examples/testdata/test_cdna2genome_showtargetgff.gff2

   1 ##gff-version 2
   2 ##source-version exonerate:cdna2genome 2.4.0
   3 ##date 2021-02-03
   4 ##type DNA
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   7 # seqname source feature start end score strand frame attributes
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   9 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:cdna2genome   gene    822     4162    885     +       .       gene_id 0 ; sequence CDS|ENST00000398721/1-183 ; gene_orientation + ; identity 99.45 ; similarity 99.45
  10 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:cdna2genome   utr5    822     880     .       +       .
  11 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:cdna2genome   exon    822     880     .       +       .       insertions 0 ; deletions 0 ; identity 98.33 ; similarity 98.33
  12 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:cdna2genome   splice5 881     882     .       +       .       intron_id 1 ; splice_site "GT"
  13 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:cdna2genome   intron  881     4038    .       +       .       intron_id 1
  14 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:cdna2genome   splice3 4037    4038    .       +       .       intron_id 0 ; splice_site "AC"
  15 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:cdna2genome   exon    4039    4162    .       +       .       insertions 0 ; deletions 0 ; identity 99.19 ; similarity 99.19
  16 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:cdna2genome   similarity      822     4162    885     +       .       alignment_id 0 ; Query CDS|ENST00000398721/1-183 ; Align 822 1 59 ; Align 4039 60 124
  17 ##FASTA
  18 >ENSG00000214643/1-4245 chromosome:GRCh38:6:49946021:49950265:-1
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  21 CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACGGGTGTGAGTATATTGCTTTTTAAATTCACTAGTTTATTCATTAT
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  24 AACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGTCGCGATCGCGCCACTGAACTCCAGCCTGGGTGACAGAACGAGAC
  25 TCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAACTAAATCAAAAG
  26 CAAAGATTAAATTCTCATGCTTCTACTTTTCAGACCTTCAATAGGAGATTCTCAGTGGCATGCACTTCCTAG
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  28 GTAATGTCCTGCATTTTTGCCCCAGGCACTGCTAAACAGGAGTGTTAACTTTTGATAAACCCCAGTTTCTAA
  29 ATTCGTACAACTGCATGGAGAGAAGTATAAAAAGATGTGCTCTCCACCTTTCTCTTATTCAAACACTGCAGA
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  33 CAAATAAAGGACTGTGGTCTTACTAAACAGTAAGGCTCCGGGTGAGTCATATTATTGTATGAGACAATTTAA
  34 AGGCCTTGATTAAATGACTACAGGCTGGTTGTCCAGACTGACTACTTGGATAGAATATTAAAGTATAACCAT
  35 CTGGATCCTTGAGACATTGATGGGCACTGTGTAGTAGAGTAACAGTTGGTTTTTCAGTAACCTCATGATAGG
  36 TTTGGTTATATTATGTCACAAGGTTTACTTTGAGAAAAACACAAAATGGTGTTTTCAACTGATTAAGAATTG
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  38 ATAAACTTTGGAATAATTGATACCTGGGTTCAGATTTGGCTTTTGCCATGTATTGGCTATGCAAATCTATCA
  39 GGTTATTTACACTCATTCAGCATCAATTTCCTCATTTGCGAATTAAATACAGTAATTAAGTCTATCTGTAGT
  40 ATTATGACGATTAATGATATTTAAATATACAAAATGCCCAACATAAAGTATAATACACATCAGATTCATCTT
  41 AAATAGTATTATAATTACTTTTACATTGTATTAAAACACCTTAAAAAGCAAGTAACATCTAGAAATCTCATC
  42 GAGAAACTCTTTCTTGACAACTATTGCAGGAAACAGGGGAGGTAATATTTACCATGTTGGATTTCACATACT
  43 TAAACTGTGTACCCTCATTTGTAAACTTTCATTGTACACACTACTATTAGATTAGATCAATAGCCAAAGGAA
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  45 TCTTATTTATGTAAAGACCCTGTAAACAATCATTTTACACACACCCAAGAAAATAATTCCACTCACCTTAAG
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  48 CTGGCTGTGAGTAAACTCAAACATCTAAGTATTTTGGATAAAAGACTCAAATCATTTTAATTGTTTTATAAT
  49 TCAAGTAAAATATGTCAGATGATAATTTTGAGGATTGTTATTTTATTACATCATTCTAAACTCAAGACTAAT
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  52 TGCTTTGGGAAAAAAGGTGAAAATTTTCATGACATTTTCAGTTTCATTATAAACCCAAGAGACATTATGAAT
  53 GTATGTGCATAGATTCATCTAAAAATTGAGAAATTTGTGATTCCTTCTTGTACATAAATAAATTTTTATGTT
  54 ATACATAGCTGTTATCTAGAGAGAAGCTGTTTGTTGTTTTTGTTACTAGTGGAAAAATGCTAATTTACAATT
  55 CCCACTTAAATAATGCTATTCTTTTTTTAATACTAGTGTTTGACAGCTGTCATCTTCTATTATTTGTAAATT
  56 CCAATTAAGTCAACATACATGCTTCACACCCATCATGTAGGACAGTGTAATCTGAGGATGCATTTTTAAGCT
  57 GGCAAGATAATGCTTTTTCCCTCTGGCATCAAAGGCAATAAATAGCATCTCTCTAGATAATACAAATAAAGA
  58 GATATCTATCATTAATTTATACAGTGAAAAAGCATATCTCGTTGCCTAAAATATTTGGCAAAAAATTCAAAA
  59 TAATATGTTCAATTTTTTCCTAAAATGTCTAGTTACTCCAAGTAACAGTAAGACTGTATGCTAACATAACTT
  60 CACTGAAAGCAGATGACATGAATTGGGTTATCAGTACCTTTGACTCCATCTCAGTTGGATCCTATATGTTGA
  61 GCACCTAGAGAAAGAGCACCTTTCACATACCTTTGTCACTGATATTTGATAATTTACCATTACATTTAATGC
  62 TTTAACTTTGGGCGTCTTCCTCCTTATGTGACCTTTCTAAAAATTTAAACATTTTGTGAAGAGATGAAACAT
  63 TAAGTCTTATGGCCAGATGTAGATGAGTTCATCAGCTGGTATATGCTATGATGATGCAATCCTGAGAACTTT
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  67 AAAAAATATTCGAGCAAGATAGCAATTGAAGCAACATTAATGAATCTTCCCATTTTAAATCCTGAAACCAAA
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  69 TTTGTATATGCCCAAATTCATCATTTGTACACATTAAATATGTGCAGTTCTTTTTATAGCAACTATACCTCA
  70 ATAAAGTTGTTTTTTTAAAAAAATCATGTTAGGTGGGTAGTAGGTAAGTAGCCATAGAAATATGTGGTGTTC
  71 ATTCCAGAACTACTTGAAATCTAACAATTTTTATTTAGAAATTCTCAGGGAAAACTAAGCTTTAACAACTAG
  72 TGGATCAAGCCAGAAGTTGGAGAGGAAACTGAGAATGAAACAGAAAGTATCACAGAACAATCATCACCAGAA
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  78 >CDS|ENST00000398721/1-183 DEFB133-201
  79 ATGAAGATTCACGTCTTTCTCTTTGTTTTATTTTTCTTTCTGGTCCCCATTGCCACCAGGGTGAAATGTGCC
  80 GTGAAAGACACCTATAGTTGCTTTATCATGAGAGGCAAATGTCGACATGAGTGTCATGATTTTGAAAAACCA
  81 ATTGGTTTCTGCACAAAACTAAATGCCAACTGTTATATG