JAL-3858 improved contactInterval computation and added detailed test coverage for...
[jalview.git] / README
1 Jalview README
2 ==============
3
4 Welcome !  
5
6 Jalview is free (GPLv3 licensed) software for creation, interactive
7 visualisation and analysis of alignments of biological sequences. It
8 was developed by Michele Clamp in 1996, and now maintained by the
9 Jalview Development team in the Barton group at the University of
10 Dundee.
11
12 If you'd like to help out please check out the website
13 (www.jalview.org) and get in touch. See CITATION for the canonical
14 reference if you need to cite Jalview.
15
16 To build the Jalview Desktop application and JalviewJS, the JavaScript
17 transpiled version (with the help of java2script, courtesy of Bob
18 Hanson), you will need a Java 11 JDK and a recent version of
19 Gradle. For development we recommend Eclipse - you should be able to
20 import Jalview as a Gradle project with the Buildship plugin.
21
22 Most likely you'll want to take a look at doc/building.md to find out
23 exactly what is needed. If you already have Java 11 and Gradle, then
24 the tldr:
25
26 gradle test # run functional test suite
27
28 gradle shadowJar # build a single executable Jar under build/libs/
29
30 gradle jalviewjs # builds JalviewJS under build/jalviewjs  
31
32 If you want to build JalviewJS then you will also need to download
33 Eclipse for your platform, since transpilation requires an Eclipse
34 plugin.