/*
 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
 * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
 * 
 * This file is part of Jalview.
 * 
 * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
 * modify it under the terms of the GNU General Public License 
 * as published by the Free Software Foundation, either version 3
 * of the License, or (at your option) any later version.
 *  
 * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
 * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
 * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
 * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
 * 
 * You should have received a copy of the GNU General Public License
 * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
 * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
 */
package jalview.appletgui;

import jalview.bin.JalviewLite;
import jalview.datamodel.AlignmentI;
import jalview.datamodel.PDBEntry;
import jalview.datamodel.SequenceI;
import jalview.io.AppletFormatAdapter;
import jalview.io.FileParse;
import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
import jalview.schemes.HelixColourScheme;
import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
import jalview.schemes.StrandColourScheme;
import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
import jalview.schemes.TurnColourScheme;
import jalview.schemes.UserColourScheme;
import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
import jalview.structure.StructureSelectionManager;
import jalview.util.MessageManager;

import java.awt.BorderLayout;
import awt2swing.CheckboxMenuItem;
import java.awt.Color;
import java.awt.Dimension;
import java.awt.Font;
import awt2swing.Frame;
import java.awt.Graphics;
import awt2swing.Menu;
import awt2swing.MenuBar;
import awt2swing.MenuItem;
import awt2swing.Panel;
import awt2swing.TextArea;
import awt2swing.TextField;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.awt.event.ActionListener;
import java.awt.event.ItemEvent;
import java.awt.event.ItemListener;
import java.awt.event.KeyEvent;
import java.awt.event.KeyListener;
import java.awt.event.WindowAdapter;
import java.awt.event.WindowEvent;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Hashtable;
import java.util.List;
import java.util.Vector;

public class AppletJmol //extends EmbmenuFrame implements
//        KeyListener, ActionListener, ItemListener

{

  Panel scriptWindow;

  TextField inputLine;

  TextArea history;

  RenderPanel renderPanel;

  AlignmentPanel ap;

  List<AlignmentPanel> _aps = new ArrayList<AlignmentPanel>(); // remove? never
                                                               // added to

  String fileLoadingError;

  boolean loadedInline;

  // boolean colourBySequence = true;

  FeatureRenderer fr = null;

  AppletJmolBinding jmb;


	public AppletJmol(PDBEntry entry, SequenceI[] sequenceIs, Object object,
			AlignmentPanel ap2, String uRL) {
		// TODO Auto-generated constructor stub
	}


	public void setJalviewColourScheme(UserColourScheme ucs) {
		// TODO Auto-generated method stub
		
	}

	
	//  Menu fileMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.file"));
//
//  Menu viewMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.view"));
//
//  Menu coloursMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.colour"));
//
//  Menu chainMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.show_chain"));
//
//  Menu helpMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.help"));
//
//  MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.view_mapping"));
//
//  CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem(
//          MessageManager.getString("action.by_sequence"), true);
//
//  CheckboxMenuItem jmolColour = new CheckboxMenuItem(
//          MessageManager.getString("action.using_jmol"), false);
//
//  MenuItem chain = new MenuItem(MessageManager.getString("action.by_chain"));
//
//  MenuItem charge = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
//
//  MenuItem zappo = new MenuItem(MessageManager.getString("label.zappo"));
//
//  MenuItem taylor = new MenuItem(MessageManager.getString("label.taylor"));
//
//  MenuItem hydro = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
//
//  MenuItem helix = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
//
//  MenuItem strand = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
//
//  MenuItem turn = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
//
//  MenuItem buried = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.buried_index"));
//
//  MenuItem purinepyrimidine = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.purine_pyrimidine"));
//
//  MenuItem user = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.user_defined_colours"));
//
//  MenuItem jmolHelp = new MenuItem(
//          MessageManager.getString("label.jmol_help"));
//
//  /**
//   * datasource protocol for access to PDBEntry
//   */
//  String protocol = null;
//
//  /**
//   * Load a bunch of pdb entries associated with sequences in the alignment and
//   * display them - aligning them if necessary.
//   * 
//   * @param pdbentries
//   *          each pdb file (at least one needed)
//   * @param boundseqs
//   *          each set of sequences for each pdb file (must match number of pdb
//   *          files)
//   * @param boundchains
//   *          the target pdb chain corresponding with each sequence associated
//   *          with each pdb file (may be null at any level)
//   * @param align
//   *          true/false
//   * @param ap
//   *          associated alignment
//   * @param protocol
//   *          how to get pdb data
//   */
//  public AppletJmol(PDBEntry[] pdbentries, SequenceI[][] boundseqs,
//          String[][] boundchains, boolean align, AlignmentPanel ap,
//          String protocol)
//  {
//    throw new Error(MessageManager.getString("error.not_yet_implemented"));
//  }
//
//  public AppletJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
//          AlignmentPanel ap, String protocol)
//  {
//    this.ap = ap;
//    jmb = new AppletJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
//            new PDBEntry[]
//            { pdbentry }, new SequenceI[][]
//            { seq }, new String[][]
//            { chains }, protocol);
//    jmb.setColourBySequence(true);
//    if (pdbentry.getId() == null || pdbentry.getId().length() < 1)
//    {
//      if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
//      {
//        pdbentry.setId("PASTED PDB"
//                + (chains == null ? "_" : chains.toString()));
//      }
//      else
//      {
//        pdbentry.setId(pdbentry.getFile());
//      }
//    }
//
//    if (JalviewLite.debug)
//    {
//      System.err
//              .println("AppletJmol: PDB ID is '" + pdbentry.getId() + "'");
//    }
//
//    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
//            .getStructureSelectionManager(ap.av.applet)
//            .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
//    MCview.PDBfile reader = null;
//    if (alreadyMapped != null)
//    {
//      reader = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
//              ap.av.applet).setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(),
//              protocol);
//      // PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
//      // FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
//    }
//    MenuBar menuBar = new MenuBar();
//    menuBar.add(fileMenu);
//    fileMenu.add(mappingMenuItem);
//    menuBar.add(viewMenu);
//    mappingMenuItem.addActionListener(this);
//    viewMenu.add(chainMenu);
//    menuBar.add(coloursMenu);
//    menuBar.add(helpMenu);
//
//    charge.addActionListener(this);
//    hydro.addActionListener(this);
//    chain.addActionListener(this);
//    seqColour.addItemListener(this);
//    jmolColour.addItemListener(this);
//    zappo.addActionListener(this);
//    taylor.addActionListener(this);
//    helix.addActionListener(this);
//    strand.addActionListener(this);
//    turn.addActionListener(this);
//    buried.addActionListener(this);
//    purinepyrimidine.addActionListener(this);
//    user.addActionListener(this);
//
//    jmolHelp.addActionListener(this);
//
//    coloursMenu.add(seqColour);
//    coloursMenu.add(chain);
//    coloursMenu.add(charge);
//    coloursMenu.add(zappo);
//    coloursMenu.add(taylor);
//    coloursMenu.add(hydro);
//    coloursMenu.add(helix);
//    coloursMenu.add(strand);
//    coloursMenu.add(turn);
//    coloursMenu.add(buried);
//    coloursMenu.add(purinepyrimidine);
//    coloursMenu.add(user);
//    coloursMenu.add(jmolColour);
//    helpMenu.add(jmolHelp);
//    this.setLayout(new BorderLayout());
//
//    setMenuBar(menuBar);
//
//    renderPanel = new RenderPanel();
//    embedMenuIfNeeded(renderPanel);
//    this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
//    scriptWindow = new Panel();
//    scriptWindow.setVisible(false);
//    // this.add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
//
//    try
//    {
//      jmb.allocateViewer(renderPanel, true, ap.av.applet.getName()
//              + "_jmol_", ap.av.applet.getDocumentBase(),
//              ap.av.applet.getCodeBase(), "-applet", scriptWindow, null);
//    } catch (Exception e)
//    {
//      System.err
//              .println("Couldn't create a jmol viewer. Args to allocate viewer were:\nDocumentBase="
//                      + ap.av.applet.getDocumentBase()
//                      + "\nCodebase="
//                      + ap.av.applet.getCodeBase());
//      e.printStackTrace();
//      dispose();
//      return;
//    }
//    // jmb.newJmolPopup(true, "Jmol", true);
//
//    this.addWindowListener(new WindowAdapter()
//    {
//      public void windowClosing(WindowEvent evt)
//      {
//        closeViewer();
//      }
//    });
//    if (pdbentry.getProperty() == null)
//    {
//      pdbentry.setProperty(new Hashtable());
//      pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);
//    }
//    if (pdbentry.getFile() != null)
//    {
//      // import structure data from pdbentry.getFile based on given protocol
//      if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
//      {
//        // TODO: JAL-623 : correctly record file contents for matching up later
//        // pdbentry.getProperty().put("pdbfilehash",""+pdbentry.getFile().hashCode());
//        loadInline(pdbentry.getFile());
//      }
//      else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE)
//              || protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))
//      {
//        jmb.viewer.openFile(pdbentry.getFile());
//      }
//      else
//      {
//        // probably CLASSLOADER based datasource..
//        // Try and get a reader on the datasource, and pass that to Jmol
//        try
//        {
//          java.io.Reader freader = null;
//          if (reader != null)
//          {
//            if (JalviewLite.debug)
//            {
//              System.err
//                      .println("AppletJmol:Trying to reuse existing PDBfile IO parser.");
//            }
//            // re-use the one we opened earlier
//            freader = reader.getReader();
//          }
//          if (freader == null)
//          {
//            if (JalviewLite.debug)
//            {
//              System.err
//                      .println("AppletJmol:Creating new PDBfile IO parser.");
//            }
//            FileParse fp = new FileParse(pdbentry.getFile(), protocol);
//            fp.mark();
//            // reader = new MCview.PDBfile(fp);
//            // could set ID, etc.
//            // if (!reader.isValid())
//            // {
//            // throw new Exception("Invalid datasource.
//            // "+reader.getWarningMessage());
//            // }
//            // fp.reset();
//            freader = fp.getReader();
//          }
//          if (freader == null)
//          {
//            throw new Exception(MessageManager.getString("exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader"));
//          }
//          jmb.viewer.openReader(pdbentry.getFile(), pdbentry.getId(),
//                  freader);
//        } catch (Exception e)
//        {
//          // give up!
//          System.err.println("Couldn't access pdbentry id="
//                  + pdbentry.getId() + " and file=" + pdbentry.getFile()
//                  + " using protocol=" + protocol);
//          e.printStackTrace();
//        }
//      }
//    }
//
//    JalviewLite.addFrame(this, jmb.getViewerTitle(), 400, 400);
//  }
//
//  public void loadInline(String string)
//  {
//    loadedInline = true;
//    jmb.loadInline(string);
//  }
//
//  void setChainMenuItems(Vector<String> chains)
//  {
//    chainMenu.removeAll();
//
//    MenuItem menuItem = new MenuItem(MessageManager.getString("label.all"));
//    menuItem.addActionListener(this);
//
//    chainMenu.add(menuItem);
//
//    CheckboxMenuItem menuItemCB;
//    for (String ch : chains)
//    {
//      menuItemCB = new CheckboxMenuItem(ch, true);
//      menuItemCB.addItemListener(this);
//      chainMenu.add(menuItemCB);
//    }
//  }
//
//  boolean allChainsSelected = false;
//
//  void centerViewer()
//  {
//    Vector<String> toshow = new Vector<String>();
//    for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
//    {
//      if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
//      {
//        CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
//        if (item.getState())
//        {
//          toshow.addElement(item.getLabel());
//        }
//      }
//    }
//    jmb.centerViewer(toshow);
//  }
//
//  void closeViewer()
//  {
//    jmb.closeViewer();
//    jmb = null;
//    this.setVisible(false);
//  }
//
//  public void actionPerformed(ActionEvent evt)
//  {
//    if (evt.getSource() == mappingMenuItem)
//    {
//      CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(
//              false, null);
//      Frame frame = new Frame();
//      frame.add(cap);
//
//      StringBuffer sb = new StringBuffer();
//      try
//      {
//        cap.setText(jmb.printMappings());
//      } catch (OutOfMemoryError ex)
//      {
//        frame.dispose();
//        System.err
//                .println("Out of memory when trying to create dialog box with sequence-structure mapping.");
//        return;
//      }
//      JalviewLite.addFrame(frame,
//              MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
//              600);
//    }
//    else if (evt.getSource() == charge)
//    {
//      setEnabled(charge);
//      jmb.colourByCharge();
//    }
//
//    else if (evt.getSource() == chain)
//    {
//      setEnabled(chain);
//      jmb.colourByChain();
//    }
//    else if (evt.getSource() == zappo)
//    {
//      setEnabled(zappo);
//      jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
//    }
//    else if (evt.getSource() == taylor)
//    {
//      setEnabled(taylor);
//      jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
//    }
//    else if (evt.getSource() == hydro)
//    {
//      setEnabled(hydro);
//      jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
//    }
//    else if (evt.getSource() == helix)
//    {
//      setEnabled(helix);
//      jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
//    }
//    else if (evt.getSource() == strand)
//    {
//      setEnabled(strand);
//      jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
//    }
//    else if (evt.getSource() == turn)
//    {
//      setEnabled(turn);
//      jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
//    }
//    else if (evt.getSource() == buried)
//    {
//      setEnabled(buried);
//      jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
//    }
//    else if (evt.getSource() == purinepyrimidine)
//    {
//      jmb.setJalviewColourScheme(new PurinePyrimidineColourScheme());
//    }
//    else if (evt.getSource() == user)
//    {
//      setEnabled(user);
//      new UserDefinedColours(this);
//    }
//    else if (evt.getSource() == jmolHelp)
//    {
//      try
//      {
//        ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
//                new java.net.URL(
//                        "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
//                "jmolHelp");
//      } catch (java.net.MalformedURLException ex)
//      {
//      }
//    }
//    else
//    {
//      allChainsSelected = true;
//      for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
//      {
//        if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
//        {
//          ((CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
//        }
//      }
//
//      centerViewer();
//      allChainsSelected = false;
//    }
//  }
//
//  /**
//   * tick or untick the seqColour menu entry or jmoColour entry depending upon
//   * if it was selected or not.
//   * 
//   * @param itm
//   */
//  private void setEnabled(Object itm) // BH MenuItem not superclass of CheckBoxMenuItem
//  {
//    jmolColour.setState(itm == jmolColour);
//    seqColour.setState(itm == seqColour);
//    jmb.setColourBySequence(itm == seqColour);
//  }
//
//  public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
//  {
//    if (evt.getSource() == jmolColour)
//    {
//      setEnabled(jmolColour);
//      jmb.setColourBySequence(false);
//    }
//    else if (evt.getSource() == seqColour)
//    {
//      setEnabled(seqColour);
//      jmb.colourBySequence(ap);
//    }
//    else if (!allChainsSelected)
//    {
//      centerViewer();
//    }
//  }
//
//  public void keyPressed(KeyEvent evt)
//  {
//    if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER && scriptWindow.isVisible())
//    {
//      jmb.eval(inputLine.getText());
//      history.append("\n$ " + inputLine.getText());
//      inputLine.setText("");
//    }
//
//  }
//
//  public void keyTyped(KeyEvent evt)
//  {
//  }
//
//  public void keyReleased(KeyEvent evt)
//  {
//  }
//
//  public void updateColours(Object source)
//  {
//    AlignmentPanel panel = (AlignmentPanel) source;
//    jmb.colourBySequence(panel);
//  }
//
//  public void updateTitleAndMenus()
//  {
//    if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
//    {
//      repaint();
//      return;
//    }
//    setChainMenuItems(jmb.chainNames);
//    jmb.colourBySequence(ap);
//
//    setTitle(jmb.getViewerTitle());
//  }
//
//  public void showUrl(String url)
//  {
//    try
//    {
//      ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
//              "jmolOutput");
//    } catch (java.net.MalformedURLException ex)
//    {
//    }
//  }
//
//  Panel splitPane = null;
//
//  public void showConsole(boolean showConsole)
//  {
//    if (showConsole)
//    {
//      remove(renderPanel);
//      splitPane = new Panel();
//
//      splitPane.setLayout(new java.awt.GridLayout(2, 1));
//      splitPane.add(renderPanel);
//      splitPane.add(scriptWindow);
//      scriptWindow.setVisible(true);
//      this.add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
//      splitPane.setVisible(true);
//      splitPane.validate();
//    }
//    else
//    {
//      scriptWindow.setVisible(false);
//      remove(splitPane);
//      add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
//      splitPane = null;
//    }
//    validate();
//  }
//
//  public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
//  {
//    return null;
//  }
//
//  // /End JmolStatusListener
//  // /////////////////////////////
//
  class RenderPanel extends Panel
  {
    Dimension currentSize = new Dimension();

    public void update(Graphics g)
    {
      paint(g);
    }

    public void PaintComponent(Graphics g)
    {
      currentSize = this.getSize();

//      if (jmb.viewer == null)
//      {
//        g.setColor(Color.black);
//        g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
//        g.setColor(Color.white);
//        g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
//        awt2swing.Util.drawString(g, MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
//                20, currentSize.height / 2);
//      }
//      else
//      {
//        jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
//                currentSize.height);
//      }
    }
  }
//
//  /*
//   * @Override public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String
//   * chain, String pdbId) { return jmb.getColour(atomIndex, pdbResNum, chain,
//   * pdbId); }
//   * 
//   * @Override public String[] getPdbFile() { return jmb.getPdbFile(); }
//   * 
//   * @Override public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String
//   * chain, String pdbId) { jmb.highlightAtom(atomIndex, pdbResNum, chain,
//   * pdbId);
//   * 
//   * }
//   * 
//   * @Override public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo) {
//   * jmb.mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
//   * 
//   * }
//   */
//  public void setJalviewColourScheme(UserColourScheme ucs)
//  {
//    jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
//  }
//
//  public AlignmentPanel getAlignmentPanelFor(AlignmentI alignment)
//  {
//    for (int i = 0; i < _aps.size(); i++)
//    {
//      if (_aps.get(i).av.getAlignment() == alignment)
//      {
//        return (_aps.get(i));
//      }
//    }
//    return ap;
//  }
}