site/j2s/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.viewmodel.seqfeatures");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.FeatureRenderer", "java.beans.PropertyChangeSupport", "java.lang.Boolean", "java.util.Hashtable", "java.util.concurrent.ConcurrentHashMap"], "jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel", ["jalview.schemes.GraduatedColor", "$.UserColourScheme", "jalview.util.QuickSort", "jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings", "$.FeaturesDisplayed", "java.awt.Color", "java.lang.Error", "$.Float", "java.util.ArrayList", "$.Arrays"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.transparency = 1.0;\r
   5 this.featureColours = null;\r
   6 this.featureGroups = null;\r
   7 this.currentColour = null;\r
   8 this.renderOrder = null;\r
   9 this.changeSupport = null;\r
  10 this.av = null;\r
  11 this.minmax = null;\r
  12 this.newFeatureAdded = false;\r
  13 this.findingFeatures = false;\r
  14 this.firing = null;\r
  15 this.featureOrder = null;\r
  16 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  17 }, jalview.viewmodel.seqfeatures, "FeatureRendererModel", null, jalview.api.FeatureRenderer);\r
  18 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  19 this.featureColours =  new java.util.concurrent.ConcurrentHashMap ();\r
  20 this.featureGroups =  new java.util.concurrent.ConcurrentHashMap ();\r
  21 this.changeSupport =  new java.beans.PropertyChangeSupport (this);\r
  22 this.minmax =  new java.util.Hashtable ();\r
  23 this.firing = Boolean.FALSE;\r
  24 });\r
  25 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewport", \r
  26 function () {\r
  27 return this.av;\r
  28 });\r
  29 Clazz.defineMethod (c$, "getSettings", \r
  30 function () {\r
  31 return  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings (this);\r
  32 });\r
  33 Clazz.defineMethod (c$, "transferSettings", \r
  34 function (fr) {\r
  35 this.renderOrder = fr.renderOrder;\r
  36 this.featureGroups = fr.featureGroups;\r
  37 this.featureColours = fr.featureColours;\r
  38 this.transparency = fr.transparency;\r
  39 this.featureOrder = fr.featureOrder;\r
  40 }, "jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings");\r
  41 Clazz.defineMethod (c$, "transferSettings", \r
  42 function (_fr) {\r
  43 var fr = _fr;\r
  44 var frs =  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings (fr);\r
  45 this.renderOrder = frs.renderOrder;\r
  46 this.featureGroups = frs.featureGroups;\r
  47 this.featureColours = frs.featureColours;\r
  48 this.transparency = frs.transparency;\r
  49 this.featureOrder = frs.featureOrder;\r
  50 if (this.av != null && this.av !== fr.getViewport ()) {\r
  51 if (_fr.getFeaturesDisplayed () != null) {\r
  52 var fd = this.getFeaturesDisplayed ();\r
  53 if (fd == null) {\r
  54 this.setFeaturesDisplayedFrom (_fr.getFeaturesDisplayed ());\r
  55 } else {\r
  56 {\r
  57 fd.clear ();\r
  58 var fdisp = _fr.getFeaturesDisplayed ().getVisibleFeatures ();\r
  59 while (fdisp.hasNext ()) {\r
  60 fd.setVisible (fdisp.next ());\r
  61 }\r
  62 }}}}}, "jalview.api.FeatureRenderer");\r
  63 Clazz.defineMethod (c$, "setFeaturesDisplayedFrom", \r
  64 function (featuresDisplayed) {\r
  65 this.av.setFeaturesDisplayed ( new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed (featuresDisplayed));\r
  66 }, "jalview.api.FeaturesDisplayedI");\r
  67 Clazz.overrideMethod (c$, "setVisible", \r
  68 function (featureType) {\r
  69 var fdi = this.av.getFeaturesDisplayed ();\r
  70 if (fdi == null) {\r
  71 this.av.setFeaturesDisplayed (fdi =  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed ());\r
  72 }if (!fdi.isRegistered (featureType)) {\r
  73 this.pushFeatureType (java.util.Arrays.asList ( Clazz.newArray (-1, [featureType])));\r
  74 }fdi.setVisible (featureType);\r
  75 }, "~S");\r
  76 Clazz.overrideMethod (c$, "setAllVisible", \r
  77 function (featureTypes) {\r
  78 var fdi = this.av.getFeaturesDisplayed ();\r
  79 if (fdi == null) {\r
  80 this.av.setFeaturesDisplayed (fdi =  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed ());\r
  81 }var nft =  new java.util.ArrayList ();\r
  82 for (var featureType, $featureType = featureTypes.iterator (); $featureType.hasNext () && ((featureType = $featureType.next ()) || true);) {\r
  83 if (!fdi.isRegistered (featureType)) {\r
  84 nft.add (featureType);\r
  85 }}\r
  86 if (nft.size () > 0) {\r
  87 this.pushFeatureType (nft);\r
  88 }fdi.setAllVisible (featureTypes);\r
  89 }, "java.util.List");\r
  90 Clazz.defineMethod (c$, "pushFeatureType", \r
  91  function (types) {\r
  92 var ts = types.size ();\r
  93 var neworder =  new Array ((this.renderOrder == null ? 0 : this.renderOrder.length) + ts);\r
  94 types.toArray (neworder);\r
  95 if (this.renderOrder != null) {\r
  96 System.arraycopy (neworder, 0, neworder, this.renderOrder.length, ts);\r
  97 System.arraycopy (this.renderOrder, 0, neworder, 0, this.renderOrder.length);\r
  98 }this.renderOrder = neworder;\r
  99 }, "java.util.List");\r
 100 Clazz.defineMethod (c$, "getMinMax", \r
 101 function () {\r
 102 return this.minmax;\r
 103 });\r
 104 Clazz.defineMethod (c$, "normaliseScore", \r
 105 function (sequenceFeature) {\r
 106 var mm = (this.minmax.get (sequenceFeature.type))[0];\r
 107 var r =  Clazz.newByteArray (-1, [0, 255]);\r
 108 if (mm != null) {\r
 109 if (r[0] != 0 || mm[0] < 0.0) {\r
 110 r[0] = 1;\r
 111 r[1] = Clazz.doubleToByte (Clazz.doubleToInt (128.0) + 127.0 * (sequenceFeature.score / mm[1]));\r
 112 } else {\r
 113 r[1] = Clazz.floatToByte (Clazz.doubleToInt (255.0) * (sequenceFeature.score / mm[1]));\r
 114 }}return r;\r
 115 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
 116 Clazz.defineMethod (c$, "updateFeatures", \r
 117 function () {\r
 118 if (this.av.getFeaturesDisplayed () == null || this.renderOrder == null || this.newFeatureAdded) {\r
 119 this.findAllFeatures ();\r
 120 if (this.av.getFeaturesDisplayed ().getVisibleFeatureCount () < 1) {\r
 121 return false;\r
 122 }}return true;\r
 123 });\r
 124 Clazz.defineMethod (c$, "findAllFeatures", \r
 125 function () {\r
 126 {\r
 127 if (this.firing.equals (Boolean.FALSE)) {\r
 128 this.firing = Boolean.TRUE;\r
 129 this.findAllFeatures (true);\r
 130 this.changeSupport.firePropertyChange ("changeSupport", null, null);\r
 131 this.firing = Boolean.FALSE;\r
 132 }}});\r
 133 Clazz.overrideMethod (c$, "findFeaturesAtRes", \r
 134 function (sequence, res) {\r
 135 var tmp =  new java.util.ArrayList ();\r
 136 var features = sequence.getSequenceFeatures ();\r
 137 if (features != null) {\r
 138 for (var i = 0; i < features.length; i++) {\r
 139 if (!this.av.areFeaturesDisplayed () || !this.av.getFeaturesDisplayed ().isVisible (features[i].getType ())) {\r
 140 continue;\r
 141 }if (features[i].featureGroup != null && this.featureGroups != null && this.featureGroups.containsKey (features[i].featureGroup) && !this.featureGroups.get (features[i].featureGroup).booleanValue ()) {\r
 142 continue;\r
 143 }if ((features[i].getBegin () <= res) && (features[i].getEnd () >= res)) {\r
 144 tmp.add (features[i]);\r
 145 }}\r
 146 }return tmp;\r
 147 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
 148 Clazz.defineMethod (c$, "findAllFeatures", \r
 149 function (newMadeVisible) {\r
 150 this.newFeatureAdded = false;\r
 151 if (this.findingFeatures) {\r
 152 this.newFeatureAdded = true;\r
 153 return;\r
 154 }this.findingFeatures = true;\r
 155 if (this.av.getFeaturesDisplayed () == null) {\r
 156 this.av.setFeaturesDisplayed ( new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed ());\r
 157 }var featuresDisplayed = this.av.getFeaturesDisplayed ();\r
 158 var allfeatures =  new java.util.ArrayList ();\r
 159 var oldfeatures =  new java.util.ArrayList ();\r
 160 if (this.renderOrder != null) {\r
 161 for (var i = 0; i < this.renderOrder.length; i++) {\r
 162 if (this.renderOrder[i] != null) {\r
 163 oldfeatures.add (this.renderOrder[i]);\r
 164 }}\r
 165 }if (this.minmax == null) {\r
 166 this.minmax =  new java.util.Hashtable ();\r
 167 }var alignment = this.av.getAlignment ();\r
 168 for (var i = 0; i < alignment.getHeight (); i++) {\r
 169 var asq = alignment.getSequenceAt (i);\r
 170 var features = asq.getSequenceFeatures ();\r
 171 if (features == null) {\r
 172 continue;\r
 173 }var index = 0;\r
 174 while (index < features.length) {\r
 175 if (!featuresDisplayed.isRegistered (features[index].getType ())) {\r
 176 var fgrp = features[index].getFeatureGroup ();\r
 177 if (fgrp != null) {\r
 178 var groupDisplayed = this.featureGroups.get (fgrp);\r
 179 if (groupDisplayed == null) {\r
 180 groupDisplayed = Boolean.$valueOf (newMadeVisible);\r
 181 this.featureGroups.put (fgrp, groupDisplayed);\r
 182 }if (!groupDisplayed.booleanValue ()) {\r
 183 index++;\r
 184 continue;\r
 185 }}if (!(features[index].begin == 0 && features[index].end == 0)) {\r
 186 if (newMadeVisible && !oldfeatures.contains (features[index].getType ())) {\r
 187 featuresDisplayed.setVisible (features[index].getType ());\r
 188 this.setOrder (features[index].getType (), 0);\r
 189 }}}if (!allfeatures.contains (features[index].getType ())) {\r
 190 allfeatures.add (features[index].getType ());\r
 191 }if (!Float.isNaN (features[index].score)) {\r
 192 var nonpos = features[index].getBegin () >= 1 ? 0 : 1;\r
 193 var mm = this.minmax.get (features[index].getType ());\r
 194 if (mm == null) {\r
 195 mm =  Clazz.newArray (-1, [null, null]);\r
 196 this.minmax.put (features[index].getType (), mm);\r
 197 }if (mm[nonpos] == null) {\r
 198 mm[nonpos] =  Clazz.newFloatArray (-1, [features[index].score, features[index].score]);\r
 199 } else {\r
 200 if (mm[nonpos][0] > features[index].score) {\r
 201 mm[nonpos][0] = features[index].score;\r
 202 }if (mm[nonpos][1] < features[index].score) {\r
 203 mm[nonpos][1] = features[index].score;\r
 204 }}}index++;\r
 205 }\r
 206 }\r
 207 this.updateRenderOrder (allfeatures);\r
 208 this.findingFeatures = false;\r
 209 }, "~B");\r
 210 Clazz.defineMethod (c$, "updateRenderOrder", \r
 211  function (allFeatures) {\r
 212 var allfeatures =  new java.util.ArrayList (allFeatures);\r
 213 var oldRender = this.renderOrder;\r
 214 this.renderOrder =  new Array (allfeatures.size ());\r
 215 var mmrange;\r
 216 var fc = null;\r
 217 var initOrders = (this.featureOrder == null);\r
 218 var opos = 0;\r
 219 if (oldRender != null && oldRender.length > 0) {\r
 220 for (var j = 0; j < oldRender.length; j++) {\r
 221 if (oldRender[j] != null) {\r
 222 if (initOrders) {\r
 223 this.setOrder (oldRender[j], (1 - (1 + j) / oldRender.length));\r
 224 }if (allfeatures.contains (oldRender[j])) {\r
 225 this.renderOrder[opos++] = oldRender[j];\r
 226 allfeatures.remove (oldRender[j]);\r
 227 if (this.minmax != null) {\r
 228 mmrange = this.minmax.get (oldRender[j]);\r
 229 if (mmrange != null) {\r
 230 fc = this.featureColours.get (oldRender[j]);\r
 231 if (fc != null && Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor) && (fc).isAutoScale ()) {\r
 232 (fc).updateBounds ((mmrange)[0][0], (mmrange)[0][1]);\r
 233 }}}}}}\r
 234 }if (allfeatures.size () == 0) {\r
 235 return;\r
 236 }var i = allfeatures.size () - 1;\r
 237 var iSize = i;\r
 238 var sort = false;\r
 239 var newf =  new Array (allfeatures.size ());\r
 240 var sortOrder =  Clazz.newFloatArray (allfeatures.size (), 0);\r
 241 for (var newfeat, $newfeat = allfeatures.iterator (); $newfeat.hasNext () && ((newfeat = $newfeat.next ()) || true);) {\r
 242 newf[i] = newfeat;\r
 243 if (this.minmax != null) {\r
 244 mmrange = this.minmax.get (newf[i]);\r
 245 if (mmrange != null) {\r
 246 fc = this.featureColours.get (newf[i]);\r
 247 if (fc != null && Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor) && (fc).isAutoScale ()) {\r
 248 (fc).updateBounds ((mmrange)[0][0], (mmrange)[0][1]);\r
 249 }}}if (initOrders || !this.featureOrder.containsKey (newf[i])) {\r
 250 var denom = initOrders ? allfeatures.size () : this.featureOrder.size ();\r
 251 this.setOrder (newf[i], i / denom);\r
 252 }sortOrder[i] = 2 - (this.featureOrder.get (newf[i])).floatValue ();\r
 253 if (i < iSize) {\r
 254 sort = sort || sortOrder[i] > sortOrder[i + 1];\r
 255 }i--;\r
 256 }\r
 257 if (iSize > 1 && sort) {\r
 258 jalview.util.QuickSort.sortFloatObject (sortOrder, newf);\r
 259 }sortOrder = null;\r
 260 System.arraycopy (newf, 0, this.renderOrder, opos, newf.length);\r
 261 }, "java.util.List");\r
 262 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureStyle", \r
 263 function (featureType) {\r
 264 var fc = this.featureColours.get (featureType);\r
 265 if (fc == null) {\r
 266 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme ();\r
 267 var col = ucs.createColourFromName (featureType);\r
 268 this.featureColours.put (featureType, fc = col);\r
 269 }return fc;\r
 270 }, "~S");\r
 271 Clazz.defineMethod (c$, "getColour", \r
 272 function (featureType) {\r
 273 var fc = this.getFeatureStyle (featureType);\r
 274 if (Clazz.instanceOf (fc, java.awt.Color)) {\r
 275 return fc;\r
 276 } else {\r
 277 if (Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor)) {\r
 278 return (fc).getMaxColor ();\r
 279 }}throw  new Error ("Implementation Error: Unrecognised render object " + fc.getClass () + " for features of type " + featureType);\r
 280 }, "~S");\r
 281 Clazz.defineMethod (c$, "getColour", \r
 282 function (feature) {\r
 283 var fc = this.getFeatureStyle (feature.getType ());\r
 284 if (Clazz.instanceOf (fc, java.awt.Color)) {\r
 285 return fc;\r
 286 } else {\r
 287 if (Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor)) {\r
 288 return (fc).findColor (feature);\r
 289 }}throw  new Error ("Implementation Error: Unrecognised render object " + fc.getClass () + " for features of type " + feature.getType ());\r
 290 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
 291 Clazz.defineMethod (c$, "showFeature", \r
 292 function (sequenceFeature) {\r
 293 var fc = this.getFeatureStyle (sequenceFeature.type);\r
 294 if (Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor)) {\r
 295 return (fc).isColored (sequenceFeature);\r
 296 } else {\r
 297 return true;\r
 298 }}, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
 299 Clazz.defineMethod (c$, "showFeatureOfType", \r
 300 function (type) {\r
 301 return this.av.getFeaturesDisplayed ().isVisible (type);\r
 302 }, "~S");\r
 303 Clazz.overrideMethod (c$, "setColour", \r
 304 function (featureType, col) {\r
 305 {\r
 306 this.featureColours.put (featureType, col);\r
 307 }}, "~S,~O");\r
 308 Clazz.defineMethod (c$, "setTransparency", \r
 309 function (value) {\r
 310 this.transparency = value;\r
 311 }, "~N");\r
 312 Clazz.defineMethod (c$, "getTransparency", \r
 313 function () {\r
 314 return this.transparency;\r
 315 });\r
 316 Clazz.defineMethod (c$, "setOrder", \r
 317 function (type, position) {\r
 318 if (this.featureOrder == null) {\r
 319 this.featureOrder =  new java.util.Hashtable ();\r
 320 }this.featureOrder.put (type,  new Float (position));\r
 321 return position;\r
 322 }, "~S,~N");\r
 323 Clazz.defineMethod (c$, "getOrder", \r
 324 function (type) {\r
 325 if (this.featureOrder != null) {\r
 326 if (this.featureOrder.containsKey (type)) {\r
 327 return (this.featureOrder.get (type)).floatValue ();\r
 328 }}return -1;\r
 329 }, "~S");\r
 330 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureColours", \r
 331 function () {\r
 332 return  new java.util.concurrent.ConcurrentHashMap (this.featureColours);\r
 333 });\r
 334 Clazz.defineMethod (c$, "setFeaturePriority", \r
 335 function (data) {\r
 336 this.setFeaturePriority (data, true);\r
 337 }, "~A");\r
 338 Clazz.defineMethod (c$, "setFeaturePriority", \r
 339 function (data, visibleNew) {\r
 340 var av_featuresdisplayed = null;\r
 341 if (visibleNew) {\r
 342 if ((av_featuresdisplayed = this.av.getFeaturesDisplayed ()) != null) {\r
 343 this.av.getFeaturesDisplayed ().clear ();\r
 344 } else {\r
 345 this.av.setFeaturesDisplayed (av_featuresdisplayed =  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed ());\r
 346 }} else {\r
 347 av_featuresdisplayed = this.av.getFeaturesDisplayed ();\r
 348 }if (data == null) {\r
 349 return;\r
 350 }this.renderOrder =  new Array (data.length);\r
 351 if (data.length > 0) {\r
 352 for (var i = 0; i < data.length; i++) {\r
 353 var type = data[i][0].toString ();\r
 354 this.setColour (type, data[i][1]);\r
 355 if ((data[i][2]).booleanValue ()) {\r
 356 av_featuresdisplayed.setVisible (type);\r
 357 }this.renderOrder[data.length - i - 1] = type;\r
 358 }\r
 359 }}, "~A,~B");\r
 360 Clazz.defineMethod (c$, "addPropertyChangeListener", \r
 361 function (listener) {\r
 362 this.changeSupport.addPropertyChangeListener (listener);\r
 363 }, "java.beans.PropertyChangeListener");\r
 364 Clazz.defineMethod (c$, "removePropertyChangeListener", \r
 365 function (listener) {\r
 366 this.changeSupport.removePropertyChangeListener (listener);\r
 367 }, "java.beans.PropertyChangeListener");\r
 368 Clazz.defineMethod (c$, "getAllFeatureColours", \r
 369 function () {\r
 370 return this.featureColours.keySet ();\r
 371 });\r
 372 Clazz.defineMethod (c$, "clearRenderOrder", \r
 373 function () {\r
 374 this.renderOrder = null;\r
 375 });\r
 376 Clazz.defineMethod (c$, "hasRenderOrder", \r
 377 function () {\r
 378 return this.renderOrder != null;\r
 379 });\r
 380 Clazz.defineMethod (c$, "getRenderOrder", \r
 381 function () {\r
 382 if (this.renderOrder == null) {\r
 383 return java.util.Arrays.asList ( Clazz.newArray (-1, []));\r
 384 }return java.util.Arrays.asList (this.renderOrder);\r
 385 });\r
 386 Clazz.defineMethod (c$, "getFeatureGroupsSize", \r
 387 function () {\r
 388 return this.featureGroups != null ? 0 : this.featureGroups.size ();\r
 389 });\r
 390 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroups", \r
 391 function () {\r
 392 return (this.featureGroups == null) ? java.util.Arrays.asList ( new Array (0)) : java.util.Arrays.asList (this.featureGroups.keySet ().toArray ( new Array (0)));\r
 393 });\r
 394 Clazz.defineMethod (c$, "checkGroupVisibility", \r
 395 function (group, newGroupsVisible) {\r
 396 if (this.featureGroups == null) {\r
 397 }if (this.featureGroups.containsKey (group)) {\r
 398 return this.featureGroups.get (group).booleanValue ();\r
 399 }if (newGroupsVisible) {\r
 400 this.featureGroups.put (group,  new Boolean (true));\r
 401 return true;\r
 402 }return false;\r
 403 }, "~S,~B");\r
 404 Clazz.overrideMethod (c$, "getGroups", \r
 405 function (visible) {\r
 406 if (this.featureGroups != null) {\r
 407 var gp =  new java.util.ArrayList ();\r
 408 for (var grp, $grp = this.featureGroups.keySet ().iterator (); $grp.hasNext () && ((grp = $grp.next ()) || true);) {\r
 409 var state = this.featureGroups.get (grp);\r
 410 if (state.booleanValue () == visible) {\r
 411 gp.add (grp);\r
 412 }}\r
 413 return gp;\r
 414 }return null;\r
 415 }, "~B");\r
 416 Clazz.defineMethod (c$, "setGroupVisibility", \r
 417 function (group, visible) {\r
 418 this.featureGroups.put (group,  new Boolean (visible));\r
 419 }, "~S,~B");\r
 420 Clazz.defineMethod (c$, "setGroupVisibility", \r
 421 function (toset, visible) {\r
 422 if (toset != null && toset.size () > 0 && this.featureGroups != null) {\r
 423 var rdrw = false;\r
 424 for (var gst, $gst = toset.iterator (); $gst.hasNext () && ((gst = $gst.next ()) || true);) {\r
 425 var st = this.featureGroups.get (gst);\r
 426 this.featureGroups.put (gst,  new Boolean (visible));\r
 427 if (st != null) {\r
 428 rdrw = rdrw || (visible != st.booleanValue ());\r
 429 }}\r
 430 if (rdrw) {\r
 431 }}}, "java.util.List,~B");\r
 432 Clazz.overrideMethod (c$, "getDisplayedFeatureCols", \r
 433 function () {\r
 434 var fcols =  new java.util.Hashtable ();\r
 435 if (this.getViewport ().getFeaturesDisplayed () == null) {\r
 436 return fcols;\r
 437 }var en = this.getViewport ().getFeaturesDisplayed ().getVisibleFeatures ();\r
 438 while (en.hasNext ()) {\r
 439 var col = en.next ();\r
 440 fcols.put (col, this.getColour (col));\r
 441 }\r
 442 return fcols;\r
 443 });\r
 444 Clazz.defineMethod (c$, "getFeaturesDisplayed", \r
 445 function () {\r
 446 return this.av.getFeaturesDisplayed ();\r
 447 });\r
 448 Clazz.overrideMethod (c$, "getDisplayedFeatureTypes", \r
 449 function () {\r
 450 var typ = null;\r
 451 typ = this.getRenderOrder ().toArray ( new Array (0));\r
 452 var feature_disp = this.av.getFeaturesDisplayed ();\r
 453 if (feature_disp != null) {\r
 454 {\r
 455 for (var i = 0; i < typ.length; i++) {\r
 456 if (!feature_disp.isVisible (typ[i])) {\r
 457 typ[i] = null;\r
 458 }}\r
 459 }}return typ;\r
 460 });\r
 461 Clazz.overrideMethod (c$, "getDisplayedFeatureGroups", \r
 462 function () {\r
 463 var gps = null;\r
 464 var _gps =  new java.util.ArrayList ();\r
 465 var en = this.getFeatureGroups ().iterator ();\r
 466 var g = 0;\r
 467 var valid = false;\r
 468 while (en.hasNext ()) {\r
 469 var gp = en.next ();\r
 470 if (this.checkGroupVisibility (gp, false)) {\r
 471 valid = true;\r
 472 _gps.add (gp);\r
 473 }if (!valid) {\r
 474 return null;\r
 475 } else {\r
 476 gps =  new Array (_gps.size ());\r
 477 _gps.toArray (gps);\r
 478 }}\r
 479 return gps;\r
 480 });\r
 481 });\r