src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.bin.JalviewLite;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  28 import jalview.io.FileParse;
  29 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  30 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  31 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  32 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  33 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  34 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  35 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  36 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  37 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  38 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 import java.awt.BorderLayout;
  42 import awt2swing.CheckboxMenuItem;
  43 import java.awt.Color;
  44 import java.awt.Dimension;
  45 import java.awt.Font;
  46 import awt2swing.Frame;
  47 import java.awt.Graphics;
  48 import awt2swing.Menu;
  49 import awt2swing.MenuBar;
  50 import awt2swing.MenuItem;
  51 import awt2swing.Panel;
  52 import awt2swing.TextArea;
  53 import awt2swing.TextField;
  54 import java.awt.event.ActionEvent;
  55 import java.awt.event.ActionListener;
  56 import java.awt.event.ItemEvent;
  57 import java.awt.event.ItemListener;
  58 import java.awt.event.KeyEvent;
  59 import java.awt.event.KeyListener;
  60 import java.awt.event.WindowAdapter;
  61 import java.awt.event.WindowEvent;
  62 import java.util.ArrayList;
  63 import java.util.Hashtable;
  64 import java.util.List;
  65 import java.util.Vector;
  66
  67 public class AppletJmol //extends EmbmenuFrame implements
  68 //        KeyListener, ActionListener, ItemListener
  69
  70 {
  71
  72   Panel scriptWindow;
  73
  74   TextField inputLine;
  75
  76   TextArea history;
  77
  78   RenderPanel renderPanel;
  79
  80   AlignmentPanel ap;
  81
  82   List<AlignmentPanel> _aps = new ArrayList<AlignmentPanel>(); // remove? never
  83                                                                // added to
  84
  85   String fileLoadingError;
  86
  87   boolean loadedInline;
  88
  89   // boolean colourBySequence = true;
  90
  91   FeatureRenderer fr = null;
  92
  93   AppletJmolBinding jmb;
  94
  95
  96         public AppletJmol(PDBEntry entry, SequenceI[] sequenceIs, Object object,
  97                         AlignmentPanel ap2, String uRL) {
  98                 // TODO Auto-generated constructor stub
  99         }
 100
 101
 102         public void setJalviewColourScheme(UserColourScheme ucs) {
 103                 // TODO Auto-generated method stub
 104
 105         }
 106
 107
 108         //  Menu fileMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.file"));
 109 //
 110 //  Menu viewMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.view"));
 111 //
 112 //  Menu coloursMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.colour"));
 113 //
 114 //  Menu chainMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.show_chain"));
 115 //
 116 //  Menu helpMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.help"));
 117 //
 118 //  MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem(
 119 //          MessageManager.getString("label.view_mapping"));
 120 //
 121 //  CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem(
 122 //          MessageManager.getString("action.by_sequence"), true);
 123 //
 124 //  CheckboxMenuItem jmolColour = new CheckboxMenuItem(
 125 //          MessageManager.getString("action.using_jmol"), false);
 126 //
 127 //  MenuItem chain = new MenuItem(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 128 //
 129 //  MenuItem charge = new MenuItem(
 130 //          MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 131 //
 132 //  MenuItem zappo = new MenuItem(MessageManager.getString("label.zappo"));
 133 //
 134 //  MenuItem taylor = new MenuItem(MessageManager.getString("label.taylor"));
 135 //
 136 //  MenuItem hydro = new MenuItem(
 137 //          MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 138 //
 139 //  MenuItem helix = new MenuItem(
 140 //          MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 141 //
 142 //  MenuItem strand = new MenuItem(
 143 //          MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 144 //
 145 //  MenuItem turn = new MenuItem(
 146 //          MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 147 //
 148 //  MenuItem buried = new MenuItem(
 149 //          MessageManager.getString("label.buried_index"));
 150 //
 151 //  MenuItem purinepyrimidine = new MenuItem(
 152 //          MessageManager.getString("label.purine_pyrimidine"));
 153 //
 154 //  MenuItem user = new MenuItem(
 155 //          MessageManager.getString("label.user_defined_colours"));
 156 //
 157 //  MenuItem jmolHelp = new MenuItem(
 158 //          MessageManager.getString("label.jmol_help"));
 159 //
 160 //  /**
 161 //   * datasource protocol for access to PDBEntry
 162 //   */
 163 //  String protocol = null;
 164 //
 165 //  /**
 166 //   * Load a bunch of pdb entries associated with sequences in the alignment and
 167 //   * display them - aligning them if necessary.
 168 //   *
 169 //   * @param pdbentries
 170 //   *          each pdb file (at least one needed)
 171 //   * @param boundseqs
 172 //   *          each set of sequences for each pdb file (must match number of pdb
 173 //   *          files)
 174 //   * @param boundchains
 175 //   *          the target pdb chain corresponding with each sequence associated
 176 //   *          with each pdb file (may be null at any level)
 177 //   * @param align
 178 //   *          true/false
 179 //   * @param ap
 180 //   *          associated alignment
 181 //   * @param protocol
 182 //   *          how to get pdb data
 183 //   */
 184 //  public AppletJmol(PDBEntry[] pdbentries, SequenceI[][] boundseqs,
 185 //          String[][] boundchains, boolean align, AlignmentPanel ap,
 186 //          String protocol)
 187 //  {
 188 //    throw new Error(MessageManager.getString("error.not_yet_implemented"));
 189 //  }
 190 //
 191 //  public AppletJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 192 //          AlignmentPanel ap, String protocol)
 193 //  {
 194 //    this.ap = ap;
 195 //    jmb = new AppletJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 196 //            new PDBEntry[]
 197 //            { pdbentry }, new SequenceI[][]
 198 //            { seq }, new String[][]
 199 //            { chains }, protocol);
 200 //    jmb.setColourBySequence(true);
 201 //    if (pdbentry.getId() == null || pdbentry.getId().length() < 1)
 202 //    {
 203 //      if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 204 //      {
 205 //        pdbentry.setId("PASTED PDB"
 206 //                + (chains == null ? "_" : chains.toString()));
 207 //      }
 208 //      else
 209 //      {
 210 //        pdbentry.setId(pdbentry.getFile());
 211 //      }
 212 //    }
 213 //
 214 //    if (JalviewLite.debug)
 215 //    {
 216 //      System.err
 217 //              .println("AppletJmol: PDB ID is '" + pdbentry.getId() + "'");
 218 //    }
 219 //
 220 //    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 221 //            .getStructureSelectionManager(ap.av.applet)
 222 //            .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
 223 //    MCview.PDBfile reader = null;
 224 //    if (alreadyMapped != null)
 225 //    {
 226 //      reader = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
 227 //              ap.av.applet).setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(),
 228 //              protocol);
 229 //      // PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 230 //      // FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 231 //    }
 232 //    MenuBar menuBar = new MenuBar();
 233 //    menuBar.add(fileMenu);
 234 //    fileMenu.add(mappingMenuItem);
 235 //    menuBar.add(viewMenu);
 236 //    mappingMenuItem.addActionListener(this);
 237 //    viewMenu.add(chainMenu);
 238 //    menuBar.add(coloursMenu);
 239 //    menuBar.add(helpMenu);
 240 //
 241 //    charge.addActionListener(this);
 242 //    hydro.addActionListener(this);
 243 //    chain.addActionListener(this);
 244 //    seqColour.addItemListener(this);
 245 //    jmolColour.addItemListener(this);
 246 //    zappo.addActionListener(this);
 247 //    taylor.addActionListener(this);
 248 //    helix.addActionListener(this);
 249 //    strand.addActionListener(this);
 250 //    turn.addActionListener(this);
 251 //    buried.addActionListener(this);
 252 //    purinepyrimidine.addActionListener(this);
 253 //    user.addActionListener(this);
 254 //
 255 //    jmolHelp.addActionListener(this);
 256 //
 257 //    coloursMenu.add(seqColour);
 258 //    coloursMenu.add(chain);
 259 //    coloursMenu.add(charge);
 260 //    coloursMenu.add(zappo);
 261 //    coloursMenu.add(taylor);
 262 //    coloursMenu.add(hydro);
 263 //    coloursMenu.add(helix);
 264 //    coloursMenu.add(strand);
 265 //    coloursMenu.add(turn);
 266 //    coloursMenu.add(buried);
 267 //    coloursMenu.add(purinepyrimidine);
 268 //    coloursMenu.add(user);
 269 //    coloursMenu.add(jmolColour);
 270 //    helpMenu.add(jmolHelp);
 271 //    this.setLayout(new BorderLayout());
 272 //
 273 //    setMenuBar(menuBar);
 274 //
 275 //    renderPanel = new RenderPanel();
 276 //    embedMenuIfNeeded(renderPanel);
 277 //    this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 278 //    scriptWindow = new Panel();
 279 //    scriptWindow.setVisible(false);
 280 //    // this.add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 281 //
 282 //    try
 283 //    {
 284 //      jmb.allocateViewer(renderPanel, true, ap.av.applet.getName()
 285 //              + "_jmol_", ap.av.applet.getDocumentBase(),
 286 //              ap.av.applet.getCodeBase(), "-applet", scriptWindow, null);
 287 //    } catch (Exception e)
 288 //    {
 289 //      System.err
 290 //              .println("Couldn't create a jmol viewer. Args to allocate viewer were:\nDocumentBase="
 291 //                      + ap.av.applet.getDocumentBase()
 292 //                      + "\nCodebase="
 293 //                      + ap.av.applet.getCodeBase());
 294 //      e.printStackTrace();
 295 //      dispose();
 296 //      return;
 297 //    }
 298 //    // jmb.newJmolPopup(true, "Jmol", true);
 299 //
 300 //    this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 301 //    {
 302 //      public void windowClosing(WindowEvent evt)
 303 //      {
 304 //        closeViewer();
 305 //      }
 306 //    });
 307 //    if (pdbentry.getProperty() == null)
 308 //    {
 309 //      pdbentry.setProperty(new Hashtable());
 310 //      pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);
 311 //    }
 312 //    if (pdbentry.getFile() != null)
 313 //    {
 314 //      // import structure data from pdbentry.getFile based on given protocol
 315 //      if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 316 //      {
 317 //        // TODO: JAL-623 : correctly record file contents for matching up later
 318 //        // pdbentry.getProperty().put("pdbfilehash",""+pdbentry.getFile().hashCode());
 319 //        loadInline(pdbentry.getFile());
 320 //      }
 321 //      else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE)
 322 //              || protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))
 323 //      {
 324 //        jmb.viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 325 //      }
 326 //      else
 327 //      {
 328 //        // probably CLASSLOADER based datasource..
 329 //        // Try and get a reader on the datasource, and pass that to Jmol
 330 //        try
 331 //        {
 332 //          java.io.Reader freader = null;
 333 //          if (reader != null)
 334 //          {
 335 //            if (JalviewLite.debug)
 336 //            {
 337 //              System.err
 338 //                      .println("AppletJmol:Trying to reuse existing PDBfile IO parser.");
 339 //            }
 340 //            // re-use the one we opened earlier
 341 //            freader = reader.getReader();
 342 //          }
 343 //          if (freader == null)
 344 //          {
 345 //            if (JalviewLite.debug)
 346 //            {
 347 //              System.err
 348 //                      .println("AppletJmol:Creating new PDBfile IO parser.");
 349 //            }
 350 //            FileParse fp = new FileParse(pdbentry.getFile(), protocol);
 351 //            fp.mark();
 352 //            // reader = new MCview.PDBfile(fp);
 353 //            // could set ID, etc.
 354 //            // if (!reader.isValid())
 355 //            // {
 356 //            // throw new Exception("Invalid datasource.
 357 //            // "+reader.getWarningMessage());
 358 //            // }
 359 //            // fp.reset();
 360 //            freader = fp.getReader();
 361 //          }
 362 //          if (freader == null)
 363 //          {
 364 //            throw new Exception(MessageManager.getString("exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader"));
 365 //          }
 366 //          jmb.viewer.openReader(pdbentry.getFile(), pdbentry.getId(),
 367 //                  freader);
 368 //        } catch (Exception e)
 369 //        {
 370 //          // give up!
 371 //          System.err.println("Couldn't access pdbentry id="
 372 //                  + pdbentry.getId() + " and file=" + pdbentry.getFile()
 373 //                  + " using protocol=" + protocol);
 374 //          e.printStackTrace();
 375 //        }
 376 //      }
 377 //    }
 378 //
 379 //    JalviewLite.addFrame(this, jmb.getViewerTitle(), 400, 400);
 380 //  }
 381 //
 382 //  public void loadInline(String string)
 383 //  {
 384 //    loadedInline = true;
 385 //    jmb.loadInline(string);
 386 //  }
 387 //
 388 //  void setChainMenuItems(Vector<String> chains)
 389 //  {
 390 //    chainMenu.removeAll();
 391 //
 392 //    MenuItem menuItem = new MenuItem(MessageManager.getString("label.all"));
 393 //    menuItem.addActionListener(this);
 394 //
 395 //    chainMenu.add(menuItem);
 396 //
 397 //    CheckboxMenuItem menuItemCB;
 398 //    for (String ch : chains)
 399 //    {
 400 //      menuItemCB = new CheckboxMenuItem(ch, true);
 401 //      menuItemCB.addItemListener(this);
 402 //      chainMenu.add(menuItemCB);
 403 //    }
 404 //  }
 405 //
 406 //  boolean allChainsSelected = false;
 407 //
 408 //  void centerViewer()
 409 //  {
 410 //    Vector<String> toshow = new Vector<String>();
 411 //    for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 412 //    {
 413 //      if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 414 //      {
 415 //        CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 416 //        if (item.getState())
 417 //        {
 418 //          toshow.addElement(item.getLabel());
 419 //        }
 420 //      }
 421 //    }
 422 //    jmb.centerViewer(toshow);
 423 //  }
 424 //
 425 //  void closeViewer()
 426 //  {
 427 //    jmb.closeViewer();
 428 //    jmb = null;
 429 //    this.setVisible(false);
 430 //  }
 431 //
 432 //  public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 433 //  {
 434 //    if (evt.getSource() == mappingMenuItem)
 435 //    {
 436 //      CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(
 437 //              false, null);
 438 //      Frame frame = new Frame();
 439 //      frame.add(cap);
 440 //
 441 //      StringBuffer sb = new StringBuffer();
 442 //      try
 443 //      {
 444 //        cap.setText(jmb.printMappings());
 445 //      } catch (OutOfMemoryError ex)
 446 //      {
 447 //        frame.dispose();
 448 //        System.err
 449 //                .println("Out of memory when trying to create dialog box with sequence-structure mapping.");
 450 //        return;
 451 //      }
 452 //      JalviewLite.addFrame(frame,
 453 //              MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
 454 //              600);
 455 //    }
 456 //    else if (evt.getSource() == charge)
 457 //    {
 458 //      setEnabled(charge);
 459 //      jmb.colourByCharge();
 460 //    }
 461 //
 462 //    else if (evt.getSource() == chain)
 463 //    {
 464 //      setEnabled(chain);
 465 //      jmb.colourByChain();
 466 //    }
 467 //    else if (evt.getSource() == zappo)
 468 //    {
 469 //      setEnabled(zappo);
 470 //      jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 471 //    }
 472 //    else if (evt.getSource() == taylor)
 473 //    {
 474 //      setEnabled(taylor);
 475 //      jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 476 //    }
 477 //    else if (evt.getSource() == hydro)
 478 //    {
 479 //      setEnabled(hydro);
 480 //      jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 481 //    }
 482 //    else if (evt.getSource() == helix)
 483 //    {
 484 //      setEnabled(helix);
 485 //      jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 486 //    }
 487 //    else if (evt.getSource() == strand)
 488 //    {
 489 //      setEnabled(strand);
 490 //      jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 491 //    }
 492 //    else if (evt.getSource() == turn)
 493 //    {
 494 //      setEnabled(turn);
 495 //      jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 496 //    }
 497 //    else if (evt.getSource() == buried)
 498 //    {
 499 //      setEnabled(buried);
 500 //      jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 501 //    }
 502 //    else if (evt.getSource() == purinepyrimidine)
 503 //    {
 504 //      jmb.setJalviewColourScheme(new PurinePyrimidineColourScheme());
 505 //    }
 506 //    else if (evt.getSource() == user)
 507 //    {
 508 //      setEnabled(user);
 509 //      new UserDefinedColours(this);
 510 //    }
 511 //    else if (evt.getSource() == jmolHelp)
 512 //    {
 513 //      try
 514 //      {
 515 //        ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 516 //                new java.net.URL(
 517 //                        "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 518 //                "jmolHelp");
 519 //      } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 520 //      {
 521 //      }
 522 //    }
 523 //    else
 524 //    {
 525 //      allChainsSelected = true;
 526 //      for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 527 //      {
 528 //        if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 529 //        {
 530 //          ((CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 531 //        }
 532 //      }
 533 //
 534 //      centerViewer();
 535 //      allChainsSelected = false;
 536 //    }
 537 //  }
 538 //
 539 //  /**
 540 //   * tick or untick the seqColour menu entry or jmoColour entry depending upon
 541 //   * if it was selected or not.
 542 //   *
 543 //   * @param itm
 544 //   */
 545 //  private void setEnabled(Object itm) // BH MenuItem not superclass of CheckBoxMenuItem
 546 //  {
 547 //    jmolColour.setState(itm == jmolColour);
 548 //    seqColour.setState(itm == seqColour);
 549 //    jmb.setColourBySequence(itm == seqColour);
 550 //  }
 551 //
 552 //  public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 553 //  {
 554 //    if (evt.getSource() == jmolColour)
 555 //    {
 556 //      setEnabled(jmolColour);
 557 //      jmb.setColourBySequence(false);
 558 //    }
 559 //    else if (evt.getSource() == seqColour)
 560 //    {
 561 //      setEnabled(seqColour);
 562 //      jmb.colourBySequence(ap);
 563 //    }
 564 //    else if (!allChainsSelected)
 565 //    {
 566 //      centerViewer();
 567 //    }
 568 //  }
 569 //
 570 //  public void keyPressed(KeyEvent evt)
 571 //  {
 572 //    if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER && scriptWindow.isVisible())
 573 //    {
 574 //      jmb.eval(inputLine.getText());
 575 //      history.append("\n$ " + inputLine.getText());
 576 //      inputLine.setText("");
 577 //    }
 578 //
 579 //  }
 580 //
 581 //  public void keyTyped(KeyEvent evt)
 582 //  {
 583 //  }
 584 //
 585 //  public void keyReleased(KeyEvent evt)
 586 //  {
 587 //  }
 588 //
 589 //  public void updateColours(Object source)
 590 //  {
 591 //    AlignmentPanel panel = (AlignmentPanel) source;
 592 //    jmb.colourBySequence(panel);
 593 //  }
 594 //
 595 //  public void updateTitleAndMenus()
 596 //  {
 597 //    if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
 598 //    {
 599 //      repaint();
 600 //      return;
 601 //    }
 602 //    setChainMenuItems(jmb.chainNames);
 603 //    jmb.colourBySequence(ap);
 604 //
 605 //    setTitle(jmb.getViewerTitle());
 606 //  }
 607 //
 608 //  public void showUrl(String url)
 609 //  {
 610 //    try
 611 //    {
 612 //      ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 613 //              "jmolOutput");
 614 //    } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 615 //    {
 616 //    }
 617 //  }
 618 //
 619 //  Panel splitPane = null;
 620 //
 621 //  public void showConsole(boolean showConsole)
 622 //  {
 623 //    if (showConsole)
 624 //    {
 625 //      remove(renderPanel);
 626 //      splitPane = new Panel();
 627 //
 628 //      splitPane.setLayout(new java.awt.GridLayout(2, 1));
 629 //      splitPane.add(renderPanel);
 630 //      splitPane.add(scriptWindow);
 631 //      scriptWindow.setVisible(true);
 632 //      this.add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 633 //      splitPane.setVisible(true);
 634 //      splitPane.validate();
 635 //    }
 636 //    else
 637 //    {
 638 //      scriptWindow.setVisible(false);
 639 //      remove(splitPane);
 640 //      add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 641 //      splitPane = null;
 642 //    }
 643 //    validate();
 644 //  }
 645 //
 646 //  public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 647 //  {
 648 //    return null;
 649 //  }
 650 //
 651 //  // /End JmolStatusListener
 652 //  // /////////////////////////////
 653 //
 654   class RenderPanel extends Panel
 655   {
 656     Dimension currentSize = new Dimension();
 657
 658     public void update(Graphics g)
 659     {
 660       paint(g);
 661     }
 662
 663     public void PaintComponent(Graphics g)
 664     {
 665       currentSize = this.getSize();
 666
 667 //      if (jmb.viewer == null)
 668 //      {
 669 //        g.setColor(Color.black);
 670 //        g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 671 //        g.setColor(Color.white);
 672 //        g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 673 //        awt2swing.Util.drawString(g, MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
 674 //                20, currentSize.height / 2);
 675 //      }
 676 //      else
 677 //      {
 678 //        jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
 679 //                currentSize.height);
 680 //      }
 681     }
 682   }
 683 //
 684 //  /*
 685 //   * @Override public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String
 686 //   * chain, String pdbId) { return jmb.getColour(atomIndex, pdbResNum, chain,
 687 //   * pdbId); }
 688 //   *
 689 //   * @Override public String[] getPdbFile() { return jmb.getPdbFile(); }
 690 //   *
 691 //   * @Override public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String
 692 //   * chain, String pdbId) { jmb.highlightAtom(atomIndex, pdbResNum, chain,
 693 //   * pdbId);
 694 //   *
 695 //   * }
 696 //   *
 697 //   * @Override public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo) {
 698 //   * jmb.mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 699 //   *
 700 //   * }
 701 //   */
 702 //  public void setJalviewColourScheme(UserColourScheme ucs)
 703 //  {
 704 //    jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
 705 //  }
 706 //
 707 //  public AlignmentPanel getAlignmentPanelFor(AlignmentI alignment)
 708 //  {
 709 //    for (int i = 0; i < _aps.size(); i++)
 710 //    {
 711 //      if (_aps.get(i).av.getAlignment() == alignment)
 712 //      {
 713 //        return (_aps.get(i));
 714 //      }
 715 //    }
 716 //    return ap;
 717 //  }
 718 }