JAL-3808 example exonerate cdna2genome and coding2genome test data and test
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1 ##gff-version 2
2 ##source-version exonerate:cdna2genome 2.4.0
3 ##date 2021-02-03
4 ##type DNA
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9 CDS|ENST00000398721/1-183       exonerate:cdna2genome   similarity      1       183     885     +       .       alignment_id 0 ; Target ENSG00000214643/1-4245 ; Align 1 822 59 ; Align 60 4039 124
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11 >ENSG00000214643/1-4245 chromosome:GRCh38:6:49946021:49950265:-1
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14 CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACGGGTGTGAGTATATTGCTTTTTAAATTCACTAGTTTATTCATTAT
15 GTATAGCTATTTAAAAAAGAGAAAAACTGTCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTTTCTACTAAAAATACAA
16 AAAATTAGCCGGCCTGGTGGCGGGTGCCTGTAGTACCACCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTG
17 AACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGTCGCGATCGCGCCACTGAACTCCAGCCTGGGTGACAGAACGAGAC
18 TCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAACTAAATCAAAAG
19 CAAAGATTAAATTCTCATGCTTCTACTTTTCAGACCTTCAATAGGAGATTCTCAGTGGCATGCACTTCCTAG
20 ACAACCAGTTATTAAAAAGATAATTATATACTATGGATATCATAACCCTTTATATCCCAAGATAAAAGAAAA
21 GTAATGTCCTGCATTTTTGCCCCAGGCACTGCTAAACAGGAGTGTTAACTTTTGATAAACCCCAGTTTCTAA
22 ATTCGTACAACTGCATGGAGAGAAGTATAAAAAGATGTGCTCTCCACCTTTCTCTTATTCAAACACTGCAGA
23 GCTGCTAATTCGGCTGACTGTCTTCAATCATGAAGATTCACGTCTTTCTCTTTGTTTTATTTTTCTTTCTGG
24 TCCCCATTGCCACCAGGTAAAATGTAAATATTGAGAGGGTAAAATATCTTTCTGGAGAGTTGCATTTTGGTC
25 GATGTCAACTGGAGACACAAGAGTGACCAGATTGTTAAGAGAGTGGTTGGTTACGGTCCCAAGAGTAAATCA
26 CAAATAAAGGACTGTGGTCTTACTAAACAGTAAGGCTCCGGGTGAGTCATATTATTGTATGAGACAATTTAA
27 AGGCCTTGATTAAATGACTACAGGCTGGTTGTCCAGACTGACTACTTGGATAGAATATTAAAGTATAACCAT
28 CTGGATCCTTGAGACATTGATGGGCACTGTGTAGTAGAGTAACAGTTGGTTTTTCAGTAACCTCATGATAGG
29 TTTGGTTATATTATGTCACAAGGTTTACTTTGAGAAAAACACAAAATGGTGTTTTCAACTGATTAAGAATTG
30 AGAACTTCAGTGGCTGTATTACCTCAGGTCCAATTACATAGCAATTAATACTAACCAGATAATTAAATGAGT
31 ATAAACTTTGGAATAATTGATACCTGGGTTCAGATTTGGCTTTTGCCATGTATTGGCTATGCAAATCTATCA
32 GGTTATTTACACTCATTCAGCATCAATTTCCTCATTTGCGAATTAAATACAGTAATTAAGTCTATCTGTAGT
33 ATTATGACGATTAATGATATTTAAATATACAAAATGCCCAACATAAAGTATAATACACATCAGATTCATCTT
34 AAATAGTATTATAATTACTTTTACATTGTATTAAAACACCTTAAAAAGCAAGTAACATCTAGAAATCTCATC
35 GAGAAACTCTTTCTTGACAACTATTGCAGGAAACAGGGGAGGTAATATTTACCATGTTGGATTTCACATACT
36 TAAACTGTGTACCCTCATTTGTAAACTTTCATTGTACACACTACTATTAGATTAGATCAATAGCCAAAGGAA
37 GTATCTTGATGGAGATCATCGAAAGAGCTGTTTTAACACATTTCAGGGTACTTATGATAGGAAAAGTATTTT
38 TCTTATTTATGTAAAGACCCTGTAAACAATCATTTTACACACACCCAAGAAAATAATTCCACTCACCTTAAG
39 AAAATAAAACAAACAAAAAAATAATAACTATAGGGCATTCTGATTTAGGAGTGGTCTAGAACTGCAAGAGTT
40 TCCTCTTTGAAGTCCAACTTCATTCCTTAGCAGCACAGATGAGACCAAGGAAGTCTAGCTCTAACAATAAGT
41 CTGGCTGTGAGTAAACTCAAACATCTAAGTATTTTGGATAAAAGACTCAAATCATTTTAATTGTTTTATAAT
42 TCAAGTAAAATATGTCAGATGATAATTTTGAGGATTGTTATTTTATTACATCATTCTAAACTCAAGACTAAT
43 GGAATTACAATCAGGGTTTGTTTTTACTAAAACCATATGGGGGTGATCTTAAAATAAAGAAGACTTATTTAG
44 TGCAACCACATTTGGATAATAAAATTAGCTCCAGTTATGTTATCATGATTTACATGTGTGCCTCATGTCACT
45 TGCTTTGGGAAAAAAGGTGAAAATTTTCATGACATTTTCAGTTTCATTATAAACCCAAGAGACATTATGAAT
46 GTATGTGCATAGATTCATCTAAAAATTGAGAAATTTGTGATTCCTTCTTGTACATAAATAAATTTTTATGTT
47 ATACATAGCTGTTATCTAGAGAGAAGCTGTTTGTTGTTTTTGTTACTAGTGGAAAAATGCTAATTTACAATT
48 CCCACTTAAATAATGCTATTCTTTTTTTAATACTAGTGTTTGACAGCTGTCATCTTCTATTATTTGTAAATT
49 CCAATTAAGTCAACATACATGCTTCACACCCATCATGTAGGACAGTGTAATCTGAGGATGCATTTTTAAGCT
50 GGCAAGATAATGCTTTTTCCCTCTGGCATCAAAGGCAATAAATAGCATCTCTCTAGATAATACAAATAAAGA
51 GATATCTATCATTAATTTATACAGTGAAAAAGCATATCTCGTTGCCTAAAATATTTGGCAAAAAATTCAAAA
52 TAATATGTTCAATTTTTTCCTAAAATGTCTAGTTACTCCAAGTAACAGTAAGACTGTATGCTAACATAACTT
53 CACTGAAAGCAGATGACATGAATTGGGTTATCAGTACCTTTGACTCCATCTCAGTTGGATCCTATATGTTGA
54 GCACCTAGAGAAAGAGCACCTTTCACATACCTTTGTCACTGATATTTGATAATTTACCATTACATTTAATGC
55 TTTAACTTTGGGCGTCTTCCTCCTTATGTGACCTTTCTAAAAATTTAAACATTTTGTGAAGAGATGAAACAT
56 TAAGTCTTATGGCCAGATGTAGATGAGTTCATCAGCTGGTATATGCTATGATGATGCAATCCTGAGAACTTT
57 ATAAAGGAGAAGACTCTGAAACAAGGAAACATACGGAGATGCTGAGAGATACTACCTCTTTCTCTTTGAACT
58 TAAGGCTTGTCATTCATGACAACACTCATCCCCCCAGCAAACCAGGCTCCTGCCTAGGCTCAAATCTTTGTG
59 AATATTCAAAGAACCTCTCTTATCCCAGTATCTGCTAGGGTTTTTTTCACTCTTCTAATAAAAGAGATTTAT
60 AAAAAATATTCGAGCAAGATAGCAATTGAAGCAACATTAATGAATCTTCCCATTTTAAATCCTGAAACCAAA
61 AATGTTTAAATGTTTAATTTTTTTTTTGAAATTGGAGAAAAAAGCCTTTGGGAGGTGATGGGATCATAGATA
62 TTTGTATATGCCCAAATTCATCATTTGTACACATTAAATATGTGCAGTTCTTTTTATAGCAACTATACCTCA
63 ATAAAGTTGTTTTTTTAAAAAAATCATGTTAGGTGGGTAGTAGGTAAGTAGCCATAGAAATATGTGGTGTTC
64 ATTCCAGAACTACTTGAAATCTAACAATTTTTATTTAGAAATTCTCAGGGAAAACTAAGCTTTAACAACTAG
65 TGGATCAAGCCAGAAGTTGGAGAGGAAACTGAGAATGAAACAGAAAGTATCACAGAACAATCATCACCAGAA
66 AAATACAAAACAAATGACTTCCCAAATCCCTACCCCAGAATGCAAGGGCTATACTTATTTTCACATTGACAA
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70 AAAAATCAGCATCCCTCAAAAGTAAAGCACAGTGAGTACAAGGATTAGTAATAAAAGAAACTGAATTAC
71 >CDS|ENST00000398721/1-183 DEFB133-201
72 ATGAAGATTCACGTCTTTCTCTTTGTTTTATTTTTCTTTCTGGTCCCCATTGCCACCAGGGTGAAATGTGCC
73 GTGAAAGACACCTATAGTTGCTTTATCATGAGAGGCAAATGTCGACATGAGTGTCATGATTTTGAAAAACCA
74 ATTGGTTTCTGCACAAAACTAAATGCCAACTGTTATATG