help/html/calculations/pairwise.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Pairwise Alignment</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong></p>\r
   5 <p>This calculation is performed on the selected sequences only. Java is not the\r
   6   fastest language in the world and aligning more than a handful of sequences\r
   7   will take a fair amount of time. <br>\r
   8   For each pair of sequences the best global alignment is found using BLOSUM62\r
   9   as the scoring matrix. The scores reported are the raw scores. The sequences\r
  10   are aligned using a dynamic programming technique and using the following gap\r
  11   penalties : </p>\r
  12 <p>Gap open : 12 <br>\r
  13   Gap extend : 2 </p>\r
  14 <p>When you select the pairwise alignment option a new window will come up which\r
  15   will display the alignments in a text format as they are calculated. Also displayed\r
  16   is information about the alignment such as alignment score, length and percentage\r
  17   identity between the sequences.</p>\r
  18 <p>&nbsp; </p>\r
  19 </body>\r
  20 </html>\r