src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * DOCUMENT ME!
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
  34 {
  35   /**
  36    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  37    */
  38   public NucleotideColourScheme()
  39   {
  40     super(ResidueProperties.nucleotideIndex, ResidueProperties.nucleotide,
  41             0);
  42   }
  43
  44   /**
  45    * DOCUMENT ME!
  46    *
  47    * @param n
  48    *          DOCUMENT ME!
  49    *
  50    * @return DOCUMENT ME!
  51    */
  52   @Override
  53   public Color findColour(char c)
  54   {
  55     // System.out.println("called"); log.debug
  56     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  57   }
  58
  59   /**
  60    * DOCUMENT ME!
  61    *
  62    * @param n
  63    *          DOCUMENT ME!
  64    * @param j
  65    *          DOCUMENT ME!
  66    *
  67    * @return DOCUMENT ME!
  68    */
  69   @Override
  70   public Color findColourSeq(char c, int j, SequenceI seq)
  71   {
  72     Color currentColour;
  73     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  74     {
  75       try
  76       {
  77         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  78       } catch (Exception ex)
  79       {
  80         return Color.white;
  81       }
  82     }
  83     else
  84     {
  85       return Color.white;
  86     }
  87
  88     if (conservationColouring)
  89     {
  90       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  91     }
  92
  93     return currentColour;
  94   }
  95 }