Merge branch 'Jalview-JS/jim/JAL-3253-JAL-3418' into Jalview-JS/JAL-3253-applet
[jalview.git] / examples / groovy / stripUniprotPrefixes.groovy
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 import jalview.analysis.*;
22 import jalview.datamodel.*;
23 import jalview.gui.AlignFrame;
24 import jalview.gui.AlignViewport;
25
26 def af = Jalview.getAlignFrames();
27
28 // walk through  all alignments, stripping off all text prior to and including last '|' symbol in sequence IDs
29
30 for (ala in af)
31 {
32         def al = ala.viewport.alignment;
33         if (al!=null)
34         {
35                 SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
36                 for (sq in seqs)
37                 {
38                         if (sq!=null) {
39                                 if (sq.getName().indexOf("|")>-1)
40                                 {
41                                         sq.setName(sq.getName().substring(sq.getName().lastIndexOf("|")+1));
42                                         if (sq.getDatasetSequence()!=null)
43                                         {
44                                                 sq.getDatasetSequence().setName(sq.getName());
45                                         }
46                                 }
47                         }
48                 }
49         }
50 }
51