102 var s = 0;
 103 while (s <= ns) {
 104 if (s + 1 <= ns && rg.matchedToI (s) > -1 && rg.matchedToI (s + 1) > -1 && rg.matchedToI (s + 1) < rg.matchedToI (s)) {
 105 var r = s + 1;
 106 var mtch = "";
 107 while (r <= ns && rg.matchedToI (r) <= rg.matchedToI (s)) {
 108 if (rg.matchedFromI (r) > -1) {
 109 mtch += rg.stringMatchedI (r);
 110 }r++;
 111 }
 112 if (mtch.length > 0) {
 113 subs.addElement (mtch);
 114 subs.addElement (this.url_prefix + mtch + this.url_suffix);
 115 }s = r;
 116 } else {
 117 if (rg.matchedFromI (s) > -1) {
 118 subs.addElement (rg.stringMatchedI (s));
 119 subs.addElement (this.url_prefix + rg.stringMatchedI (s) + this.url_suffix);
 120 }s++;
 121 }}
 122 var res =  new Array (subs.size ());
 123 for (var r = 0, rs = subs.size (); r < rs; r++) {
 124 res[r] = subs.elementAt (r);
 125 }
 126 subs.removeAllElements ();
 127 return res;
 128 }}if (onlyIfMatches) {
 129 return null;
 130 }}if (idstring.indexOf ("|") > -1) {
 131 idstring = idstring.substring (idstring.lastIndexOf ("|") + 1);
 132 }return  Clazz.newArray (-1, [idstring, this.url_prefix + idstring + this.url_suffix]);
 133 } else {
 134 return  Clazz.newArray (-1, ["", this.url_prefix]);
 135 }}, "~S,~B");
 136 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 137 function () {
 138 return this.label + "|" + this.url_prefix + (this.dynamic ? ("$SEQUENCE_ID" + ((this.regexReplace != null) ? "=" + this.regexReplace + "=$" : "$")) : "") + ((this.url_suffix == null) ? "" : this.url_suffix);
 139 });
 140 Clazz.defineMethod (c$, "isDynamic",
 141 function () {
 142 return this.dynamic;
 143 });
 144 Clazz.defineMethod (c$, "setLabel",
 145 function (newlabel) {
 146 this.label = newlabel;
 147 }, "~S");
 148 });