examples/testdata/test_coding2genome_showtargetgff.gff2

   1 ##gff-version 2
   2 ##source-version exonerate:coding2genome 2.4.0
   3 ##date 2021-02-03
   4 ##type DNA
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   6 #
   7 # seqname source feature start end score strand frame attributes
   8 #
   9 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome gene    822     4162    322     +       .       gene_id 0 ; sequence CDS|ENST00000398721/1-183 ; gene_orientation + ; identity 100.00 ; similarity 100.00
  10 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome cds     822     880     .       +       .
  11 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome exon    822     880     .       +       .       insertions 0 ; deletions 0 ; identity 100.00 ; similarity 100.00
  12 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome splice5 881     882     .       +       .       intron_id 1 ; splice_site "GT"
  13 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome intron  881     4038    .       +       .       intron_id 1
  14 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome splice3 4037    4038    .       +       .       intron_id 0 ; splice_site "AC"
  15 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome cds     4039    4162    .       +       .
  16 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome exon    4039    4162    .       +       .       insertions 0 ; deletions 0 ; identity 100.00 ; similarity 100.00
  17 ENSG00000214643/1-4245  exonerate:coding2genome similarity      822     4162    322     +       .       alignment_id 0 ; Query CDS|ENST00000398721/1-183 ; Align 822 1 57 ; Align 4040 61 123
  18 ##FASTA
  19 >ENSG00000214643/1-4245 chromosome:GRCh38:6:49946021:49950265:-1
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  22 CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACGGGTGTGAGTATATTGCTTTTTAAATTCACTAGTTTATTCATTAT
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  24 AAAATTAGCCGGCCTGGTGGCGGGTGCCTGTAGTACCACCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTG
  25 AACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGTCGCGATCGCGCCACTGAACTCCAGCCTGGGTGACAGAACGAGAC
  26 TCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAACTAAATCAAAAG
  27 CAAAGATTAAATTCTCATGCTTCTACTTTTCAGACCTTCAATAGGAGATTCTCAGTGGCATGCACTTCCTAG
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  29 GTAATGTCCTGCATTTTTGCCCCAGGCACTGCTAAACAGGAGTGTTAACTTTTGATAAACCCCAGTTTCTAA
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  31 GCTGCTAATTCGGCTGACTGTCTTCAATCATGAAGATTCACGTCTTTCTCTTTGTTTTATTTTTCTTTCTGG
  32 TCCCCATTGCCACCAGGTAAAATGTAAATATTGAGAGGGTAAAATATCTTTCTGGAGAGTTGCATTTTGGTC
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  34 CAAATAAAGGACTGTGGTCTTACTAAACAGTAAGGCTCCGGGTGAGTCATATTATTGTATGAGACAATTTAA
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  37 TTTGGTTATATTATGTCACAAGGTTTACTTTGAGAAAAACACAAAATGGTGTTTTCAACTGATTAAGAATTG
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  39 ATAAACTTTGGAATAATTGATACCTGGGTTCAGATTTGGCTTTTGCCATGTATTGGCTATGCAAATCTATCA
  40 GGTTATTTACACTCATTCAGCATCAATTTCCTCATTTGCGAATTAAATACAGTAATTAAGTCTATCTGTAGT
  41 ATTATGACGATTAATGATATTTAAATATACAAAATGCCCAACATAAAGTATAATACACATCAGATTCATCTT
  42 AAATAGTATTATAATTACTTTTACATTGTATTAAAACACCTTAAAAAGCAAGTAACATCTAGAAATCTCATC
  43 GAGAAACTCTTTCTTGACAACTATTGCAGGAAACAGGGGAGGTAATATTTACCATGTTGGATTTCACATACT
  44 TAAACTGTGTACCCTCATTTGTAAACTTTCATTGTACACACTACTATTAGATTAGATCAATAGCCAAAGGAA
  45 GTATCTTGATGGAGATCATCGAAAGAGCTGTTTTAACACATTTCAGGGTACTTATGATAGGAAAAGTATTTT
  46 TCTTATTTATGTAAAGACCCTGTAAACAATCATTTTACACACACCCAAGAAAATAATTCCACTCACCTTAAG
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  49 CTGGCTGTGAGTAAACTCAAACATCTAAGTATTTTGGATAAAAGACTCAAATCATTTTAATTGTTTTATAAT
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  51 GGAATTACAATCAGGGTTTGTTTTTACTAAAACCATATGGGGGTGATCTTAAAATAAAGAAGACTTATTTAG
  52 TGCAACCACATTTGGATAATAAAATTAGCTCCAGTTATGTTATCATGATTTACATGTGTGCCTCATGTCACT
  53 TGCTTTGGGAAAAAAGGTGAAAATTTTCATGACATTTTCAGTTTCATTATAAACCCAAGAGACATTATGAAT
  54 GTATGTGCATAGATTCATCTAAAAATTGAGAAATTTGTGATTCCTTCTTGTACATAAATAAATTTTTATGTT
  55 ATACATAGCTGTTATCTAGAGAGAAGCTGTTTGTTGTTTTTGTTACTAGTGGAAAAATGCTAATTTACAATT
  56 CCCACTTAAATAATGCTATTCTTTTTTTAATACTAGTGTTTGACAGCTGTCATCTTCTATTATTTGTAAATT
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  58 GGCAAGATAATGCTTTTTCCCTCTGGCATCAAAGGCAATAAATAGCATCTCTCTAGATAATACAAATAAAGA
  59 GATATCTATCATTAATTTATACAGTGAAAAAGCATATCTCGTTGCCTAAAATATTTGGCAAAAAATTCAAAA
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  61 CACTGAAAGCAGATGACATGAATTGGGTTATCAGTACCTTTGACTCCATCTCAGTTGGATCCTATATGTTGA
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  65 ATAAAGGAGAAGACTCTGAAACAAGGAAACATACGGAGATGCTGAGAGATACTACCTCTTTCTCTTTGAACT
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  70 TTTGTATATGCCCAAATTCATCATTTGTACACATTAAATATGTGCAGTTCTTTTTATAGCAACTATACCTCA
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  72 ATTCCAGAACTACTTGAAATCTAACAATTTTTATTTAGAAATTCTCAGGGAAAACTAAGCTTTAACAACTAG
  73 TGGATCAAGCCAGAAGTTGGAGAGGAAACTGAGAATGAAACAGAAAGTATCACAGAACAATCATCACCAGAA
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  79 >CDS|ENST00000398721/1-183 DEFB133-201
  80 ATGAAGATTCACGTCTTTCTCTTTGTTTTATTTTTCTTTCTGGTCCCCATTGCCACCAGGGTGAAATGTGCC
  81 GTGAAAGACACCTATAGTTGCTTTATCATGAGAGGCAAATGTCGACATGAGTGTCATGATTTTGAAAAACCA
  82 ATTGGTTTCTGCACAAAACTAAATGCCAACTGTTATATG