bin/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis.scoremodels");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.analysis.ScoreModelI"], "jalview.analysis.scoremodels.SWScoreModel", ["jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.util.Comparison"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis.scoremodels, "SWScoreModel", null, jalview.api.analysis.ScoreModelI);\r
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "findDistances", \r
   5 function (seqData) {\r
   6 var sequenceString = seqData.getVisibleAlignment (jalview.util.Comparison.GapChars.charAt (0)).getSequencesArray ();\r
   7 var noseqs = sequenceString.length;\r
   8 var distance =  Clazz.newFloatArray (noseqs, noseqs, 0);\r
   9 var max = -1;\r
  10 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {\r
  11 for (var j = i; j < noseqs; j++) {\r
  12 var as =  new jalview.analysis.AlignSeq (sequenceString[i], sequenceString[j], seqData.isNa () ? "dna" : "pep");\r
  13 as.calcScoreMatrix ();\r
  14 as.traceAlignment ();\r
  15 as.printAlignment (System.out);\r
  16 distance[i][j] = as.maxscore;\r
  17 if (max < distance[i][j]) {\r
  18 max = distance[i][j];\r
  19 }}\r
  20 }\r
  21 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {\r
  22 for (var j = i; j < noseqs; j++) {\r
  23 distance[i][j] = max - distance[i][j];\r
  24 distance[j][i] = distance[i][j];\r
  25 }\r
  26 }\r
  27 return distance;\r
  28 }, "jalview.datamodel.AlignmentView");\r
  29 Clazz.overrideMethod (c$, "getName", \r
  30 function () {\r
  31 return "Smith Waterman Score";\r
  32 });\r
  33 Clazz.overrideMethod (c$, "isDNA", \r
  34 function () {\r
  35 return true;\r
  36 });\r
  37 Clazz.overrideMethod (c$, "isProtein", \r
  38 function () {\r
  39 return true;\r
  40 });\r
  41 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
  42 function () {\r
  43 return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";\r
  44 });\r
  45 });\r