help/html/calculations/conservation.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Conservation Calculation</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Conservation Calculation</strong></p>\r
   5 <p>This option is based on the AMAS method of multiple sequence alignment analysis\r
   6   (Livingstone C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy\r
   7   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.CABIOS Vol. 9 No. 6 (745-756)).\r
   8   <br>\r
   9   Hierarchical analysis is based on each residue having certain physico-chemical\r
  10   properties. </p>\r
  11 <p>The alignment can first be divided into groups. This is best done by first\r
  12   creating an average distance tree (Calculate-&gt;Average distance tree). Selecting\r
  13   a position on the tree will cluster the sequences into groups depending on the\r
  14   position selected. Each group is coloured a different colour which is used for\r
  15   both the ids in the tree and alignment windows and the sequences themselves.\r
  16   If a PCA window is visible a visual comparison can be made between the clustering\r
  17   based on the tree and the PCA. </p>\r
  18 <p>The grouping by tree may not be satisfactory and the user may want to edit\r
  19   the groups to put any outliers together. </p>\r
  20 <p>The existing colour scheme is modified so that the most conserved columns in\r
  21   each group have the most intense colours and the least conserved are the palest</p>\r
  22 <p>The conservation analysis is done on each sequence group. This highlights differences\r
  23   and similarities in conserved residue properties between groups. </p>\r
  24 <p></p>\r
  25 </body>\r
  26 </html>\r