examples/embeddedWJmol.html

   1 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
   2
   3 <head>
   4 <script>
   5     <!--//--><![CDATA[//><!--
   6 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
   7 //--><!]]>
   8   </script>
   9 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
  10 <script src="jmol/Jmol.js"></script>
  11 <script src="javascript/jquery-1.4.4.min.js"></script>
  12 <script src="javascript/jquery.timer.js"></script>
  13 <script src="javascript/jquery.blockUI.js"></script>
  14 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
  15
  16 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  17 <script language="JavaScript">
  18 // instead of this, we use a custom JmolApplet spec
  19 // jmolInitialize('jmol');
  20 jmolInitialize("","JmolApplet-12.2.4.jar");
  21 function genHref()
  22 {
  23  var s1 = "ml:i@midd..", s2 = "atelcpoueau", s3 = "iomyob.neck", href="";
  24  for(i=0; i<11; i++)
  25  { href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);
  26  }
  27  window.location=href;
  28 }
  29
  30  var loglevel=1;
  31  function dbg(lvl,string) {
  32   if (_console && lvl<=loglevel) {_console.value += string + "\n";}
  33  }
  34  var _lastTime=new Date();
  35  var _path;
  36  var _datazip;
  37  var _zip;
  38  var alignA;
  39  var alignB;
  40  var featuresA;
  41  var featuresB;
  42  var pairs;
  43  var atompairs;
  44  var structdata;
  45  var jmolview;
  46  var jvstructassoc;
  47  var modeltofiles = new Array();
  48
  49  function lJvA() {
  50   jvfollower = document.getElementById("jvA");
  51   setConsole(document.getElementById("stdout"));
  52
  53   sep = jvfollower.getSeparator();
  54   //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  55   linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
  56  };
  57
  58  var _jvA=new Object();
  59  _jvA.attributes = {
  60   code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  61   archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
  62   width : '500',
  63   height : '350',
  64   mayscript : 'True',
  65   scriptable: 'True',
  66   id : 'jvA'
  67  };
  68  _jvA.parameters = {
  69    java_arguments : "-Xmx256m",
  70   externalstructureviewer : "true",
  71    oninit : "lJvA",
  72   automaticScrolling : "true",
  73 //  <!-- defaultColour : "Strand Propensity", -->
  74   file : "uniref50_mz.fa",
  75
  76   relaxedidmatch : "true",
  77   debug : "true",
  78   wrap : "false",
  79   // separator : "^",
  80   showAnnotation : "false",
  81   embedded : "true",
  82   showFullId : "false",
  83   RGB : "F2F2FF",
  84   linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
  85   linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
  86   ,
  87   linkLabel_2 : "Uniprot"
  88   ,
  89   linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
  90   APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp",
  91   PDBfile : "1gaq.txt FER1_MAIZE",
  92   permissions : "sandbox"
  93  };
  94  jmolSetCallback("hoverCallback","_jmolhover");
  95   jmolSetCallback("pickCallback","_jmolpick");
  96   modeltofiles+="1gaq.txt";
  97 </script>
  98 </head>
  99
 100 <div style="width: 100%">
 101 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
 102 <div style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid black; align: left;">
 103 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
 104 </p></div>
 105 </div>
 106 </div>
 107
 108 <!-- content template start -->
 109 <h2>Structure and Alignment</h2>
 110 <p>This demo shows how JalviewLite and Jmol can be integrated with the JalviewLite javascript library.</p>
 111 <center>
 112  <script>
 113   jmolApplet("500x500","zap; load FILE '1gaq.txt'; frame 0; select all; wireframe off; spacefill off; cartoons; restrict; center *; set selectionhalos true;select 0","jmolView");
 114  </script>
 115  <script>
 116   deployJava.runApplet(_jvA.attributes, _jvA.parameters, '1.4');
 117  </script>
 118 </center>
 119 <!-- content template end -->