help/help/html/io/export.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Exporting alignments as artwork</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Exporting alignments as graphics and lineart<a
  28       name="export"></a></strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     The alignment view can be printed using <strong>File&#8594;Print</strong>,
  32     or exported in a number of ways via the <strong>File&#8594;Export</strong>
  33     menu:
  34   <ul>
  35     <li>HTML<br> <em>for viewing in a web browser</em>
  36     </li>
  37     <li>PNG - a Portable Networks Graphics image<br> <em>For
  38         low quality diagrams and powerpoint presentations</em>
  39     </li>
  40     <li>EPS - an Encapsulated Postscript Document<br> <em>For
  41         high quality diagrams and publications.</em>
  42     <li>SVG - a Scalable Vector Graphics document<br> <em>For
  43         high quality diagrams in publications and on the web.</em>
  44     </li>
  45     <li>BioJS MSA - A JavaScript based multiple sequence alignment
  46       viewer. <br> <em>For interactive alignment data
  47         visualisation in a web browser.<br />Get more info about the
  48         BioJS MSA viewer at <a href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>
  49     </em>
  50     </li>
  51
  52   </ul>
  53   <p>
  54     <strong>PNG Export Options</strong>
  55
  56   <p>
  57     <em>Since Jalview 2.11.3</em> it is possible to specify options when <a
  58       href="../features/clarguments-reference.html#exportingimagefiles">exporting
  59       figures via the command line</a> to increase the resolution of the
  60     exported PNG, and configure maximum width and height settings.
  61
  62   <p>You can also configure default export settings by adding the
  63     following lines to
  64
  65   <pre>.jalview_properties</pre>
  66   <pre>BITMAP_SCALE=&lt;Scale factor multiplied by 10&gt;
  67   BITMAP_WIDTH=Width of export in pixels
  68   BITMAP_HEIGHT=Height of figure export in pixels
  69   </pre>
  70   When scale is not set, the figure will be scaled to fit in the smallest
  71   specified dimension. Scale will be ignored if it results in an image
  72   dimension greater than the smallest specified dimension.
  73   <p>
  74   <a name="htmlexport" /><p>
  75     <strong>Exporting alignments as Web Pages</strong>
  76   <p>
  77     In Jalview 2.9, new HTML exporting options were introduced. The
  78     standard HTML export option displays alignments as SVG documents
  79     embedded as scrollable panes. Exported pages can optionally also
  80     include <a href="../features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a> data,
  81     which allows Jalview to extract the original data used to create the
  82     page. Jalview can also generate HTML pages which embed BioJSON data
  83     and the BioJS MSA viewer, a pure javascript alignment viewer that
  84     provides a range of interactive analysis capabilities.
  85   </p>
  86   <p>
  87   <p>
  88     <strong>Tips for working with EPS Files</strong>
  89   </p>
  90   <li>The EPS file generated by Jalview contains vector graphics
  91     which are directly editable in graphics applications such as Adobe
  92     Illustrator.</li>
  93   <li>EPS files can be produced as &quot;Text&quot; or
  94     &quot;Lineart&quot;. Use &quot;Text&quot; if you want the final
  95     document to be MUCH smaller in diskspace and be able to search, edit
  96     and select text. Use &quot;Lineart&quot; if you want an exact image
  97     of the alignment as displayed in Jalview. This is useful if a 3rd
  98     Party EPS viewer does not have the same Font which the EPS file was
  99     created with.</li>
 100   <li>When importing an EPS file into a Microsoft office document,
 101     a snapshot image of the file will be displayed which often looks
 102     blurred. Right-click the image and choose &quot;Edit image.&quot; to
 103     convert it to word drawing objects which give a truer WYSIWIG
 104     representation.</li>
 105   <li>EPS does not support colour transparency, so will not reproduce this
 106     if used for <a href="../features/featuresettings.html#transparency">feature colouring</a>.</li>
 107   <li>Mac OSX users will find that eps files are automatically
 108     converted into PDF files.</li>
 109   </p>
 110 </body>
 111 </html>