src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.Comparison;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  33 {
  34   public Blosum62ColourScheme()
  35   {
  36     super();
  37   }
  38
  39   @Override
  40   public Color findColourSeq(char res, int j, SequenceI seq)
  41   {
  42     if ('a' <= res && res <= 'z')
  43     {
  44       // TO UPPERCASE !!!
  45       res -= ('a' - 'A');
  46     }
  47
  48     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  49             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  50     {
  51       return Color.white;
  52     }
  53
  54     Color currentColour;
  55
  56     if (!Comparison.isGap(res))
  57     {
  58       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  59
  60       if (max.indexOf(res) > -1)
  61       {
  62         // TODO use a constant here?
  63         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  64       }
  65       else
  66       {
  67         int c = 0;
  68         int max_aa = 0;
  69         int n = max.length();
  70
  71         do
  72         {
  73           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  74         } while (++max_aa < n);
  75
  76         if (c > 0)
  77         {
  78           // TODO use a constant here?
  79           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  80         }
  81         else
  82         {
  83           currentColour = Color.white;
  84         }
  85       }
  86
  87       if (conservationColouring)
  88       {
  89         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  90       }
  91     }
  92     else
  93     {
  94       return Color.white;
  95     }
  96
  97     return currentColour;
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
 102           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 103   {
 104     ColourSchemeI newcs = super.applyTo(sg, hiddenRepSequences);
 105     return newcs;
 106   }
 107 }