site/t.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");
   2 Clazz.load (["jalview.commands.CommandI", "java.lang.Enum", "java.util.ArrayList"], "jalview.commands.EditCommand", ["jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.Sequence", "$.SequenceFeature", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "$.ReverseListIterator", "$.StringUtils", "java.lang.StringBuffer", "java.util.HashMap", "$.Hashtable"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.edits = null;
   5 this.description = null;
   6 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.commands.EditCommand.Edit")) {
   7 jalview.commands.EditCommand.$EditCommand$Edit$ ();
   8 }
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.commands, "EditCommand", null, jalview.commands.CommandI);
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  12 this.edits =  new java.util.ArrayList ();
  13 });
  14 Clazz.makeConstructor (c$,
  15 function () {
  16 });
  17 Clazz.makeConstructor (c$,
  18 function (description) {
  19 this.description = description;
  20 }, "~S");
  21 Clazz.makeConstructor (c$,
  22 function (description, command, seqs, position, number, al) {
  23 this.description = description;
  24 if (command === jalview.commands.EditCommand.Action.CUT || command === jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE) {
  25 this.setEdit (Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, command, seqs, position, number, al));
  26 }this.performEdit (0, null);
  27 }, "~S,jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");
  28 Clazz.makeConstructor (c$,
  29 function (description, command, replace, seqs, position, number, al) {
  30 this.description = description;
  31 if (command === jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE) {
  32 this.setEdit (Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, command, seqs, position, number, al, replace));
  33 }this.performEdit (0, null);
  34 }, "~S,jalview.commands.EditCommand.Action,~S,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setEdit",
  36 function (e) {
  37 this.edits.clear ();
  38 this.edits.add (e);
  39 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit");
  40 Clazz.defineMethod (c$, "addEdit",
  41 function (e) {
  42 if (!jalview.commands.EditCommand.expandEdit (this.edits, e)) {
  43 this.edits.add (e);
  44 }}, "jalview.commands.EditCommand.Edit");
  45 c$.expandEdit = Clazz.defineMethod (c$, "expandEdit",
  46 function (edits, e) {
  47 if (edits == null || edits.isEmpty ()) {
  48 return false;
  49 }var lastEdit = edits.get (edits.size () - 1);
  50 var action = e.command;
  51 if (lastEdit.command !== action) {
  52 return false;
  53 }if (lastEdit.seqs.length != e.seqs.length) {
  54 return false;
  55 }for (var i = 0; i < e.seqs.length; i++) {
  56 if (lastEdit.seqs[i].getDatasetSequence () !== e.seqs[i].getDatasetSequence ()) {
  57 return false;
  58 }}
  59 var contiguous = (action === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP && e.position == lastEdit.position + lastEdit.number) || (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP && e.position + e.number == lastEdit.position);
  60 if (contiguous) {
  61 lastEdit.number += e.number;
  62 lastEdit.seqs = e.seqs;
  63 if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {
  64 lastEdit.position--;
  65 }return true;
  66 }return false;
  67 }, "java.util.List,jalview.commands.EditCommand.Edit");
  68 Clazz.defineMethod (c$, "clearEdits",
  69 function () {
  70 this.edits.clear ();
  71 });
  72 Clazz.defineMethod (c$, "getEdit",
  73 function (i) {
  74 if (i >= 0 && i < this.edits.size ()) {
  75 return this.edits.get (i);
  76 }return null;
  77 }, "~N");
  78 Clazz.overrideMethod (c$, "getDescription",
  79 function () {
  80 return this.description;
  81 });
  82 Clazz.overrideMethod (c$, "getSize",
  83 function () {
  84 return this.edits.size ();
  85 });
  86 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment",
  87 function () {
  88 return (this.edits.isEmpty () ? null : this.edits.get (0).al);
  89 });
  90 Clazz.defineMethod (c$, "appendEdit",
  91 function (command, seqs, position, number, al, performEdit) {
  92 this.appendEdit (command, seqs, position, number, al, performEdit, null);
  93 }, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI,~B");
  94 Clazz.defineMethod (c$, "appendEdit",
  95 function (command, seqs, position, number, al, performEdit, views) {
  96 var edit = Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, command, seqs, position, number, al.getGapCharacter ());
  97 if (al.getHeight () == seqs.length) {
  98 edit.al = al;
  99 edit.fullAlignmentHeight = true;
 100 }this.addEdit (edit);
 101 if (performEdit) {
 102 jalview.commands.EditCommand.performEdit (edit, views);
 103 }}, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI,~B,~A");
 104 Clazz.defineMethod (c$, "appendEdit",
 105 function (edit, al, performEdit, views) {
 106 if (al.getHeight () == edit.seqs.length) {
 107 edit.al = al;
 108 edit.fullAlignmentHeight = true;
 109 }this.addEdit (edit);
 110 if (performEdit) {
 111 jalview.commands.EditCommand.performEdit (edit, views);
 112 }}, "jalview.commands.EditCommand.Edit,jalview.datamodel.AlignmentI,~B,~A");
 113 Clazz.defineMethod (c$, "performEdit",
 114 function (commandIndex, views) {
 115 var iterator = this.edits.listIterator (commandIndex);
 116 while (iterator.hasNext ()) {
 117 var edit = iterator.next ();
 118 jalview.commands.EditCommand.performEdit (edit, views);
 119 }
 120 }, "~N,~A");
 121 c$.performEdit = Clazz.defineMethod (c$, "performEdit",
 122 function (edit, views) {
 123 switch (edit.command) {
 124 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP:
 125 jalview.commands.EditCommand.insertGap (edit);
 126 break;
 127 case jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP:
 128 jalview.commands.EditCommand.deleteGap (edit);
 129 break;
 130 case jalview.commands.EditCommand.Action.CUT:
 131 jalview.commands.EditCommand.cut (edit, views);
 132 break;
 133 case jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE:
 134 jalview.commands.EditCommand.paste (edit, views);
 135 break;
 136 case jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE:
 137 jalview.commands.EditCommand.replace (edit);
 138 break;
 139 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_NUC:
 140 break;
 141 default:
 142 break;
 143 }
 144 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~A");
 145 Clazz.overrideMethod (c$, "doCommand",
 146 function (views) {
 147 this.performEdit (0, views);
 148 }, "~A");
 149 Clazz.overrideMethod (c$, "undoCommand",
 150 function (views) {
 151 var iterator = this.edits.listIterator (this.edits.size ());
 152 while (iterator.hasPrevious ()) {
 153 var e = iterator.previous ();
 154 switch (e.command) {
 155 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP:
 156 jalview.commands.EditCommand.deleteGap (e);
 157 break;
 158 case jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP:
 159 jalview.commands.EditCommand.insertGap (e);
 160 break;
 161 case jalview.commands.EditCommand.Action.CUT:
 162 jalview.commands.EditCommand.paste (e, views);
 163 break;
 164 case jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE:
 165 jalview.commands.EditCommand.cut (e, views);
 166 break;
 167 case jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE:
 168 jalview.commands.EditCommand.replace (e);
 169 break;
 170 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_NUC:
 171 break;
 172 default:
 173 break;
 174 }
 175 }
 176 }, "~A");
 177 c$.insertGap = Clazz.defineMethod (c$, "insertGap",
 178  function (command) {
 179 for (var s = 0; s < command.seqs.length; s++) {
 180 command.seqs[s].insertCharAt (command.position, command.number, command.gapChar);
 181 }
 182 jalview.commands.EditCommand.adjustAnnotations (command, true, false, null);
 183 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit");
 184 c$.deleteGap = Clazz.defineMethod (c$, "deleteGap",
 185  function (command) {
 186 for (var s = 0; s < command.seqs.length; s++) {
 187 command.seqs[s].deleteChars (command.position, command.position + command.number);
 188 }
 189 jalview.commands.EditCommand.adjustAnnotations (command, false, false, null);
 190 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit");
 191 c$.cut = Clazz.defineMethod (c$, "cut",
 192 function (command, views) {
 193 var seqDeleted = false;
 194 command.string =  Clazz.newCharArray (command.seqs.length, '\0');
 195 for (var i = 0; i < command.seqs.length; i++) {
 196 var sequence = command.seqs[i];
 197 if (sequence.getLength () > command.position) {
 198 command.string[i] = sequence.getSequence (command.position, command.position + command.number);
 199 var oldds = sequence.getDatasetSequence ();
 200 if (command.oldds != null && command.oldds[i] != null) {
 201 sequence.setDatasetSequence (null);
 202 }sequence.deleteChars (command.position, command.position + command.number);
 203 if (command.oldds != null && command.oldds[i] != null) {
 204 sequence.setDatasetSequence (command.oldds[i]);
 205 command.oldds[i] = oldds;
 206 } else {
 207 if (oldds !== sequence.getDatasetSequence () || sequence.getSequenceFeatures () != null) {
 208 if (command.oldds == null) {
 209 command.oldds =  new Array (command.seqs.length);
 210 }command.oldds[i] = oldds;
 211 jalview.commands.EditCommand.adjustFeatures (command, i, sequence.findPosition (command.position), sequence.findPosition (command.position + command.number), false);
 212 }}}if (sequence.getLength () < 1) {
 213 command.al.deleteSequence (sequence);
 214 seqDeleted = true;
 215 }}
 216 jalview.commands.EditCommand.adjustAnnotations (command, false, seqDeleted, views);
 217 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~A");
 218 c$.paste = Clazz.defineMethod (c$, "paste",
 219 function (command, views) {
 220 var tmp;
 221 var newDSNeeded;
 222 var newDSWasNeeded;
 223 var newstart;
 224 var newend;
 225 var seqWasDeleted = false;
 226 var start = 0;
 227 var end = 0;
 228 for (var i = 0; i < command.seqs.length; i++) {
 229 newDSNeeded = false;
 230 newDSWasNeeded = command.oldds != null && command.oldds[i] != null;
 231 if (command.seqs[i].getLength () < 1) {
 232 if (command.alIndex[i] < command.al.getHeight ()) {
 233 var sequences;
 234 {
 235 if (!(command.alIndex[i] < 0)) {
 236 sequences.add (command.alIndex[i], command.seqs[i]);
 237 }}} else {
 238 command.al.addSequence (command.seqs[i]);
 239 }seqWasDeleted = true;
 240 }newstart = command.seqs[i].getStart ();
 241 newend = command.seqs[i].getEnd ();
 242 tmp =  new StringBuffer ();
 243 tmp.append (command.seqs[i].getSequence ());
 244 if (command.string != null && command.string[i] != null) {
 245 if (command.position >= tmp.length ()) {
 246 var length = command.position - tmp.length ();
 247 while (length > 0) {
 248 tmp.append (command.gapChar);
 249 length--;
 250 }
 251 }tmp.insert (command.position, command.string[i]);
 252 for (var s = 0; s < command.string[i].length; s++) {
 253 if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[command.string[i][s].charCodeAt (0)] != 23) {
 254 if (!newDSNeeded) {
 255 newDSNeeded = true;
 256 start = command.seqs[i].findPosition (command.position);
 257 end = command.seqs[i].findPosition (command.position + command.number);
 258 }if (command.seqs[i].getStart () == start) {
 259 newstart--;
 260 } else {
 261 newend++;
 262 }}}
 263 command.string[i] = null;
 264 }command.seqs[i].setSequence (tmp.toString ());
 265 command.seqs[i].setStart (newstart);
 266 command.seqs[i].setEnd (newend);
 267 if (newDSNeeded) {
 268 if (command.seqs[i].getDatasetSequence () != null) {
 269 var ds;
 270 if (newDSWasNeeded) {
 271 ds = command.oldds[i];
 272 } else {
 273 ds =  new jalview.datamodel.Sequence (command.seqs[i].getName (), jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, command.seqs[i].getSequenceAsString ()), command.seqs[i].getStart (), command.seqs[i].getEnd ());
 274 ds.setDescription (command.seqs[i].getDescription ());
 275 }if (command.oldds == null) {
 276 command.oldds =  new Array (command.seqs.length);
 277 }command.oldds[i] = command.seqs[i].getDatasetSequence ();
 278 command.seqs[i].setDatasetSequence (ds);
 279 }jalview.commands.EditCommand.adjustFeatures (command, i, start, end, true);
 280 }}
 281 jalview.commands.EditCommand.adjustAnnotations (command, true, seqWasDeleted, views);
 282 command.string = null;
 283 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~A");
 284 c$.replace = Clazz.defineMethod (c$, "replace",
 285 function (command) {
 286 var tmp;
 287 var oldstring;
 288 var start = command.position;
 289 var end = command.number;
 290 command.number = start + command.string[0].length;
 291 for (var i = 0; i < command.seqs.length; i++) {
 292 var newDSWasNeeded = command.oldds != null && command.oldds[i] != null;
 293 oldstring = command.seqs[i].getSequenceAsString ();
 294 tmp =  new StringBuffer (oldstring.substring (0, start));
 295 tmp.append (command.string[i]);
 296 var nogaprep = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (command.string[i]));
 297 var ipos = command.seqs[i].findPosition (start) - command.seqs[i].getStart ();
 298 tmp.append (oldstring.substring (end));
 299 command.seqs[i].setSequence (tmp.toString ());
 300 command.string[i] = oldstring.substring (start, end).toCharArray ();
 301 var nogapold = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (command.string[i]));
 302 if (!nogaprep.toLowerCase ().equals (nogapold.toLowerCase ())) {
 303 if (newDSWasNeeded) {
 304 var oldds = command.seqs[i].getDatasetSequence ();
 305 command.seqs[i].setDatasetSequence (command.oldds[i]);
 306 command.oldds[i] = oldds;
 307 } else {
 308 if (command.oldds == null) {
 309 command.oldds =  new Array (command.seqs.length);
 310 }command.oldds[i] = command.seqs[i].getDatasetSequence ();
 311 var newds =  new jalview.datamodel.Sequence (command.seqs[i].getDatasetSequence ());
 312 var fullseq;
 313 var osp = newds.getSequenceAsString ();
 314 fullseq = osp.substring (0, ipos) + nogaprep + osp.substring (ipos + nogaprep.length);
 315 newds.setSequence (fullseq.toUpperCase ());
 316 command.seqs[i].setDatasetSequence (newds);
 317 }}tmp = null;
 318 oldstring = null;
 319 }
 320 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit");
 321 c$.adjustAnnotations = Clazz.defineMethod (c$, "adjustAnnotations",
 322 function (command, insert, modifyVisibility, views) {
 323 var annotations = null;
 324 if (modifyVisibility && !insert) {
 325 command.deletedAnnotationRows =  new java.util.Hashtable ();
 326 }if (command.fullAlignmentHeight) {
 327 annotations = command.al.getAlignmentAnnotation ();
 328 } else {
 329 var aSize = 0;
 330 var tmp;
 331 for (var s = 0; s < command.seqs.length; s++) {
 332 if (modifyVisibility) {
 333 if (!insert) {
 334 tmp = command.seqs[s].getAnnotation ();
 335 if (tmp != null) {
 336 var alen = tmp.length;
 337 for (var aa = 0; aa < tmp.length; aa++) {
 338 if (!command.al.deleteAnnotation (tmp[aa])) {
 339 tmp[aa] = null;
 340 alen--;
 341 }}
 342 command.seqs[s].setAlignmentAnnotation (null);
 343 if (alen != tmp.length) {
 344 var saved =  new Array (alen);
 345 for (var aa = 0, aapos = 0; aa < tmp.length; aa++) {
 346 if (tmp[aa] != null) {
 347 saved[aapos++] = tmp[aa];
 348 tmp[aa] = null;
 349 }}
 350 tmp = saved;
 351 command.deletedAnnotationRows.put (command.seqs[s], saved);
 352 for (var alview = 0; views != null && alview < views.length; alview++) {
 353 if (views[alview] !== command.al) {
 354 var toremove = views[alview].getAlignmentAnnotation ();
 355 if (toremove == null || toremove.length == 0) {
 356 continue;
 357 }for (var aa = 0; aa < toremove.length; aa++) {
 358 if (toremove[aa].sequenceRef === command.seqs[s]) {
 359 views[alview].deleteAnnotation (toremove[aa]);
 360 }}
 361 }}
 362 } else {
 363 command.deletedAnnotationRows.put (command.seqs[s], tmp);
 364 }}} else {
 365 if (command.deletedAnnotationRows != null && command.deletedAnnotationRows.containsKey (command.seqs[s])) {
 366 var revealed = command.deletedAnnotationRows.get (command.seqs[s]);
 367 command.seqs[s].setAlignmentAnnotation (revealed);
 368 if (revealed != null) {
 369 for (var aa = 0; aa < revealed.length; aa++) {
 370 command.al.addAnnotation (revealed[aa]);
 371 }
 372 for (var aa = 0; aa < revealed.length; aa++) {
 373 command.al.setAnnotationIndex (revealed[aa], aa);
 374 }
 375 for (var vnum = 0; views != null && vnum < views.length; vnum++) {
 376 if (views[vnum] !== command.al) {
 377 var avwidth = views[vnum].getWidth () + 1;
 378 for (var a = 0; a < revealed.length; a++) {
 379 var newann =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (revealed[a]);
 380 command.seqs[s].addAlignmentAnnotation (newann);
 381 newann.padAnnotation (avwidth);
 382 views[vnum].addAnnotation (newann);
 383 views[vnum].setAnnotationIndex (newann, a);
 384 }
 385 }}
 386 }}}continue;
 387 }if (command.seqs[s].getAnnotation () == null) {
 388 continue;
 389 }if (aSize == 0) {
 390 annotations = command.seqs[s].getAnnotation ();
 391 } else {
 392 tmp =  new Array (aSize + command.seqs[s].getAnnotation ().length);
 393 System.arraycopy (annotations, 0, tmp, 0, aSize);
 394 System.arraycopy (command.seqs[s].getAnnotation (), 0, tmp, aSize, command.seqs[s].getAnnotation ().length);
 395 annotations = tmp;
 396 }aSize = annotations.length;
 397 }
 398 }if (annotations == null) {
 399 return;
 400 }if (!insert) {
 401 command.deletedAnnotations =  new java.util.Hashtable ();
 402 }var aSize;
 403 var temp;
 404 for (var a = 0; a < annotations.length; a++) {
 405 if (annotations[a].autoCalculated || annotations[a].annotations == null) {
 406 continue;
 407 }var tSize = 0;
 408 aSize = annotations[a].annotations.length;
 409 if (insert) {
 410 temp =  new Array (aSize + command.number);
 411 if (annotations[a].padGaps) {
 412 for (var aa = 0; aa < temp.length; aa++) {
 413 temp[aa] =  new jalview.datamodel.Annotation (command.gapChar + "", null, ' ', 0);
 414 }
 415 }} else {
 416 if (command.position < aSize) {
 417 if (command.position + command.number >= aSize) {
 418 tSize = aSize;
 419 } else {
 420 tSize = aSize - command.number;
 421 }} else {
 422 tSize = aSize;
 423 }if (tSize < 0) {
 424 tSize = aSize;
 425 }temp =  new Array (tSize);
 426 }if (insert) {
 427 if (command.position < annotations[a].annotations.length) {
 428 System.arraycopy (annotations[a].annotations, 0, temp, 0, command.position);
 429 if (command.deletedAnnotations != null && command.deletedAnnotations.containsKey (annotations[a].annotationId)) {
 430 var restore = command.deletedAnnotations.get (annotations[a].annotationId);
 431 System.arraycopy (restore, 0, temp, command.position, command.number);
 432 }System.arraycopy (annotations[a].annotations, command.position, temp, command.position + command.number, aSize - command.position);
 433 } else {
 434 if (command.deletedAnnotations != null && command.deletedAnnotations.containsKey (annotations[a].annotationId)) {
 435 var restore = command.deletedAnnotations.get (annotations[a].annotationId);
 436 temp =  new Array (annotations[a].annotations.length + restore.length);
 437 System.arraycopy (annotations[a].annotations, 0, temp, 0, annotations[a].annotations.length);
 438 System.arraycopy (restore, 0, temp, annotations[a].annotations.length, restore.length);
 439 } else {
 440 temp = annotations[a].annotations;
 441 }}} else {
 442 if (tSize != aSize || command.position < 2) {
 443 var copylen = Math.min (command.position, annotations[a].annotations.length);
 444 if (copylen > 0) {
 445 System.arraycopy (annotations[a].annotations, 0, temp, 0, copylen);
 446 }var deleted =  new Array (command.number);
 447 if (copylen >= command.position) {
 448 copylen = Math.min (command.number, annotations[a].annotations.length - command.position);
 449 if (copylen > 0) {
 450 System.arraycopy (annotations[a].annotations, command.position, deleted, 0, copylen);
 451 }}command.deletedAnnotations.put (annotations[a].annotationId, deleted);
 452 if (annotations[a].annotations.length > command.position + command.number) {
 453 System.arraycopy (annotations[a].annotations, command.position + command.number, temp, command.position, annotations[a].annotations.length - command.position - command.number);
 454 }} else {
 455 var dSize = aSize - command.position;
 456 if (dSize > 0) {
 457 var deleted =  new Array (command.number);
 458 System.arraycopy (annotations[a].annotations, command.position, deleted, 0, dSize);
 459 command.deletedAnnotations.put (annotations[a].annotationId, deleted);
 460 tSize = Math.min (annotations[a].annotations.length, command.position);
 461 temp =  new Array (tSize);
 462 System.arraycopy (annotations[a].annotations, 0, temp, 0, tSize);
 463 } else {
 464 temp = annotations[a].annotations;
 465 }}}annotations[a].annotations = temp;
 466 }
 467 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~B,~B,~A");
 468 c$.adjustFeatures = Clazz.defineMethod (c$, "adjustFeatures",
 469 function (command, index, i, j, insert) {
 470 var seq = command.seqs[index];
 471 var sequence = seq.getDatasetSequence ();
 472 if (sequence == null) {
 473 sequence = seq;
 474 }if (insert) {
 475 if (command.editedFeatures != null && command.editedFeatures.containsKey (seq)) {
 476 sequence.setSequenceFeatures (command.editedFeatures.get (seq));
 477 }return;
 478 }var sf = sequence.getSequenceFeatures ();
 479 if (sf == null) {
 480 return;
 481 }var oldsf =  new Array (sf.length);
 482 var cSize = j - i;
 483 for (var s = 0; s < sf.length; s++) {
 484 var copy =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (sf[s]);
 485 oldsf[s] = copy;
 486 if (sf[s].getEnd () < i) {
 487 continue;
 488 }if (sf[s].getBegin () > j) {
 489 sf[s].setBegin (copy.getBegin () - cSize);
 490 sf[s].setEnd (copy.getEnd () - cSize);
 491 continue;
 492 }if (sf[s].getBegin () >= i) {
 493 sf[s].setBegin (i);
 494 }if (sf[s].getEnd () < j) {
 495 sf[s].setEnd (j - 1);
 496 }sf[s].setEnd (sf[s].getEnd () - (cSize));
 497 if (sf[s].getBegin () > sf[s].getEnd ()) {
 498 sequence.deleteFeature (sf[s]);
 499 }}
 500 if (command.editedFeatures == null) {
 501 command.editedFeatures =  new java.util.Hashtable ();
 502 }command.editedFeatures.put (seq, oldsf);
 503 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~N,~N,~N,~B");
 504 Clazz.defineMethod (c$, "getEdits",
 505 function () {
 506 return this.edits;
 507 });
 508 Clazz.defineMethod (c$, "priorState",
 509 function (forUndo) {
 510 var result =  new java.util.HashMap ();
 511 if (this.getEdits () == null) {
 512 return result;
 513 }if (forUndo) {
 514 for (var e, $e = this.getEdits ().iterator (); $e.hasNext () && ((e = $e.next ()) || true);) {
 515 for (var seq, $seq = 0, $$seq = e.getSequences (); $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {
 516 var ds = seq.getDatasetSequence ();
 517 var preEdit = result.get (ds);
 518 if (preEdit == null) {
 519 preEdit =  new jalview.datamodel.Sequence ("", seq.getSequenceAsString ());
 520 preEdit.setDatasetSequence (ds);
 521 result.put (ds, preEdit);
 522 }}
 523 }
 524 return result;
 525 }var edits =  new jalview.util.ReverseListIterator (this.getEdits ());
 526 while (edits.hasNext ()) {
 527 var oldEdit = edits.next ();
 528 var action = oldEdit.getAction ();
 529 var position = oldEdit.getPosition ();
 530 var number = oldEdit.getNumber ();
 531 var gap = oldEdit.getGapCharacter ();
 532 for (var seq, $seq = 0, $$seq = oldEdit.getSequences (); $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {
 533 var ds = seq.getDatasetSequence ();
 534 var preEdit = result.get (ds);
 535 if (preEdit == null) {
 536 preEdit =  new jalview.datamodel.Sequence ("", seq.getSequenceAsString ());
 537 preEdit.setDatasetSequence (ds);
 538 result.put (ds, preEdit);
 539 }if (ds != null) {
 540 if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {
 541 preEdit.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.insertCharAt (preEdit.getSequence (), position, number, gap)));
 542 } else if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP) {
 543 preEdit.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.deleteChars (preEdit.getSequence (), position, position + number)));
 544 } else {
 545 System.err.println ("Can't undo edit action " + action);
 546 }}}
 547 }
 548 return result;
 549 }, "~B");
 550 Clazz.defineMethod (c$, "getEditIterator",
 551 function (forwards) {
 552 if (forwards) {
 553 return this.getEdits ().iterator ();
 554 } else {
 555 return  new jalview.util.ReverseListIterator (this.getEdits ());
 556 }}, "~B");
 557 c$.$EditCommand$Edit$ = function () {
 558 Clazz.pu$h(self.c$);
 559 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 560 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 561 this.oldds = null;
 562 this.fullAlignmentHeight = false;
 563 this.deletedAnnotationRows = null;
 564 this.deletedAnnotations = null;
 565 this.editedFeatures = null;
 566 this.al = null;
 567 this.command = null;
 568 this.string = null;
 569 this.seqs = null;
 570 this.alIndex = null;
 571 this.position = 0;
 572 this.number = 0;
 573 this.gapChar = '\0';
 574 Clazz.instantialize (this, arguments);
 575 }, jalview.commands.EditCommand, "Edit");
 576 Clazz.makeConstructor (c$,
 577 function (a, b, c, d, e) {
 578 this.command = a;
 579 this.seqs = b;
 580 this.position = c;
 581 this.number = d;
 582 this.gapChar = e;
 583 }, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,~S");
 584 Clazz.makeConstructor (c$,
 585 function (a, b, c, d, e) {
 586 this.gapChar = e.getGapCharacter ();
 587 this.command = a;
 588 this.seqs = b;
 589 this.position = c;
 590 this.number = d;
 591 this.al = e;
 592 this.alIndex =  Clazz.newIntArray (b.length, 0);
 593 for (var f = 0; f < b.length; f++) {
 594 this.alIndex[f] = e.findIndex (b[f]);
 595 }
 596 this.fullAlignmentHeight = (e.getHeight () == b.length);
 597 }, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");
 598 Clazz.makeConstructor (c$,
 599 function (a, b, c, d, e, f) {
 600 this.command = a;
 601 this.seqs = b;
 602 this.position = c;
 603 this.number = d;
 604 this.al = e;
 605 this.gapChar = e.getGapCharacter ();
 606 this.string =  Clazz.newCharArray (b.length, '\0');
 607 for (var g = 0; g < b.length; g++) {
 608 this.string[g] = f.toCharArray ();
 609 }
 610 this.fullAlignmentHeight = (e.getHeight () == b.length);
 611 }, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI,~S");
 612 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences",
 613 function () {
 614 return this.seqs;
 615 });
 616 Clazz.defineMethod (c$, "getPosition",
 617 function () {
 618 return this.position;
 619 });
 620 Clazz.defineMethod (c$, "getAction",
 621 function () {
 622 return this.command;
 623 });
 624 Clazz.defineMethod (c$, "getNumber",
 625 function () {
 626 return this.number;
 627 });
 628 Clazz.defineMethod (c$, "getGapCharacter",
 629 function () {
 630 return this.gapChar;
 631 });
 632 c$ = Clazz.p0p ();
 633 };
 634 Clazz.pu$h(self.c$);
 635 c$ = Clazz.declareType (jalview.commands.EditCommand, "Action", Enum);
 636 (Clazz.isClassDefined ("jalview.commands.EditCommand$Action$1") ? 0 : jalview.commands.EditCommand.$EditCommand$Action$1$ ())Clazz.defineEnumConstant (c$, "INSERT_GAP", 0, [], jalview.commands.EditCommand.Action);
 637 (Clazz.isClassDefined ("jalview.commands.EditCommand$Action$2") ? 0 : jalview.commands.EditCommand.$EditCommand$Action$2$ ())Clazz.defineEnumConstant (c$, "DELETE_GAP", 1, [], jalview.commands.EditCommand.Action);
 638 (Clazz.isClassDefined ("jalview.commands.EditCommand$Action$3") ? 0 : jalview.commands.EditCommand.$EditCommand$Action$3$ ())Clazz.defineEnumConstant (c$, "CUT", 2, [], jalview.commands.EditCommand.Action);
 639 (Clazz.isClassDefined ("jalview.commands.EditCommand$Action$4") ? 0 : jalview.commands.EditCommand.$EditCommand$Action$4$ ())Clazz.defineEnumConstant (c$, "PASTE", 3, [], jalview.commands.EditCommand.Action);
 640 (Clazz.isClassDefined ("jalview.commands.EditCommand$Action$5") ? 0 : jalview.commands.EditCommand.$EditCommand$Action$5$ ())Clazz.defineEnumConstant (c$, "REPLACE", 4, [], jalview.commands.EditCommand.Action);
 641 (Clazz.isClassDefined ("jalview.commands.EditCommand$Action$6") ? 0 : jalview.commands.EditCommand.$EditCommand$Action$6$ ())Clazz.defineEnumConstant (c$, "INSERT_NUC", 5, [], jalview.commands.EditCommand.Action);
 642 c$ = Clazz.p0p ();
 643 });