src/jalview/ext/varna/RnaModel.java

   1 package jalview.ext.varna;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5
   6 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
   7
   8 /**
   9  * Data bean wrapping the data items that define one RNA view
  10  */
  11 public class RnaModel
  12 {
  13   public final String title;
  14
  15   public final AlignmentAnnotation ann;
  16
  17   public final SequenceI seq;
  18
  19   public final boolean gapped;
  20
  21   public final RNA rna;
  22
  23   /**
  24    * not used in applet?
  25    *
  26    * @param t
  27    * @param aa
  28    * @param s
  29    * @param r
  30    * @param g
  31    */
  32   public RnaModel(String t, AlignmentAnnotation aa, SequenceI s, RNA r,
  33           boolean g)
  34   {
  35     title = t;
  36     ann = aa;
  37     seq = s;
  38     rna = r;
  39     gapped = g;
  40   }
  41 }