build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5
   6
   7 plugins {
   8   id 'java'
   9   id 'application'
  10   id 'eclipse'
  11 }
  12
  13 repositories {
  14   jcenter()
  15   mavenCentral()
  16   mavenLocal()
  17   flatDir {
  18     dirs gradlePluginsDir
  19   }
  20 }
  21
  22 mainClassName = launcherClass
  23 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  24
  25 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  26
  27 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  28 def libDir
  29 def libDistDir
  30 def compile_source_compatibility
  31 def compile_target_compatibility
  32
  33 ext {
  34   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  35
  36   gitHash = ""
  37   gitBranch = ""
  38 }
  39
  40 def JAVA_INTEGER_VERSION
  41 //def additional_compiler_args = []
  42 // this property is for the Java library used in eclipse
  43 def eclipse_java_runtime_name
  44 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  45   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  46   //libDir = j8libDir
  47   libDir = j11libDir
  48   libDistDir = j8libDir
  49   compile_source_compatibility = 1.8
  50   compile_target_compatibility = 1.8
  51   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  52 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  53   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  54   libDir = j11libDir
  55   libDistDir = j11libDir
  56   compile_source_compatibility = 11
  57   compile_target_compatibility = 11
  58   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  59   /* compile without modules -- using classpath libraries
  60   additional_compiler_args += [
  61   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  62   '--add-modules', j11modules
  63   ]
  64   */
  65 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
  66   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
  67   libDir = j11libDir
  68   libDistDir = j11libDir
  69   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
  70   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
  71   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  72   /* compile without modules -- using classpath libraries
  73   additional_compiler_args += [
  74   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  75   '--add-modules', j11modules
  76   ]
  77   */
  78 } else {
  79   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
  80 }
  81
  82 sourceSets {
  83
  84   main {
  85     java {
  86       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
  87       outputDir = file("$classes")
  88     }
  89
  90     resources {
  91       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
  92     }
  93
  94     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  95     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
  96
  97     runtimeClasspath = compileClasspath
  98   }
  99
 100 }
 101
 102 eclipse {
 103   project {
 104     name = eclipse_project_name
 105
 106     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 107     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 108
 109     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 110     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 111   }
 112
 113   classpath {
 114     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 115     def removeThese = []
 116     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 117         removeThese += it
 118       }
 119     }
 120
 121     minusConfigurations += removeThese
 122     plusConfigurations = [ ]
 123     file {
 124
 125       whenMerged { cp ->
 126         def removeTheseToo = []
 127         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 128         cp.entries.each { entry ->
 129           if (entry.kind == 'src') {
 130             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 131               removeTheseToo += entry
 132             } else {
 133               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 134             }
 135           }
 136         }
 137         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 138
 139         cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 140         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 141         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 142
 143         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 144
 145         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 146         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 147         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 148           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 149           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 150             // don't add dirs to classpath
 151             return
 152           }
 153           def itPath = it.toString()
 154           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 155             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 156           }
 157           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 158             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 159           } else {
 160             //println("Adding entry "+itPath)
 161             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 162             addedLibPath.put(itPath, true)
 163           }
 164         }
 165       } // whenMerged
 166
 167     } // file
 168
 169     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 170   } // classpath
 171
 172   jdt {
 173     // for the IDE, use java 11 compatibility
 174     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 175     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 176     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 177
 178     /*
 179     file {
 180     withProperties { props ->
 181     def jalview_prefs = new Properties()
 182     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 183     jalview_prefs.load(ins)
 184     ins.close()
 185     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 186     if (props.getAt(t) == null) {
 187     props.putAt(t, v)
 188     }
 189     }
 190     }
 191     }
 192      */
 193   } // jdt
 194
 195   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 196   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 197 } // eclipse
 198
 199 /*
 200 compileJava {
 201
 202   doFirst {
 203     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 204     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 205     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 206     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 207   }
 208
 209 }
 210
 211 clean {
 212   delete sourceSets.main.java.outputDir
 213 }
 214 */
 215
 216 task jalviewjsUnzipFiles {
 217   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 218   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 219
 220   doLast {
 221     zipFiles.each { file_zip ->
 222       copy {
 223         from zipTree(file_zip)
 224         into jalviewjs_site_dir
 225       }
 226     }
 227   }
 228
 229   inputs.files zipFiles
 230   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 231 }
 232
 233 def eclipseBinary
 234 def eclipseDropinsDir
 235 def eclipsePluginsDir
 236 task jalviewjsEclipsePaths {
 237   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 238   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 239     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 240   }
 241         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 242     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 243                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 244                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/plugins"
 245                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 246         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 247                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 248                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 249                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 250         } else { // linux or unix
 251                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 252                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 253                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 254         }
 255   println("ECLIPSE ROOT: "+eclipseRoot)
 256 }
 257
 258 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 259   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 260   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 261   def outputDir = eclipseDropinsDir
 262
 263   from inputFiles
 264   into outputDir
 265   def outputFiles = []
 266   rename { filename ->
 267     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 268     null
 269   }
 270   outputs.files outputFiles
 271   inputs.files inputFiles
 272 }
 273
 274 task jalviewjsEclipseCopyPlugins (type: Copy) {
 275   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 276   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 277   def outputDir = eclipsePluginsDir
 278
 279   from inputFiles
 280   into outputDir
 281   def outputFiles = []
 282   rename { filename ->
 283     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 284     null
 285   }
 286   outputs.files outputFiles
 287   inputs.files inputFiles
 288 }
 289
 290 def tempEclipseWorkspace = ""
 291
 292 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 293   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 294   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 295     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 296     tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 297   }
 298   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 299 }
 300
 301 task jalviewjsEclipseSetup {
 302   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 303   dependsOn jalviewjsEclipseCopyPlugins
 304   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 305 }
 306
 307
 308 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 309   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 310   def props = project.properties.sort { it.key }
 311   props.each { prop, val ->
 312     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 313       property(prop,val)
 314     }
 315   }
 316   outputs.file(outputFile)
 317 }
 318
 319 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 320   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 321   def outputDir = jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 322
 323   from inputFiles
 324   into outputDir
 325   def outputFiles = []
 326   rename { filename ->
 327     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 328     null
 329   }
 330   outputs.files outputFiles
 331   inputs.files inputFiles
 332 }
 333
 334 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 335   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 336   def outputDir = jalviewjs_site_dir
 337
 338   from inputFiles
 339   into outputDir
 340   def outputFiles = []
 341   rename { filename ->
 342     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 343     null
 344   }
 345   outputs.files outputFiles
 346   inputs.files inputFiles
 347 }
 348
 349 task cleanJalviewjs {
 350   /*
 351   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_site_dir
 352   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 353   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 354   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 355   */
 356 }
 357
 358 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 359   // work out how to do this!
 360   dependsOn eclipseProject
 361   dependsOn eclipseClasspath
 362   dependsOn eclipseJdt
 363   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 364   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 365   executable(eclipseBinary)
 366   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 367
 368   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core/"
 369   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 370   outputs.dir(projdir)
 371 }
 372
 373 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 374   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 375   dependsOn jalviewjsProjectImport
 376   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 377   executable(eclipseBinary)
 378   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 379   inputs.dir(sourceDir)
 380   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 381   outputs.file(eclipse_bin_dir+"/main/jalview/bin/Jalview.class")
 382   outputs.dir(jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 383 }
 384
 385 task jalviewjsBuildSite {
 386   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 387   dependsOn jalviewjsCopyResources
 388   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 389   dependsOn jalviewjsTranspile
 390 }
 391
 392 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 393   dependsOn jalviewjsBuildSite
 394   def outputFilename = "site.tar.gz"
 395   try {
 396     archiveFileName = outputFilename
 397   } catch (Exception e) {
 398     archiveName = outputFilename
 399   }
 400
 401   compression Compression.GZIP
 402
 403   from jalviewjs_site_dir
 404   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 405
 406   inputs.dir(jalviewjs_site_dir)
 407 }
 408
 409 task jalviewjs {
 410   dependsOn jalviewjsBuildSite
 411 }
 412
 413 task jalviewjsServer {
 414   //dependsOn jalviewjsBuildSite
 415
 416   doLast {
 417     SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 418     def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 419     def start = port
 420     def running = false
 421     HttpFileServer server
 422 println "server wait = ${jalviewjs_server_wait}"
 423     while(port < start+100 && !running) {
 424       try {
 425         server = factory.start(new File(jalviewDirAbsolutePath+"/"+jalviewjs_site_dir), port)
 426         running = true
 427         println("SERVER STARTED on "+server.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" for ${jalviewjs_server_wait} seconds. Ctrc+C to kill it.")
 428         java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 429       } catch (Exception e) {
 430         port++;
 431       }
 432     }
 433   }
 434 }